Rasmol

下表顯示了一些流行的軟件分配給每個元素的顏色。C列是原始由Corey和鮑林設定的CPK配色，K是Koltun的專利，J列是由分子可視化的Jmol使用的配色方案，R列是Rasmol使用的配色方案，其顯示兩種顏色，第二種表是2.7.3及以後版本所使用的顏色。所有的顏色都很相似的，並且可能依賴於顯示硬件和觀看條件。 分子圖形學

四级结构预测：主要是预测蛋白质-蛋白质之间的相互作用方式。 与蛋白质结构相关的软件有很多，主要分为以下几类： 三维结构图形化显示。较为流行的有PyMOL、Rasmol（英语：Rasmol）、MolMol等。 三维结构解析。包括晶体结构解析、NMR结构解析和电镜结构解析。著名的软件包有CCP4（英语：CCP4）和CNS等。

662–666）。 如今，研究人员已建立起了蛋白质数据库（蛋白質資料庫，PDB），将已测明的蛋白质和其他生物大分子的结构供人们免费查询。利用蛋白质结构分析软件RasMol或Pymol，还可对生物分子结构数据进行可视化。 中子射线晶体学可以与X射线晶体学互补，获得X射线晶体学中经常缺失的生物大分子氢原子位置的信息。

NWChem Avogadro BALLView Jmol Molekel MeshLab，能导入PDB资料组并从中构建外观 PyMOL QuteMol RasMol Ninithi——查看并分析碳的同素异形体如碳纳米管、富勒烯、石墨烯纳米带 Active Agenda——操作风险管理（英语：Operational

用第三方软件（如Cygwin）进行编译。 VMD Gabedit Molden Moleke Molecular modelling Jmol RasMol WHAT IF software Cn3D （英文）Windows Install. [2008年1月9日]. （原始内容存档于2007年10月25日）