司法机关，又称司法机构、司法部门，是政府机构之一，工作就是維護法律、確保法律正確執行、解決爭議；但“司法”的具體定義和司法部門的權力在不同法制有些不同。
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法律聲明。
大陸法認為，司法是指法院或特定机关依照法定职权和程序，具体适用法律对民事、刑事案件进行聆訊和审判。
普通法認為，司法就是審判、裁決。在普通法體制，只有司法部門具有對法律（包括憲法）的解釋權。
位于墨尔本的联邦法院大楼，是澳大利亚联邦巡回法院、澳大利亚联邦法院、澳大利亚家庭法院的墨尔本分院，以及澳大利亚高等法院不定期开庭的地方。
在大陸法中，法院會對案件進行具體調查；法官會傳召證人，盤問證人、被告等。法院有解釋法律的權力，但不一定具有對法律的最終解釋權。
另外，检察机关通常都是司法系統的一部份。
在普通法法制中，法院不會對案件進行具體調查。法官或裁判官的角色只是確保原告人（在刑事案件中則是代表政府的律師）和被告人能公平地提出自己的論據，並作出判決。如果被告人被控告的是嚴重罪行（如謀殺、強姦等），有些地區（如香港、英國及美國）是由陪審團決定被告是否有罪，法官只負責決定處罰方式。在普通法系中，只有法院有解釋法律的權力，而法院對法律的解釋和判案，都對以後的同類訴訟有約束力，成為案例法。
另外，检控机关通常都是行政系統的一部份。
司法机构最主要的职能就是行使司法权，即通过公共强制力维持社会秩序，进行利益仲裁，在有些国家也包括对宪法和法律的解释权。
司法机构根据法律审理案件，解决法律冲突。远东法系强调在对争端和法律冲突裁决时注重社会影响，维持社会稳定。而西方法系，则更为认可个人和团体在对抗性的司法过程中胜诉[1]。
司法权由法院履行。有些国家设有检察机关行使司法监督权。
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