CRISPR/锌指核酸酶

Cas9是第一個被廣泛應用的CRISPR核酸酶，其次是Cpf1，其在新澤西弗朗西斯菌（英语：Francisella novicida）的CRISPR/Cpf1系统中被發現。其它這樣的系統被認為存在。 由於其對DNA干擾（DNAi）的特性（參見RNAi），目前被積極地應用於遺傳工程中，作為基因體剪輯工具，與鋅指核酸酶

包括锌指核酸酶（ZFNs）、转录激活因子样效应物核酸酶（TALEN）和 CRISPR-Cas9 ——进行基因编辑的技术被Nature Methods选为2011年年度技术 。其中，CRISPR-Cas9技术也被Science选为2015年度重要技术突破。 至2015年，除以上三类酶以外，归巢核酸内切酶

这在植物和动物中发生的频率相对较低，并且通常需要使用选择标记基因。使用工程化核酸酶如锌指核酸酶，工程改造的归巢核酸内切酶（或“兆碱基”）或由TAL效应物产生的核酸酶，可以增强基因靶向的频率。 除了增强基因靶向，工程化核酸酶也可以用于在产生基因敲除的内源基因中引入突变。