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軟體系統（software system）是一個以軟體中並聯的組件形成的系統，是電腦的一部份（另外一部份則為硬體）。軟體系統「包括了許多獨立的程式、設定程式的設定檔、描述系統結構的軟體文件, 以及說明使用方式的使用說明書。」[1]
「軟體系統」所指的和電腦程式或軟體不同。電腦程式一般是指執行特定用途的一連串指令（原始碼）或目的碼。但軟體系統是更籠統的概念，其中包括更多的元件，例如規格、測試結果、終端使用者檔案、維護記錄等[2]。
「軟體系統」一詞使用的時間和系統理論應用在軟體工程中的時間點相當。軟體系統包括了許多個別的電腦程式，以及相關的設定檔、說明書等，一起運作成為系統[1]。此一概念是用來研究大而複雜的軟體的，因為其關注在軟體的主要元件以及其互動。也和軟體架構的領域有關。
軟體系統是軟體工程中的活躍領域之一，也是系統工程的活躍領域[3]像是《系統與軟體期刊》（由愛思唯爾發行）等學術期刊特別著重此一主題[4]
ACM軟體系統獎是每年頒發的獎項，獎勵「發展在概念的貢獻上或是在商業接受度上，有持續影響力的系統」的個人或是組織[5]。電腦協會從1983年開始頒發此一獎項，也有由IBM贊助的奬金。
軟體系統包括軟體開發、軟體開發工具及系統軟體，不過有時不太容易分類。軟體系統的例子有作業系統、電腦預約系統、航空交通管制系統、軍事控制系統、電信網路、內容管理系統、資料庫、專家系統及嵌入式系統等。
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