內部部局文部科學省 大臣官房(日语:文部科学省大臣官房) 生涯學習政策局(日语:生涯学習政策局) 初等中等教育局(日语:初等中等教育局) 高等教育局 科學技術、學術政策局(日语:科学技術・学術政策局) 研究振興局(日语:研究振興局) 研究開發局(日语:研究開発局) 體育、青少年局(日语:スポーツ・青少年局)
文部科學省高等教育局 高等教育企劃課(政令第44條第1項) 大學振興課 專門教育課 醫學教育課 學生、留學生課 國立大學法人支援課 私學部(政令第2條第2項) 私學行政課(政令第44條第2項) 私學助成課 參事官 科學技術、學術政策局(日语:科学技術・学術政策局) 政策課(政令第54條) 企劃評價課 人才政策課 研究開發基盤課
內閣府・個人情報保護審査會(日语:情報公開・個人情報保護審査会)事務局等則設在千代田區永田町一丁目11-39的永田町合同廳舍,另外大手町合同廳舍第3號館與經濟產業省別館、民間大樓皆有內閣府的組織。 內閣府的文宣包含《防災廣報》(広報ぼうさい)(政策統括官(防災擔當))、《學術動向》(学術の動向)(日本學術會議)等。
文部省人事課、總務課、會計課、政策課、調查統計企畫課、福利課 文教施設部 技術參事官 指導課、計畫課、技術課 總務審議官 審議官(6人) 生涯學習局 生涯學習振興課、社會教育課、學習情報課、青少年教育課、男女共同參畫學習課 初等中等教育局 高等學校課、中學校課、小學校課、幼稚園課、職業教育課、特殊教育課、教科書課 教育助成局
日本學術會議學術自由遭干涉的爭議。 作為代表日本科學界的機構、促進研究人員之間的國際合作、進行信息傳播和信息收集、並反映科學家對政策的意見。 根據這一目的,為了維持学術会議與各團体之間的緊密合作關係,對於協力学術研究團体進行認證,並提供信息和贊助。並且,提升科學之進步與發展,使科學能深植到行政、產業及國民生活之中。