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臺灣總督府稅關為臺灣日治時期負責港口貨物進出口關稅、物品檢查的單位，在全台各地設有多處稅關支署、出張所及監視署。在日治初期，延續了清治時期的四處開放港口並設置稅關，關稅制度亦依舊慣，在1911年改採和日本內地相同的關稅制度。1909年，在淡水街設置了掌管全台關稅事務的臺灣總督府稅關，其在1916年遷至大稻埕；之後隨基隆港發展，在1921年轉移至基隆市，並在1934年分別設立基隆、高雄稅關。
臺灣總督府稅關於1943年被併入臺灣總督府港務局，在二戰後由海關總稅務司署接收，為現在財政部關務署基隆關、財政部關務署高雄關的前身。
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臺灣因馬關條約而割讓給日本，日人於1895年5月底自澳底登陸臺灣後，臺灣總督府民政局財政部關稅課課長野村才二在1895年6月10日，從清廷交接了淡水關、基隆關，正式開始稅關業務，比6月17日的始政紀念日還早了一星期。台灣南部則因乙未戰爭，至同年10月28日、29日，分別在安平、打狗開始稅關業務，並由設在淡水的民政局財政部關稅課負責統籌全台的關稅事務。1896年4月1日，「臺灣總督府稅關官制」公布，正式設立淡水、基隆、安平、台南、打狗等五所稅關，然而台南稅關在同年12月25日即裁撤[1][2]。
除上述四處稅關，在1896年8月1日，還設置蘇澳、舊港、後壠、梧棲、鹿港、東港、媽宮、東石港出張所。這些出張所所在港口為專供對岸戎克船交易的「特別輸出入港」，日治初期原只開放台灣四處港口供各國貿易通商，對岸的戎克船亦只限在此報關納稅，但此政策與台灣原有的航運習慣不同，且台灣中部商民深感不便，於是陸續上書總督府請求開放其他港口。在1897年1月，將蘇澳、舊港、後壠、梧棲、鹿港、東石港(原規劃在布袋，但此處商業活動受乙未戰爭影響而衰退)、東港、媽宮等8港口定為「特別輸出入港」[3]。1899年3月，撤銷蘇澳港，並新增下湖口為特別輸出入港；蘇澳出張所隨之裁撤，同年12月新設下湖口（之後改稱北港溪）出張所[4]。
1901年4月，四處稅關縮編為淡水、安平兩處稅關，將基隆、打狗稅關及其他出張所改為稅關支署[2]。1906年，設立淡水稅關大稻埕出張所[5]。1907年5月，特別輸出入港撤銷下湖口，北港溪稅關支署隨之裁撤，原管轄區域由東石港稅關支署負責[4]。
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1909年5月13日，淡水稅關改為「臺灣總督府稅關」，作為統籌台灣各地的稅關的機關，並將安平稅關改為稅關支署。1913年8月6日，塗葛崛因大肚溪氾濫造成聚落流失，塗葛崛支署改為「梧棲支署」。1916年10月，總督府稅關從淡水移到台北市大稻埕，淡水改為分關[2]。1917年7月，設立大稻埕驛、臺北驛、安平支署台南出張所（位於北門町）[6]。1917年11月，撤銷東港為特別輸出入港，東港稅關支署改為「東港稅關監視署」[4]。
1920年10月，因定地方制度改正，後壠改稱後龍、東石港改稱東石、打狗改稱高雄、媽宮改稱馬公。之後，因基隆港發展，臺灣總督府稅關在1921年8月遷至基隆市，在淡水則改為稅關淡水支署，亦代表基隆港取代了淡水港，成為主導台灣北部貿易的重要港口[7]。1922年4月，大稻埕驛、臺北驛出張所合併為台北出張所[8]，而台北出張所的廳舍位在泉町一丁目7番地，於1927年6月動工，1928年2月竣工（原址在玉泉公園北側）[9]。1929年5月，台北出張所改為台北支署[10]。
在地方的港口則因戎客船貿易衰退，加上台灣南北交通及新港口的建設，舊港、梧棲特別輸出入港在1932年12月關閉，舊港、梧棲支署亦隨之裁撤，前者管轄區域由後龍支署負責，後者由鹿港支署負責[4]。
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1934年7月1日，臺灣總督府稅關改為以濁水溪為界分別設立基隆、高雄稅關[11]。在二戰末期的1943年，由於對外貿易額縮減，總督府因此將各單位縮編，統合稅關、州港務部、交通局海事出張所、築港出張所、港埠事務所等港灣相關單位，合併為「臺灣總督府港務局」；原基隆、高雄稅關則改為臺灣總督府港務局下的「基隆港務局」、「高雄港務局」的稅關部，設有稅關課、監視課、鑑查課，並持續到終戰[7]。此時期的稅關、支署及監視署如下：
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二戰後，台灣的海關由海關總稅務司署派員接收，分別設置台北（位於基隆港）、台南關稅務司公署（位於高雄港）[7]。
除了稅關外，在不開放通商的港口則是設置「稅關監視署」，執行監視、巡查、防止走私偷渡等任務。於1899年12月首先在大安港、番挖(1920年改稱沙山)設置監視署。1900年3月增設大稻埕、大安港監視署；同年年4月增設八罩島、漁翁島監視署。
之後，因台灣與對岸的戎克船走私仍頻，在1902年10月增加至17處稅關監視署，新增了東港(宜蘭)、金包里、許厝港、中港、通霄、五條港(1920年改稱海口)、布袋嘴、國聖港(1920年改稱七股)、灣裡港、大林蒲、枋寮、車城監視署，裁撤梧棲監視署；並在1905年8月新增舊社(1920年改稱社裡，1924年移到田寮洋字挖子)、香山、苑裡、北門嶼、赤崁、大板埒、卑南(1919年改稱台東)監視署。1907年6月，新增蘇澳、下湖口(1920年改稱口湖)、花蓮港稅關監視署，將赤崁稅關監視署移至桃仔園，裁撤大稻埕稅關監視署。1917年12月，因東港被撤銷特別輸出入港，東港稅關支署改為「東港稅關監視署」；位於宜蘭的東港稅關監視署則移至頂清水莊，改稱「清水稅關監視署」，而大林埔稅關監視署亦在同時往北遷，改為「紅毛港稅關監視署」。1919年，卑南稅關監視署改為「台東稅關監視署」，此時有27處稅關監視署，數量在此時期達到高峰。
1920年10月，多處稅關監視署配合地名改正而改名，而後開始計畫減少監視署的數量。1923年2月，裁撤香山、苑裡、七股、桃子園、紅毛港、八罩島稅關監視署；於1924年12月，則只保留了蘇澳、社裡、金山、布袋、北門、灣裡、東港、車城、漁翁島等9處稅關監視署。1925年7月，社裡稅關監視署改為澳底稅關監視署。
然而，在稅關監視署縮編後，走私查獲件數又大量增加，於是1930年8月恢復之前被裁撤的稅關監視署，增設許厝港、中港、大安、沙山、海口、七股、花蓮港、台東稅關監視署。1932年12月，因舊港、梧棲被取消特別輸出入港，舊港、梧棲支署裁撤而改為監視署。
1936年6月，馬公支署改為馬公監視署。1938年3月，新設野柳監視署。1939年9月，花蓮監視署改為花蓮支署，此時有20所稅關監視署。1941年，裁撤澳底、中港大安、沙山、海口、七股、灣裡、漁翁島監視署。1942年11月，裁撤野柳監視署、新設鹿港、東石監視署，此時有13所稅關監視署。港務局制度在1943年實施後，所有的稅關監視署皆廢除，改設港務局出張所、港務支局出張所以負責原本的關稅警察任務。[4][14]
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| 任次 | 肖像 | 姓名 (生–卒) |
在任時間 | 備註 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 野村才二 (？–？) |
1896年4月1日 | 1899年1月11日 | ||
| 2 | 
|
中村純九郎 (1853–1947) |
1899年1月11日 | 1901年4月11日 | |
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