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菲律賓共和國是一個共和制國家。實行三權分立的總統制。總統是國家元首、政府首腦兼武裝部隊總司令。 菲律賓國會由參議院與眾議院兩院組成。參院24席，任期六年，連選得連任一次。參議員是由全國普選選出，每三年改選半數。眾議院274席，任期是三年，得連選連任兩次，其中222席由公民直選，其餘52席由各黨派席次比率推舉。司法機關由最高法院、上訴法院、地方法院、廉政法院及伊斯蘭教法院組成。
菲律賓1987年憲法恢復了1935年憲法中所規定的美國式三權分立政治體制，即總統行使行政權；立法機關由兩院制的國會組成，行使立法權，司法機構行使獨立的司法權。
1987年2月2日，菲律賓就新憲法舉行全民投票，結果以76%的支持率通過了新憲法。
新憲法規定，國家主權屬於人民，政府的一切權力來自人民；國家政策的基本原則是制止戰爭，人民的權力高於一切；菲律賓政府遵循國家根本利益的原則，堅持不懈地奉行獨立自主的外交政策；確保社會正義並完全尊重人權；誠實而正直地服務於大眾；規定地方政府具有自治權，以及保護家庭，促進教育、文藝、體育、私營事業、農村和城市改革的發展，保證婦女、青少年、城市平民和少數民族的權利。實行行政、立法、司法三權分立政體。總統擁有行政權，由選民直接選舉產生，任期6年不得連任；總統直系親屬不得擔任政府重要職務。總統無權實施戒嚴法，無權解散國會，不得任意拘捕反對派；禁止軍人干預政治；保障人權，取消個人獨裁統治。 軍隊不得參政，不得支持任何政黨；對美國的軍事基地維持到1991年協議期滿後由公民投票決定是否再延長；明確規定菲實行經濟開放政策，鼓勵外資進入，鼓勵和負責實行公正的土地分配；規定要將穆斯林聚居的棉蘭老和北呂宋科迪勒拉地區劃為特別自治區。國會由參議院和眾議院組成，參議院有24名議員，由全國選民投票選出，眾議院由250名眾議員組成，其中200名由各地區選民投票選出，25名由參選獲勝政黨委派，其餘25名由總統任命。
新憲法規定以下三種情況可對憲法進行修改:
- (1)經由四分之三的國會議員投票贊成；
- (2)憲法大會提出修憲建議；
- (3)經由12%的全體選民提交修憲請願書，且每個選區的選民人數必須超過3%。
在第一、二種情況下，任何對憲法的補充案或修正案在國會批准之後，必須不得早於60天和遲於90天付諸全民公決，多數贊成即生效；在第三種情況下，當選舉委員會對請願書的合法性予以確認之後，該修正案須在相同時間內付諸全民公決。
根據菲律賓的1987年憲法，菲律賓議會由參議院和眾議院兩部分組成，共321名議員。參議院由24名議員組成，由全國直接選舉產生，任期6年，每3年改選二分之一，可連任兩屆。
參議員必須是在菲律賓本土出生、年齡在35歲以上、在其選區內已登記的非文盲公民，且在選舉前已在菲律賓居住兩年以上。參議院設主席，由參議員選舉產生。任何條約和國際協定都需經參議院全體成員三分之二的多數票通過方可生效。眾議院由297名議員組成，其中200名由各省、市按人口比例分配，從全國各選區選出；25名由參選獲勝政黨委派，另外25名由總統任命，但不包括非宗教人士、各種社會組織(如城市貧民、農民、婦女和青年)成員及憲法認定已連任三屆期滿後的眾議員。眾議員任期3年，可連任三屆。眾議員必須是年齡在25歲以上、在菲律賓本土出生的非文盲公民，以及選前已在其選區內居住一年以上的已登記選民。眾議院設議長，由眾議員選舉產生。
參、眾兩院各設一個選舉庭，對涉及國會議員選舉爭議的有關問題作最後仲裁。每庭設9名成員其中3名是由菲律賓首席法官任命的最高法院法官，其餘6名成員則分別由參、眾兩院成員中按照各黨派比例選舉產生。參、眾兩院均有立法權，但眾議院擁有更大的權力，所有關於撥款、歲人、關稅稅率、增稅、地方請援等方面的法案均由眾議院起草和提出。參議院也可提出修正案。國會通過的法案，必須提交總統，經總統簽署後方成為法律。如果遭到否決，法案須由國會兩院複議，如果兩院分別以三分之二多數重新通過，再次提交總統，總統在接到兩院的法案後30天內無論簽署或否決，該法案也自動稱為法律，總統無權再加以否決。
國會是菲律賓的最高立法機構。其主要職權是：
制定法律；選舉議長、內閣總理；決定對外宣戰或媾和；檢舉違憲事件和彈劾違法官員。國會三分之二多數贊成即可宣布戰爭狀態。在戰時和緊急狀態下，國會可以暫時授權總統行使必要的權力，實行某一公開宣布的政策。總統、副總統、最高法院法官、憲法規定的委員會成員和檢察長如有違法行為，國會有權彈劾，將其免職或判罪。所有其他公職人員和雇員的免職，不需經過彈劾。提出彈劾的權力屬於眾議院，但參議院有審理和裁決一切彈劾案件的權力。國會在每年7月的第四個星期一召開例行年會。總統有權隨時召開特別會議。
1987年憲法將國會會期延長至11個月以減少總統在國會閉會期間濫權的可能性。國會議員享有某些司法豁免權，但同時也有許多限制，全體國會議員在其任職期間的財務和收入情況必須公開，而且他們在任議員期間除擔任內閣總理和閣員職務外，不得在政府和其他部門任職。不得出席司法機構或其他行政機構的聽證會為他人辯護。議員在出席會議期間，不受法律干涉和逮捕。若出現需要停止或開除某一議員職務時，必須經過三分之二的議員投票同意，方可生效。
提托·蘇道是當前參議院主席，和前總統格洛麗亞·馬卡帕加爾-艾若育是當前眾議院的議長。
根據現行的1987年憲法規定，菲律賓國家行政權由總統行使總統是國家元首、政府首腦兼武裝部隊總司令，由全國直接選舉產生，任期6年，不得連任。任何繼任總統任職4年以上者都不得再次參加總統選舉。副總統可以連任兩屆(每屆6年)，由選民投票選舉產生。
總統大選日為大選年5月的第二個星期一，就職日為6月30日。選舉中如果出現兩個相同的最高票數，則由國會投票決定當選總統、副總統者必須是原生菲律賓人，是在菲律賓居住不少於10年的已登記選民，年齡在40歲以上，有一定的文化程度。
總統有權簽署法令、頒布經國會通過的國家法律；接受外國使節的國書對外代表國家；必要時召開國會特別會議；在徵得國會任命委員會同意後，有權提名委任政府各部長、駐外使節、上校以上軍官和憲法授權委任的其他司法、行政官員；主持內閣會議，領導各行政部門和各級政府，執行憲法和法律規定的各項任務和職責。如果總統否決一項法案，那麼該法案必須再經國會以三分之二多數通過才能成為法律。
總統無權解散國會，無權實施戒嚴法。在遭受侵略、發生內亂時，若公共安全需要，總統可以暫時取消人身保護令並在全國和部分地區實行軍事管制，但時間不超過60天。在作出決定後，總統必須親自和書面向國會提交報告，國會例會或特別會議至少需半數以上國會議員進行聯合投票，可對總統的決定予以否決。總統必須遵守國會的決議。軍管法不得中止憲法的正常實施。總統有權對已經被判罪的人予以緩刑、減刑和赦免。總統又受國會、內閣和人民的監督。但內閣多數成員向參議院議長和眾議院議長提出對總統不能行使其職權的書面聲明時，即應由副總統代行總統職權；如總統不同意上述聲明，而內閣多數成員又堅持聲明，並於5日內再次重申上述聲明時，國會應就此作出決定。如有三分之一以上眾議員提出對總統的彈劾案，並經過參議院聆訊有三分之二參議員贊同，可對總統進行彈劾，解除總統職務或取消其擔任菲律賓共和國任何職務的資格。
憲法還規定，總統、副總統在任職期間不得有其他兼職，不得從事任何營利性活動。總統任期內，其配偶及與總統有血緣關係的親屬不得充任國會各種委員會、監察署成員，以及政府機構、政府所屬公司的負責人。
菲律賓的現任總統為小費迪南德·馬科斯。
憲法規定行政權屬於總統，總統、副總統和內閣組成菲律賓共和國中央政府。總統提名委任各部部長組成內閣(副總統也可被任命為內閣部長)。總統府是總統官邸和辦公處，也是菲律賓中央政府的首腦機關。
中央政府的主要職權為：
實施憲法和法律；負責國家的內政、外交、國防、經濟、文化和社會生活等各方面具體事務；制定和執行有關政策措施；領導政府各部門和各級地方政府工作；向國會提出議案和立法建議；任免政府官員和工作人員；指揮和控制軍隊、警察，維護社會秩序和國家安全。內閣設有20多個部級機構。
另外，總統國家安全顧問、總統執行秘書、總統發言人、內閣秘書也都是內閣成員。總統執行秘書為文官長，他既掌管總統府的日常事務，同時又是總統在國內事務方面的首席顧問，被戲稱為「小總統」。
菲律賓的司法權屬最高法院和各級法院。最高法院又稱大理院，由1名首席法官和14名陪審法官組成。
菲律賓最高法院和中級法院的法官都不是選舉產生的，而是先由司法與律師理事會向總統推薦名單，每個空缺推薦3名候選人，經任職委員會同意後，再由總統從中挑選1人加以任命。每屆任期為4年。司法與律師理事會由最高法院首席法官、司法部長，以及國會代表、律師代表法律教授、最高法院退休法官和私營部門的代表各1名組成。首席法官為該理事會當然主席，司法部長和1名國會代表為當然成員。當選的各級法官均需是在菲律賓出生的公民。最高法院法官必須年滿40歲以上，曾任初級法院法官或在菲律賓從事法律工作15年以上。最高法院(包括中級法院)的法官任期可至70歲或無能力履行職務為止。菲律賓的法官都受過良好的教育，其中大多數人畢業於著名的菲律賓大學法學院，有的在擔任法官之前當過政府部長或國會議員。
根據菲律賓憲法規定，最高法院是國家的最高司法機關，擁有最高司法權。最高法院下設上訴法院、地方法院和市鎮法院，以及反貪污法院、稅務法院等專業性法院。最高法院有如下權限:對重大案件、違憲案件、中級法院上訴案件的審理權；對國內法律的解釋權；對引起爭議的法律、條約、國際和行政協定或總統發布的法令、公告、命令、指示、條例的最終裁決權；對司法部門官員和職員的任命權；對中級法院及其工作者的行政監督權；對中級法院法官的處分權和解職權。最高法院有權監督一切法院及其成員。最高法院有權根據文職官員的有關法律，任命司法部門的官員和職員。最高法院受理的所有案件，必須在24個月內結案。根據憲法規定最高法院應在每次國會例會開幕後的30天內，向總統和國會提交司法工作的年度報告。
菲律賓是亞洲最早實行政黨政治的國家。自治時期為菲律賓國民黨一黨執政，獨立前夕至1972年為國民黨與自由黨輪流執政，1973至1978年政黨政治中斷，1978年後恢復黨派活動。1986年後，菲律賓的政黨政治空前活躍，政黨為數眾多。菲律賓的政黨政治雖然移植於美國，但其運作卻與美國不太相同。在菲律賓，很多政黨都沒有自己統一的章程、明確的政治綱領和意識形態，政黨組織極為鬆散，黨內派系鬥爭激烈，分裂頻繁。
- 人民力量黨（LAKAS-NUCD）
- 菲律賓民主黨–人民力量（PDP-Laban）
- 自由黨（LP）（執政黨）
- 民族主義人民聯盟
- 力量-全國基督教民主聯盟
- 爭取民主黨
儘管菲律賓的政治民主化進程已經推行了半個多世紀，但其民主卻不盡人意，動盪與暴力總是揮之不去，這有違其「亞洲民主櫥窗」之稱謂。造成這一現象的重要原因之一就是菲律賓的家族政治，「每一個家族就是一個利益集團，這些集團盤根錯節，掌握著地方選票，並與中央政府有著密切的聯繫，並擁有私人武裝」。家族政治是菲律賓政治文化的重要特徵，由來已久。菲律賓的家族成員自出生的那一天開始必須效忠於家族，這樣才能從家族中取得保護和支持。數代的親族聚集在一起形成一個核心，通過聯姻和教父制度向外擴展，形成龐大的家族或集團勢力。龐大的家族能令每個家族成員在困難的時候獲得援助，在參選時獲得更多的選票，從而增強了參政的基礎保證。在家族制度下，家族成員得服從家族安排，為家族的榮耀和聲望而努力。反過來，家族的地位和勢力決定了他們自己的地位和勢力。因而政治成為政治家族的「一種事業，一種運動，一種賭博」[1]。這種家族政治文化折射在菲律賓政壇所呈現的圖景便是，菲律賓國會成了望族子嗣的集中地；政治人物往往不忠於政黨而忠於家族，在私情慫恿之下，政客們另投黨派倒戈、反目的現象時有發生，政黨的凝聚力很不穩定；由於憲法規定眾議員任滿三屆不得連任，到期的議員便積極安排自己的親屬或政治盟友繼續占據席位，以維持本家族的影響力；參議院更是充斥著貴族子弟；血緣和親緣關係打造了菲律賓政壇；激烈的政治競爭和高昂的競選經費，令普通菲律賓人通過參政保護和實現自身權益的希望非常渺茫。
家族政治的形成在菲律賓有著深遠的歷史淵源。在西班牙殖民者到來之前，菲律賓社會處於一種封建制與奴隸制的混合形態，巴朗蓋是主要的政治實體。在巴朗蓋社會，已經形成了以效忠、服務達圖(Dau)(即首領、酋長)個人為核心的主人一依附民關係。在西班牙統治時期，菲島的西班牙人數量始終不多，他們無法對廣闊的鄉村地區實行直接統治，只得將原先巴朗蓋的酋長或首領任命為地方行政長官，通過後者進行間接統治(並把大量土地封賜給他們，即監護征賦制)。這些酋長或首領利用殖民者給予他們的政治特權，大肆掠奪土地等財富，從而成為特殊的權貴家族。
美國殖民者入主菲律賓後，開始將民主制度引入菲律賓。然而，初來乍到的美國人也得依賴當地上層來進行治理，因而將民主的門檻設得非常高，選舉權被局限在原先的上層家族範圍內，自然而然地上層家族也就掌控了地方政治權力。因此，民主制度的引進，使得原先的上層家族一躍而成「政治家族」。菲律賓獨立後，雖然選舉限制性條件越來越少，但政治家族或政治權貴把持權力的局面沒有改變，只不過是殖民者讓出的中央政權也變成了政治家族角逐的目標而已。&政治家族或家族集團憑藉手中的經濟和公共資源不斷鞏固家族根基，菲律賓政壇的角逐變成了家族之間的博弈。菲律賓獨立後的15位總統中至少13位沾親帶故，國會議員大部分來自多個名門望族。從2007年的選舉可以看出，眾議員絕大多數來自政治家族或與其有密切關係，純粹平民出身而當選的議員只有11人；參議院則全由「貴族」子弟所掌控。2010年選舉的情況也是如此。2011年10月1日，《菲律賓星報》發表評論員文章《政治家族仍然掌控國會》，作者援引了亞洲管理政策中心研究院( Asian Institute of Management Policy center)的一份研究報告，報告顯示，來自政治家族的議員代表著人均收入低、貧困程度高的地區；更重要的是越來越多的政治家族成員正在獲得國會席位，1987年憲法規定的國家政策「保證均等獲得公共服務機會，禁止法律界定的政治王朝」面臨失敗。該研究報告還指出:(1)2010年選出的第15屆國會(眾議院)議員中至少115席，也就是68%有親戚是第12屆、13屆、14屆和15屆國會的&府的將領進行起訴和調查。2011年9月，以涉嫌貪污3.03億比索為由，菲政府突然逮捕非軍前審計官卡洛斯·加西亞少將，此人掌管菲軍財政達10年之久。埃斯特拉達和艾若育一手扶植起來的軍界強人帕爾帕蘭少將，也被菲政府提起「瀆職」指控。[2]
阿基諾家族的勢力範圍在打拉省。該家族的參政史可以追溯到西班牙時代。其祖上塞爾維拉諾·阿基諾在馬洛洛斯議會裡面任代表，正是該議會起草了菲律賓的第一部憲法。隨著其第四代成員貝貝尼奧·阿基諾三世任菲律賓共和國第15任總統，阿基諾家族成員仍然在菲律賓政壇中掌控著重要職位。在2010年的大選中，阿基諾三世以1500多萬票當選菲律賓第15任總統，毫無疑問成為當前阿基諾家族最出色的成員。[4]
許寰戈家族是打拉省有名的大地主。家族先祖邁利西奧(Melecio)於1907至1909年任打拉省第一選區的第一位代表。老何塞·邁利西奧的兒子，於1957年取回了頗具爭議的路易西塔莊園。該家族的第三代科拉松·許寰戈與貝貝尼奧·阿基諾二世結婚，使得打拉省這兩個最有權勢的家族聯結在一起，至今掌控著該省。自1961年至今，打拉省第一選區的眾議院席位一直在許寰戈家族成員中流轉。通過1986年的人民革命，通過科拉松·阿基諾，許寰戈家族的政治影響力達到了馬拉卡南宮。
自1925年以來，馬可仕家族一直是北伊洛克省一股政治勢力當年家族先祖馬里亞諾·馬可仕擔任該省第二選區的代表。從那時起，北伊洛克省的政治就成了馬可仕家族的事務，家族成員輪流在眾議院和省政府任職。在家族成員費迪南德·馬可仕成為非律賓總統後，該家族在該省的聲望更為顯赫。迄今為止，強人費迪南德·馬可仕是菲律賓歷史上任期最長的總統，自1965至1986年統治菲律賓，直到今天，費迪南和伊美黛的夫妻統治仍是熱門話題，他們的兒子小費迪南德·馬可仕是現行菲律賓政壇中最顯眼的馬可仕家族成員，更在2022年的選舉中奪得總統之位[5][6]。
這個來自邦板牙的家族，自其先祖迪奧斯達多1949年贏得了眾議院議席之後，便開始了其參政史。他進而於1957至1961年擔任菲律賓總統，他的女兒格洛麗亞·馬卡帕加爾-艾若育追隨他的腳步，也於2001至2010年擔任菲律賓總統。目前馬卡帕加爾-艾若育家族仍然主導著邦板牙的地方政治，也主導著南甘馬鄰和西內格羅斯地區的政治
比奈家族將馬加迪變成了他們的勢力範圍。這個家族於1986年打下了他們的政治根基，當時科拉松·阿基諾總統任命傑約馬爾·比奈為馬加迪市長。比奈自1986至1998年擔任馬加迪市長之後他做醫生的妻子艾莉妮塔自1998至2001年繼任市長。比奈又於2001至2010年擔任馬加迪市長，接著他的兒子傑約馬爾·歐文繼任。
自電影明星約瑟夫·埃斯特拉達於1969年成為聖胡安市長，該市成為埃傑西多一埃斯特拉達家族的政治勢力範圍超過40年了。該家族在內湖省也有影響力，約瑟夫·埃斯特拉達的侄子埃傑西多三優是現任省長。這個政治家族於1998至2001年達到了其權力的頂峰，其時約瑟夫·埃斯特拉達任非律賓總統。儘管約瑟大·埃斯特拉達2010年再次參選總統失敗，埃傑西多一埃斯特拉達家族還是在政府中占有一些最具有影響力的崗位。當今他的兒子欣似乎成了埃斯特拉達家族最顯眼的成員。
瑞維拉家族證明，娛樂圈的光環在菲律賓政治中是寶貴的。該家族的從政肇始者、前動作明星老雷蒙於1992年開始讓該家族涉足政治，他先前沒有任何治理經驗。他的兒子，演員小雷蒙，和他同名，也和他一樣從政。小雷蒙於1998至2001年擔任甲米地省省長，現為參議員；其妻拉妮(Lam)現為甲米地省第二選區的新科眾議員；其兄埃德溫現為甲米地省巴庫爾( Bacoor)市長。
這個來自達義市的家族可以將參議院稱為第二故鄉了。該家族的從政先行者熱納托卡·耶塔諾1998至2003年擔任參議員，之前還擔任過兩年眾議員。他的孩子們跟隨他的步伐從政，其中兩位，即皮亞和艾倫·彼得為現任參議員。
當從政先行者何塞·辛森1968年成為維甘市長，南伊洛克省的辛森家族開始了他們的從政歷程。兒乎何塞所有的孩子都在政府任職，最顯著的是現行南伊洛克省省長路易斯·辛森。路易斯的兄弟艾瓦瑞斯托於1987至1992年任南伊洛克省省長，他的姐妹「甜蜜女孩」擔任過菲律賓福利彩票辦公室主任，他的兒子羅納德是現行南伊洛克省第一選區的眾議員。
1960年代安帕圖安家族就開始在馬京達瑙省有名了。當196年從政先行者老安達爾被任命為沙里夫·阿瓜克長官後，該家族的權勢得到了進一步的保障。老安達爾後來擔任了省長。這些年來，該家族締結了諸多的政治盟友，以助於提升其政治資本。老安達爾的兒子塞爾第是前任穆斯林棉蘭老自治區主席。儘管捲入了馬京達瑙大屠殺，安帕圖安家族還是維持了他們在馬京達瑙的影響力。老安達爾的外甥西蒙·達圖瑪儂現為馬京達瑙省第二選區的眾議員。
天主教對菲律賓政洽的影響由來已久，具體地說，自傳入的那一刻就已經開始了。因為在西班牙殖民者尚未到達菲律賓，還在美洲進行殖民征服的時候，就與西班牙天主教會在殖民征服與統治方式上存在分歧。西班牙人入主菲律賓之後，殖民當局實行的是政教合一政策，教會當局與行政當局聯繫非常緊密，均為殖民統治機構的一部分。所以在西班牙統治時期，天主教會對菲律賓政治的介入很深，突出表現在行政當局與教會當局的合作與衝突上。
按照西班牙的殖民制度體系，殖民當局的行政當局和教會當局分別作為國王和教皇的代表管理殖民地的世俗和教會事務，雙方之間應是相互合作、相輔相成的關係。為了「國王的利益」和「上帝的利益」，雙方在征服和天主教化菲律賓群島方面進行了很好的合作，這是西班牙能夠長期、有效維護其在菲律賓的殖民統治的重要原因。西班牙傳教士一進入菲律賓，就全力投入宣傳天主教義，皈化菲律賓人，同時又積極參與殖民當局的日常事務管理。另一方面，殖民行政當局也努力為教會的傳教事業提供各種便利，並從財政上予以全面支持，時常請傳教士參與行政事務的討論和決策。由於菲律賓的西班牙人始終不多，人手不夠，地方上的西班牙官員很少，這使得在地方上傳教的西班牙傳教土對地方行政事務的影響非常大，他們既是各種醫療及慈善團體的最高首領、教育和稅務巡視員，也是市鎮選舉和各項公共事務的監督員。各城鎮教區的神父實際上就是教會和政府的綜合體，幾乎掌握著地方的一切大權，是西班牙殖民統治最有效的捍衛者
然而，縱觀西班牙在菲律賓的殖民史，有關殖民當局中行政當局和教會當局之間衝突的記載比比皆是，矛盾突出表現在大主教和總督之間。在殖民征服初期，德拉達神父和薩拉薩爾主教就與殖民行政當局不合。1572年，菲律賓的奧斯定會傳教士一致決定派遣迭戈·赫雷拉前往馬德里，向西班牙國王報告西班牙殖民者在菲律賓的種種不軌行為，提交了著名的「奧斯定會1573年備忘錄」，其中詳細描述了菲律賓居民的悲慘狀況，請求國王另派總督來管理菲律賓，制止那些暴力行為。此次狀告讓西班牙國王撤消了拉維薩里斯的總督職務，改命桑德為非律賓的總督。1581年，馬尼拉第一位主教薩拉薩爾到任，行政當局和教會當局爭鬥變得更加激烈。第二年，潛拉薩爾主教主持召開了非律賓歷史上的第一次宗教會議，會議通過了一份抗議書，宣稱要捍衛菲律賓人民的「天賦權利」。會後他派遣桑切斯神父回西班牙向國王匯報，建議在馬尼拉設立最高法院。1590年，達斯馬里納斯任總督後不久也與薩拉薩爾主教發生了一系列爭執，爭論的中心就是教會和殖民政府雙方各自的管轄範圍和修會教士對地方民政的干預問題。達斯馬里納斯在寫給國王的信中對教會進行了一系列控訴，聲稱他們沒有什麼政策不反對，沒有什麼事情不摻和，使菲律賓人民只知道有教區神父，不知道有國王，聽令於神父而不聽令於總督。[8]
進入17世紀，菲律賓行政當局和教會當局的衝突仍不斷發生。1606年，馬尼拉的殖民官吏給西班牙國王寫信，要求國王調查教會救土干預地方行政、濫收稅款的事件。由於衝突激烈，1636年，塞巴斯提安·巫它度·德·科奎拉甚至派兵軟禁並放逐了格羅雷大主教。然而，兼任墨西哥神聖查詢法庭專員的奧斯定會士帕特尼納利用薩爾塞多總督觸犯大帆船貿易商人利益的機會，策動馬尼拉商人、市議員、軍官團和各修會聯合行動，於1668年10月9日發動政變，逮捕了薩爾塞多總督，隨後將其囚往墨西哥出庭答辯，結果致其在途中憤病交加而死。1683年，巴爾加斯總督速捕了帕爾多大主教，並將其放逐到林加延。但1684年得到復職的帕爾多立即對巴爾加斯處以「破門」罪，要求其每天身穿麻衣，頭繫繩索，手持蠟燭到教堂懺悔，方能獲得赦免。1719年，時任總督布斯塔曼特獲悉教會密謀要將其推酮後，搶先逮捕了大主教奎斯塔、各修會首領、神聖查詢法庭官員等，然而教會人員起騷動、暴徒衝進了總餐官邸，總督父子均被殺。由於教會力越來越強大，1720年、西班牙王室宣布嗣後總督不能視事時大主教可代理其職務。到了西屬後期、菲律賓天主教會和傳教士對菲律賓戰治的影響更是達到了頂峰，教區神父幾乎在市政府的每一個部門都起著重要作用。
到了美屬時期、殖民政府實行政教分離政策，菲律賓天主教對政治的影響大為削弱、「教會不但已經基本從政治中分離出來，甚至退出了社會主流，成為社會中平靜的觀眾」。美屬時期，非律賓殖民地戰權的結構完全沿用宗主國—美國的模式，實行三權分立、作為菲律式傳統政治力量的宗教勢力基本上被排除在各級殖民政權之外。殖民地政府為了鞏固統治，必須設法消除西班牙統治時期天主教會獲取的種種政治和經濟特權，因而採取了系列軟硬兼施的政策。
首先、藉助非律賓人和菲律賓的新教徒來排擠西班牙天主教勢力。其次、藉助羅馬天主教會的威力迫使西班牙天主教會交出手中的權利。最後，在文化教育領域大力推行「美式」政策，以美國思想文化取代天主教在菲律賓人民宗教信仰中的傳統地位。殖民政府的政策從各個方面剝奪了天主教會的特權，從根本上打擊了天主教會勢力，徹底扭轉了西班牙時期菲律賓天主教會的強勢局面。
獨立後，菲律賓仍然採取宗教信仰自由和政教分離原則，天主教會仍然沒有直接參與政治的空間，但是美式民主的引入使其能夠通過民眾影響政治的運作。
儘管實行政教分離，但天主教會作為菲律賓社會的主要精神力量這一現實沒有改變，各級神職人員變成了廣大教徒的精神領袖。天主教神父在履行宗教職務的同時，積極引導和鼓勵廣大教徒從事各種社會活動，在活動中扮演領導角色。由於天主教在菲律賓的信徒眾多，群眾基礎廣泛，自然會對菲律賓政府的政策，特別是關乎民眾日常生活和道德規範的政策，產生巨大影響，尤其是當政府的政策與基督教義發生衝突的時候。人口增長過快問題一直是關乎菲律賓社會和經濟發展的重要問題，但菲律賓政府控制人口增長的企圖卻遭到了天主教會的反對。天主教會在生育問題上主張嚴格執行羅馬教廷的戒律，即不准離婚，不得實行計劃生育，不得墮胎。另外，在執行死刑的問題上，菲律賓天主教會遵循天主教義，一直予以反對，並通過民眾和道德的力量向政府施壓，這使得政府在死刑執行問題上政策反反覆覆。
菲律賓天主教會不僅影響政府的政策，還影響政洽活動，例如在選舉時，通過發表支持或反對某位候選人的言論來影響選民的投票意向和投票熱情；在社會秩序混亂的時候，承擔一定的維持社會秩序的責任，直接參與政洽活動。1986年和2001年的人民力量革命，是現代菲律賓天主教會影響政洽的典型。
1972年，軍隊宣布建立軍事法庭，有權審理關於軍隊的案件和「其他案件」。由於「其他案件」的概念極其含糊，導致軍事法庭不斷擴大司法權。至1974年，軍隊共成立了20個軍事法庭，審理了6092個案例。凡是軍方認為屬顛覆政權、暴亂、謀殺等案件的均由其審理。[9]
馬科斯時期實行軍事管制，政府對軍隊的依賴性大為增強，使得軍隊干政、貪污腐敗、見風使舵和朋黨之風潛滋暗長，並成為傳統。所以在1986年之後，雖然菲律賓重新走向民主化，但菲律賓的軍人並沒有輕易放棄對政治的影響或控制，政變或兵變是他們影響政治的重要手段[10]。
在科拉松·阿基諾政府時期，前後發生了7次政變或兵變。1986年7月6日，阿基諾夫人上台後不到半年，大約380名軍人和1500名馬科斯的支持者擁護反對黨領導人阿托洛·托倫蒂諾為「代總統」，此乃第一次政變，完全是一場鬧劇。同年11月12日，傳言國防部長恩里萊和前總統馬科斯勢力圖謀政變，但被政府軍及時制服。1987年1月27日，前軍事學院院長蘇梅爾准將等幾位高級軍官占領了電視台和空軍司令部的一個基地，結果被政府軍以武力平定。同年4月18日，一名少校發動了第四次政變，結果由於規模小而被迅速化解。同年8月28日，「軍隊改革運動」領導人霍納桑上校率1350名軍人發動了第五次流血政變。政變部隊分乘坦克和裝甲運兵車從北部的新恰詩夏省軍營開到馬尼拉，幾乎攻下了總統府，並先後占領了武裝部隊的總參謀部和國防部所在的阿吉納爾多軍營以及多處戰略要地，包括空軍大本營比拉莫基地、4座電視台以及廣播電台等。菲律賓全國至少有6個省的駐軍倒向叛軍。在菲律賓第二大城市宿霧，叛軍占領了機場、省政府和市政府大樓，並軟禁了省長和市長。菲律賓政府軍出動了飛機、大炮和坦克，並發射了空對地火箭等，才平息這場歷時30個小時的軍事政變[11]。
1989年12月1日，馬尼拉發生了第六次軍事政變，也是迄今「規模最大，手段最狠，戰鬥最激烈，損失最慘重，後果最嚴重」的一次政變。前後參加這次政變的有8600人，政變軍隊不僅動用輕武器、重武器、卡車、坦克，而且還動用了飛機，不僅攻占了空軍司令部所在地比利亞莫爾空軍基地和陸軍司令部所在地博尼法西奧軍營，控制了兩家電視台，並逼向總統府，還公然出動飛機轟炸了第9頻道電視台、保安軍司令部、武裝部隊總司令部和總統府。政變持續了9天，在前幾天的戰鬥中就至少有95人被打死、250多人受傷[12]。如果不是美國的干預，叛軍在「青年軍官聯盟」領導人丹尼爾·林上校的指揮下，差點推翻了阿基諾政府。1990年10月4日，諾布爾營長在南部棉蘭老地區發動第七次軍事政變，妄圖建立「棉蘭老國」，結果失敗。
2001年，艾若育通過第二次人民力量革命上台後，有關推翻她的軍事政變傳聞不絕於耳。2003年7月27日，一批1995至1997年畢業於菲律賓軍事學院的軍官發動了兵變，結果在7月28日夜晚經談判獲得和平解決。2006年2月22日，菲律賓軍方宣布挫敗了一起企圖推翻艾若育政府的軍事政變陰謀；2月24日早晨，軍方再次宣布挫敗另一起兵變陰謀。2月24日上午，總統艾若育宣布菲律賓全國進入緊急狀態，以應對不斷出現的軍事政變陰謀和聲勢浩大的反政府遊行。2007年11月29日批因捲入2003年政變正在法庭受審的菲律賓前軍人突然逃出法庭，迅速占據了附近一家豪華酒店，要求艾若育下台。政府軍隨後採取武力強攻，逼迫政變軍人走出酒店，結束了這場危機。
菲律賓是東南亞國家協會(ASEAN)主要成員國，也是亞洲太平洋經濟合作組織(APEC)的24成員國之一。1945年10月24日聯合國建立時候，菲律賓也是其中參與國家。
新人民軍（英文：New People's Army）是菲律賓國內的叛亂武裝部隊，是菲律賓共產黨領導的的武裝力量。由西松（José María Sison）於1969年成立。目前被紐西蘭、美國等國列為恐怖組織。
菲律賓貪污腐敗問題嚴重，世界銀行曾估計該國每年因腐敗造成的損失達28億至43億美元。有政治經濟風險顧問公司在2007年評估亞洲13個國家和地區的腐敗問題，當中菲律賓被評為最腐敗。[13]在2009年評估中，排名有所改善。[14]
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