Pituriaspida

Pteraspidomorphi †阿兰达鱼亚纲 Arandaspida †异甲亚纲 Heterostracomorphi †花鳞鱼纲 Thelodonti †缺甲鱼纲 Anaspida †盔甲鱼纲 Galeaspida †茄甲鱼纲 Pituriaspida †骨甲鱼纲 Osteostraci 有颔类 Gnathostomata

亞綱的關係不明而棄用了頭甲魚綱的名字，而七鰓鰻的親緣關係也受到質疑。其他學者將頭甲魚綱只限於包括與骨甲魚目有明確關係的類群，如盔甲魚亞綱及Pituriaspida。 一些學者認為頭甲魚綱是林奈綱之一，其主要存活的代表是七鰓鰻和盲鰻。現時證據顯示七鰓鰻從趨同演化中繼承了頭甲魚綱的特徵。故此，很多現今的研究都將七鰓鰻分類在七鰓鰻綱中。

Heterostracomorphi †花鳞鱼纲 Thelodonti †缺甲鱼纲 Anaspida †盔甲鱼纲 Galeaspida †茄甲鱼纲 Pituriaspida †骨甲鱼纲 Osteostraci 有頜类 Gnathostomata 以下支序圖基於 Mikko Haaramo和Delsuc et al等人的研究

Pteraspidomorphi †花鳞鱼纲 Thelodonti †缺甲鱼纲 Anaspida †盔甲鱼纲 Galeaspida †茄甲鱼纲 Pituriaspida †骨甲鱼纲 Osteostraci 圆口纲 Cyclostomata 七鳃鳗亚纲 Hyperoartia 盲鳗亚纲 Myxini 有颔下门

Pteraspidomorphi †花鱗魚綱 Thelodonti †缺甲魚綱 Anaspida †盔甲魚綱 Galeaspida †茄甲鱼纲 Pituriaspida †骨甲魚綱 Osteostraci 有頜下門 Gnathostomata †盾皮魚綱 Placodermi 真有颔小门 Eugnathostomata