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1998–99年歐洲足協盃是歐洲足協舉辦的第 28 屆歐洲足協盃賽事，今屆賽事是舊有制度下的最後一屆賽事。下一屆開始，歐洲盃賽冠軍盃會合併於全新的歐洲足協盃。
本屆冠軍則由帕爾馬奪得，他們於決賽擊敗馬賽，歷來第二次奪得冠軍。這亦是意大利球隊近 11 屆賽事中的第八次奪冠，但自此以後就再未有意大利球隊成功於歐洲足協盃中再贏得冠軍。
| 第一隊 | 總比數 | 第二隊 | 首回合 | 次回合 |
|---|---|---|---|---|
阿格斯 
|
7–1 |  巴庫
|
5–1 | 2–0 |
博布魯斯克 
|
1–3 |  索菲亞中央陸軍
|
0–0 | 1–3 |
奧摩尼亞 
|
8–6 |  連菲特
|
5–1 | 3–5 |
薩克達 
|
6–1 |  拜基卡拉
|
2–1 | 4–0 |
克爾赫堤 
|
0–11 |  貝爾格萊德紅星
|
0–4 | 0–7 |
國際巴迪斯拉華 
|
4–0 |  地拉那
|
2–0 | 2–0 |
塔林薩坦 
|
1–5 |  華沙普隆尼亞
|
0–2 | 1–3 |
拖錫雲 
|
2–4 |  VPS華沙
|
2–0 | 0–4 |
薛謝斯歷卡 
|
1–2 |  基爾馬諾克
|
1–1 | 0–1 |
梅拿 
|
8–2 |  道加瓦里加
|
6–1 | 2–1 |
阿簡尼斯 
|
3–3（客） |  薩基列斯
|
3–2 | 0–1 |
特拉維夫夏普爾 
|
6–2 | 芬柏
|
3–1 | 3–1 |
舒拉克 
|
0–7 |  馬模
|
0–2 | 0–5 |
謝文奴艾卡倫 
|
4–1 | 薩拉熱窩
|
4–1 | 0–0 |
舒爾本 
|
3–7 | 格拉斯哥流浪
|
3–5 | 0–2 |
| 加拉治
|
4–1 |  史諾加
|
3–0 | 1–1 |
盧森堡體育聯盟 
|
0–7 | 哥登堡
|
0–3 | 0–4 |
費倫斯華路士 
|
14–1 |  派斯柏特
|
6–0 | 8–1 |
迪利古泰拉斯 
|
0–6 | 安德列治
|
0–1 | 0–5 |
現代城 
|
0–7 | 克拉科夫
|
0–0 | 0–7 |
| 第一隊 | 總比數 | 第二隊 | 首回合 | 次回合 |
|---|---|---|---|---|
| 貝爾格萊德紅星
|
4–2 |  洛特伏爾加格勒
|
2–1 | 2–1 |
| 費倫斯華路士
|
4–6 |  AEK雅典
|
4–2 | 0–4 |
| 謝文奴艾卡倫
|
3–5 |  塞維特
|
1–4 | 2–1 |
| 阿格斯
|
4–4（客） |  伊斯坦堡
|
2–0 | 2–4 |
莫迪 
|
0–2 | 索菲亞中央陸軍
|
0–0 | 0–2 |
| 哥登堡
|
2–2（客） | 費倫巴治
|
2–1 | 0–1 |
| 梅拿
|
0–2 |  施克堡
|
0–0 | 0–2 |
| 格拉斯哥流浪
|
2–0 | PAOK沙朗歷基
|
2–0 | 0–0 |
布拉格斯拉維亞 
|
4–2 | 國際巴迪斯拉華
|
4–0 | 0–2 |
| 蘇黎世
|
6–3 | 薩克達
|
4–0 | 2–3 |
| 白蘭恩
|
1–0 | 薩基列斯
|
1–0 | 0–0 |
| 克拉科夫
|
7–2 | 特拉布宗
|
5–1 | 2–1 |
| 維積利
|
6–0 | 加拉治
|
3–0 | 3–0 |
| 特拉維夫夏普爾
|
1–1（2–4 点） | 史卓加斯特
|
1–0 | 0–1（加时） |
奧斯積克 
|
3–3（客） | 安德列治
|
3–1 | 0–2 |
| 奧摩尼亞
|
3–3（客） |  維也納迅速
|
3–1 | 0–2 |
| VPS華沙
|
0–3 | 格拉茨AK
|
0–0 | 0–3 |
| 華沙普隆尼亞
|
0–2 | 莫斯科戴拿模
|
0–1 | 0–1 |
| 夏德
|
3–2 | 馬模
|
1–1 | 2–1 |
| 奧洛慕克
|
4–0 | 基爾馬諾克
|
2–0 | 2–0 |
| 第一隊 | 總比數 | 第二隊 | 首回合 | 次回合 |
|---|---|---|---|---|
| 布拉格斯巴達
|
2–5 |  皇家蘇斯達
|
2–4 | 0–1 |
| 費倫巴治
|
2–3 |  帕爾馬
|
1–0 | 1–3 |
布力般流浪 
|
2–3 |  里昂
|
0–1 | 2–2 |
| 莫斯科戴拿模
|
5–4 | 史干圖
|
2–2 | 3–2 |
甘馬雷斯 
|
2–4 | 些路迪
|
1–2 | 1–2 |
史特加 
|
4–3 |  飛燕諾
|
1–3 | 3–0 |
| 阿格斯
|
0–8 | 切爾達
|
0–1 | 0–7 |
| 施克堡
|
0–3 | 羅馬
|
0–2 | 0–1 |
| LKS羅茲
|
1–3 | 摩納哥
|
1–3 | 0–0 |
| 列迪斯洛維治
|
1–3 | 格拉茨AK
|
1–1 | 0–2 |
| 安德列治
|
0–2 | 草蜢
|
0–2 | 0–0 |
| 費倫天拿
|
2–1 | 夏德
|
2–1 | 0–0 |
| 阿士東維拉
|
6–2 | 史卓加斯特
|
3–2 | 3–0 |
| 史浩克零四
|
1–1（4–5 点） | 布拉格斯拉維亞
|
1–0 | 0–1（加时） |
| 塞維特
|
2–2（客） | 索菲亞中央陸軍
|
2–1 | 0–1 |
| 貝爾格萊德紅星
|
3–3（4–3 点） | 梅斯
|
2–1 | 1–2（加时） |
| 高斯錫
|
0–8 | 利物浦
|
0–3 | 0–5 |
| 士砵亭
|
1–4 | 博洛尼亞
|
0–2 | 1–2 |
| 馬里博爾
|
0–5 | 克拉科夫
|
0–2 | 0–3 |
| 維積利
|
1–5 | 貝迪斯
|
1–0 | 0–5 |
| 波爾多
|
3–2 | 維也納迅速
|
1–1 | 2–1 |
| 馬德里體育會
|
3–0 | 奧比歷
|
2–0 | 1–0 |
| 耶路撒冷比達
|
3–5 | 格拉斯哥流浪
|
1–1 | 2–4 |
| 列斯聯
|
1–1（4–1 点） | 馬里迪莫
|
1–0 | 0–1（加时） |
| 烏甸尼斯
|
1–2 | 利華古遜
|
1–1 | 0–1 |
| 布加勒斯特星隊
|
3–7 | 華倫西亞
|
3–4 | 0–3 |
| 威廉二世
|
6–0 | 第比利斯戴拿模
|
3–0 | 3–0 |
| 蘇黎世
|
7–2 | 安羅科薩斯
|
4–0 | 3–2 |
| 烏比斯迪
|
2–7 | 布魯日
|
0–5 | 2–2 |
| 維迪斯
|
6–3 | AEK雅典
|
3–0 | 3–3 |
| 白蘭恩
|
2–4 | 雲達不萊梅
|
2–0 | 0–4（加时） |
| 奧洛慕克
|
2–6 | 馬賽
|
2–2 | 0–4 |
| 第一隊 | 總比數 | 第二隊 | 首回合 | 次回合 |
|---|---|---|---|---|
| 莫斯科戴拿模
|
2–6 | 皇家蘇斯達
|
2–3 | 0–3 |
| 索菲亞中央陸軍
|
2–5 | 馬德里體育會
|
2–4 | 0–1 |
| 羅馬
|
1–0 | 列斯聯
|
1–0 | 0–0 |
| 些路迪
|
3–5 | 蘇黎世
|
1–1 | 2–4 |
| 草蜢
|
3–2 | 費倫天拿
|
0–2 | 3–0 |
| 維迪斯
|
1–3 | 波爾多
|
0–1 | 1–2 |
| 利華古遜
|
2–3 | 格拉斯哥流浪
|
1–2 | 1–1 |
| 克拉科夫
|
2–3 | 帕爾馬
|
1–1 | 1–2 |
| 格拉茨AK
|
3–7 | 摩納哥
|
3–3 | 0–4 |
| 雲達不萊梅
|
3–4 | 馬賽
|
1–1 | 2–3 |
| 切爾達
|
3–2 | 阿士東維拉
|
0–1 | 3–1 |
| 利物浦
|
2–2（客） | 華倫西亞
|
0–0 | 2–2 |
| 博洛尼亞
|
4–1 | 布拉格斯拉維亞
|
2–1 | 2–0 |
| 威廉二世
|
1–4 | 貝迪斯
|
1–1 | 0–3 |
| 貝爾格萊德紅星
|
3–5 | 里昂
|
1–2 | 2–3 |
| 史特加
|
3–4 | 布魯日
|
1–1 | 2–3（加时） |
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