截至2021年8月4日 (2021-08-04)[update]，WoRMS紀錄褐藻綱包括下列21個分類單元[1]：
- Ascoseirales
- Asterocladales
- Choristocarpales
- Cutleriales
- Desmarestiales
- Dictyosiphonales
- 亞綱 Dictyotophycidae
- 墨角藻亞綱 Fucophycidae
- 墨角藻目 Fucales
- Ishigeales
- 墨角藻目 Fucales
- Ishigeales
- 海帶目 Laminariales
- Nemodermatales
- Onslowiales
- Phaeothamniales
- Phaeosaccionaceae
- Phaeothamniaceae
- Pleurochloridellales
- 褐殼藻目 Ralfsiales
- Scytosiphonales
- Chnoosporaceae
- Scytosiphonaceae
- 落藻目 Scytothamnales
- Sphacelariales
- 毛頭藻目 Sporochnales
- Syringodermatales
- Syringodermataceae
- Microzonia
- Syringoderma Levring, 1940
- Syringoderma abyssicola (Setch. & N.L.Gardner) Levring
- Syringoderma floridana [3]
- Tilopteridales
- 目地位未定的科：
- Phaeosiphoniellaceae
- Phaeosiphoniella R.G.Hooper, E.C.Henry & R.Kuhlenkamp, 1988
- Platysiphonaceae
- Arcticophycus R.T.Wilce & P.M.Bradley, 2019
- 目和科地位未定的屬
- Astropolithon Dawson, 1878
- Bubnoffphycos R.Daber, 1960
- Caulerpites (A.T.Brongniart) Sternberg, 1833
- Chordites P.Fliche, 1905
- Desmithamnium P.F.Reinsch, 1875
- Durvillides S.Squinabol, 1887
- Harlania H.R.Göppert, 1852
- Kuckuckia Kornmann
- Limnophycus F.Kirchheimer, 1930
- Neurosporangium M.H.Debey & C.von Ettingshausen, 1859
- Phascolophyllaphycus R.L.Leary, 1986
- Phasgonon Walker ex S.F.Gray, 1821
- Protectocarpus Kuck.
- Sargassites (A.T.Brongniart) Sternberg, 1833
- Tyrasotaenia M.B.Gnilovskaja, 1971
- Vendotaenia M.B.Gnilovskaja, 1971
- Volubilites J.R.Ritter Lorenz von Liburnau sen., 1901
