赤灣站為深圳地鐵2號綫與5號綫的一個轉乘站兼終點站，位於中華人民共和國廣東省深圳市南山區疏港路西側，赤灣山和小南山之間的赤灣片區，赤灣六路和港航路北側的倉儲地塊內，設置在垂直於港航路北側的規劃路地下，車站主體呈東南至西北向佈置。5號綫車站位於2號綫車站西側，與2號綫車站設有三條短通道連接，其中一條為付費區通道。