山科區15世紀末,僧侶蓮如在此建立山科本願寺,其周圍建立了土壘等防禦工事,形成了寺内町(日语:寺内町),此後在16世紀初的山科本願寺之戰(日语:山科本願寺の戦い)之中燒毀,此後本願寺的勢力才轉移到大阪建立石山本願寺。 1889年日本實施町村制,現在的山科區範圍在當時設立為山科村,1926年改制為山科町。1931年,山科
宇治郡12世紀後,出現名為「山科荘」的荘園,並由藤原北家分支出山科家(日语:山科家)負責管理。15世紀末,僧侶蓮如在此建立山科本願寺,其周圍建立了土壘等防禦工事,形成了寺内町(日语:寺内町),此後在16世紀初的山科本願寺之戰(日语:山科本願寺の戦い)之中燒毀,此後本願寺的勢力才轉移到大阪建立石山本願寺。
石山合戰本願寺勢力,打擊三好、畠山聯軍,最終三好元長、畠山義堯皆兵敗自盡,史稱飯盛城之戰(日语:飯盛山城#沿革)。然本願寺的門徒卻藉此機會攻擊其他佛教宗派,在畿內打家劫舍,是故,細川晴元聯合近江・六角氏及法華宗,圍攻本願寺位於京都的總壇・山科本願寺,史稱山科本願寺之戰(日语:山科本願寺の戦い)。山科本願寺
日本戰爭列表飯盛城之戰(1532年) 山科本願寺之戰(1532年) 稻村之變(1533年) 天文内亂(1533年) 花倉之亂(1536年) 法華一揆(1536年) 第一次河東之亂(日语:河東の乱#第一次河東一乱)(1536年) 第一次國府台之戰(1538年) 第一次枝吉城之戰(日语:枝吉城#第一次枝吉城の戦い)(1539年)
戰國大名肥後阿蘇氏 肥後相良氏 土持氏 北原氏 日向伊東氏 大隅肝付氏 薩摩島津氏 日光山輪王寺 比叡山(延曆寺) 園城寺 一向宗(淨土真宗本願寺派) 興福寺 東大寺 根來眾(根來寺) 熊野別當 石山本願寺等寺院 平泉寺白山神社 諏訪大社 日吉大社 賀茂神社 上賀茂神社 下賀茂神社 石清水八幡宮 離宮八幡宮