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分子标记(英語:Molecular marker)是遗传标记的一种,是在基因水平上的标记,是直接在DNA分子上检测遗传变异。分子标记能对不同发育时期的个体、任何组织器官甚至细胞作检测,数量极多,遍及整个基因组,多态性高,遗传稳定,不受环境及基因表达与否的限制,正是因为这些优点分子标记的应用越来越广泛。它包括RFLP、RAPD、AFLP、SSR和ISSR等等。
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