南京市第二醫院又名江蘇省傳染病醫院、東南大學附屬第二醫院，為三級甲等傳染病專科醫院，位於江蘇省南京市鍾阜路1-1號。1996年由原南京市傳染病醫院與原南京市鍾阜醫院合併組建。