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蛋白質亞基(英語:Protein subunit)又稱蛋白質次單元、蛋白亞基,在結構生物學中是指一條多肽鏈或單個蛋白分子,其與別的蛋白組裝(或「共組」)以形成蛋白複合體[1][2][3]。蛋白亞基屬於組成具完整結構或功能蛋白質的一部分,其為相對獨立的「結構域」、「結構片段」或「次級結構單位」;亞基也是蛋白質的最小共價單位,具有完整的三級結構[4]。蛋白質的大型裝配體(如病毒)往往只使用少量類型的蛋白亞基作為構建單元[5]。
一些天然存在的蛋白質具有相對少量的亞基,因此被描述為寡聚體,例如血紅蛋白或DNA聚合酶。其他蛋白可能由非常多的亞基組成,因此被描述為多聚體,例如微管和其他細胞骨架蛋白。多聚體蛋白質的亞基可以是相同,同源或完全不同的(每個亞基行使不同的功能)。
在一些蛋白質複合物中,一個亞基可以是酶催化反應的「催化亞基」,另一條「調節亞基」將促進或抑制此催化活性。儘管端粒酶以端粒酶逆轉錄酶作為催化亞基,但調節卻由蛋白質以外的因子完成。組裝時由調節亞基和催化亞基組成的酶通常稱為全酶。例如,PI3K激酶由p110催化亞基和p85調節亞基組成。
一個亞基由一條多肽鏈組成;一條多肽鏈具有一個編碼它的基因,這意味著一個蛋白質的每個獨特的亞基都必須具有一個基因對應之。
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