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1887年(光緒十三年)創立之際,係由原新竹縣南半部拆分而出,轄區北至中港溪的支流南港溪,南至大甲溪,東至大甲溪、蘭陽溪分水嶺,約當今之苗栗縣的大部分地區及臺中市北半部;1893年時人口約71,000人。1895年(光緒二十一年),福建臺灣省依《馬關條約》割讓予日本,苗栗縣廢止。
當時苗栗縣轄三個堡 :
苗栗一堡(又稱「苗栗堡」,設本縣前原名「竹南二堡」)。
苗栗二堡 (又稱「通霄堡」,設本縣前原名「竹南三堡」)。
苗栗三堡 (又稱「大甲堡」,同前,原名「竹南四堡」)。
清朝的苗栗縣衙門,設在今苗栗市的苗栗縣苗栗市建功國民小學內。當時朝廷原計劃建苗栗縣城,但來不及完工落成,進入日治時期時,尚未完工的苗栗縣城被日本政府拆除。