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日本東京都舉辦的2020年夏季奧林匹克運動會出現一系列的相關問題，引起了媒體和公眾的關注。其中嚴重特殊傳染性肺炎疫情更直接導致奧運會延期至2021年。
日本國內媒體2016年5月爆出日本東京申辦2020年奧運過程中，疑似付出約130萬歐元賄賂，這筆錢匯進國際奧林匹克委員會前委員迪亞克(Lamine Diack)兒子的帳戶，目前法國警方正在調查此案。迪亞克的前科是在1999年至2013年擔任國際奧會委員，後因爆出收受俄羅斯100萬歐元賄賂，[1]協助掩護遭驗出使用禁藥的俄國運動員，而在2014年辭職，目前他遭法國檢方限制出境接受調查。
曾經出任日本申奧委員會理事長的竹田恆和13日說明[2]，這筆款項是支付給「黑潮」公司的「合法諮詢費」，用以「收集情報和分析」，然而實地走訪發現黑潮公司登記開在新加坡郊外一間半廢棄的老舊公寓的一個房間內，沒有招牌也沒看到有人員出入，日本民進黨議員強烈質疑這是紙上公司用以掩護洗錢，居中介紹的日本電通廣告公司否認牽線，認為只是向官方會報了有這麼一個人自稱能幫助收集公關情報，其公司沒人見過這位黑潮公司老闆，[3]後續為何官方支付款項其一概不清楚也沒介入，不認為這是所謂牽線。
竹內恆和在國會聽證則表示很多此類顧問公司是一人或兩三人組成，所以用自己住所登記公司，且「常出差」所以人都不在。[4]
東京都知事稱申辦奧運無賄賂，過程乾淨。
2021年6月7日，日本奧委會會計部部長森谷靖在淺草線中延站跳軌身亡，懷疑因為奧運會的財政壓力而自殺。[5][6]
2022年10月19日，東京地方檢察廳特搜部以涉嫌受賄為由，逮捕奧組委前理事高橋治之，ADK控股社長植野伸一等3人因涉嫌行賄被逮捕。高橋治之涉嫌遊説奧組委和電通等，讓ADK控股被選中為「銷售合作夥伴」，可以做奧運會贊助商簽約的代理業務，並作為回報於2017年11月至2022年1月從植野受賄共計約4700萬日元。[7]
2023年7月12日，植野真一行賄一案開審。他被指為促成東京奧運會的贊助助合同，向高橋治之行賄1,485萬日元。植野承認起訴書的內容，但聲稱他並不知道指控的非法性，東京地方法院表示，他發揮了主導作用，但因沒有犯罪記錄而被判處兩年徒刑，緩刑四年，植野指欲認真看待判決。兩名被指控受賄的前高管已最終定罪並被判處緩刑。 [8][9][10]
涉嫌抄襲的奧運會會徽及帕運會會徽 （由左至右）
佐野研二郎所設計的東京奧運及帕運2個會徽是從104件應徵作品當中雀屏中選，於2015年7月24日公布[11]。負責會徽評選的審查委員代表永井一正，以及淺葉克己、細谷巖、高崎卓馬、平野敬子、片山正通、真鍋大度、長島里佳子等8名審查委員組成的審查委員會進行評選[12]。但公布之後沒多久，就被日本朝日新聞報導，網路盛傳的2020年東京奧運會徽與比利時列日劇院的識別標誌雷同，引起熱議。而會徽的設計師佐野研二郎透過東京奧運的大會組織委員會發聲明稱對此事不予置評。東京奧運的大會組織委員會新聞負責人表示，「在公布東京奧運會徽之前，曾經確認過包括比利時在內的世界上的商標，認為是沒有問題的」[13]。除了涉嫌抄襲比利時，會徽的配色也和西班牙設計公司的311大地震募款手機桌面相近，同樣採金黑紅白為主色，而且都是長方形及紅色圓形設計[14]。而國際奧會副主席約翰·科茨全會報告中表示，東京奧組委和他們查閱了會徽公佈前所有智慧財產權登記的材料，結論是奧利維·德比（Olivier Debie）的設計在比利時沒有註冊為商標，因此「並未受到智慧財產權保護」，東京不是「抄襲」[15]。
籌委會於2015年8月5日公開佐野設計東奧會徽的原始提案，試圖進一步澄清抄襲的指控。但原始提案公開後，非但未能洗刷冤屈反而又出現兩項新的侵權質疑。其中一項是佐野原始設計的「Ｔ」字，與2013年11月在日本舉辦的德國平面設計展「揚·奇肖爾德展」的海報如出一轍。另一項則是佐野提出的羽田機場吊掛東奧會徽類比圖，竟然盜用了一名外國女性部落客的相片，日媒報導，這是壓垮駱駝的最後一根稻草[16]。
關於2020年東京奧運會官方會徽被指與比利時列日劇場標誌相似一事，該標誌的設計者德比在2015年8月6日聲明中表示，會向比利時法院提起訴訟，要求國際奧林匹克委員會（簡稱：IOC）停止使用該會徽。德比還在聲明中稱「佐野並未做出能證明其製作過程的說明」，「從目前情況來看他無法在法律上主張其獨創性」。德比認為該會徽可能模仿了早先公布的劇場標誌，侵害了其著作權[17]。東京奧運組委會表示，與被告的IOC一同看了訴狀，但仍堅持並未侵犯德比的著作權。東京奧運組委會譴責德比：「不願聽我們的詳細說明，選擇了提告的途徑。」德比提告的內容指出，如果持續使用剽竊他作品的圖案，IOC、公家機關、使用圖案的企業等，他各要求償5萬歐元[18]。
但在2015年9月1日奧運組委會相關人士表示，組委會、東京都等單位於當日下午召開臨時協調會議，將緊急協調佐野研二郎是否修改設計，及今後因應之道。並於當日晚上，由東京奧運籌委會召開臨時會議，正式決定停用佐野設計的會徽。東京都知事舛添要一對此抄襲事件表示：「我自己看也覺得蠻雷同的，事關信用問題。盼設計師佐野要先好好做說明。我有種被背叛的感覺。」並說：「不可否認，此事使得東京奧運及帕運會徽的形象低落，責任在於佐野，所以今天的會議上，大家要好好討論。希望問題儘速解決，以利辦好奧運及帕運[19]。」為此，日本網友甚至在社群網路服務上用「佐野」一詞替換「模仿」，以諷刺佐野研二郎的抄襲行為[20]。
在會徽遭停用隔日，佐野在事務所網站發表聲明，「對於設計標誌以外、個人工作的不謹慎，表示歉意。一切責任在我，再次向被害的藝術家與大家深深致歉。」指的是他在情境示意圖中盜用、合成其他人拍攝的機場大廳及街頭影像[21]。並發誓自己絕對沒有摸仿或抄襲，為把關不佳道歉，表示此事已經讓他身心俱疲，「到了一個作為人類無法撐下去的極限」。也感嘆，這此事不但引發對他的各種中傷，更波及到完全無關的親友也都被侵害隱私，他為了要保護家人和員工，所以自己提出復原這次奧運標誌設計的申請，更感嘆「覺得自己身心俱疲」表示自己以後會專心在工作裡，透過作品來挽回大家對他的信任[22]。
2016年4月，組委會以「組市松紋」作為奧運及帕運的新正式會徽，使抄襲疑雲得以平息。
2012年2月，發表重建國立競技場的基本構想，計畫興建可容納8萬人、設定開閉式巨蛋屋頂的新國立競技場。日本體育振興中心（簡稱：JSC）理事河野一郎並說：「興建以世界最頂尖為目標的場地」。同年，舉辦「新國立競技場基本構想國際設計比賽」，因為在明治神宮外苑區域林立的周邊設施還包括明治神宮棒球場、東京體育館和秩父宮橄欖球場，要於此區興建容納8萬人的場地必須是適當的立體建築，還需考量避難時的緊急廣域避難所，再加上關於環境保護的相關設計，以及在2019年於此處舉辦2019年世界盃橄欖球賽，因此改建時程表無法過長等因素。此次競賽由安藤忠雄擔任審查員長，自世界各地的優秀建築師募集作品[23]。共計有46件作品投稿，首先選出11件，直到該年11月進行最終審查，最後伊拉克裔英國籍的建築師札哈·哈蒂得到評審青睞，獲頒最優秀大獎並採用其方案。但依哈蒂當初以「唯有現代日本建築技術能挑戰」的拱梁設計概念，總工程費高達日幣三千億元。日本建築界要求變更為「更實際」的設計，甚至希望不拆舊體育場，增建即可[24]。根據《朝日新聞》報導，原先在奧運申辦階段時所提出的興建計劃中，東京都須負擔日幣1,538億元，不過後來發現，材料價格等費用已經上漲3倍，所以東京都知事舛添要一上任後，就開始著手修正計劃[25]。
高額的施工費用，讓日本中央、地方政府、東京奧運籌委會三方陷入口水戰。日本文部科學大臣下村博文要求東京都政府出資580億日圓，引發知事舛添要一強力反擊。東京奧運籌委會會長，向來以直言不諱著稱的日本前總理大臣的森喜朗，也私下抱怨哈蒂的設計像「生牡蠣」。「國家連區區2520億都拿不出來嗎？」森喜朗的一句怨言，也徹底掀開新國立競技館背後的金錢戰爭。日本放送協會民調結果發現，超過8成受訪者反對日本政府砸錢蓋場館。據《產經新聞》報導，新國立競技場問題，讓日本內閣總理大臣安倍晉三傷透腦筋。最後，次世代黨幹事長松澤成文對安倍坦言，「不改的話，會喪失民意」[26]。
由於日本內閣總理大臣安倍晉三主張不能失信於國際社會，因此JSC只要求縮小基地規模、降低高度，盼費用降到1,625億日圓；不過日圓貶值、建材不足、人事費上漲等影響，試算結果還是三千億日圓。最後定案的場館預算為2,520億日圓，仍是奧運史上最貴。主場館工程計畫將於2015年9月份交由JSC和文部科學省定奪[27]。
2015年7月17日，在受到民眾和政界的巨大壓力之下，總理大臣安倍晉三表示將建設計畫重新來過，原先計劃形同廢止[28]。並且日本政府已決定8月底將新國立競技場總工程經費上限定為1550億日圓，常設座席6萬8千席，與先前預定的8萬席縮水1萬2千席。新計畫的設計和施工從9月1日起至11月招標，12月底選定業者，預定2020年4月底完工。評選重點是削減成本和縮短工時，國際奧會要求提前在2020年1月完工[29]。然而新方案中，由於木材打造的屋頂覆蓋了觀眾席，因此若在場內設定聖火台，則有可能存在違反《消防法》方面的問題，而在場內其它位置安放聖火台也面臨一系列問題。換言之，新國立競技場沒有可供安置聖火台的位置[30]。而曾經獲得普利茲克獎的日本建築師伊東豐雄也表示，新的設想都化成了「麻煩的伏筆」[31]。最終在2018年12月，東京奧組委宣佈本屆奧運會主聖火台不得不移至東京灣區域，而體育場內僅在開閉幕式時設臨時聖火台。[32]
東京奧組委22日宣布解聘開幕式導演小林賢太郎，這已經是自去年12月以來，第三位被解僱的開閉幕式導演。近日，有日本媒體曝光小林賢太郎在20世紀90年代的一檔喜劇節目中調侃猶太人大屠殺，使得這位開幕式導演陷入爭議，並最終被東京奧組委解聘。[33]
音樂人小山田圭吾在1990年代中期受訪的片段談到，自己過去就讀的學校霸凌問題嚴重，他自己就曾經身為加害者。他說，他曾經逼迫同學脫光光，綁上繩子當眾手淫、吃大便，他還模仿角力招式抱住對方往後摔，小山田圭吾笑稱，「現在想想真的很過分，想藉機向對方道歉」。
2021年7月（時年52歲），該受訪片段被挖出後，此事立刻在日本社群媒體「炎上」，網友撻伐之餘，也發起線上聯署，要求東京奧運暨帕運委員會將他開除。發現事態嚴重後，小山田圭吾透過個人區域網路頁及社群網站致歉，「對造成多方人士非常不快的心情，我要誠心道歉，由衷表達歉意」。
小山田圭吾道歉文章中表示，未在當年專訪中對學生時代行為表達反省是事實，會誠摯接受外界批評；他也說明，學生時代及接受專訪時，自己無法想像被害者的心情，是非常不成熟的人。他說，儘管自己對過去的言行長期抱有罪惡感，但至今從未向外界說明事件經過並道歉，是非常愚蠢的自我保護。他還說，考慮到許多人因為他參與東奧開幕式作曲感到不快，或許本來應該婉拒邀約，但在存在許多課題的困難狀況下，聽取了為開幕式奮鬥的創作者等人的覺悟與不安並深思熟慮的結果，認為自己的音樂多少能幫上忙，最後決定接受邀約。
不過，小山田圭吾考慮東奧在即，各方因素綜合下，暫時不會離開作曲團隊，東京奧運委員會也說，雖然沒有掌握到小山田圭吾過去言行，也認為他的做法的確不能被接受，但小山田對開幕式貢獻巨大，希望他能持續到最後，盡力做好準備。
東奧暨帕運組織委員會表示，雖然組織委員會並沒有掌握小山田過去的發言，但發言確實不適當。
不過，組織委員會表示，小山田本人對當年的發言已表達後悔與反省，現在是抱持高度道德觀念獻身創作活動的創作者之一。
組織委員會表示，小山田對開幕式準備貢獻巨大，希望他能為一周後開幕式持續到最後，盡力做好準備。然而小山田還是在7月19日離開團隊。[34]
2014年6月，廣告公司電通前專務董事高橋治之就任東京奧組委理事。在西裝巨頭AOKI控股的前董事長青木擴憲提議下，2017年9月，AOKI與高橋擔任代表的公司「COMMONS」(東京)簽訂諮詢合同。高橋方面收取了總計約4500萬日元。2018年10月AOKI被選為東京奧運會贊助商，獲得了奧運會會徽的使用權，2019年夏季開始銷售帶有會徽的西裝等官方特許商品。[35][36]
2022年7月26日，東京地方檢察廳特別搜查部開始對高橋治之住處以及電通等進行搜查。[37]而高橋則稱收取的資金是高爾夫和婚禮等諮詢業務相關的正當報酬，理事的工作與諮詢業務無關，否認受賄。[35]8月17日，高橋治之因涉嫌接受青木等人在贊助商合同等方面作出有利安排的請求，收受總計5100萬日元賄賂被逮捕。青木擴憲亦被逮捕。[38]
另外，高橋治之的老熟人深見和政擔任代表的諮詢公司「COMMONS2」[39]，從2019年4月起，從出版商角川集團分10次接受了合計7000萬日元，此人可能為促成角川成為奧運會贊助商而拜託了高橋。[38]2022年9月5日，角川集團的董事長角川歷彥在採訪中對行賄一事予以強烈否定，然而9月14日其被東京檢察廳特搜部逮捕。[40]
9月，特別調查小組懷疑另一家日本廣告巨頭企業ADK（旭通DK）也涉嫌在高橋治之的私下運作下，成為東京奧組委的外包企業並非法獲利。高橋治之的公司早在2013年夏天就與ADK簽訂了一份為期八年半的合同，並收取了ADK公司5000萬日元的諮詢費。2018年，ADK曾在日本最大的停車業運營公司Park24談判成為東京奧運會贊助商時從電通公司拿到了一筆外包費用，但其實ADK在談判中根本沒做任何事情。ADK還從東京奧組委獲得了很多合同，包括一座比賽場館的運營合同。此外東京檢方還傳訊了與高橋治之和Park24都有密切聯絡的前日本奧委會主席竹田恆和、前東京奧組委主席森喜朗。[39]
2023年4月21日，東京地方裁判所以賄賂的罪行判處AOKI原會長青木擴憲有期徒刑2年6個月緩刑4年，原副會長青木寶久有期徒刑1年6個月緩刑3年，原專務執行役員上田雄久有期徒刑一年，緩刑3年。[41]
預定建設選手村的中央區晴海原本有中央區的公有棒球場——晴海運動場，在運動場土地被轉為給選手村使用後，此處的棒球場被搬遷到了埼玉縣三鄉市的江戶川沿岸[44]。
2016年7月28日東京都知事選舉進入關鍵階段時，東京都市整備局在都知事不在位的情況下，確定了選手村的建設工程方。選中的是由大型開發商與房地產商等11家公司組成的企業集團，10月以129.6億日元的價格將土地轉讓。每平方米96784日元的價格，甚至低於東京遠郊多摩地域和地理上遠離大陸的都轄區伊豆群島的最低地價，只相當於同地段土地價格的十分之一[45]。爾後於同年，負責該專案的東京都公務員被發現走「政商旋轉門」，有借選手村用地輸送利益之嫌疑[46]，截至2020年3月，已經有22名東京都引退高層幹部被選手村關聯私企僱傭。在2017年8月17日以中野幸則為組織者的33人的原告團向東京地方裁判所起訴，要求東京都政府方面公開土地估價報告中大片被塗黑的部分[47]。
為了建設新國立競技場，東京都政府於拆除了都營霞之丘公寓。這座公寓拆除的2015年時，居民大多是高齡人士，公寓建成於1960年，本來是安置新宿區霞之丘町因1964年東京奧運會相關建設而失去住所的居民，所以公寓的居民中甚至出現了連續兩次奧運會都不得不搬家的經歷[48]。東京都政府給居民的搬遷費用僅17萬日元[49]。為了騷擾[註 1]不搬遷的居民，東京都政府還切斷了公寓的自來水供應[50]。據一位在此公寓居住了五十多年的居民的說法，東京都政府的職員為了使他們搬走，向他們的親屬打威脅電話[51]。
據雜誌《日刊SPA!》的報導，東京八重洲一帶還有少數小攤車聚集，這些小攤車在日文稱作「屋台（やたい）」，隨著東京奧運的來臨，警察希望讓這些非法營業的小攤車徹底消失在東京。有不少東京人感慨，東京似乎為了奧運，放棄了很多美好的事物。[52]
2013年5月，國際奧林匹克委員會（簡稱：IOC）在俄羅斯從8個運動項目中選出棒壘球、角力和壁球3個候選項目提交國際奧林匹克委員會在本次年會中投票表決，而2016年里約熱內盧奧運會列入的高爾夫球和七人制橄欖球本屆則繼續比賽。
由於角力為奧運創始項目，日本實力堅強。加上美國職棒大聯盟始終不願暫停球季賽讓球員參賽。國際奧林匹克委員會認為賽事水準不夠；角力在首輪投票就以49票勝出[53]。
雖然棒壘球再度和正式項目絕緣，但在於東京拿下主辦權後，IOC主席巴赫表示不反對棒壘球返奧，此事出現轉折。隨即於2013年底擬訂奧運改革方案「2020計畫」草案。刪除原奧運大項28項上限；讓主辦城市自選項目並縮短比賽項目決定的期限。使棒壘出現在該屆奧運機會大增。該方案在2014年IOC第126屆年會中提出。並於12月8日在摩納哥召開的第127屆臨時年會以98票全數表決通過[54]。
棒壘球項目是否返奧將於2015年7月在吉隆坡舉行的IOC第128屆年會中表決，但一般認為由於東京已選棒壘球為自辦項目；2020年重返奧運幾已確定。2016年8月3日確定以「棒壘球」與其他4個項目列入2020年奧運項目（2020年夏季奧林匹克運動會棒球比賽）。然而目前只取6隊，日本是2020東京奧運主辦國，日本保留資格，亞錦賽第1，即有資格打2020奧運，或2019年12強賽拿到前3名。[55]，若日本在2018年拿到冠軍或2019年比賽名列三甲，那麼分別為亞軍及殿軍也可以獲得資格。
SARS-CoV-2病毒爆發本身就是定於7月底在東京舉行的2020年夏季奧運會的關注點，因它遠比上屆奧運的寨卡疫情還要棘手，日本政府一直在採取額外的預防措施，以最大程度地減少爆發的最嚴重影響。
奧運會之前，日本厚生勞動省已經開展了在過去的幾十年日本人口的大部分追趕疫苗接種從留下未受保護的常見傳染病的接種。例如，根據世界衛生組織（WHO）的數據，日本沒有強制性腮腺炎疫苗接種，在腮腺炎病例中，日本排在世界第四，僅次於中國、尼泊爾和布吉納法索。
自奧運會開幕以來，日本國內以東京都為首的2019冠狀病毒感染呈現大幅增加的趨勢[56]。國際奧會則聲稱[57]，疫情與奧運會的屬於「平行世界」，強調奧運會與疫情沒有關聯。
2021年7月26日舉行的乒乓混雙決賽中，在沒有觀眾的情況下，會場上出現大約數十名中國團隊為隊友應援的現像，引起爭議[58][59]。因根據東京奧運會運動員和團隊成員應對嚴重特殊傳染性肺炎感染的措施手冊，會上規定「避免大喊大叫、歡呼或唱歌、防止出現掌聲」等。但奧運管理層解釋，出現的中國成員是相關隊員與教練等成員，稱此舉是獲得中方的大力支援。但體育評論員小林伸彌認為，應禁止「有組織性的支援等行為」，而除了裁判之外，賽事的新冠病毒對策官（CLO）將扮演關注防疫措施的角色，呼籲奧委會確保CLO在未來賽事的正常運作[60][61]。日本觀眾則批評奧運管理層在比賽中無視防疫措施[62]。此外該場比賽最終中國隊的許昕及劉詩雯不敵日本的水谷隼及伊藤美誠，獲得銀牌。之後，引起了中日兩國網友的熱烈討論。日本網友們認為中國隊伍在比賽期間助威吶喊的行為已經違反了先前規定的防疫規則，同時也影響了日本選手的表現。而中國網友們則表示「水谷隼吹球」及「伊藤美誠摸球桌」這兩項舉動明顯已觸犯防疫規定時，裁判卻選擇視而不見，沒有給予任何警告。有日媒報道聲稱水谷隼只是在發球前「喘了口氣」，批評中國網友輸不起，缺乏體育競賽的精神[63][64]。
截至2021年7月31日，累計28人違反東京奧運防疫規範而被處分。包括2名運動員在內的6名奧運相關人士因違反防疫規定被註銷奧運註冊證件[65]。
8月6日，澳大利亞曲棍球5名運動員違規離開奧運村買啤酒。而東京奧組委規定奧運村內人員禁止外出[66]。
福島第一核電廠發生核洩漏之後，造成一系列輻射影響，或影響人體健康。另外，奧運村提供的餐食也將包含福島當地農產品，導致一些代表團（如韓國）選擇自備餐食。
受近些年全球變暖加劇及熱島效應的影響[67]，東京近幾年高溫將近甚至超過40度[68]。2019年10月，國際奧林匹克委員會宣佈將指定氣溫低於東京的札幌舉辦2020年夏季奧運的馬拉松及競走賽事，以避開酷暑天氣及保障參賽選手的身體健康[69]。國際奧會的這一決定遭到了東京都政府的強烈反對，東京都政府建議將馬拉松比賽的開始時間提前至凌晨5時舉行[70]，札幌市政府則對國際奧會的決定表示歡迎。[71]
然而在馬拉松比賽當日，札幌仍然處於高溫高濕的天氣，8日早間起跑時的氣溫達26攝氏度，濕度80%，男子馬拉松106名選手中有30人未完賽[72]。
在男子和女子競走專案上，炎熱天氣也導致了競走強國中國的戰術失敗。根據賽前計劃，本屆奧運會的競走專案定於札幌舉行，此地在比賽日的天氣應較為涼爽，中國隊因此選擇了與夏季札幌氣候類似、夏季天氣涼爽的黃山市作為備賽地點；但是在男子20公里、50公里和女子20公里比賽當日天氣極為炎熱，中國隊不適應比賽環境，使得中國隊在本屆奧運會競走比賽上僅獲得了由大滿貫得主劉虹取得的一枚銅牌。[73]
由於健康危害問題，石棉在許多國家，包括日本是禁止作為建築材料使用的。但在奧運會水球比賽場東京辰巳國際游泳中心的建築材料中卻被發現了石棉成分。
2021年3月11日，國際奧會主席托馬斯·巴赫宣布中國願意向東京奧運會提供疫苗，而國際奧會為此同意從中國購買疫苗，為參加奧運會和帕運會的團隊提供免費注射，引爆輿論熱議[74]。主辦國日本東京奧組委執行長武藤敏郎回答媒體時不予置評，因為日本沒有批準中國的疫苗。而當他被問及日本方面是否被事先告知時，他表示完全沒有通知，因此當國際奧會在會議決定提供疫苗的時候，日本官員只是在聽著[75]。3月12日，日本奧運會和帕運會擔當大臣丸川珠代對此回應中國生產的疫苗尚未獲准在日本接種，因此日本運動員不會接種中國的疫苗，並強調奧運會現今將以不接種疫苗也能參加奧運會的原則不變[76][77][78]。奧委會主席托馬斯·巴赫也於同日在新聞發布會上回應日本方面的困惑和重申奧委會基本政策是遵守每個國家和地區的規定，關於中國提供的疫苗計劃，他強調當局批准疫苗是進行疫苗接種的先決條件，並尊重日方關於是否接受海外觀眾的政策[79][80]，並補充說世界任何地方生產的疫苗都可以使用，因此團結至關重要。而在一些國家沒有獲得疫苗的情況下，世衛組織正迫切地在世界各地公平分配疫苗，希望所有運動員可以牢記一些難以獲得疫苗的國家和地區，以消除對疫苗的偏見[81]。
本屆奧運會鐵人三項的游泳專案在御台場海濱公園附近的東京灣舉行。然而早在奧運會開賽之前，東京灣的水質就被傳出臭味，引起2016年奧運會瓜納巴拉灣髒水的糟糕回憶[83]。此前東京灣的奧運測試賽韓國國家電視台KBS和法新社等世界著名新聞社也曾報道東京灣的水明顯有臭味和異味。按照一位專家的解釋，東京城市的下水道直通東京灣，一般情況下都會經過處理後再排放，但如果是下雨天就會直接排放，這直接污染了附近海域的水質[84]。
在2019年，在東京灣的一次水質檢測中，大腸桿菌數量嚴重超出國際鐵人三項聯盟規定的標準。奧委會對此進行一系列改革和測試，包括在東京灣倒入22,200平方米的沙子入海灣，以助清潔水質並為水中生物創造環境，鋪墊三層的聚酯纖維螢幕和濾網，以防止降雨後大腸桿菌等細菌的滋生，最終奧運聯合會一致認為測試結果是可以接受的[83]。奧委會也引入了流水聲發生器，以應對水下螢幕關閉時水溫上升等問題[85]。
2021年7月26日，男子鐵人三項決賽結束後，多位參賽運動員出現身體不適，包括挪威選手冠軍克里斯蒂安·布盧門菲爾特在內的部分選手甚至當場嘔吐，中國媒體報導猜測與水質有關[86][84]。然而賽後布魯蒙菲爾特接受英媒採訪時沒有回應水質問題，但表示天候問題「對於在挪威卑爾根寒冷氣候長大的我來說，那裡一年中有三分之二的時間都在颳風、下雨和氣溫只有10度。我對溫度沒有高一點感到有些失望」[87]。獲得第二名銀牌的英國選手餘力生在總結原因時也歸咎於氣候條件：「我知道高溫是我的弱點之一。我付出了很多努力來做好準備，我認為我能很好地應對高溫，但我還不夠」[88]。也有網友討論認為，嘔吐只是劇烈運動後的不適，不一定與水質有關[89]。中國運動員仲夢穎回應稱個人感覺並沒有異味，應該是天氣炎熱，濕度太大，再加上比賽太過激烈，才造成此類現象的發生。[84]7月29日，鐵人三項的技術代表公布了26日、27日的水質樣本結果「鐵人三項賽場的三處水質污染狀況均達第一標準。」[90]
東京灣同樣承辦本屆的馬拉松游泳賽事。根據2019年世界游泳錦標賽公開水域10公里冠軍、本屆奧運會女子10公里馬拉松奪冠熱門辛鑫披露的一段賽前訓練影片，辛鑫在東京灣的水中訓練結束後上岸，身上吸附著許多黑色的小蟲子；辛鑫上岸後立馬請求身邊的人幫她把蟲子弄下來。這些蟲子吸附在辛鑫的肩背和胳膊上，用手根本拍不掉，必須一隻只摳下來才行。這更加深了人們對東京灣比賽水質的擔心。[91]
熱帶風暴尼伯特吹襲日本，導致部分奧運項目需提早或延遲舉行。
2021年6月19日，烏干達代表運動員尤利烏斯·塞奇托雷科隨團到達日本，由於排名變動，失去了參加賽事的資格，原計劃要跟隨教練回國。在沒有通過嚴重特殊傳染性肺炎檢測後，於2021年7月16日被發現失蹤，警方找到其留下的紙條，表示自己的國家過於貧窮而要留在日本打工生活。根據監控錄影資訊確認其購買了前往名古屋的新幹線火車票。7月20日當地警方在三重縣四日市發現塞奇托雷科，經過核實身分，交由當地大使館勸導後，確認安排21日當天回國。[92][93][94][95]
白俄羅斯代表運動員克里斯季娜·季馬諾夫斯卡婭僅有資格參加2020年東京奧運會的100米和200米專案。奧運會開始後，白俄羅斯的國家體育主管部門在未經她同意的情況下強迫她參加並不在原本參賽計畫之內的4×400米接力專案，齊馬努斯卡婭不滿，表示她從未跑過400米項目[96]，在Instagram上批評了白俄羅斯國家體育主管部門。[97][98]2021年8月1日，她被通知退出200米比賽並被白俄羅斯奧林匹克委員會相關人員強行帶到東京國際機場，企圖讓她登機回到白俄羅斯，不過她拒絕登上航班並向日本警方報警，日本警方得知後出面保護，日本外務省官員也將會見齊馬努斯卡婭[99][100][101][102]；齊馬努斯卡婭決定流亡波蘭並前往波蘭駐日本大使館尋求庇護[103]。8月2日，她獲得波蘭給予的人道簽證[104]。8月4日，齊馬努斯卡婭乘搭飛往奧地利維也納的航班離開日本，與丈夫團聚[105]。8月6日，國際奧組委宣布，白俄羅斯田徑隊總教練莫塞維奇（Yuri Moisevich）和官員舒馬克（Artur Shumak），已經被取消奧運資格，並被帶離選手村[106]。
不少馬術選手在賽後抱怨，稱障礙賽道中的佈置讓他們的馬受到驚嚇，尤其其中一個障礙左側的「相撲力士」雕像；數隻賽馬看到雕像後不敢跨越障礙，致使數名選手失格。[107]個人專案結束後，組委會臨時將相撲雕像移除，以免相撲雕像影響團體賽選手及馬匹的表現[108]。
由於東京奧運會官網上的火炬傳遞線路地圖中把日俄爭議島嶼南千島群島（日本稱北方領土）與日韓爭議島嶼獨島（日本稱竹島）劃入了日本[109]，導致俄羅斯和韓國官員對奧運會官方網站上的火炬傳遞地圖持懷疑態度。
俄羅斯外交部發言人瑪麗亞·札哈羅娃則表示東京奧委會的行為是「非法」的，並指責了東京奧組委將奧運會「政治化」。[110][111]
韓國教授徐坰德於2021年5月21日表示已向國際奧會傳送郵件表達不滿[112]。韓國前總理丁世均於2021年5月26日表態要求刪除地圖上的爭議領土，否則「必須採取包括不參加奧運會等手段」。韓國外交部新聞發言人於2021年5月27日表示：「這是絕對無法接受的行為」。韓國外交部長官鄭義溶於2021年5月28日在韓國國會表示：「已經向日方提出強烈抗議」。[113]
朝鮮民主主義人民共和國官方通訊社朝中社於2021年6月4日發表評論，稱日本此舉「是對人類的和平願望的愚弄」和「踐踏我國民族主權的忍無可忍的挑釁」[114]。
日本內閣官房長官加藤勝信在2021年5月28日舉行的記者會上表示：「竹島是我國的原生領土，完全無法接受韓方的主張」[113]。
2021年6月11日，國際奧會奧林匹克團結關係部主任詹姆斯·麥克勞德在給大韓體育會會長李起興的答覆中稱：「東京奧委會表示此並非政治宣傳」[115]。
日本政府拒絕了在奧林匹克場所對旭日旗做出禁止措施的此一行為，被指控違反奧林匹克精神，因為該旗在第二次世界大戰中被日本帝國軍隊使用，且目前日本部份種族仇恨組織（例如在特會）和日本海上自衛隊依舊在使用該旗幟，這都傷害了東亞和東南亞人民的感情。
旭日旗經常和納粹十字記號與美國同盟旗幟相提並論，這與日本帝國軍隊在第二次世界大戰中犯下的戰爭罪行，以及當代日本極右翼民族主義者對帝國主義過去的修改、否認和浪漫化的嘗試有關。
目前，國際足聯已明令禁止在旗下任何賽事懸掛旭日旗。而在2017年亞足聯冠軍聯賽中，當有日本球迷將旭日旗懸掛在比賽場地後，受到了亞洲足球聯合會的制裁。
2019年9月，韓國體育議會委員會要求2020年東京夏季奧運會的組織者禁止升起旭日旗，而中國要求日本賠償的民間協會也致函要求國際奧林匹克委員會禁止日本升起旭日旗。
在國際奧林匹克委員會（IOC）公佈的三頁的過程中，從頒獎典禮的使用政治姿態，如跪，手勢，和不尊重禁止運動員的指導方針。他們將被允許在傳統媒體和社群媒體上以及在奧運村外的採訪中表達政治觀點。
由於日本部分學校校長決定為學生分配本屆奧運會以及帕運會的門票，並迫脅學生如果不參加奧運會就被以曠課處理而遭到日本學生的批評。[116]
2020年10月，英國官員聲稱，俄羅斯格魯烏軍事情報局對本屆奧運會的組織者，後勤供應商和贊助商進行了「網路偵察」行動。儘管東京奧組委在之後聲明俄羅斯的網路監控「沒有發現重大影響」，但格魯烏的行動依然遭到英國和美國方面的譴責。[117]
韓國代表團入駐奧運村後，在陽台上掛出了國旗、橫幅等等為自己加油。其中一條橫幅上書「臣還有5千萬國民聲援和支援」，化用了萬曆朝鮮之役期間朝鮮抗日名將李舜臣的名言「臣還有十二艘戰船」，被部分日本人質疑是「反日」，甚至有日本右翼團體舉著「旭日旗」在韓國代表團住宿區前示威。事後國際奧會認定該橫幅違規，韓方也撤除了橫幅。[118]
東京奧運會開幕式期間，有部分日本民眾在國立競技場抗議遊行並大喊口號「比奧運更在乎生命」，亦引起騷動，以表達對奧運會的不滿[119]。
在奧運會上，對於各國運動員能否將金牌帶回國的表現成為大會的焦點之一，隨著網路技術的發展以及國際關係趨於緊張，一些不理性的行為逐漸頻繁[120]。在一些比賽中即使成績不錯，亦在比賽結束後慘遭網路霸凌[121]，有些涉及種族歧視與仇恨言論，[122][123]，以及境內歧視[124][125]，此外由於涉及地區政治爭議[126][127][128]，以及比賽對手運動員因評分明顯不公也成為霸凌目標[129]，包含贊助商也被不理性網友指控[130]，因部分自家運動員未能發揮本國網友心目中期待的實力[131]，甚至連出賽的動物都成了媒體批判的對象[132]，許多運動員和支持者除了發聲反擊[133][134]，也表示不排除法律行動[135][136]，連身心出現症狀也被批評[137][138]。甚至連比賽講解也因言論遭到網暴[139][140]，而金牌總數也成為網路對罵的衝突點[141]，紐西蘭奧林匹克委員會（NZOC）發言人阿什利·阿博特（Ashley Abbott）稱，哈伯德（代表紐西蘭參加舉重專案的變性運動員）受到了「特別大的關注」，並非所有社群媒體上的關注都是正面的；看到了很多不恰當的評論，作為一個組織將保護我們的運動員或所有運動員免受社群媒體的攻擊[142]。8月1日，日本奧委會（JOC）在東京新聞中心召開會議中，宣布對東京奧運會期間的運動員在社群網路上霸凌問題採取法律措施，以打擊惡意誹謗問題[143]。日本代表團團長福井烈對水谷隼、橋本大輝等選手在賽事中途遭到網路中傷提出強烈抗議，表示這是「侮辱運動員多年努力和積累時間的行為，絕對不能接受」[144]。國際擊劍總會副主席太田雄貴同日在推特上呼籲停止對運動員的網路誹謗[145]。日本游泳隊代表教練平井伯昌於2日也提及了網際網路上困擾著本屆賽事運動員的誹謗問題[146]。
該屆奧運迎來奧運史上首位公開跨性別身分的運動員參賽亦引發爭議。紐西蘭奧委會宣布通過變性手術從男性變為女性的87公斤以上級舉重選手勞瑞爾·哈伯德入選該國奧運陣容。哈伯德於2013年決定改變自己的性別。2015年達到了國際奧會有關跨性別運動員和公平競爭的所有要求。[147]儘管哈伯德符合參賽資格的要求，但尤尼亞拉·西帕亞、托阿非圖·佩利佛、黛博拉·阿卡森、特蕾西·蘭布雷克斯等與之同台競技的運動員仍對她的參賽提出了質疑，認為她參賽對其他運動員不公平[148][149]。
在7月25日的東京奧運資格賽上，德國國家女子體操隊穿著覆蓋腿部的全身式體操服上陣，在一眾穿著露腿體操服的女運動員當中顯得格外矚目。「我們想表明，每個女性、每個人，都應該決定自己穿什麼。」德國隊員伊莉莎白·塞茨對媒體說道。根據國際體操聯合會的規定，選手可以在比賽中穿著長袖、半袖或使用腿部遮蓋物，只要顏色與緊身衣相匹配即可。但迄今為止，幾乎只有運動員出於宗教原因穿著遮蓋腿部的體操服。德國是首個打破女性體操著裝慣例的國家。德國女子體操選手的「一小步」試圖為女運動員創設一個更加包容的空間，但這並不容易。就在奧運會開幕前的幾天，沙灘手球歐洲錦標賽銅牌爭奪戰中，挪威女隊身穿短褲而非規定的比基尼出賽，被罰款1,500歐元（約合人民幣11,459元）。歐洲手球協會紀律委員會給出的處罰原因是「著裝不當」。據美國全國廣播公司（NBC）報道，挪威國家女子沙灘手球隊的隊員們抱怨說，比基尼泳褲「過度性感且不舒服」。不少人喊話支援女運動員們：「如果男性沙灘手球運動員可以穿寬鬆的背心和長到膝蓋的短褲，為什麼女性不能穿類似的衣服呢？」相對的，在七月的英國田徑錦標賽上，兩屆帕運會世界冠軍奧利維亞·布林（Olivia Breen）被賽會官員告知她的運動短褲「太短且不當」。隨後布林向英國田徑協會提出正式投訴，並表示將以同樣的裝束參加東京帕運會。以色列人氣媽媽博主托瓦·利（Tova Leigh）對BBC表示，問題關鍵在於「女性的身體仍然被物化為男性服務，所以每個人都有權利對她們指手畫腳和提出要求」。[150]
在2021年7月28日舉行的體操男子個人全能比賽決賽中，日本選手橋本大輝在跳馬環節落地時出現出界失誤，但該專案仍獲得14.7分，最終總分擊敗中國選手肖若騰拿下金牌。比賽結束後，該結果隨即在中國大陸引發巨大爭議[151][152]。7月29日，國際體操總會發表聲明，表明橋本大輝於跳馬專案中評分無誤，結果不影響比賽總成績排名[153]。
在2021年7月28日的女子水球小組賽中，中國女子水球隊迎戰日本國家女子水球隊，最終中國隊以16-11戰勝對手。比賽過程中，其中一位日本球員直接把中國隊員陳笑強壓在水下繼續往前游，儘管陳笑舉手示意，但裁判未對日本選手進行處罰[154]。賽後，陳笑於個人微博發文，以「在我身上游得開心嗎？」回應故意將自己強行壓在水中的日本選手[155]。
日本拳擊選手田中亮明在男子蠅量級16強賽對陣中國選手胡建關的比賽中有大量犯規動作但裁判無表示，最終裁判判田中獲勝；在半準決賽中，他在中途被推去吸氧的情況下仍被判戰勝哥倫比亞拳手尤韋連·馬丁內斯。[156]
2021年8月7日進行的韻律體操個人全能決賽中，以色列選手利諾伊·阿什拉姆儘管途中出現掉帶失誤，但最終仍力壓俄羅斯奧林匹克委員會選手迪娜·阿維林娜奪得冠軍。比賽期間，裁判駁回了三項針對俄羅斯運動員表現的抗議。迪娜·阿維林娜稱，她在裁判給出最後一項分數時用了很長時間的時候，便意識到裁判在「密謀」。賽後全俄韻律體操聯合會主席伊琳娜·維涅爾-烏斯馬諾娃稱，迪娜沒有輸，但裁判公然的不公正，會像2004年雅典奧運的涅莫夫事件一樣被載入史冊，迪娜·阿維林娜的動作乾淨利落，利諾伊·阿什拉姆有明顯的失誤卻得分最高。烏斯馬諾娃在賽後也辭去自己的職務以表達不滿，稱韻律體操已死，工作沒有意義。[157]
8月2日，澳大利亞奧組委表示，澳大利亞划船和橄欖球隊伍成員在完成比賽後回國前損壞了東京奧運村的房間，包括有運動員在房間的牆上開洞、紙板床塌陷、房內地板留有嘔吐物等等。路透社報道還稱，澳大利亞隊的鴯鶓和袋鼠玩偶吉祥物一度遺失，後來在德國隊的房間裡被發現。8月3日，澳大利亞東京代表隊團長切斯特曼在記者會上表示一些年輕人犯了錯，把自己的奧運村房間弄得「令人無法接受」，但兩支球隊已經道歉，不會採取進一步的紀律處分。切斯特曼還稱雖然兩支隊伍的運動員在房間的牆上開了個洞，但他認為「破壞房間並不難，因為房間本身就「非常脆弱」，不用費很大力氣就能在牆上打個洞。」另據共同社和路透社報道，在東京飛往雪梨的航班上，澳大利亞足球隊和7人制橄欖球隊的球員基本都喝得酩酊大醉，嚴重干擾了飛機上的正常秩序。據悉，這些澳大利亞球員在日本航空的飛機上大聲唱歌，當被要求坐下和戴好口罩時，沒人理會並且還做出了一些醉酒之後的滑稽動作。有同班機的乘客在接受採訪時表示：「他們顯然都沒有戴口罩，因為他們一直在喝酒。有些喝醉的人還在嘔吐。」[158][159]
8月1日，摘得銀牌的美國鉛球運動員瑞雯·桑德斯在頒獎儀式上把雙手交叉置於頭頂，做出 「X」手勢，並明確稱「這是所有受壓迫者的交匯點」。隨後，國際奧會表示已著手調查此事。在桑德斯的母親2日猝逝後，國際奧會表示已中止對其手勢事件的調查[160]。
8月2日，在場地自由車女子團體競速賽上，中國選手鍾天使、鮑珊菊奪得金牌，但兩人穿著中國隊外套上台領獎時，胸前各別了一枚前中國最高領導人毛澤東的像章，有異議人士認為像章是「文化大革命象徵」，但眾多中國網友則高度讚揚。國際奧林匹克委員會表示正在對可能違反《奧林匹克憲章》第50條的行為展開調查。國際奧會發言人馬克·亞當斯表示，國際奧會已經要求中國奧委會提交一份報告，對該事件作出解釋。中國奧委會已向國際奧會保證同樣事件不會再發生，並表示將「很快」提交報告[161][162]。8月7日，國際奧會官員表示，已向鍾天使、鮑珊菊發出警告，稱她們違反了政治姿態規則，並宣布此案已結案[163]。
2021年8月23日晚，中國大陸運動員、東京奧運會女子彈翻床冠軍朱雪瑩發布微博反映自己的金牌出現「掉皮」情況，引起廣泛關注[164]。24日，《環球時報》記者聯絡採訪負責鑄造東京奧運會獎牌的日本造幣局，對方表示尚未關注到此事，東京奧組委可能對此進行調查[165]。25日，東京奧組委回覆《環球時報》記者，表示掉落的「皮」為塗在獎牌表面的一層保護塗膜，不會影響金牌品質[166]。此後在28日，朱雪瑩將這塊金牌與自己的領獎服捐贈予天津市體育博物館，成為首位捐贈東京奧運會金牌的運動員。[167]後來，泰國跆拳道選手帕妮帕·翁帕他那吉亦反映其金牌掉皮的問題，她稱自己非常難過，希望能夠更換一塊，她還透露泰國拳擊銅牌得主素達蓬·西頌迪的獎牌亦出現和她一樣的問題[168]。而在比賽已經結束的兩年後，即2023年7月，中國大陸運動員、東京奧運會男子輕艇雙人划艇1000米亞軍鄭鵬飛在微博發文，表示自己所得的銀牌出現嚴重氧化現象，指奧運獎牌「是廢品做的」。[169]
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