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早在公元前5世紀,古希臘學者希羅多德就曾記載過貨幣蟲(Nummulite)的微體化石。但是微體古生物學作為一門獨立的學科開始於第一次世界大戰期間。當時隨著石油工業的發展,人們認識到微體化石在石油勘探過程中確定地層時代及進行地層劃分有著重要意義。第一次世界大戰期間,微體古生物學開始作為獨立的學科進入美國的一些大學的課程中。1945年美國著名古生物學家格萊斯納發表了《微體古生物學原理》(Principles of Micropalaeontology),是第一本正式出版的微體古生物學教科書。
中國早期的微體古生物學研究主要是由少數一些地質學家對一些門類進行了研究,一種以李四光對䗴類化石研究比較突出。20世紀60年代初,北京地質學院開始將微體古生物學列為地層古生物學和石油地質學專業的專業課程。
微體古生物學主要研究微體化石的形態、構造、化學成分以及生物學特徵、分類、地質歷程等內容。微體古生物學的研究成果可以作為地層學中劃分地層、進行地質年代研究的重要依據。
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