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宣統二年(1910年)九月二日,內閣奉上諭:方擎著賞給醫科進士[2][3]。
宣統三年(1911年),授職翰林院檢討[4]。
歷充陸軍醫學堂暨北洋醫學堂教習,前在哈爾濱隨同總醫官伍連德辦理防疫,外務部奏派等赴美考求剖解黴菌等學[5]。
曾任《醫藥學報》主編、國立北京醫專教授。
民國元年(1912年),軍醫局局長[6]
民國元年(1912年)4月26日[7],任北京政府陸軍部軍醫司司長。
民國四年(1915年),以陸軍軍醫監列名支持君主立憲[8]。
民國五年(1916年)在北京開辦首善醫院,任院長兼內科主任。
民國六年(1917年)10月4日,辭軍醫司司長[9]。
民國十三年(1924年)11月27日,任中央防疫處處長[10]。
民國十四年(1925年),派充衛生司幫辦[11]。
民國二十二年(1933年)6月14日,派華北戰區救濟委員會委員[12]
1949年後,歷任中華醫學會第十六屆理事兼總幹事、第十七屆副理事長、第十八屆副會長,中國巴基斯坦友好協會副會長,中國科協組織部副部長,中央防疫委員會研究組組長,中國紅十字會北京分會副會長,北京防癆委員會副主任委員。文革期間自殺。[13]
民國六年(1917年)10月9日,給予二等文虎章[14]。
民國七年(1918年)8月30日,給予三等寶光嘉禾章[15]。
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