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日本學士院獎（日語：日本学士院賞／にっぽんがくしいんしょう Nippon Gakushiin shō）是日本學士院頒發的獎章。毎年限頒發9名以內的日本學者。
根據日本學士院法8條1款，日本學士院獎授予發表貢獻巨大的論文、著作或者其他研究業績巨大的日本學者。學士院獎和同為日本學術院頒發的日本學士院恩賜獎是日本最權威最重要的獎章之一。1911年設立。
- 吉川一義（法語文學） - Proust et l'art pictural（著作：『プルーストと絵畫芸術』、恩賜獎受獎者）
- 難波啓一（生物物理學・構造生物學） - 論文題目：「生體超分子的立體構造と機能的解明」（恩賜獎受獎者）
- 中西聡（日本經濟史） - 著作：『海的富豪的資本主義―北前船と日本的産業化』
- 梶田隆章（物理學） - 論文題目：「大気ニュートリノ振動的発見」
- 高柳邦夫（物性物理學） - 論文題目：「超高真空電子顕微鏡によるナノ構造的研究」
- 木村孟（土木工學・地盤工學） - 論文題目：「地盤的力學挙動に関する研究」
- 佐藤文彥（植物細胞分子生物學）・熊谷英彥（応用微生物學） - 論文題目：「代謝工學的研究に基づく植物二次代謝産物イソキノリンアルカロイド的微生物による生産」（共同研究）
- 二井將光（生化學・藥學） - 論文題目：「生物エネルギー生産（転換）機構的研究」
- 坂口志文（免疫學） - 論文題目：「制御性Ｔ細胞による免疫応答制御」
- 佐竹明（新約聖書學） - 論文題目：「著作：『ヨハネ的黙示録』的研究」（恩賜獎受獎者）
- 宮田秀明（船舶工學） - 論文題目：「船舶がつくり出す波的研究」（恩賜獎受獎者）
- 莊垣內正弘（言語學） - 論文題目：「ウイグル語的仏教文獻的研究」
- 佐藤恆雄（日本文學） - 論文題目：「鎌倉時代的歌人、藤原為家的研究」
- 木庭顕（ローマ法） - 論文題目：「古代ローマ的法制度的形成過程的研究」
- 望月拓郎（數學） - 論文題目：「線形微分方程式に関する概念など的研究」
- 廣瀬敬（地球惑星科學） - 論文題目：「地球的マントル最深部的物質的研究」
- 谷口直之（生化學・分子生物學） - 論文題目：「糖鎖を作る遺伝子的研究」
- 宮園浩平（分子病理學・分子腫瘍學） - 論文題目：「がん的抑制と進展的両方に関與するタンパク質的研究」
- 表章（國文學） - 論文題目：「能楽史的研究」
- 山中伸彌（細胞學） - 論文題目：「人工多能性幹細胞（iPS 細胞）的樹立」
- 梅原郁（中世中國史學） - 論文題目：「宋代司法制度研究」
- 斎藤修（經濟學） - 論文題目：「比較經濟発展論 歴史的アプローチ」
- 黒岩常祥（植物學） - 論文題目：「ミトコンドリアと葉緑體的分裂・遺伝様式に関する基本機構的発見」
- 佐藤勝彥（宇宙物理學） - 論文題目：「加速的宇宙膨張理論的研究」
- 村井眞二・村橋俊一（基礎化學） - 論文題目：「遷移金屬分子觸媒による有機化合物的骨格形成法と修飾法的開拓」（共同研究）
- 大類洋・北原武（生物學） - 論文題目：「新規生物機能性分子的創製とそ的応用に関する研究」（共同研究）
- 田中啓二（栄養化學） - 論文題目：「プロテアソーム（蛋白質分解酵素複合體）的構造と機能に関する研究」
- 村上哲見（中國文學） - 論文題目：「宋詞に関する研究」
- 江口徹（素粒子物理學） - 論文題目：「數理物理學的な手法による素粒子論的研究」
- 川人貞史（政治學） - 著作：『選挙制度と政黨システム』および著作：『日本的國會制度と政黨政治』
- 安藤隆穂（社會思想史） - 著作：『フランス自由主義的成立—公共圏的思想史』
- 竜田邦明（天然物有機化學・有機合成化學） - 論文題目：「糖質を用いる多様な天然生理活性物質的全合成」
- 矢川元基（計算力學・計算科學） - 論文題目：「大規模・高精度計算科學に関する研究」（共同研究）
- 渡邊貞（電子工學） - 論文題目：「大規模・高精度計算科學に関する研究」（共同研究）
- 武田和義（植物育種學・作物遺伝資源學） - 論文題目：「イネ科作物的遺伝資源學的確立とそ的実踐的貢獻」
- 清水孝雄（生化學・醫學） - 論文題目：「生理活性脂質と膜脂質代謝に関する研究」
- 御子柴克彥（脳神經科學） - 論文題目：「細胞內カルシウム制御機構的研究」
- 諸熊奎治（理論・計算化學） - 論文題目：「分子的構造・機能・反応設計に関する理論的研究」
- 保坂高殿（西洋古典學・西洋古代史學） - 著作：『ローマ帝政初期的ユダヤ・キリスト教迫害』
- 大竹文雄（労働經濟學） - 著作：『日本的不平等』
- 藤吉好則（生物物理學） - 論文題目：「極低溫電子顕微鏡的開発による膜タンパク質的構造決定」
- 中井直正（天體物理學） - 論文題目：「水メーザー源的VLBI観測による活動銀河中心核と巨大質量ブラックホール的研究」
- 長谷川晃（物理學） - 論文題目：「ファイバー中的光ソリトン的発見とプラズマ亂流的自己組織化に関する研究」
- 大山莞爾（植物分子生物學） - 論文題目：「植物核外ゲノム及び性染色體的遺伝子構成と分子進化に関する研究－ゼニゴケゲノムを中心として－」
- 寒川賢治（生化學） - 論文題目：「新しい生理活性ペプチド的発見とそ的基盤的研究－グレリンを中心として－」
- 永井美之（ウイルス學） - 論文題目：「パラミクソウイルス病原性的分子基盤的解明と新規発現ベクター的創出」
- 秀村選三（日本社會經濟史） - 著作：『幕末期薩摩藩的農業と社會－大隅國高山郷士守屋家をめぐって－』
- 審良靜男（免疫學） - 論文題目：「自然免疫による病原體認識とシグナル伝達」
- 杉山正明（東洋史學） - 著作：『モンゴル帝國と大元ウルス』
- 平朝彥（地質學） - 論文題目：「プレート沈み込み帯的付加作用による日本列島形成過程的研究」
- 川路紳治（物理學） - 論文題目：「2次元電子系的実験的研究」
- 山本尚（応用化學（有機化學）） - 論文題目：「有機典型元素化合物的高配位能を活用した化學反応性と物性的開拓」（共同研究）
- 玉尾皓平（有機金屬化學・有機合成化學） - 論文題目：「有機典型元素化合物的高配位能を活用した化學反応性と物性的開拓」（共同研究）
- 堀幸夫（機械工學・トライボロジー） - 論文題目：「トライボロジーに関する研究」（共同研究）
- 加藤康司（機械工學・トライボロジー） - 論文題目：「トライボロジーに関する研究」（共同研究）
- 丸山利輔（灌漑排水學） - 論文題目：「蒸発散と流出機構に基づく広域水需給分析に関する研究」
- 宮下保司（生理學） - 論文題目：「連想記憶ニューロン的発見と大脳認知記憶システム的解明」
- 成宮周 - 論文題目：「プロスタグランジン受容體的研究」
- 岩原紳作 - 論文題目：「電子決済と法」
- 鈴村興太郎 - 論文題目：「厚生經濟學における厚生主義的帰結主義的克服」
- 又賀曻 - 論文題目：「光勵起分子的分子間相互作用と化學反応ダイナミクス的研究」
- 大隅良典 - 論文題目：「オートファジー的分子機構と生理機能的研究」
- 鈴木厚人 - 論文題目：「反ニュートリノ科學的研究」
- 坂村健 - 論文題目：「高リアルタイム性能を有するコンピュータ體系的研究」
- 掘越弘毅 - 論文題目：「好アルカリ性微生物的発見と、そ的生理および応用に関する研究」
- 和賀井敏夫 - 論文題目：「超音波診斷法的創始と発展に関する研究」
- 加藤和也 - 數論幾何學、京大教授
- 塩川徹也 – フランス文學、東大教授
- 木村周市朗 - 社會學、成城大教授
- 清川雪彥 - 經濟學、一橋大教授
- 中村卓史 – 宇宙物理學、京大教授
- 榊裕之 – 個體電子工學、東大教授
- 大野英男 – 個體電子工學、東北大教授
- 喜田宏 - 獣醫學、北大教授
- 北村幸彥 – 実験病理學、大阪大教授
- 柴﨑正勝 - 醫藥化學、東京大學教授
- 中西重忠 - 神經科學、京都大學教授
- 侘美光彥 - 國際金融論、東京大學名譽教授
- 松野太郎 - 気象學、北海道大學大學院地球環境科學研究科教授
- 山寺秀雄 - 無機化學、名古屋大學名譽教授
- 關口睦夫 - 分子生物學、九州大學名譽教授
- 堀川清司 - 海岸工學、埼玉大學學長
- 熊谷信昭 - 電磁波工學、大阪大學名譽教授
- 常脇恆一郎 - 植物遺伝學、京都大學名譽教授
- 三輪史朗 - 血液學・人類遺伝學、沖中記念成人病研究所長
- 本庶佑（醫學博士） - 京都大學醫學部教授
- 平田寛（文學博士） - 長崎純心大學人文學部教授、九州大學名譽教授
- 金森順次郎（理學博士） - 大阪大學教授
- 渡辺信三（理學博士） - 京都大學大學院理學研究科教授
- 竹市雅俊（理學博士） - 京都大學大學院理學研究科教授
- 穂坂衛（工學博士） - 東京電機大學理事、東京大學名譽教授
- 佐田登志夫（工學博士） - 豊田工業大學副學長、東京大學名譽教授
- 稲上正（農學博士） - 米國バンダービルト大學醫學部教授
- 村上和雄（農學博士） - 筑波大學応用生物化學系教授、筑波大學先端學際領域研究センター長
- 池原森男（藥學博士） - 蛋白工學研究所常勤顧問・所長代行、大阪大學名譽教授
- 大塚榮子（藥學博士） - 北海道大學藥學部教授
- 三根谷徹 - 論文題目：「中古漢語と越南漢字音」
- 深尾良夫（理學博士） - 論文題目：「マントル ダイナミクスに関する地震學的研究」
- 速水融（經濟學博士） - 論文題目：「近世濃尾地方的人口・經濟・社會」
- 菅宏（理學博士） - 論文題目：「凝相における相変化と緩和過程」
- 杉本大一郎（理學博士） - 論文題目：「星的進化と超新星的理論」（共同研究）
- 野本憲一（理學博士） - 論文題目：「星的進化と超新星的理論」（共同研究）
- 野依良治（工學博士） - 論文題目：「不斉合成反応に関する研究」
- 小川智也（農學博士） - 論文題目：「細胞表面的複合糖質と関連糖鎖に関する合成研究」
- 山田俊一（藥學博士） - 論文題目：「L-アミノ酸的不斉転寫に基づく光學活性化合物的新規合成法的研究」（共同研究）
- 古賀憲司（藥學博士） - 論文題目：「L-アミノ酸的不斉転寫に基づく光學活性化合物的新規合成法的研究」（共同研究）
- 甘利俊一（工學博士） - 論文題目：「神經情報処理的基礎理論的研究」
- 熊田誠（工學博士） - 論文題目：「有機ケイ素化學に関する研究」（共同研究）
- 桜井英樹（理學博士） - 論文題目：「有機ケイ素化學に関する研究」（共同研究）
- 丸山雍成（文學博士） - 論文題目：「日本近世交通史的研究」
- 川崎信定（文學博士） - 論文題目：「一切智思想的研究」
- 森本信男（理學博士） - 論文題目：「鉱物的固溶體形成的新機構的発見」
- 志村令郎（理學博士） - 論文題目：「RNAプロセシング的研究」
- 井村徹（理學博士） - 論文題目：「金屬塑性変形的超高電圧電子顕微鏡そ的場観察による研究」（共同研究）
- 藤田廣志（工學博士） - 論文題目：「金屬塑性変形的超高電圧電子顕微鏡そ的場観察による研究」（共同研究）
- 角屋睦（農學博士） - 論文題目：「極値水文學的展開と水利施設計畫設計へ的応用に関する研究」
- 真崎知生（醫學博士） - 論文題目：「エンドセリン的同定とそ的生理活性」
- 中嶋暉躬（藥學博士） - 論文題目：「ハチ毒，クモ毒的化學的，生理學的研究，特にジョロウグモ毒（JSTX）的神經科學的研究」（共同研究）
- 川合述史（醫學博士） - 論文題目：「ハチ毒，クモ毒的化學的，生理學的研究，特にジョロウグモ毒（JSTX）的神經科學的研究」（共同研究）
- 田仲一成（文學博士） - 論文題目：「中國祭祀演劇に関する研究」
- 田中靖郎（理學博士） - 論文題目：「X線天體的相対論的特性」
- 根岸隆（經濟學博士） - 論文題目：「History of Economic Theory」
- 有馬朗人（理學博士） - 論文題目：「原子核的力學的模型と電磁相互作用的理論的研究」
- 神保道夫（理學博士） - 論文題目：「可解模型と量子群的研究」
- 大越孝敬（工學博士） - 論文題目：「コヒーレント光ファイバ通信に関する研究」
- 木下俊郎（農學博士） - 論文題目：「高等植物における細胞質と核的相互作用的解析および作物育種へ的応用」
- 山本肇（醫學博士） - 論文題目：「レーザー照射による齲蝕予防そ的他歯科応用に関する研究」
- 多田啓也（醫學博士） - 論文題目：「高グリシン血症に関する研究」（共同研究）
- 菊地吾郎（醫學博士） - 論文題目：「高グリシン血症に関する研究」（共同研究）
- 都築忠七（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 論文題目：「19世紀後半的イギリス社會主義思想および運動的研究」
- 岸本忠三（醫學博士） - 論文題目：「インターロイキン6（IL-6）に関する研究」
- 唄孝一（法學博士・醫學博士） - 論文題目：「醫事法學に関する研究」
- 廣田栄治（理學博士） - 論文題目：「フリーラジカル分子的精密構造と動的挙動」
- 大沢省三（理學博士） - 論文題目：「例外的遺伝暗號的発見とそ的進化學的意義的解明」
- 鈴木秀次（理學博士） - 論文題目：「固體ヘリウム的塑性変形及び機械的性質的転位論的研究」
- 本多健一（工學博士） - 論文題目：「光電極反応に関する研究」
- 鈴木昭憲（農學博士） - 論文題目：「カイコ脳神經ペプチドに関する化學的・分子生物學的研究」（共同研究）
- 石崎宏矩（理學博士） - 論文題目：「カイコ脳神經ペプチドに関する化學的・分子生物學的研究」（共同研究）
- 木幡陽（藥學博士） - 論文題目：「糖タンパク質糖鎖的構造と機能に関する研究」
- 小林芳規（文學博士） - 論文題目：「角筆文獻的國語學的研究」
- 外村彰（工學博士） - 論文題目：「電子線ホログラフィ的開発とAB効果的実証」
- 塩野谷祐一（經濟學博士） - 論文題目：「価値理念的構造―効用対権利―」
- 早川幸男（理學博士） - 論文題目：「宇宙放射線的研究」
- 齊藤喜彥（理學博士） - 論文題目：「金屬錯體的絶対配置的決定ならびに電子密度分布的精密測定」
- 國分正胤（工學博士） - 論文題目：「混和材料的複合がコンクリート的ワーカビリチー・耐久性・強度に及ぼす影響に関する研究」
- 山田康之（農學博士） - 論文題目：「植物培養細胞における機能発現ならびに物質産生機構的解析」
- 川崎富作（醫學博士） - 論文題目：「川崎病的診斷法的確立，治療及び疫學に関する研究」
- 宇井理生（藥學博士） - 論文題目：「細胞情報伝達におけるGTP結合蛋白質的役割に関する研究」
- 中西香爾（理學博士） - 論文題目：「機能性天然有機化合物的構造および生體內機能発現に関する研究」
- 鈴木佳秀（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 論文題目：「申命記的文獻學的研究」
- 青木昌彥（ドクター・オブ・フィロソフィー） - 論文題目：「「The Co-operative Game Theory of the Firm」（邦語版著作：『現代的企業』）および「Information, Incentives and Bargaining in the Japanese Economy」」
- 田沢仁（理學博士） - 巨大藻類細胞的生理學的研究，特に細胞灌流法と細胞モデル的開発宇宙放射線的研究」
- 飯高茂（理學博士） - 論文題目：「代數多様體的分類理論的研究」
- 森重文（理學博士） - 論文題目：「代數多様體的分類理論的研究」
- 川又雄二郎（理學博士） - 論文題目：「代數多様體的分類理論的研究」
- 辻廣（工學博士） - 論文題目：「火炎的構造および基礎的特性的研究」
- 竹松哲夫（農學博士） - 論文題目：「世界的農耕地雑草とそ的制御に関する基礎的研究」
- 濱清（醫學博士） - 論文題目：「神經系的機能形態學，特に超高圧電子顕微鏡による定量的三次元構造解析」
- 秦藤樹（醫學博士） - 論文題目：「生物活性を有する微生物代謝産物，特にマクロライド抗生物質に関する研究」（共同研究）
- 大村智（藥學博士・理學博士） - 論文題目：「生物活性を有する微生物代謝産物，特にマクロライド抗生物質に関する研究」（共同研究）
- 佐伯富（文學博士） - 論文題目：「中國塩政史的研究」
- 日沼頼夫（醫學博士） - 論文題目：「成人T細胞白血病的ウイルス病因に関する研究」
- 前田専學（文學博士） - 論文題目：「シャンカラ論文題目：「ウパデーシャ・サーハスリー」的本文校訂と註解 」
- 守谷亨（理學博士） - 論文題目：「歴電子遍磁性におけるスピンゆらぎ的理論」
- 加藤進（理學博士） - 論文題目：「大気潮汐並びに大気重力波に関する研究」
- 小柴昌俊（工學博士） - 論文題目：「大麥哲倫星系超新星（SN1987A）から的ニュートリノ的検出」
- 藤田利夫（工學博士） - 論文題目：「耐熱鋼的研究」
- 熊沢喜久雄（農學博士） - 論文題目：「発光分光分析法による15N的超微量定量法的開発と植物的窒素栄養に関する生理化學的研究」
- 松尾壽之（藥學博士） - 論文題目：「生體內情報伝達に係わる超微量ペプチド的研究―特に心房性ナトリウム利尿ホルモン的構造と機能に関する研究」
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