馬公第三漁港（臺灣話：），臺灣澎湖縣馬公市漁港，兼作遊憩港、交通港使用。臺灣省政府自1980年代在澎湖推動「臺灣地區漁港建設方案」而興建，總計進行四期工程，建設經費新台幣15億9930萬元，為全澎湖縣建設經費最高、港區範圍最大的碼頭。