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国家重点保护野生药材物种，是根據《瀕危野生動植物種國際貿易公約》，並比對曾出現在國家藥典中的中藥材制訂的名錄，用以保護這些已被國際公約所保護的物種。[1] 有關的行政法規則收錄在《野生药材资源保护管理条例》內。
本列表可分为三级：
- 一级：濒临灭绝状态的稀有珍贵野生药材物种（简称一级保护野生药材物种）；
- 二级：分布区域缩小、资源处于衰竭状态的重要野生药材物种（简称二级保护野生药材物种）；
- 三级：资源严重减少的主要常用野生药材物种（简称三级保护野生药材物种）。
| 中名 | 学名 | 保护级别 | 药材名称 |
|---|---|---|---|
| 猫科动物虎 | Panthera tigris Linnaeus(含国内所有亚种) | Ⅰ | 虎骨 |
| 猫科动物豹 | Panthera pardus Linnaeus(含云豹 、雪豹) | Ⅰ | 豹骨 |
| 牛科动物赛加羚羊 | Saiga tatarica Linnaeus | Ⅰ | 羚羊角 |
| 鹿科动物梅花鹿 | Cervus nippon Temminck | Ⅰ | 鹿茸 |
| 鹿科动物马鹿 | Cervus elaphus Linnaeus | Ⅱ | 鹿茸 |
| 鹿科动物林麝 | Moschus berezovskii Flerov | Ⅱ | 麝香 |
| 鹿科动物马麝 | Moschus sifanicus Przewalski | Ⅱ | 麝香 |
| 鹿科动物原麝 | Moschus moschiferus Linnaeus | Ⅱ | 麝香 |
| 熊科动物黑熊 | Selenarctos thibetanus Cuvier | Ⅱ | 熊胆 |
| 熊科动物棕熊 | Ursus arctos Linnaeus | Ⅱ | 熊胆 |
| 鲮鲤科动物穿山甲 | Manis pentadactyla Linnaeus | Ⅱ | 穿山甲 |
| 蟾蜍科动物中华大蟾蜍 | Bufo bufo gargarizans Cantor | Ⅱ | 蟾酥 |
| 蟾蜍科动物黑眶蟾蜍 | Bufo melanostictus Schneider | Ⅱ | 蟾酥 |
| 蛙科动物中国林蛙 | Rana temporaria chensinensis David | Ⅱ | 哈蟆油 |
| 眼镜蛇科动物银环蛇 | Bungarus multicinctus multicinctus Blyth | Ⅱ | 金钱白花蛇 |
| 游蛇科动物乌梢蛇 | Zaocys dhumnades (Cantor) | Ⅱ | 乌梢蛇 |
| 蝰科动物五步蛇 | Agkistrodon acutus (Guenther) | Ⅱ | 蕲蛇 |
| 壁虎科动物蛤蚧 | Gekko gecko Linnaeus | Ⅱ | 蛤蚧 |
| 豆科植物甘草 | Glycyrrhiza uralensis Fisch. | Ⅱ | 甘草 |
| 豆科植物胀果甘草 | Glycyrrhiza inflata Bat. | Ⅱ | 甘草 |
| 豆科植物光果甘草 | Glycyrrhiza glabra L. | Ⅱ | 甘草 |
| 毛茛科植物黄连 | Coptis chinensis Franch. | Ⅱ | 黄连 |
| 毛茛科植物三角叶黄连 | Coptis deltoidea C. Y. Cheng et Hsiao | Ⅱ | 黄连 |
| 毛茛科植物云连 | Coptis teetoides C. Y. Cheng | Ⅱ | 黄连 |
| 五加科植物人参 | Panax ginseng C. A. Mey. | Ⅱ | 人参 |
| 杜仲科植物杜仲 | Eucommia ulmoides Oliv. | Ⅱ | 杜仲 |
| 木兰科植物厚朴 | Magnolia officinalis Rehd. et Wils. | Ⅱ | 厚朴 |
| 木兰科植物凹叶厚朴 | Magnolia officinalis Rehd. et Wils. var. biloba Rehd.et Wils. | Ⅱ | 厚朴 |
| 芸香科植物黄皮树 | Phellodendron chinense Schneid. | Ⅱ | 黄柏 |
| 芸香科植物黄檗 | Phellodendron amurense Rupr. | Ⅱ | 黄柏 |
| 百合科植物剑叶龙血树 | Dracaena cochinchinensin (Lour.) S. C. Chen | Ⅱ | 血竭 |
| 百合科植物川贝母 | Fritillaria cirrhosa D. Don | Ⅲ | 川贝母 |
| 百合科植物暗紫贝母 | Fritillaria unibracteata Hsiao et K. C. Hsia | Ⅲ | 川贝母 |
| 百合科植物甘肃贝母 | Fritillaria przewalskii Maxim. | Ⅲ | 川贝母 |
| 百合科植物梭砂贝母 | Fritillaria delavayi Franch. | Ⅲ | 川贝母 |
| 百合科植物新疆贝母 | Fritillaria walujewii Regel | Ⅲ | 伊贝母 |
| 百合科植物伊犁贝母 | Fritillaria pallidiflora Schrenk | Ⅲ | 伊贝母 |
| 五加科植物刺五加 | Acanthopanax senticosus (Rupr. et Maxim.) Harms | Ⅲ | 刺五加 |
| 唇形科植物黄岑 | Scutellaria baicalensis Georgi | Ⅲ | 黄芩 |
| 百合科植物天门冬 | Asparagus cochinchinensis (Lour.) merr. | Ⅲ | 天冬 |
| 多孔菌科真菌猪苓 | Polyporus umbellatus (Pers.) Fries | Ⅲ | 猪苓 |
| 龙胆科植物条叶龙胆 | Gentiana manshurica Kitag. | Ⅲ | 龙胆 |
| 龙胆科植物龙胆 | Gentiana scabra Bge | Ⅲ | 龙胆 |
| 龙胆科植物三花龙胆 | Gentiana triflora Pall. | Ⅲ | 龙胆 |
| 龙胆科植物坚龙胆 | Gentiana regescens Franch. | Ⅲ | 龙胆 |
| 伞形科植物防风 | Ledebouriella divaricata (Turcz.) Hiroe | Ⅲ | 防风 |
| 远志科植物远志 | Polygala tenuifolia Willd. | Ⅲ | 远志 |
| 远志科植物卵叶远志 | Polygala sibirica L. | Ⅲ | 远志 |
| 玄参科植物胡黄连 | Picrorhiza scrophulariiflora Pennell | Ⅲ | 胡黄连 |
| 列当科植物肉苁蓉 | Cistanche deserticola Y. C. Ma | Ⅲ | 肉苁蓉 |
| 龙胆科植物秦艽 | Gentiana macrophylla Pall. | Ⅲ | 秦艽 |
| 龙胆科植物麻花秦艽 | Gentiana macrophylla Maxim. | Ⅲ | 秦艽 |
| 龙胆科植物粗茎秦艽 | Gentiana crassicaulis Duthie ex Burk. | Ⅲ | 秦艽 |
| 龙胆科植物小秦艽 | Gentiana dahurica Fisch. | Ⅲ | 秦艽 |
| 马兜铃科植物北细辛 | Asarum heterotropoides Fr. var. mandshuricum (Maxim.)Kitag. | Ⅲ | 细辛 |
| 马兜铃科植物汉城细辛 | Asarum sieboldii Miq. var. seoulense Nakai | Ⅲ | 细辛 |
| 马兜铃科植物细辛 | Asarum sieboldii Miq. | Ⅲ | 细辛 |
| 紫草科植物新疆紫草 | Arnebia euchroma (Royle) Johnst. | Ⅲ | 紫草 |
| 紫草科植物紫草 | Lithospermum erythrorhizon Sieb. et Zucc. | Ⅲ | 紫草 |
| 木兰科植物五味子 | Schisandra chinensis (Turcz.) Baill. | Ⅲ | 五味子 |
| 木兰科植物华中五味子 | Schisandra sphenanthera Rehd. et Wils. | Ⅲ | 五味子 |
| 马鞭草科植物单叶蔓荆 | Vitex trifolia L. var. simplicifolia Cham. | Ⅲ | 蔓荆子 |
| 马鞭草科植物蔓荆 | Vitex trifolia L. | Ⅲ | 蔓荆子 |
| 使君子科植物诃子 | Terminalia chebula Retz. | Ⅲ | 诃子 |
| 使君子科植物绒毛诃子 | Terminalia chebula Retz. var. tomentella Kurt. | Ⅲ | 诃子 |
| 山茱萸科植物山茱萸 | Cornus officinalis sieb. et Zucc. | Ⅲ | 山茱萸 |
| 兰科植物环草石斛 | Dendrobium loddigessii Rolfe. | Ⅲ | 石斛 |
| 兰科植物马鞭石斛 | Dendrobium fimbriatum Hook. var. oculatum Hook. | Ⅲ | 石斛 |
| 兰科植物黄草石斛 | Dendrobium chrysanthum Wall. | Ⅲ | 石斛 |
| 兰科植物铁皮石斛 | Dendrobium candidum Wall. ex Lindl. | Ⅲ | 石斛 |
| 兰科植物金钗石斛 | Dendrobium nobile Lindl. | Ⅲ | 石斛 |
| 伞形科植物新疆阿魏 | Ferula sinkiangensis K. M. shep. | Ⅲ | 阿魏 |
| 伞形科植物阜康阿魏 | Ferula fukanensis K. M. Shen. | Ⅲ | 阿魏 |
| 木犀科植物连翘 | Forsythia suspensa (Thunb.) Vahl | Ⅲ | 连翘 |
| 伞形科植物羌活 | Notopterygium incisum Ting ex H. T. Chang | Ⅲ | 羌活 |
| 伞形科植物宽叶羌活 | Notopterygium forbesii Boiss. | Ⅲ | 羌活 |
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