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C99（之前名稱為C9X）是ISO/IEC 9899:1999的非正式名稱，是C語言標準的一個版本[1]。C99延伸了C90的內容，加入了C語言及標準函式庫的新功能，讓一些語言的實現（例如IEEE 754-1985浮點數，以及編譯器技術）可以更妥善的利用電腦的硬體[2]。後來在2011年發行的C11取代了此版本的C語言標準。
在ANSI的標準確立後，C語言的規範在一段時間內沒有大的變動，然而C++在自己的標準化建立過程中繼續發展壯大。《標準修正案一》在1994年為C語言建立了一個新標準，但是只修正了一些C89標準中的細節和增加更多更廣的國際字符集支持。不過，這個標準引出了1999年ISO 9899:1999的發表。它通常被稱為C99。C99被ANSI於2000年3月採用。
在C99中包括的特性有：
- 增加了對編譯器的限制，比如源始碼每行要求至少支持到 4095 字節，變量名函數名的要求支持到 63 字節（extern 要求支持到 31）。
- 增強了預處理功能。例如：
- 增加了新關鍵字
restrict,inline,_Complex,_Imaginary,_Bool- 支持
long long,long double _Complex,float _Complex等類型
- 支持
- 支持不定長的數組，即數組長度可以在運行時決定，比如利用變量作為數組長度。聲明時使用
int a[var]的形式。不過考慮到效率和實現，不定長數組不能用在全局，或struct與union。 - 變量聲明不必放在語句塊的開頭，
for語句提倡寫成for(int i=0;i<100;++i)的形式，即i只在for語句塊內部有效。 - 允許採用type-name{xx,xx,xx}這樣類似C++的構造函數的形式構造匿名的結構體，即複合文字特性。
- 初始化結構體的時候允許對特定的元素賦值，形式為：
struct test{int a[3]，b;} foo[] = { [0].a = {1}, [1].a = 2 };
struct test{int a, b, c, d;} foo = { .a = 1, .c = 3, 4, .b = 5 }; // 3,4 是对 .c,.d 赋值的
- 格式化字符串中，利用
\u支持 unicode 的字符。 - 支持 16 進制的浮點數的描述。
printf,scanf的格式化串增加了對long long int類型的支持。- 浮點數的內部數據描述支持了新標準，可以使用 #pragma 編譯器指令指定。
- 除了已有的
__LINE__和__FILE__以外，增加了__func__得到當前的函數名。 - 允許編譯器化簡非常數的表達式。
- 修改了
/和%處理負數時的定義，這樣可以給出明確的結果，例如在C89中-22 / 7 = -3, -22 % 7 = -1，也可以-22 / 7= -4, -22 % 7 = 6。 而C99中明確為 -22 / 7 = -3, -22 % 7 = -1，只有一種結果。 - 取消了函數返回類型默認為 int 的規定。
- 允許在 struct 的最後定義的數組不指定其長度，寫做 [](flexible array member)。
- const const int i 將被當作
const int i處理。 - 增加和修改了一些標準頭文件，比如定義 bool 的
<stdbool.h>，定義一些標準長度的int的<inttypes.h>，定義複數的<complex.h>，定義寬字符的<wctype.h>，類似於泛型的數學函數<tgmath.h>，浮點數相關的<fenv.h>。在<stdarg.h>增加了va_copy用於複製...的參數。<time.h>里增加了struct tmx，對struct tm做了擴展。 - 輸入輸出對寬字符以及長整數等做了相應的支持。[3]
標準宏__STDC_VERSION__被定義為值199901L來指示能夠獲得C99支持。就像__STDC__宏用於C90，__STDC_VERSION__可被用來書寫對於C90和C99編譯器進行不同編譯的代碼，下面的例子確保了inline在二者情況下都可獲得（通過在C90中將其替代為static來避免連接器錯誤）：
#if __STDC_VERSION__ >= 199901L
/* "inline" is a keyword */
#else
# define inline static
#endif
用於x86架構的GCC,Clang和其它一些商業編譯器(如IAR Systems,ICC)現支持C99的全部特性[4]，而微軟和Borland支持C99的部分特性[5]。
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