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內生孢子(英語:endospore,又稱芽孢或內孢子)是某些特殊種群的細菌,主要是芽孢桿菌屬Bacillus與梭菌屬Clostridium中細菌產生的特殊休眠體,這些細菌會在缺乏養分的環境時開始進入此休眠狀態,有極強的抗逆性,對熱、鹼、酸、高滲以及輻射均有強耐受性。通常使用的殺滅芽孢的方法為高壓滅菌。普通的巴斯德消毒法無法殺滅芽孢。
這些孢子裡面含有細菌的遺傳物質、核糖體和大量的吡啶-2,6-二甲酸,吡啶二羧酸是一種內生孢子特有的化學物質,作用是幫助維持孢子處於休眠狀態,在孢子裡佔了高至10%的乾重。
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