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菌絲(英語:hypha,眾數hyphae)是絲狀真菌(英語:filamentous fungus)或稱黴菌(英語:mold)中的一種長、支鏈絲狀結構,它是大多數真菌的結構單位,而部分原核生物如放線菌同樣存在菌絲[1]。在大多數真菌中,菌絲是營養生長的主要模式。酵母是單細胞真菌不成長為菌絲。
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孢子生出嫩芽形成芽管,芽管逐漸延長呈絲狀,稱為菌絲。菌絲的平均直徑為4~6微米。[2]一個菌絲包含一個或多個由管狀細胞壁包圍的細胞。菌絲細胞壁的主要成分主要是多糖,可占細胞乾重80%~90%,其次是蛋白質和脂質。其多糖成分含有β-(1,3)-葡聚糖、甘露醇、幾丁質等。某些真菌菌絲在一定的間距可形成橫隔,菌絲可以用許多不同方式分化以提供特定功能。稱為隔膜(英語:septum)。隔膜通常都有一些足夠讓核糖體、粒線體和細胞核穿過的孔隙。有些菌絲存在有隔菌絲;有些菌絲存在無隔菌絲,代表它們沒隔膜分隔。菌絲可以生長出許多分枝,交織成團形成為菌絲體(英語:Mycelium)。一般來說,每個菌絲體都是可以獨立維持生命的單位,即使菌絲分離,其一部分也能繼續生長。[3]
菌絲有獨特的生長方法,可以用環境刺激控制,如電場刺激,亦可探測到一定範圍內的生殖單位,並朝它們成長,亦可以穿透一些滲透面[4]。在瓊脂培養基等均勻的基質中,菌絲初時均勻向各方生長,但逐漸傾向從中心向外部,生長隨溫度不同有很大變化,可以用許多方法修飾以提供特定的功能。
菌絲形態的多樣性可作為真菌鑑別和分類的依據。
球拍狀;結節狀;螺旋狀;鹿角狀;破梳狀;關節狀
如果它們的高折射率使其在顯微鏡下呈現油性或顆粒狀外觀,則菌絲描述為「gloeoplerous」(「gloeohyphae」)。這些細胞可能是淡黃色或透明。它們有時可以選擇性用磺胺苄或其他試劑著色。稱為Cystidia的特殊細胞也可以是gloeoplerous。
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