上海申花足球学校于2001年底由刚刚经过重大产权股份改制的上海申花SVA文广足球俱乐部与上海浦东康桥（集团）有限公司等合资建立，当时成为申花足球俱乐部青训梯队的重要人才输送基地。2007年，俱乐部的股权再次发生较大变更，原主赞助商上海广电SVA和上海文广退出，由纳斯达克上市公司第九城市总裁、原上海联城足球俱乐部投资人朱骏入主，俱乐部的标志名称中都不再出现“SVA”和“文广”等字样。不过申花足球学校并未成为这次改组的一部分，于是保留了原有SVA的名称，虽然也使用“申花”的名称，实际则成为相对独立于申花足球俱乐部的一个人才培养基地。
此后数年内，申花足球学校的众多较优秀的毕业生，如李昊桢、朱宝杰、陈志钊等曾经被陕西中新、南昌八一等其他与上海足球关系密切的中国足球俱乐部签入。申花足球俱乐部的投资人朱骏对于申花俱乐部无法干预这些转会，而上海足协却擅自出售上海足球的人才曾表示过强烈不满。[1]
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