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宗教迫害是一種歧視政策及作為，以針對某種特定的宗教或信仰，或是缺乏此類信仰為理由，對於某個人或是團體，系統性的採取一系列行動，例如取消部份或全部的公民權、虐待以至於謀殺或屠殺。這通常被視為是一種缺乏人權的作為。如阿爾巴尼亞在共產黨執政時期曾以一個人有任何特定宗教信仰、違背国家无神论為由，迫害國內所有的宗教人士。
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宗教迫害可能是因為政治原因所造成，例如：罗马帝国曾經长期迫害基督教；天主教與基督新教在歐洲互相爭戰迫害引發宗教戰爭；豐臣秀吉與清聖祖（康熙帝）曾經禁止天主教[1]；中华人民共和国文化大革命時期红卫兵消灭宗教；伊朗伊斯蘭共和國打壓巴哈伊信仰、蘇菲派及基督徒[2]等。
基督徒受到的非基督教势力的迫害主要包括：拆毁十字架，拆除教堂，抓捕基督教徒，驱散并阻拦聚会。以各种理由阻拦基督徒接近上帝。
耶穌被猶太祭司團向羅馬政府污告死罪，猶太公會與統治者希律·阿基帕一世以威嚇、禁錮、鞭打、處死基督徒等手段阻止早期基督教傳播，殉道者如司提反、西庇太的兒子雅各、公義者雅各等。[4]
根据伊斯兰教法的规定和民族习俗，各个伊斯兰社会对被征服地区基督徒存在迫害和歧视。
- 阿拉伯帝国：
- 塞尔柱帝国：佔領耶路撒冷後，刁難、虐待前來朝聖的基督徒，引發西歐的十字軍東征。
- 奥斯曼土耳其帝国：
- 在君士坦丁堡等地屠杀基督徒、进行掠夺和破坏。
- 把被征服地区的大量教堂改建为清真寺。
- “亚美尼亚大屠杀”
- 2007年塔利班挾持韓國人質事件
- 伊斯蘭國控制地區人權
唐武宗灭佛时，殃及景教。 [6]清朝康熙年间，官員楊光先借口在欽天監任職的教士湯若望等人修曆有錯將其入監。清朝中期原本因為禮儀之爭已經導致了康熙對於基督宗教的不滿，除了傳教士得到允許留下外，部分遭到遣返，到了雍正年間就正式禁教。清末中國，在治外法權凌駕中國法律、仇外心態、詆毀洋人的謠言、守舊勢力的影響下，發生400餘起中國人迫害基督宗教與基督徒的教案[7]。義和團是由中國民間發起的宗教組織，宣稱可以藉由附身獲得神力，以趕走列強侵犯中國領土，最後這團體得到慈禧太后的支持。原本對於列強的反對卻延燒到一般的傳教士以及中國本地的信徒身上，華北計有32,000名中国基督徒和200名传教士被义和团杀害[8]，共100,000名平民被义和团杀害[9]；5,000名平民被八国联军杀害[9] 。文化大革命时期，基督徒也曾遭受大规模迫害。
日本德川幕府对基督徒进行镇压。1637年10月，島原的一名農民交不起農租，妻子被领主松倉勝家的家臣田中宗夫带人抓走，數百名憤怒的村民聚眾放火燒毁了田中的家宅，16岁的天草四郎時貞（教名Jerome）被推举为领袖。10月15日，島原有馬村名叫林兵右卫门的藩吏探悉有村民供奉天主像，破门而入卻被在场的村民杀死。隨後本地民众开始誅杀藩吏、焚烧寺庙，最終使領內的民眾响应了這次一揆之亂。島原之亂殺害三十萬的信士，利用踏繪等大型制度來找出基督教信徒。德川幕府發佈了禁教令，直到明治時代才正式廢除。[10]
基督教團體「敞開的門」估計現今約有100萬基督徒面臨著專制國家的迫害[11][12] 。一分2010年的調查顯示2008-2010年之間全世界宗教迫害的案件中至少有75%是對基督徒的迫害。[13]
源自於對於未知的恐懼和對巫術的忌諱導致獵殺女巫，而法蘭西女英雄聖女貞德也曾被誣為女巫。在高峰的15世紀，獵巫審判是於世俗法院審判。
其實初時男巫和女巫被指控的人數一樣多，直到了1485年海因里希·克雷默及約翰·斯普倫格著作的獵巫手冊《女巫之槌》（Malleus Maleficarum）面世後，令整個歐洲社會把獵巫的矛頭指向女性。被判死刑的女巫，財產會被沒收，令政界和司法界對獵巫運動更加積極。在迫害的巔峰期，很多不懂巫術的女人也遭人誣告罪成而被處火刑。
啟蒙運動之前，科學或一些另類的神學(即基督教中的異端)與天主教常發生衝突，若干科學研究或異見人士被指為異端，甚至遭到迫害。阿拉貢王國神學家米格爾·塞爾韋特参与了新教改革，后期又发展了反对三位一体论，並對加爾文進行激烈的人身攻擊。雖然同时被天主教和新教宣布有罪，但最後他是被新教的日内瓦理事会以异端的名义烧死。 } 意大利神父焦爾達諾·布魯諾布魯諾相信宇宙有無限個，上帝則是宇宙的靈魂。這種主張後來被聖座指為「异端」。1592年，他因Moncenigo的告發而被天主教宗教法庭控以「異端邪說」罪，從此被囚禁八年，但始終不撤回自己的主張。最後在1600年2月17日，布鲁诺在羅馬鮮花廣場的火刑柱上被处以火刑，布鲁诺被控以火刑的原因并非是坚持日心说，而是因为他坚持的赫尔墨斯主义和反一神论思想。但日心說也因為他而連帶成了異端學說。[14]
与聖座和教宗关系密切的天主教徒伽利略·伽利莱維護哥白尼學說這件事在当时是極具爭議性的，那時候大部份哲學家及天文學家還在贊成地心說，也就是認為地球是宇宙的中心。在他於1610年公開支持日心說之後，他受到一些科學家和天主教教士的激烈反對，後者其中兩人更於不久後的1615年向聖座異端裁判所告發伽利略。儘管對他的指控當時都被撤消，但是因為受到布魯諾的牽連，1616年2月日心說還是被判定為“錯誤且有違《聖經》的”，[15] 而且伽利略還被警告，說要他終止對日心說的支持──而他也承諾了會這樣做。當他後來在他最有名的著作，《關於托勒密和哥白尼兩大世界體系的對話》（1632年出版），中捍衛其觀點時，就受到了裁判所的審訊，被判定“有強烈異端嫌疑”，結果被迫放棄日心說，並在軟禁下度過餘生。后来天主教会为伽利略受到的不公正待遇平反。
哲學家拉美特利因他的著作因為激怒教會而被迫流亡法國啟蒙思想家、唯物主義哲學家、無神論者和作家，百科全書派的代表，因反對宗教被教會關押三個月。希臘化古埃及學者，是當時名重一時的女性哲學家、數學家、天文學家、占星學家以及教師。由於她經常與歐瑞斯提斯晤面，在基督徒中便有謗言流傳，說就是她在阻擋總督歐瑞斯提斯與總主教亞歷山大的區利羅和好，最後被殺死。
罗马天主教会或以天主教为国教的国家或天主教徒实施的宗教性迫害主要包括：
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