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幼時就讀於其父所辦之新式小學,後來進入上海震旦學院(1932年改稱震旦大學)學習法文。1911年夏季赴英國留學,初入預備學校,隨後進了格拉斯哥大學醫學院,1920年畢業後,赴倫敦大學衛生與熱帶病學院擔任蠕蟲病助理研究員。1922年1月獲得倫敦衛生及熱帶病學院頒發衛生及熱帶病學文憑。1921年4月至9月,參加英國皇家絲蟲病委員會赴西印度考察熱帶病,隨後任職於格拉斯哥西部醫院,至1923年回國。1923年至1937年任職於北京協和醫學院,歷任助教、講師、副教授、襄教授、教授,其間並定期赴江南考察熱帶病疫情,進行防治和研究。1937年秋開始,南下籌辦貴陽醫學院,並於1938年6月成立後擔任院長職務。1947年5月赴北平擔任協和醫學院的院長[3]。
李宗恩在20、30年代主要研究寄生蟲病,尤其是絲蟲病、血吸蟲病、瘧疾和黑熱病。先後在國內外醫學雜誌上發表的論文共18篇 [4]。他曾在華北、華中地區設立血吸蟲病及其他多發性熱帶病的病情觀察站,是為中國熱帶病學研究的創始人。後期投入醫學教育事業,造就無數醫學界人才。1948年,當選為中央研究院第一屆院士。
中華人民共和國成立後,他留任原職。1949年9月受中國科協推舉,擔任全國政協委員。1957年被打成「右派」,隨後被「放逐」到昆明,任職於昆明醫學院。1962年病逝於昆明[5]。
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