本文敘述愛沙尼亞的歷史。
早期
人類最早在愛沙尼亞居住的證據與孔達文化有所關聯。在石器時代早期，普利人在派爾努河定居。
98年，愛沙尼亞（Eesti）這個名字第一次以塔西陀記載的愛西提（Aestii）人形式出現。
中期
[[在中世紀，愛沙尼亞是歐洲幾個未被基督化的地區。
1193年，教皇雷定三世呼籲十字軍討伐北部歐洲的異教徒。
1219年，丹麥國王瓦爾德馬二世征服愛沙尼亞北部。最早提到丹麥瑞典人的書面記載是1294年哈普沙盧鎮的法律。愛沙尼亞瑞典人是最早得知的愛沙尼亞少數民族之一。他們被稱為海岸地區瑞典人。
1343年，開始叛亂，被利沃尼亞騎士團佔領。
1346年，以10000馬克成交給利沃尼亞騎士團。
1520年，馬特·路德的宗教改革傳入愛沙尼亞。
1558年，利沃尼亞戰爭爆發。
晚期
1561年，由瑞典統治。
在1629年波蘭瑞典戰爭中，利沃尼亞被波蘭立陶宛攻占。在北方戰爭之後，根據1660年的波蘭立陶宛和瑞典的奧利瓦條約，波蘭國王放棄瑞典王位以及割讓利沃尼亞。
近代（1916-1990）
1918年2月25日，德軍佔領愛沙尼亞。
1918年3月3日，蘇俄與德意志帝國簽訂《布列斯特和約》，割讓芬蘭、愛斯特蘭（愛沙尼亞）、里夫蘭（拉脫維亞）、立陶宛和烏克蘭地區給德國。
1918年11月，德國爆發革命，11月11日德國宣布投降，德軍撤出波羅的海。11月28日，愛沙尼亞隨即宣佈獨立並得到英法等國的承認。
1919年4月5日至7日，愛沙尼亞制憲大會召開。
1920年2月2日，蘇俄與愛沙尼亞簽署《塔爾圖和約》，放棄愛沙尼亞地區，承認獨立。
從1918年，愛沙尼亞共和國第一次獨立共持續22年。
1940年6月16日，蘇聯占領愛沙尼亞。7月21日，成立愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國。8月1日，併入蘇聯，成為蘇聯的加盟共和國。
1941年6月22日，德國入侵蘇聯，佔領愛沙尼亞，劃入奧斯蘭總督轄區。
1944年，德國撤退，蘇聯重新佔領愛沙尼亞。
第二次世界大戰中，愛沙尼亞損失了22萬人，相當於戰前人口的1/5。有8萬人流亡到西方。
1949年5月起，蘇聯開始向西伯利亞流放愛沙尼亞人，並遷入俄羅斯人。至1952年，愛沙尼亞人的比例已從1941年的90%下降至48%。
1988年11月16日，愛沙尼亞最高蘇維埃通過獨立聲明。
1989年1月，官方語言定為愛沙尼亞語，2月24日恢復第一共和國的藍黑白三色國旗。
現代（1990至今）
1990年2月24日，組成國會。
1991年3月3日，舉行獨立公投，支持獨立78.4%，投票率82.9%。
8月19日，蘇聯發生政變。8月20日，正式宣告獨立。8月26日，俄羅斯承認獨立。9月6日，蘇聯承認獨立。9月17日，成為聯合國會員。12月26日，蘇聯解體。
1992年6月28日，公民投票通過現行第四部憲法。 2004年3月29日，加入北大西洋公約組織。5月1日，加入歐盟。
2007年12月21日，成為申根公約會員。
2010年12月9日，成為經濟合作與發展組織會員。
2011年1月1日，加入歐元區。
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