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綠色螢光蛋白（Green fluorescent protein，簡稱GFP），是一个由约238个氨基酸组成的蛋白質，從藍光到紫外线都能使其激發，發出綠色螢光。[2][3]虽然许多其他海洋生物也有类似的绿色荧光蛋白，但傳統上，绿色荧光蛋白（GFP）指首先从維多利亞多管發光水母中分离的蛋白质。這種蛋白質最早是由下村脩等人在1962年在維多利亞多管發光水母中發現。這個發光的過程中還需要冷光蛋白質水母素的幫助，且這個冷光蛋白質與鈣離子(Ca2+)可產生交互作用。
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在維多利亞多管發光水母中發現的野生型綠色螢光蛋白，395nm和475nm分別是最大和次大的激发波长，它的发射波長的峰點是在509nm，在可見光譜中處於綠光偏藍的位置。绿色荧光蛋白的荧光量子产率（QY）为0.79。而從海腎(sea pansy)所得的綠色螢光蛋白，僅在498nm有一個較高的激發峰點。
在細胞生物學與分子生物學中，綠色螢光蛋白(GFP)基因常用做報導基因(reporter gene)。[4]，綠色螢光蛋白基因也可以轉殖到脊椎動物(例如:兔子)上進行表現，並拿來映證某種假設的實驗方法。通過基因工程，綠色螢光蛋白(GFP)基因能穩轉進不同物種的基因組，在後代中持續表達。現在，綠色螢光蛋白(GFP)基因已被导入并表达在许多物種，包括细菌，酵母和其他真菌，鱼（例如斑马鱼），植物，苍蝇，甚至人等的哺乳动物细胞。
1962年日本科学家下村脩在水母體內發現具有發光基因的水母素與綠色螢光蛋白，1979年美國科學家道格拉斯·普拉修成為喬治亞大學博士後研究員就是研究水母素與綠色螢光蛋白，之後成功找到水母素基因並成功讓大腸桿菌具有水母素的發光基因，隨後再投入研究綠色螢光蛋白，之後成功取得綠色螢光蛋白基因但尚無植入大腸桿菌，但最後至1991年因無法取得研究經費而選擇直接發表相關論文後放棄研究，隨後普拉修將其取得的綠色螢光蛋白基因寄予马丁·查尔菲和钱永健，讓他們繼續研究如何應用綠色螢光蛋白基因。
2008年10月8日，日本科学家下村脩、美国科学家马丁·查尔菲和钱永健因为发现和改造绿色荧光蛋白而获得了当年的诺贝尔化学奖，領獎時查尔菲和钱永健都邀請已是司機員的普拉修與會並致詞感謝他的研究成就。[5][6]
在1960年代和1970年代，綠色螢光蛋白，連同分開發光蛋白水母素，首先從維多利亞多管發光水母被純化，及其屬性被下村修研究。[7]
由於對廣泛使用的潛力和研究人員不斷變化的需求，綠色螢光蛋白的許多不同的突變體已被改造設計。[8]
野生型綠色螢光蛋白，最開始是 238 個氨基酸的肽鏈，約 25KDa。然後按一定規則，11 條β-摺疊在外周圍成圓柱狀的柵欄；圓柱中，α-螺旋把發色團固定在幾乎正中心處。發色團被圍在中心，能避免偶極化的水分子、順磁化的氧分子或者順反異構與發色團作用，致使螢光猝滅。[3]
螢光是螢光蛋白最大特色，而其中的發色團起着關鍵作用。在 α-螺旋上的65、66、67位氨基酸——絲氨酸、酪氨酸、甘氨酸經過環化、脫氫等作用後形成發色團。有意思的是，發色團形成過程是由外周柵欄上的殘基催化，只額外需要氧氣。[1]這暗示綠色螢光蛋白被廣泛用於不同物種的潛力：在不同物種中能獨立表達成有功能的蛋白，而不需要額外的因子。不過，現在依然在討論準確的過程。[9]
發色團上的共軛 π鍵能吸收激發光能量，在很短的時間後，以波長更長的發射光釋放能量，形成螢光。
由於螢光蛋白能穩定在後代遺傳，並且能根據啓動子特異性地表達，在需要定量或其他實驗中慢慢取代了傳統的化學染料。更多地，螢光蛋白被改造成了不同的新工具，既提供了解決問題的新思路，也可能帶來更多有價值的新問題。
GFP和它的衍生物的可用性已经彻底重新定义荧光显微镜，以及它被用来在细胞生物学和其他生物学科的方式。[10]。其中，最令人興奮的就是用於超分辨顯微鏡成像。
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