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醫學微生物學（clinical microbiology）是一個醫學分支，主要關注傳染病的預防、診斷和治療。此外，科學這一領域的研究微生物對健康的改善各種臨床應用。有四種微生物是會導致傳染病，包括細菌、真菌、寄生蟲和病毒。
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醫療微生物學家專門研究病原體的特點，例如其傳播方式、感染和生長機制。醫學微生物學家經常作為顧問醫生，提供識別病原體，並提出治療方案。
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