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村上水軍是日本南北朝時代到室町・戰國時代在瀨戶內海活動的水軍（海賊眾）。勢力據點是以藝予諸島為中心的海域，之後大致分成能島村上家、來島村上家、因島村上家。代表的家紋是「丸內上文字」。
村上三家也總稱「三島村上氏」，起源不明，但是可以確知原為一家。最有力的說法是《尊卑分脈》的記載，源自河內源氏之庶流信濃村上氏。平安時代活躍的村上為國之弟定國在保元之亂後，經由淡路島在塩飽諸島定居；平治之亂後的永曆元年（1160年）移居越智大島[1]，成為伊予村上氏之祖。
能島村上氏的系圖內，村上源氏的出自以村上天皇的皇子具平親王之子源師房為祖。因島村上氏也有同様起源的系圖。又，信濃村上氏的系圖內，源賴信的次男賴清是村上天皇的皇子為平親王之子源憲定（村上憲定）的女婿，為村上姓，也是類似的說法。其他還有伊予越智氏的庶流之說。
文獻史料上，最早的記錄是1349年（南朝：正平4年、北朝：貞和5年），能島村上氏負責東寺領的弓削莊付近的海上警護。南北朝時代，掌握因島、弓削島等為中心的瀨戶內海制海權，在海上設關徵收通行費，派遣引水人、負責海上警護等。
戰國時代，因島村上氏臣從毛利氏。來島村上氏臣從河野氏，村上通康改姓越智。能島村上氏和河野氏保持友好關係，但是未臣屬。之後，成為在中國地方擴張勢力的毛利水軍之一翼，在1555年（弘治元年）的嚴島之戰、1561年（永祿4年）的豐前簑島合戰、1567年（永祿10年）的毛利氏伊予出兵、1576年（天正4年）的第一次木津川口之戰等大為活躍。
來島村上氏在三家之中最早跟隨豐臣秀吉，被視為獨立大名，其他二家的能島村上氏是小早川氏、因島村上氏是毛利氏的家臣。1588年（天正16年）年，豐臣秀吉發布海賊停止令，村上水軍停止海賊眾的活動。之後，因島村上氏仍為毛利家的家臣，江戶時代成為長州藩的船手組，根據地在周防國三田尻。能島村上氏從毛利家獲得周防大島，江戶時代和因島村上氏同是長州藩船手組。來島村上氏在江戶時代轉封豐後國玖珠郡，完全遠離海洋（森藩）。
- 村上師清
- 能島村上氏
- 村上雅房
- 村上隆勝
- 村上義忠
- 村上武吉
- 村上元吉
- 村上景親
- 村上元武
- 村上元信
- 村上隆重
- 村上景廣
- 因島村上氏
- 村上吉充
- 村上亮康
- 來島村上氏（久留島氏）
（村上師清？義胤？） ┃ 義顯 ┃ 雅房 ┃ 隆勝 ┣━━┳━━┓ 義雅 義忠 隆重 ┃ ┃ ┃ 義益 武吉 景廣 ┏━━┫ 元吉 景親 ┃ ┃ 元武 元信 ┃ 就親
※村上氏→來島氏→久留島氏 數字是藩主代數
（村上義胤？義顯？） ┃ 顯忠 ┃ 吉元 ┃ 康吉 ┃ 通康 ┣━━━┳━━━┓ 得居通幸 通清 來島通總 ┃ 長親1 ┃ 久留島通春2 ┏━━━━━┳━┻┳━━┓ 通清3 通貞 通迥 通方 ┣━━┓ ┃ 通政4 通重 光通 ┣━━┳━━┳━━┓ ∥ ∥ ∥ ∥ 通用 通孝 通重 光通5 ┏━━┫ 通祐6 通同 ∥ 通同7 ┃ 通嘉8 ┏━━┫ 通容9 通胤 ┏━━┫ 通明10通寛 ∥ 通胤11 ┣━━┓ 通靖12通簡
（村上義胤？義顯？） ┃ 顯長 ┃ 吉資 ┃ 吉充 ┃ 吉直 ┃ 尚吉 ┣━━━━━┳━━┓ 吉充 吉忠 亮康 ┣━━┓ ┃ ┣━━┓ ∥ ∥ ┃ ┃ ┃ 景隆 吉亮 吉國 景隆 吉亮 ┃ 元充
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