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芽囊原蟲屬(學名:Blastocystis)包含一些單細胞不等鞭毛類的寄生蟲,一般在各種動物的胃腸道內生活造成芽囊原蟲感染(blastocystosis),在人類、牲畜、鳥類、鼠類、爬行類、兩棲類、蟑螂體內都有分布[2]。此類生物對宿主選擇性不高,因此有多個(分類學上的)物種都可感染人類;按現有醫學分類習慣,這些物種都可稱作人芽囊原蟲(Blastocystis hominis)[3]。芽囊原蟲屬的分類地位曾多次變化,最初因外型與酵母菌相似、缺乏偽足以及不能移動等特色而被認為是一類酵母菌[4],後來一度被歸為原生生物(孢子蟲綱,今屬頂複門)[5],1996年的分子種系發生學研究將其歸為不等鞭毛類的一員[6][7]。
芽囊原蟲可感染人類而導致芽囊原蟲病,此類生物感染人類甚多,在美國的感染率高達23%(2000年)。在開發中國家更高,尤其是塞內加爾河谷兒童全數受感染。[8][9][10]此蟲過去認為不致病(無症狀感染者甚多),但二十一世紀起開始發現其可導致腹瀉、疲勞等症狀。流行病學觀察認為此蟲可能引發腸易激症候群。[11]然而目前還缺乏對此蟲致病性的決定性證據(健康人士感染後發病)。
此蟲在人類中以糞口途徑傳播,主要是通過進食受糞便污染水、食物感染。[12]離自來水廠夠近,含氯充足的自來水不會導致感染。[13]同一個家庭中的成人基本不會互相傳播疾病,即使同居多年都還可能各自攜帶不同的芽囊原蟲。[14]
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