相較於一個靜態的染色體而言,細胞內的轉錄物組是一個處於不斷變化的動態過程。隨著現在的次世代基因定序(NGS)技術的發展,使得可測得的DNA鹼基覆蓋面增加且樣本輸出的吞吐量增大。有助於對細胞內RNA轉錄物進行定序,提供包括選擇性剪接的轉錄、轉錄後的修飾、基因融合、突變/SNPs以及基因表現量改變等細節[3]。,RNA定序不僅能檢測mRNA的轉錄,還能觀測到包括總RNA和小RNA(miRNA、tRNA和核糖體RNA)在內不同尺度的RNA表現譜[4]。RNA定序還能用來確定外顯子/內含子的邊界,修正之前注釋的5'和3'端基因邊界。未來的RNA定序研究還包括觀察感染時細胞傳導路徑的變化[5]和癌症中不同基因表現程度[6]。下一代基因定序之前,對轉錄物組學和基因表現的研究主要基於基因表現晶片(微陣列),後者包含數以千計用於探測靶向序列的DNA探針,可以得到所有表現出轉錄物的表現譜。基因表現晶片之後,基因表現的系列分析(英語:Serial analysis of gene expression)(SAGE)是主要的基因分析技術。
相較於一個靜態的染色體而言,細胞內的轉錄物組是一個處於不斷變化的動態過程。隨著現在的次世代基因定序(NGS)技術的發展,使得可測得的DNA鹼基覆蓋面增加且樣本輸出的吞吐量增大。有助於對細胞內RNA轉錄物進行定序,提供包括選擇性剪接的轉錄、轉錄後的修飾、基因融合、突變/SNPs以及基因表現量改變等細節[7]。,RNA定序不僅能檢測mRNA的轉錄,還能觀測到包括總RNA和小RNA(miRNA、tRNA和核糖體RNA)在內不同尺度的RNA表現譜[8]。RNA定序還能用來確定外顯子/內含子的邊界,修正之前注釋的5'和3'端基因邊界。未來的RNA定序研究還包括觀察感染時細胞傳導路徑的變化[9]和癌症中不同基因表現程度[10]。下一代基因定序之前,對轉錄物組學和基因表現的研究主要基於基因表現晶片(微陣列),後者包含數以千計用於探測靶向序列的DNA探針,可以得到所有表現出轉錄物的表現譜。基因表現晶片之後,基因表現的系列分析(英語:Serial analysis of gene expression)(SAGE)是主要的基因分析技術。
Qian F, Chung L, Zheng W; et al. Identification of Genes Critical for Resistance to Infection by West Nile Virus Using RNA-Seq Analysis. Viruses. 2013, 5 (7): 1664–81. PMID 23881275. doi:10.3390/v5071664.
Qian F, Chung L, Zheng W; et al. Identification of Genes Critical for Resistance to Infection by West Nile Virus Using RNA-Seq Analysis. Viruses. 2013, 5 (7): 1664–81. PMID 23881275. doi:10.3390/v5071664.
Wu TD, Watanabe CK. GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences. Bioinformatics. May 2005, 21 (9): 1859–75. PMID 15728110. doi:10.1093/bioinformatics/bti310.