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2019冠狀病毒病日本行政應對，介紹日本針對新型冠狀病毒感染症（COVID-19）疫情的行政應對措施等。
因應中國武漢市爆發新型冠狀病毒疫情並擴散，日本政府有以下應對。
政府在2020年預算通過後，2度透過補充預算支援經濟。
4月30日，第1次補充預算案通過。除執政黨外，立憲、國民、日本維新會、共產、社民等黨派亦投票贊成，令和新選組則投票反對[1]。一般會計支出總額為25兆6914億日圓，是歷史上支出最多的補充預算[1][2]。當中包括向所有國民一律派發10萬日圓的特別定額給付金等。
當局並考慮透過折扣券，由國家承擔消費者外出食飯及旅行時支付的部分費用，並考慮對高齡者設定更高的補助率，進一步促進消費[3]。
4月7日，政府發出緊急事態宣言，並決定推出相當於108兆日圓的緊急經濟對策。4月20日，內閣會議重新敲定經濟對策方案，加入10萬日圓派發政策，總額擴大至相當於117兆日圓[4]。方案中包含2019年12月通過的經濟對策中未執行部分（19.8兆日圓），以及暫緩徵收稅費、社會保險費（26兆日圓）[5]。被問及經濟對策中直接有用的真水部分金額有多少，菅官房長官回答稱「知道真水沒有明確定義，不過（方案的）財政支出有39兆日圓」[6]。
國民民主黨代表玉木雄一郎批評，政府的經濟政策「像是用膨鬆劑膨鬆出來的經濟對策」[7]。上武大學經濟學教授田中秀臣認為，應對方案中「維持日本經濟生命線的直接有用部分，不到所需金額的一半」[8]。自民黨議員聯盟「日本未來思考學習會」得到50多名年輕議員贊同後，向總理大臣官邸及黨本部建議實行「0消費稅」「投入相當於30兆日圓的直接有用部份」等政策，議員聯盟代表安藤裕公開批評當局，認為政府應對「打分的話，100分滿分得10分」，「只能提出這種經濟對策是沒有資格做執政黨」[9]。安藤稱，他向黨幹部的某議員進言「若無損失補償、毛利補償，會有公司倒閉」，獲回覆「這都撐不過去的公司就讓他倒閉」[10]。在自由民主黨政務調查會上，有年輕議員主張「應發放停業補償」，不過在場人士大部分均認為「不勞動者不得食」，支持新自由主義自我責任論，幾乎無人贊同提議[11]。
第1次補充預算案執行時有較大延遲，與美國等海外國家比較亦不算快[12]。
4月16日，內閣總理大臣安倍晉三表示考慮向每位國民一律派發10萬日圓，作為經濟對策的一環，改變原先的「向收入減少的家庭派發30萬日圓」政策，令補充預算案尚未提交至國會就要修改[13]。4月17日，安倍首相在記者會上致歉，稱「因我自己的責任，令到大家混亂，願意由衷道歉」[14]。北海道東川町在政策通過前先行發放現金[15]。
持續化給付金的業務以769億日圓委託給「服務設計推進協議會」後，協議會又以749億日圓委託給電通處理[16]。在野黨質疑，再委託令中間的處理費用增加是有問題[16]。電通及後以645億日圓，將業務外判至5間集團企業[17]。
6月1日，在野黨議員訪問「服務設計推進協議會」，無人應答[18]。在野黨質疑協議會是否為空殼公司[19]。除服務設計推進協議會外，參加招標的公司還有Deloitte Tohmatsu Financial Advisory，在野黨要求公開Deloitte的投標金額，被政府拒絕[19][20]。
5月27日，政府內閣會議敲定第2次補充預算案。約117兆日圓的總額中，「真水」部分為計入國費等的33兆日圓[12]。
6月12日，第2次補充預算通過。除自民黨、公明黨外，立憲民主黨、國民民主黨等組成的在野黨共同會派亦投票贊成[21]。一般會計支出總額為31兆9114億日圓，是歷史上支出最多的補充予算[21]。
預算的預備費有10兆日圓，亦是史上最多[22]。由於預備費多到史無前例，執政及在野黨中均出現質疑聲音[23]。不僅在野黨人士質疑，有自民黨議員亦表示擔心，認為「違反財政民主主義」[23][24]。
- 2020年3月30日，對於坊間流傳，政府會因應疫情，於4月1日發出緊急事態宣言，自由民主黨總裁安倍晉三在自民黨役員會上否認傳言，指「完全沒有這種事，必須注意這些虛假訊息及假新聞」。安倍並提及「有虛假訊息流傳，說後天會發出緊急事態宣言，甚至頒布戒嚴令」。官房長官菅義偉被問及會否對東京都發出緊急事態宣言時，稱「現在還能勉強維持。有關緊急事態宣言，需要綜合多方面的專業意見，慎重判斷」[25]。
- 3月31日，東京都知事小池百合子與安倍晉三在總理大臣官邸會談，討論防疫政策。小池知事會見傳媒時，指「緊急事態宣言是由國家決定，需要由國家判斷」[26]。
- 4月8日，依修例後的新型流行性感冒對策特別措置法，於7日對東京、神奈川、埼玉、千葉、大阪、兵庫、福岡等7個都府縣發出的「緊急事態宣言」在官報公示，正式生效。東京都等地開始避免外出，百貨公司陸續暫停營業，商業地區人煙稀少。宣言於5月6日前有效，為期1個月[27]。
- 4月17日，當局擔心感染逐漸由都市區擴散至地方，於16日發出全國緊急事態宣言。確診個案較少地區的民眾對此看法不一，有人認為「為何有我們縣」，有人則認為「為控制疫情，是有必要」。至於7日起列入宣言的7個都府縣，就和每日確診個案增長程度相似，醫療體制受壓的北海道、茨城、石川、岐阜、愛知、京都等6個道府縣，共13個都道府縣一起成為「特定警戒都道府縣」。當中，北海道已於2月28日及4月12日，愛知縣已於4月10日自行發出緊急事態宣言。4月20日，不屬於「特定警戒都道府縣」的沖繩縣亦自行發出縣的緊急事態宣言[28]。
- 4月25日，政府內部傾向認為，難以於5月6日全面解除因應疫情發出的緊急事態宣言，不少聲音指「特定警戒都道府縣」疫情未見受控，「難以考慮解除」。政府將於5月初做出最後決定。菅官房長官稱「狀況時時刻刻都在變化。會諮詢專家意見，再決定是否延長」[29]。
- 5月1日，安倍首相從經濟再生相西村康稔處聽取專家會議結果，表示將延長全國的緊急事態宣言多大約1個月。4日將做出正式決定，召開記者會，請求國民合作。首相對傳媒表示，將「圍繞現在的緊急事態宣言體系大約延長1個月」的方針做決定[30]。
- 5月4日，安倍首相決定，將所有都道府縣的緊急事態宣言延長至5月31日。考慮到長期自我約束造成的影響，準備在疫情不嚴重的地方放寬限制，逐步重開社會經濟活動。預計在14日前分析各地的確診個案數及醫療提供體制等情況，爭取在緊急事態到期前解除宣言[31]。
- 5月14日，政府向「基本性對處方針等諮問委員會」提出方案，準備解除包括茨城、石川、岐阜、愛知、福岡等5個特定警戒都道府縣在內，共39縣的緊急事態宣言，委員會認為方案妥當。當中，發生集體感染的愛媛縣是「有條件解除」。剩下北海道、千葉、埼玉、東京、神奈川、京都、大阪、兵庫等8個都道府縣的宣言31日到期，留待21日判斷可否解除。[32]。
- 5月19日，大阪、京都、兵庫的最近1星期新增個案數（每10萬人口0.5人以下）已達到緊急事態宣言解除基準。在緊急事態宣言仍生效的8個都道府縣，17日前1星期的數字分別是大阪府0.31人，京都府0.23人，兵庫縣0.11人[33]。
- 5月20日，全國知事會提出緊急提議，請求政府判斷是否解除緊急事態宣言時，考慮首都圈及關西圈的一體性。由於這些地方社會經濟關聯較強，若分都道府縣解除，疫情可能因人員流動再次擴大。政府準備於21日決定，宣言生效的8個都道府縣可否解除。經濟再生大臣西村表示，「東京及3縣的關東圈，大阪、兵庫、京都的關西圈需要整體判斷，這是基本」[34]。
- 5月21日，安倍首相決定，解除因病毒疫情，對大阪、兵庫、京都3府縣發出的緊急事態宣言。北海道、千葉、埼玉、東京、神奈川等5都道縣是否解除，則留待25日判斷，稱「若可能，希望不到31日即解除」[35]。
- 5月24日，大阪、兵庫、京都等關西3府縣迎來緊急事態宣言解除後首個周末，商業設施及景區重現人潮。在大阪市「第七藝術劇場」，電影愛好者在入口測量體溫，並隔位就坐。大阪市的「WHITY UMEDA」有約180間店鋪營業，神戶市的唐人街南京町亦有約半數店鋪營業。3府縣以外亦有不少人在周末外出[36]。
- 5月24日，政府將於25日判斷，緊急事態宣言仍生效的東京、神奈川、千葉、埼玉、北海道可否解除宣言。經濟再生大臣西村表示，東京都24日新增個案為14宗，北海道為15宗，「維持減少傾向」，期待能正式解除。厚生勞動大臣加藤稱，「狀況改善，醫療壓力大幅減少，將聽取專家意見，判斷是否解除」。宣言的解除需考慮「感染狀況」、「醫療提供體制」、「病毒檢測」等監視體制，綜合判斷[37]。
- 5月25日，政府決定，解除北海道、埼玉、千葉、東京、神奈川等5個都道縣的緊急事態宣言。公布決定時，安倍首相首先表示，內閣會議將敲定緊急經濟對策中的第2次補充預算案（總額約100兆日圓），及後宣布提前解除宣言，稱「僅僅1個半月，疫情已近平息」，不需等到宣言月尾到期。至於北海道及神奈川縣並未滿足解除基準中，「最近1星期新增個案每10萬人口0.5人以下」的目標，安倍就稱，是考慮到醫療提供體制等因素，「綜合判斷」後決定解除[38]。WHO及後將日本的應對評為「成功」[39]。
- 2021年1月8日，日本首相菅義偉宣布，因COVID-19疫情持續擴大，針對東京都、神奈川縣、千葉縣和埼玉縣發布緊急事態宣言。這是日本第二次就COVID-19疫情宣布進入緊急狀態。[40]
- 國立保健醫療科學院提供暫住場所[42]。
- 2020年2月13日，厚生勞動省宣布，若郵輪「鑽石公主號」上的乘客住在無窗房及無法開關窗戶的房間，或是有基礎疾病，可在接受病毒檢測呈陰性後提出下船，轉移至政府提供的住宿設施生活；這政策從80歲以上的高齡乘客開始實施[43]。
- 2月14日，厚生勞動省宣布，21日起實施「衛生環境激變對策特別借貸制度」，面向受新型冠狀病毒感染症影響的飲食店經營者、喫茶店經營者及旅館業經營者[44]。
- 2月17日，厚生勞動省發布「新型冠狀病毒感染症相關諮詢及就診標準」[45]。
- 3月22日，厚生勞動省發布「新型冠狀病毒感染症相關諮詢及就診標準」的解說文件[46]。
- 5月8日，厚生勞動省宣布，修訂「新型冠狀病毒感染症相關諮詢及就診標準」。在記者會上，厚生勞動大臣加藤勝信稱「這只是就診參考，卻被誤解為就診基準」[47]。
- 2020年4月28日公布，「現在在日本流行的病毒，有較大機會是3月末從歐美傳入的第二波。（國內）未發現鑽石公主號的病毒株，中國來的第一波此前亦已受控」[48]。
考慮到新型冠狀病毒感染症對策是「無暇等待都道府縣知事等發出請求」，防衛省自衛隊決定以自衛隊法第83條第2項但書規定的災害派遣（自主派遣）形式前往救災[49][50]。此次支援活動共有4900人次參加，當中約2700人次負責支援「鑽石公主號」，約2200人次負責支援回國者[51]。最大的活動有150名陸上自衛官、約50名預備自衛官及2艘艦船參與[52]。出動部隊主要有陸上總隊司令部下的對特殊武器衛生隊、東部方面衛生隊、第1後方支援聯隊[53]，自衛隊中央醫院亦有派遣醫官、看護官、藥劑官等人員[51]，關東補給處用賀支處參與物資支援[54]。
河野防衛大臣在任務中下達大臣命令，要求「自衛隊不能出現確診個案」[50][51]。除按厚生勞動省標準穿戴口罩、手套及罩衣外，自衛隊還自行決定穿戴防護服[51]，手套亦改為戴2層，並用膠紙封上與防護服的間隙[55]。郵輪方面曾以「令乘客不安」為由，請求不要穿防護服，但隊員並未理會[51]。此次災害派遣行動中，自衛隊員沒有出現確診個案，其他省廳及相關機關則有處理郵輪疫情的人確診[51]。3月16日，對「鑽石公主號」等的支援任務完成，防衛大臣下令結束災害派遣[51][56]。
- 主要活動內容
考慮到需緊急加強邊境措施，防止新型冠狀病毒感染症傳入，「無暇等待都道府縣知事等發出請求」，為進行「新型冠狀病毒感染症邊境對策強化相關救援活動」，防衛大臣再次對自衛隊下達災害派遣（自主派遣）命令[60]。
活動內容方面，主要包括在成田國際機場等地採集病毒檢測樣本，以及將個案送至臨時休息設施，支援其生活[60]。
4月6日起，在自衛隊支援下，提供防衛省共濟組合運營的「Hotel Grand Hill市谷」，用作臨時休息地[61][61]。
在疫情逐漸受控後，2020年5月31日19時00分，此次自主派遣結束[62]。若都道府縣知事另有請求，將再次出動協助。
以下是都道府縣知事等發出的新型冠狀病毒相關災害派遣請求。此處僅列出都道府縣知事對自衛隊發出的正式災害派遣請求，以自衛隊公布為准，不包括接受都道府縣「委託」進行的活動。截至2020年7月5日15時15分，共有27名都道府縣知事發出過災害派遣請求，請求次數39次。
| 請求來自 | 請求時間 | 請求發往 | 請求、活動內容 | 收隊請求 | 備註、來源 |
|---|---|---|---|---|---|
| 北海道知事 鈴木直道 | 4月17日10時10分 | 陸自北部方面總監 | 生活支援等 | 4月24日 | [63] |
| 4月28日12時00分 | 教育支援 | 4月29日 | [64] | ||
| 5月8日8時30分 | 5月8日 | 即日收隊[65] | |||
| 岩手縣知事 達增拓也 | 6月1日10時30分 | 陸自東北方面總監 | 教育支援 | 6月5日 | [66] |
| 宮城縣知事 村井嘉浩 | 4月3日19時00分 | PCR檢測支援 | 4月6日 | [67] | |
| 4月12日15時00分 | 4月15日 | [68] | |||
| 4月20日10時00分 | 陸自第6師團長 | PCR檢測用帳篷搭建等 | 5月1日 | [69] | |
| 福島縣知事 內堀雅雄 | 4月22日10時00分 | 生活支援、職員教育 | 4月28日 | [70] | |
| 群馬縣知事 山本一太 | 4月30日18時00分 | 陸自第12旅團長 | 教育支援 | 5月2日 | [71] |
| 茨城縣知事 大井川和彥 | 4月27日10時30分 | 陸自第1師團長 | 輸送支援、職員教育 | 4月28日 | [72] |
| 埼玉縣知事 大野元裕 | 4月13日16時20分 | 宿泊支援等 | 4月20日 | [73] | |
| 神奈川縣知事 黑岩祐治 | 4月17日13時00分 | 生活支援 | 4月24日 | [74] | |
| 千葉縣知事 森田健作 | 4月17日11時05分 | 生活支援 | 4月27日 | [75] | |
| 東京都知事 小池百合子 | 4月6日17時00分 | 陽性患者的生活支援 | 4月13日 | [76] | |
| 石川縣知事 谷本正憲 | 4月27日11時00分 | 陸自第10師團長 | 教育支援、輸送支援 | 5月3日 | [77] |
| 6月16日10時00分 | 教育支援 | 6月17日 | [78] | ||
| 岐阜縣知事 古田肇 | 5月13日14時00分 | 教育支援 | 5月14日 | [79] | |
| 5月19日14時20分 | 5月20日 | [80] | |||
| 5月21日15時20分 | 5月22日 | [81] | |||
| 請求時間不明 | 6月11日 | [82] | |||
| 三重縣知事 鈴木英敬 | 4月28日15時00分 | 教育支援 | 4月30日 | [83] | |
| 滋賀縣知事 三日月大造 | 4月27日17時00分 | 陸自第3師團長 | 教育支援 | 5月3日 | [84][85] |
| 奈良縣知事 荒井正吾 | 4月22日14時00分 | 職員教育 | 4月22日15時00分 | 即日收隊[86] | |
| 大阪府知事 吉村洋文 | 4月23日9時00分 | 職員教育 | 4月23日 | [87] | |
| 兵庫縣知事 井戶敏三 | 4月13日9時00分 | 生活支援 | 4月19日 | [88] | |
| 鳥取縣知事 平井伸治 | 6月9日10時00分 | 陸自第13旅團長 | 職員教育 | 6月12日 | [89] |
| 島根縣知事 丸山達也 | 5月1日16時00分 | 職員教育 | 5月7日 | [90] | |
| 香川縣知事 濱田惠造 | 4月20日12時00分 | 陸自第14旅團長 | 職員教育 | 4月24日 | [91] |
| 高知縣知事 濱田省司 | 4月10日17時00分 | 陽性患者的生活支援 | 4月16日 | [92] | |
| 福岡縣知事 小川洋 | 4月17日18時00分 | 陸自第4師團長 | 患者輸送等 | 4月27日 | [93] |
| 佐賀縣知事 山口祥義 | 4月23日10時40分 | 陸自西部方面總監 | 職員教育 | 4月25日 | [94] |
| 長崎縣知事 中村法道 | 4月3日14時46分 | 海自第22航空群司令 | 急患搬送 | （活動完成） | 壹岐機場→大村航空基地 間[95] |
| 4月22日20時00分 | 陸自第4師團長 | 檢體採取支援 | 4月25日，更改內容 | [96] | |
| 4月25日13時00分 | 醫療支援 | 5月10日 | [97] | ||
| 4月27日17時00分 | CT診斷車派遣 | 5月14日 | [98] | ||
| 熊本縣知事 蒲島郁夫 | 4月23日10時45分 | 陸自第8師團長 | 職員教育 | 4月24日 | [99] |
| 5月25日10時24分 | 教育支援 | 5月29日 | [100] | ||
| 鹿兒島縣知事 三反園訓 | 7月4日21時05分 | 陸自第12普通科連隊長 | 教育支援 | 7月5日 | [101] |
| 沖繩縣知事 玉城丹尼 | 4月2日15時30分 | 陸自第15旅團長 | 職員教育、患者輸送 | 4月30日 | [102] |
參與邊境對策的隊員數（截至5月27日）：約8,600人次
生活支援者數（截至5月27日）：約16,980人次
參與職員教育的隊員數（截至5月25日）：約1,300人次
教育支援實施者數（截至5月25日）：1,650人次
以上來源：[103]
由於疫情構成國家安全保障會議設置法規定的「重大緊急事態」[註 1]，自國家安全保障會議2013年設立以來，6年多從未召開過的「緊急事態大臣會合」（期間召開過「四大臣會合」及「九大臣會合」）於2020年1月31日首次召開，及後平均每星期召開1次（截至3月10日）[104]。在加強對部分疫情嚴重的國家及地區實行的外國人入境限制時，考慮到措施不僅影響日本國內，還會對外交造成重大影響，做出決定前會召開「緊急事態大臣會合」商討[105][106][107][108][109][110]。
聯絡會議是安倍首相、菅官房長官、加藤厚生勞動大臣等人商討應對策略的會議，2020年1月下旬起，幾乎每日都有召開[111]。政策在提交對策本部討論前，會先在此處由相關閣僚進行實際議論[112]。當局將新型冠狀病毒指定為「歷史的緊急事態」時，指這會議並非「政府做出決策的會議」，毋須留下會議記錄[112]。對外公開的議事概要中，20〜50分的會議，討論內容只有6〜19行，完全沒有記錄安倍首相等政府高官的發言[113]，被質疑會阻礙日後檢視決策過程[113]。
2020年4月7日，對埼玉縣、千葉縣、東京都、神奈川縣、大阪府、兵庫縣、福岡縣等7個都府縣發出緊急事態宣言，5月6日前有效[114][115]。4月16日，生效範圍擴至所有都道府縣[116][117]。5月4日，緊急事態宣言有效期延至5月31日[118][119]。5月14日，解除39縣的非常事態宣言，北海道、千葉縣、埼玉縣、東京都、神奈川縣、京都府、大阪府、兵庫縣等8個都道府縣除外[120]。5月21日，應實施緊急事態措施的區域改為北海道、埼玉縣、千葉縣、東京都及神奈川縣，京都府、大阪府、兵庫縣不再屬於應實施緊急事態措施的區域（「新型冠狀病毒感染症緊急事態宣言相關公示全部變更公示」同年5月21日的官報特別號外第66號）[121]。5月25日，因不再需要實施緊急事態措施，宣布緊急事態結束（「新型冠狀病毒感染症緊急事態解除宣言相關公示」同年5月25日的官報特別號外第68號）[122]。
2020年2月28日，在全國疫情最嚴重的北海道，鈴木直道知事發出「新型冠狀病毒緊急事態宣言」，呼籲避免外出[124]。3月19日解除宣言，及後疫情反彈，4月再次發出「北海道、札幌市緊急共同宣言」[125]。
2020年4月30日，青森縣教育委員會決定，5月7日起縣立學校復課[126]。
栃木縣遊技業協同組合呼籲栃木縣，不要請求波子機店停業[127]。
2020年4月24日，大野元裕知事承認埼玉縣內有2名診斷為輕症的患者在家等待期間死亡，縣需要負上責任，表示將改變方針，不再容許無基礎疾病的輕症者及無症狀者在家療養[128]。
2020年3月25日，東京都新增41宗確診個案，比前一日17宗增加一倍以上，亦創下單日新增數新高。小池百合子知事召開緊急記者會，認為正面臨「感染是否爆發的重大局面」，「再這樣下去，會引致封城（都市封鎖）」[129]。3月27日，因應確診個案急增，東京都知事小池百合子表示「感染是否爆發的重要分水嶺」已來臨，呼籲周末及晚間避免外出，同時呼籲不要去上野公園、井之頭公園、代代木公園、砧公園等82處都立公園或河邊聚會或賞花，部分公園路徑亦已關閉[130][131]。
因應4月7日的緊急事態宣言，小池知事於同日發聲明請求避免外出，及後與擔當大臣西村康稔會面，4月10日公布設施停業請求的具體內容[132]。
東京都表示，東京警報可「將都內疫情明確告知各位都民，呼籲提高警戒」[133]，透過及時發出警戒資訊，防止疫情再次擴大[134]。東京警報只是都發出的警戒呼籲，不會限制都民生活[134]。
由於東京都新增確診人數有所反彈，疫情可能從夜間繁華地段及醫院蔓延，6月2日晚東京都發出「東京警報」[135]，彩虹大橋及東京都廳點上紅色燈光[136]。記者佐佐木俊尚在電台節目稱，「不清楚何為東京警報，於是用搜尋引擎搜尋，發現沒有網站或新聞介紹應該如何應對」，認為東京警報不夠簡明易懂[137]。Diamond社以「鮮紅的彩虹大橋人群聚集 新基準被批評難以理解」、「停業請求基準與警報無關 發出才10日就輕易廢止」等小標題，批評東京警報的問題[138]。
警報發出10日後，東京都一周的平均單日新增病例低於20例，6月11日晚，東京都解除了「東京警報」[139]，並決定從次日零時起進入放鬆限制的第三階段[140]。6月12日，小池都知事宣布結束東京警報及分階段停業請求安排[141]。15日，決定重新審視警報發出基準[142]。警報解除後2星期（6月12〜25日），總共錄得500宗確診個案，是此前2星期（5月29〜6月11日）總計252宗個案的幾乎2倍[143]。東京都擔心經濟活動會再次停止，對再次發出警報姿態慎重[139]。
2020年4月19日，神奈川縣向傳媒公開酒店「APA Hotel＆Resort橫濱Bay Tower」內部情況，將於20日起接收輕症患者[144]。
5月1日，對不聽從停業請求的波子機店發出停業指示[145]。
2020年3月末，石川縣知事谷本正憲對東京都民稱「歡迎無症狀者來訪」，4月10日改變態度，指「必須盡力防止人員進入石川縣」[146]。
4月13日，石川縣自行發出緊急事態宣言[147]。
2020年4月14日，福井縣自行發出緊急事態宣言[148]。
2020年4月10日，岐阜縣自行發出非常事態宣言[149]。
2020年4月10日，愛知縣自行發出緊急事態宣言[149]。
2020年4月10日，三重縣自行發出感染擴大阻止緊急宣言[149]。
2020年4月10日，京都府及京都市請求加入政府的緊急事態宣言生效地區[150]。5月7日，京都市自行發布新準則，為防集團感染，與確診個案有接觸的人，無論有無症狀，均進行病毒檢測[151]。
2020年3月19日，知事吉村洋文與兵庫縣知事井戶敏三共同請求民眾，若無緊急需要，不要在3月20日-22日的三天假期往返大阪兵庫兩府縣[152][註 2]。
4月8日，吉村知事公布，3日至7日收集有意供輕症患者等用作住宿療養地的酒店後，共有98間機構響應，涉及202間設施，共2萬1千個房間[155]。4月13日宣布，第1間酒店定為『Super Hotel大阪天然溫泉』（400室）[156]。
5月5日，吉村知事公布府此前設定的數項基準，包括何時解除避免外出請求及停業請求，以及再次發出請求的數值基準。由於政府及國家對策本部未有公布過數值基準相關指引，是大阪府自行提出，故又稱「大阪模式」。吉村當天接受採訪時，認為這類基準本應由國家提出。同日公布的大阪模式，評估時使用以下指標[157][158]。
- 新增確診個案中，感染路徑不明者相比上一周的增加數
- 新增確診個案中，感染路徑不明者人數
- PCR檢測陽性率
- 提供給重症患者的病床使用率
5月6日，經濟再生擔當大臣西村康稔談及吉村知事的意見，稱「他是不是搞錯了甚麼，有很強的違和感」，「（對店鋪）發出停業請求及解除（是知事的權限），他當然有責任說明」，對意見感到不快[159]。
2020年3月19日，知事井戶敏三與大阪府知事吉村洋文共同請求民眾，若無緊急需要，不要在3月20日-22日的三天假期往返大阪兵庫兩府縣[152][註 2]。
2020年4月14日，香川縣自行發出緊急事態宣言[163]。
2020年4月14日，福岡市長宣布支援措施，包括向聽從停業請求的中小企業等發放上限50萬日圓的租金補助[164]。
5月29日，北九州市市長北橋認為，都市「正處於第2波（疫情）正中」。同市已出現21宗確診個案，市內有2處醫療機構出現感染群組（感染集團）。福岡縣知事小川表示「有很強的危機感」[165]。
2020年4月20日，沖繩縣自行發出緊急事態宣言[166]。
- 1月21日，外務省對中國全境發出感染症危險資訊級別1(提請注意)[167]。23日，在管轄武漢市的日本駐華大使館設立對策本部[167]，並開設專題網站，介紹感染症應對[42]。24日，對湖北省發出感染症危險資訊級別3(促請停止旅行)，中國全境其他地方維持級別1[167]，外務本省成立任務組[167]（26日改組為對策室）。25日，駐華大使館開設面向滯留武漢國人的熱線 [167]
- 1月26日，安倍首相在記者會上表示，將透過派遣包機等方式，讓所有希望回國者回國。在日中外相電話會談上，當局請求中國幫助確保國人安全[167]。外務省向武漢派遣大使館職員。警察廳改組對策本部，由警備局長擔任長官。消防廳設置消防廳災害對策室，由救急企畫室長擔任長官（第一次應急體制）。
- 1月27日，安倍首相在第201回國會的眾議院預算委員會審議2019年度補充預算時，表示會將疾病定為「指定感染症」，以便國內出現確診個案後，可依感染症預防法發出強制入院等的命令[168]。28日，內閣會議通過政令，同日公布[169][170][註 4]。
- 1月30日，設置新型冠狀病毒感染症對策本部[178]。以下省廳設置對策本部。
厚勞省、防衛省另行記載。
- 總務省：向地方公共團體，各廣播、通信、郵政業者提供資訊。
- 警察廳：改組對策本部，長官從警備局改為警察廳次長。提供警察大學校的設施，用作暫住場所（2月2日轉移至稅務大學校）。
- 消防廳：第三次應急體制。
- 財務省（本省）、關稅局(稅關本部)：提供稅關研修所、稅務大學校和光校舍、西原研修廳舍（2月2日轉移至稅務大學校），用作暫住場所。
- 經濟產業省1月31日設置對策本部，請求政府系金融機構向中小企業等貸款及要求還款時，考慮疫情的影響。
- 環境省：發出生物醫療廢物處理相關通知，指示向管轄設施的使用者推廣酒精消毒。
- 農林水產省：管轄的筑波研修設施接收撤僑國人。提供約12萬份食物。派遣職員至暫住場所。
- 國土交通省（本省）、海上保安廳：對入國者發放問卷及健康卡調查，並播放提示訊息。透過海上保安廳MICS及航行警報，航空局NOTAM提供入境限制資訊[179][180][181]
鑽石公主號郵輪集體感染
22日，日本災害醫學會發表抗議聲明，指從武漢搭包機回國的約800人、參加鑽石公主號檢疫工作的醫療人員及其家人，在職場等地遭遇不公待遇及欺凌[186]。
2月1日，郵輪鑽石公主號有乘客在香港確診，郵輪在那霸港接受檢疫。2月3日，郵輪停靠在橫濱港大黑埠頭近海，接受船內檢疫，5日驗出確診個案。2月19日，船內3011人已完成檢測。21日，乘客已下船。
- 2月1日，一名負責接收回國者的內閣官房男性職員在國立保健醫療科學院內死亡。從現場狀況來看，被認為是跳樓自殺[187]。
- 2月3日，文部科學省準備在2月7日承認2宗依卡塔赫納法發出的大臣確認申請，容許進行相關的病毒基因工程實驗。政府請自治體通知各認定兒童園，如何應對新型冠狀病毒[42]
- 2月7日，厚生勞動省開始公布COVID-19的病毒檢測數[188][註 6]。
- 2月12日，法務省宣布，需緊急禁止外國人入境時，將引用出入國管理及難民認定法第5條第1項第 14 號拒絕入境[190]。出入國在留管理廳宣布，去過湖北省或浙江省，或持有在同省發行的護照的外國人於2月13日起禁止入境[191]。
- 2月13日，防衛省決定，招聘持有醫生、護士等衛生資格的預備自衛官[192]。「奧運及帕運相關新型冠狀病毒感染症對策政府、運動團體間聯絡會議」召開[42]
- 2月14日，設置「新型冠狀病毒感染症對策專門家會議」，2月16日召開首次會議[193][194]。
- 2月16日，厚生勞動大臣加藤勝信表示，因無法找到國內的感染路徑，又出現死亡個案，有必要假定國內疫情出現擴散，在此基礎上採取措施[195]。
- 2月23日，原定於天皇誕生日舉行的皇居一般參賀取消[196]。
- 2月24日，專家會議表示，「接下來1〜2個星期，是疫情擴大或平息的分水嶺」[199]。
- 2月25日，厚生勞動省公布「新型冠狀病毒感染症對策基本方針」[200]
- 2月26日，安倍首相請求活動取消或延期，指為防疫情擴大，將請求2星期內的大型運動及活動等取消、延期或縮小規模。受此影響，取消或延期的活動增加[199][201]。同日，通知參加東京奧運交流活動的自治體，進行集訓等活動時需要採取防疫措施[42]
- 2月27日，請求全國學校停課。在總理大臣官邸召開的新型冠狀病毒對策本部上，安倍首相表示，將請求全國所有小學、初中、高中（含公立及私立）、特殊學校自3月2日起停課，直至春假開始[202]。安倍強調這只是請求，沒有強制性，文部科學省及後將請求發給全國相關機構。受此影響，全國幾乎所有中小學及高中等自3月2日起緊急停課，畢業典禮等亦取消或縮小規模。專家會議委員岡部信彥表示，停課請求「決定前未經專家會議討論，是政治判斷的結果」[203]。
- 2月29日，安倍首相表示，將在約10日後提出第2輪緊急應對措施，對因停課而暫停工作的家長擴充補貼制度，準備為最壞情況立法，並在3月引入15分鐘快速檢測[204][205]。
- 3月6日，政府決定取消舉辦東日本大震災追悼式典[206]。各受災自治體舉行的追悼式亦陸續取消或延期[207]。
- 3月9日，專家會議公布見解[208]，分析日本「疫情未轉向爆發，一定程度上能撐住」，並舉出集體感染（疾病叢聚）的發生三條件（1.通風不好的密閉空間，2.多人密集，3.近距離說話或發聲），呼籲避開滿足這些條件的地方。座長脇田隆字表示，取消活動及停課措施需要等到19日左右才能判斷成效，在這之前需要繼續現在的應對措施[209]。
- 3月10日，疫情的政府應對措施被指定為歷史的緊急事態，政府有義務記錄會議議事錄等資料，方便將來作出檢討[210][211]。
- 3月13日，將新型冠狀病毒感染症加入新型流行性感冒等對策特別措置法規管對象的特別措置法在參議院獲執政及在野黨多數贊成，通過[218]。同法列有緊急事態宣言規定，內閣總理大臣安倍晉三表示，將考慮對國民的影響，慎重判斷是否發出緊急事態宣言[210][211]。
- 3月16日，防衛大臣河野太郎命令自衛隊，結束持續46日的新型冠狀病毒相關災害派遣（自主派遣）活動[49][50]。自衛隊醫院繼續接收患者，自衛隊將在自治體難以應對時再次提供支援[59]。
- 3月16日晚間，G7首腦舉行緊急電話會議。安倍總理在會後表示，將東京奧運「作為人類戰勝新型冠狀病毒的證明，完整舉辦的想法，得到G7支持」，不過會後的共同聲明未有提及奧運[219]。
- 3月18日，外務省向全世界發出級別1的感染症危險資訊（提請多加注意）[220]，是首次對全世界發出感染症危險資訊[221]。
- 在新型冠狀病毒感染症對策本部會議上，當局表示，將加強對38國入國者的入境限制[222]。
- 3月19日，專家會議表示擔心疫情，指現在仍能撐住，但若某一時間患者突然爆發性增長（「Overshoot」)，令醫療服務無法提供，可能必須採取強硬的封鎖措施（封城、關閉店鋪、避免外出等）[223]。同時表示，現時需維持及加強
- 疾病叢聚(患者群組)的早發現、早應對
- 患者早診斷，充實對重症者的深切治療，保證醫療提供體制
- 市民改變行動模式
- 這3個基本戰略，並因應各地區疫情，在徹底避開封閉空間活動及集會（同時滿足3條件的地方）等高風險情形的同時，考慮逐步放開感染風險低的活動[223]。
- 3月20日，在新型冠狀病毒感染症對策本部會議上，確認不再延長小學、初中、高中等的停課請求[222]。
- 3月26日，因應東京都內新型冠狀病毒確診個案激增，政府設置基於改正新型流行性感冒對策特別措置法的對策本部（本部長：內閣總理大臣安倍晉三），並在總理大臣官邸召開首次會議。政令第六十號修訂將新型冠狀病毒感染症定為指定感染症等的政令，允許都道府縣知事為防感染症蔓延，封鎖建築物或暫停周邊交通最多72小時[224]。
- 3月28日，安倍首相第3次召開記者會，主要內容如下[225]。
- 現在未到緊急事態宣言階段，仍能勉強維持
- 有關新學期是否如期開學，今周召開專家會議，聽取意見
- 經濟對策果斷大膽，實施的政策組合強大及前所未有。補充預算將在約10日後提交國會。
- 難以用稅金補償活動取消的損失
- 同日，防衛大臣河野太郎對自衛隊下達命令，為加強邊境應對，進入第2次災害派遣（自主派遣）[60]。
- 同日，依新型流行性感冒等對策特別措置法第18條第1項規定，公示新型冠狀病毒感染症對策基本性對處方針[226]。
- 4月3日，長崎縣向海上自衛隊請求災害派遣，幫助運送新型冠狀病毒患者；宮城縣向陸上自衛隊請求災害派遣，支援病毒檢測[67][95]。
- 4月6日，安倍首相表示，將於4月7日向東京都、神奈川縣、埼玉縣、千葉縣、大阪府、兵庫縣、福岡縣發出緊急事態宣言，為期1個月左右[227]。同日，東京都向陸上自衛隊請求災害派遣[76]。
- 4月7日，安倍首相依改正新型流行性感冒等對策特別措置法，向東京都、神奈川縣、埼玉縣、千葉縣、大阪府、兵庫縣、福岡縣等7個都府縣發出緊急事態宣言，4月8日至5月6日生效[228]。
- 4月9日，因應緊急事態宣言，政府決定重新安排原定於4月19日舉行的國事行為立皇嗣之禮，不排除延期舉行[229]。
- 4月10日，高知縣向陸上自衛隊請求災害派遣[92]
- 4月12日，宮城縣向陸上自衛隊請求災害派遣[68]。
- 4月13日，埼玉縣、兵庫縣向陸上自衛隊請求災害派遣[73][88]。
- 4月16日，安倍首相宣布，將緊急事態宣言擴大至所有都道府縣，有效期維持至5月6日不變。北海道、茨城縣、東京都、神奈川縣、埼玉縣、千葉縣、石川縣、岐阜縣、愛知縣、京都府、大阪府、兵庫府、福岡縣等13個都道府縣被指定為特定警戒都道府縣[117][230]。
- 4月17日，神奈川縣、千葉縣、北海道知事、福岡縣向陸上自衛隊請求災害派遣[63][74][75][93]
- 4月20日，宮城縣、香川縣向陸上自衛隊請求災害派遣[69][91]。
- 4月21日決定，原定於4月尾到期的簽證效力及免簽待遇停止措施將再實行約1個月。1月時平均每日有約8萬7千名外國人入境，4月底已降至每日約85人。由於發放給孕婦的布口罩出現不合格產品，厚勞省已暫停派發[231]。
- 4月22日，福島縣、奈良縣、長崎縣向陸上自衛隊請求災害派遣[70][86][96]。
- 4月23日，大阪府、佐賀縣、熊本縣、沖繩縣向陸上自衛隊請求災害派遣[87][94][99][102]。
- 23日，決定將俄羅斯等國加入封關對象，總計增至80多個國家[232]。
- 4月25日，長崎縣向陸上自衛隊請求災害派遣（更改內容）[97]。
- 4月27日，茨城縣、石川縣、滋賀縣向陸上自衛隊請求災害派遣[72][77][84]。
- 4月28日，北海道、三重縣向陸上自衛隊請求災害派遣[64][83]。
- 4月28日，安倍總理在預算委員會表示「某種意義上，精神比（經濟大蕭條）的時候還要緊張」，「是我們首次經歷的狀況」[233]。
- 4月29日，長崎縣向陸上自衛隊請求災害派遣（追加請求）[98]。
- 4月30日，群馬縣向陸上自衛隊請求災害派遣[71]。
- 5月1日，專家會議召開，指發出緊急事態宣言後，「新增個案轉向穩定減少，但醫療體制的壓力仍然持續」，認為放寬避免外出措施前，「只要新增個案不下降到一定水平，就必須繼續堅持限制外出」[234]。同日，島根縣向陸上自衛隊請求災害派遣[90]。
- 5月4日，政府決定將全國的緊急事態宣言延長至5月31日。
- 5月4日，專家會議召開。
- 5月8日，北海道向陸上自衛隊請求災害派遣[65]。
- 5月13日，岐阜縣向陸上自衛隊請求災害派遣[79]。
- 5月14日，除東京都、神奈川縣、千葉縣、埼玉縣、大阪府、京都府、兵庫縣、北海道外，39縣的緊急事態宣言解除[240]。
- 5月19日，岐阜縣向陸上自衛隊請求災害派遣[80]。
- 5月21日，大阪府、京都府、兵庫縣等3府縣的緊急事態宣言解除[241]。安倍總理此前發布、延長或解除緊急事態時均有見記者，不過當天就罕有地未召開記者會[242]。時事通信認為，他可能是不想被問到有關黑川弘務的問題[242]。
- 同日，岐阜縣向陸上自衛隊請求災害派遣[81]。
- 5月25日，對截至5月21日，仍未解除緊急事態宣言的5個都道縣，判斷能否解除宣言[243]。
- 5月25日，熊本縣向陸上自衛隊請求災害派遣[100]。
- 5月26日，因應通信需求激增，決定向所有自治體投放共500億日圓，完善光纖網絡。在避免外出請求下，居家就業增多，計劃旨在推進高速通信基礎設施建設，所需經費列入2020年度第2次補充預算案[244]。
- 5月29日，防衛省航空自衛隊的特技飛行隊「藍色衝擊波飛行表演隊」在東京上空飛行，向包括提供治療的醫療人員在內，所有參與應對新型冠狀病毒的人表達敬意及感謝之情[245][246]。
- 5月31日，防衛大臣河野太郎命令自衛隊，結束自主派遣[62]。
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