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財團法人高等教育評鑑中心基金會（Higher Education Evaluation and Accreditation Council of Taiwan；Heeact），簡稱高評中心，是一個台灣非營利機構，成立於2005年。相較台灣評鑑協會，除了法人性質不同外，最主要的區別是辦理中華民國教育部高等教育司轄下大學的系所與校務評鑑，亦接受教育部委託辦理各項專案及國內外專業評鑑機構審查。[1]目前會址為臺北市大安區和平東路一段179號7樓。
系所評鑑為教育部委託高等教育評鑑中心辦理之專案評鑑。
高等教育評鑑中心於2005年12月成立，2006年開始進行第一週期系所評鑑（2006至2010年）。2012年開始辦理第二週期系所評鑑（2012年至2016年）。
第一週期系所評鑑（2006年至2010年）辦理79所學校共1907個單位的系所評鑑。受評單位以學校向教育部申請成立學系為計算單位，僅評鑑學士班、碩士班、博士班，管理學院下獨立設置之碩士在職專班，進修學士班、碩士在職專班及第一週期時間內新設立之系所未納入評鑑範圍。訪評時程為兩整天。
評鑑結果採認可制，經由三級三審，認可結果分為：「通過」、「待觀察」、「未通過」。評鑑項目分為五個項目：目標、特色與自我改善；課程設計與教師教學；學生學習與學生事務；研究與專業表現；畢業生表現。認可結果有效期為6年，評鑑結果、實地訪評報告、受評單位申復書、實地訪評委員申復回應說明皆公告於該單位網站上，供一般大眾瀏覽。
認可結果為「待觀察」或「未通過」受評系所，於結果公布後，經過一年的改善期，接受追蹤評鑑與再評鑑。追蹤評鑑與再評鑑認可結果分為：「通過」、「待觀察」、「未通過」。追蹤評鑑與再評鑑認可結果為「待觀察」或「未通過」，後續不再進行追蹤評鑑，維持追蹤評鑑與再評鑑認可結果至第二週期。
第二週期系所評鑑（2012年至2016年）與通識教育評鑑一同辦理，受評單位以學校向教育部申請成立學系為計算單位，但有別於第一週期，新設系所須於成立3年後接受評鑑，系所所有班制皆納入評鑑，且個別給予結果，訪評行程則不限於兩天或白日，隨受評班制上課的情況而改變。
評鑑結果與第一週期相同，採認可制，經由三級三審，認可結果分為：「通過」、「有條件通過」、「未通過」。
第二週期系所評鑑之評鑑項目，2012年至2013年評鑑項目共5項：目標、核心能力與課程設計；教師教學與學習評量；學生輔導與學習資源；學術與專業表現；畢業表現與整體自我改善機制。2014年至2016年的5項評鑑項目更改為：目標、核心能力與課程規劃；教師、教學與支持系統；學生、學習與支持系統；研究、服務與支持系統；自我分析、改善與發展。認可結果有效期為6年，評鑑結果、實地訪評報告、受評單位申復書、實地訪評委員申復回應說明皆公告於該單位網站上，供一般大眾瀏覽。
2017年1月起，教育部開放各大學自主決定是否辦理系所單位評鑑。
- 系所委託辦理品質保證認可：高等教育評鑑中心接受大專院校的委託，辦理系所評鑑。接受委託辦理的評鑑項目分為三個項目：系所發展、經營及改善；教師與教學；學生與學習。評鑑結果採認可制，經由二級二審，認可結果改為「通過－效期6年」、「通過－效期3年」、「重新審查」。將依委託單位的需要，辦理後續效期展延的重新審查。
- 系所自辦品質保證認定：教育部在試辦自我評鑑認定作業方面採2階段方式辦理。由邁向頂尖大學之11所學校及教學卓越計畫之23所學校提出「自我評鑑機制」之申請，第1階段先就符合資格學校的「自我評鑑機制」進行審查與認定，經認定通過者，再開始推動自我評鑑作業，完成後函報「自我評鑑結果報告書」至高等教育評鑑中心進行第2階段自我評鑑結果的認定。自我評鑑結果認定結果分為「認定」與「未獲認定」2種。
由教育部委託之專案評鑑，受評單位為高等教育司所管理的公私立大學。
- 第一週期校務評鑑：於2011年辦理。評鑑項目分為5項：學校自我定位、校務治理與經營、教學與學習資源、績效與社會責任、持續改善與品質保證機制。經二級二審，評鑑結果分項目給予，分別為：「通過」、「有條件通過」、「未通過」。
- 第二週期校務評鑑：於2017至2018年，分2年辦理。評鑑項目分為4項：校務治理與經營、校務資源與支持系統、辦學成效、自我改善與永續發展。評鑑結果分項目給予，經二級二審，分別為：「通過」、「有條件通過」、「未通過」。
第二週期高等教育評鑑中心直接自國立雲林科技大學建置之「大學校院校務資料庫」匯出「校務評鑑基本資料表」，並同評學校所提供的自我評鑑報告與財務資料表，做為評鑑委員行前閱讀之評鑑資料。軍警校院因未於「大學校院校務資料庫」填報相關資料，將由學校另行依據校務評鑑基本資料表填報。
- 第三週期校務評鑑：於2023至2025年，分3年辦理。評鑑項目分為4項：．校務治理與經營、教師教學與學術專業、學生學習與成效、社會責任與永續發展。評鑑結果綜合四項目，給予一個結果，經二級二審，分別為：「通過-效期六年」、「通過-效期三年」、「重新審查」。為與第二週期的認可效期銜接，受評學校認證的6年效期統一為2024年1月1日至2029年12月31日（3年效期統一為2024年1月1日至2026年12月31日）
高等教育評鑑中心基金會協助教育部執行《教育部認可國內外專業評鑑機構審查作業原則》，接受國內外專業評鑑機構申請認可，受認可單位之有效期間至多為５年。
教育部自2005年起定期辦理大學校院師資培育評鑑，並依《師資培育法》經教育部師資培育審議會審議通過後對外公告．2009年起委由高等教育評鑑中心執行師資培育評鑑。
2005年度起的師資評鑑係為第一週期，第二週期的師資評鑑於2012年度開始實施，第三週期則由2018年度起開展至今。
受評對象包括高國中小，特殊教育，幼兒園。
| 國立政治大學 | 中原大學 | 國立東華大學 |
| 國立台北大學 | 國立清華大學 | 國立交通大學 |
| 國立成功大學 | 國立雲林科技大學 | 銘傳大學 |
| 國立臺灣體育運動大學 | 國立中央大學 | 國立體育大學 |
| 國立台北科技大學 | 國立屏東科技大學 | 東吳大學 |
教育部自2018年起辦理專科以上學校教保相關系科幼兒園教保員培育評鑑，評鑑指標委託國立臺灣師範大學依《教保服務人員條例》規定擬訂，將重要法令規定納入評鑑指標，經教育部核定後對外公告。評鑑方式採實地訪評，評鑑結果則分為3類：「通過」、「有條件通過」、「未通過」，檢視各專科以上學校幼兒園教保員培育之相關系科辦學，落實幼兒園教保員培育政策目標。
教育部於2018年起推動高等教育深耕計畫，第一期（2018-2022年）以「發展大學多元特色、培育新世代優質人才」為願景，強調以學生為主體、教學為核心，以「落實教學創新」、「提升高教公共性」、「發展學校特色」及「善盡社會責任」為目標，協助各校依本身優勢發展特色，聚焦培養學生核心能力，強化學習成效及提升學生就業競爭力。
高教深耕計畫第二期（2023-2027年），其願景滾動修正為「型塑具備明確定位及優勢特色之大學，培育符應未來需求及國家發展之人才」。延續第一期架構，以兩大部分進行推動，第一部分為「全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展」，第二部分為「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」，前者包括國際化之行政支持系統、資安強化、落實大學社會責任實踐計畫、提升高教公共性：完善就學協助機制，以及提升高教公共性：透過原住民族學生資源中心輔導原住民學生成效；後者包括全校型計畫、特色領域研究中心計畫。
自2018年開始，教育部推動「教育部協助大專校院延攬國際頂尖人才計畫」，協助各大專校院延攬國際頂尖人才，規劃藉由提供符合國際競爭之薪資待遇，以吸引國際人才來臺任教。自2019年3月起，委託高等教育評鑑中心辦理玉山學者計畫，依計畫申請期程辦理審查及考核作業、建置維護其網頁平臺及線上審查系統、設立學者意見反應管道及推廣宣傳玉山學者計畫。
2017年起，教育部規劃推動「大學校院教師教學研究支持系統方案」，訂定「教育部補助大專校院教學實踐研究計畫作業要點」，於2017年8月成立「教學實踐研究計畫審查暨教師多元升等制度推動專案辦公室」，同年12月開放系統始徵件。
高等教育評鑑中心於2022年起承接該計畫，透過教師教學實踐研究補助計畫，持續鼓勵大專校院投入資源，接軌國際高教改革理念「教與學的學術」(Scholarship of Teaching and Learning, SoTL)，協助教師深化專業發展，提升教學品質和學生學習成效。
教育部自1990年起，即推動私立大學校院中程校務發展計畫審查與獎補助制度，於1996年起將校務發展計畫、改善師資、補助重要圖儀設備三項經費整合為獎助、補助經費，藉以充分配合各校校務發展所需。自2001年起辦理「私立大學校院整體發展獎補助經費訪視計畫」，並於2008年起賡續執行「教育部獎勵私立大學校院校務發展計畫」，協助學校發展校務、打造特色，進而提升教學品質及研究能量，並建立公平合理之制度以執行請採購作業及財產管理工作，並妥善運用獎補助經費，使校務均衡發展。
高等教育評鑑中心自2015年起承接計畫，透過書面審查與實地訪視，針對「當年度私校獎勵補助經費之執行成效」、「前一年度計畫書面審查／實地訪視意見之回應說明或具體改善情形」、「經費支用規劃與執行情形」、「經常門經費執行情形」及「資本門經費執行情形」等5個項目進行審查，以了解補助學校每一年獎勵補助經費使用之實際情形，確保各校經費支用符合相關法令。
為確保學校未因招生問題，利用各項行政措施（如：不合理併班上課、裁減師資等）降低教學成本，導致學生受教權益受損，教育部訂定「專科以上學校維護學生受教權益應行注意事項」，建立大專校院教學品質管控機制。2014年起委託高等教育評鑑中心執行「專科以上學校維護學生受教權益查核計畫」。透過書面審查和實地查核，檢核「課程規劃及實施」、「師資」、「遠距及校外實習課程」或其他可能影響學生受教權益等項目，以確保教學品質及學生受教權益。
教育部於2017年辦理針對新南向國家（東協十國、南亞六國及紐澳）之國際學生產學合作專班、外國青年短期技術訓練班、中高階專業技術人才短期訓練班等，訂定「教育部補助技專校院辦理產學合作國際專班申請及審查作業要點」，同年委託高等教育評鑑中心執行技專校院產學合作國際專班查核工作，透過書面審查與實地查核方式，確保教學品質及學生受教權益。檢核項目分為４項：「課程規劃及實施」、「教職員及課輔人員」、「學生入學、就學及生活照顧」、「學生實習與工讀」
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