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金魚藻目是核心被子植物下之一目級演化支，如只考慮現生生物，則該目下僅含一科一屬。如同時考慮已滅絕生物，則該目亦同時包括出土於西班牙蒙特塞克山脈的化石物種蒙特塞克藻（及其上級分類蒙特塞克藻科、蒙特塞克藻屬）[1]。金魚藻目是真雙子葉植物的姊妹群。
金魚藻目內類群及其相關類群演化關係如下：
| 核心被子植物 Mesangiospermae |
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