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SARS-CoV-2的變異株 来自维基百科，自由的百科全书
Omicron[註 1]（B.1.1.529）是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的一種變異株。[14][15]它於2021年11月9日首次在波札那被發現[16]。2021年11月24日南非正式向世界衛生組織（WHO）報告[17]。由於Omicron變異株顯示較強的傳染性及影響宿主免疫應答與疫苗效力的免疫逃避，世界衛生組織於2021年11月26日將本變異株列為「需要關注的變異株」（VOC）。
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研究人員已經確定Omicron變異株存在五種亞型。其中標準亞型被稱為BA.1/B.1.1.529.1[18][19]；另外四個亞型被稱為BA.2/B.1.1.529.2、BA.3/B.1.1.529.3、BA.4/B.1.1.529.4、BA.5/B.1.1.529.5。[20]BA.4和BA.5的傳播力和免疫逃逸能力更強。[21]另外Omicron二次感染的機率相較於其他變種病毒可能會上升。[22]
此變異株和其他嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型變異株一樣（如：Alpha、Delta），沒有任何發病症狀的變化，部分感染者不會產生任何症狀[23]。
南非醫學協會主席安吉麗克·庫切表示，她發現該變異株的患者感到疲勞和疼痛，卻沒有咳嗽或味覺及嗅覺失靈[24]。丁香醫生認為，早期嚴重特殊傳染性肺炎患者常見呼吸急促、嗅覺喪失、高熱等症狀，而且患有肺炎、肺水腫，原始毒株患者中大概有一半出現了肺部問題。而奧密克戎的相關症狀有咽痛、咳嗽、流鼻涕，無症狀感染者比例越來越高。世衛組織流行病學家阿卜迪·馬哈穆德（Abdi Mahamud）表示，越來越多的研究似乎表明，Omicron變異株似乎主要影響上呼吸道，而且引起的症狀相對較輕。而其他變異株會影響肺部，並可能會導致嚴重的肺炎[25]。北京市呼吸疾病研究所所長童朝暉表示，Omicron變異株導致肺炎或重症比例低於流感[26]。奧密克戎在支氣管中的繁殖速度比德爾塔變異株快約70倍，[27][28]不過奧密克戎的致命性比德爾塔變異株低91%，住院風險低51%，[29]而且它的傳播率非常高，[30]傳播性相對於原始毒株提升很多，BA.4/5的免疫逃逸能力為原始株的19.2倍。[31] 2022年12月發表的一篇綜述，認為奧密克戎導致的無症狀或輕症比例約為85-95%，5-10%為中重症。[32]
Omicron變異株的疾病潛伏期一般約為三天至五天，較嚴重特殊傳染性肺炎其他病毒株更短。[33] 早期流行亞型之中BA.1潛伏期平均約為4.58天，BA.2約為4.42天。[34]
世衛組織擔心，Omicron變異株可能比以前的變異株更具感染性。世衛組織於2021年底警告說，Omicron變異株疫情可能會讓醫療系統不堪重負，尤其是在疫苗接種率低的國家，死亡率和發病率可能要高得多，世衛組織敦促所有國家加強COVID-19疫苗的接種。[35]
2021年12月15日，歐洲疾病預防控制中心表示，即使Omicron變異株比Delta變異株更溫和，但由於傳染性更大導致病例呈指數增長，Omicron變異株引發的疫情很可能會造成住院人數和死亡人數增加。[36]
2022年1月，美國疾病控制與預防中心表示，Omicron變異株引發的症狀的確比此前其他變異株要輕[37]。同樣在美國，有數據表明Omicron變異株疫情期間，每天新增的COVID-19死亡人數要高於2021年秋季期間Delta變異株疫情期間的死亡人數。[38]
2022年4月，中國國家衛生健康委疫情應對處置工作領導小組專家組組長梁萬年表示根據世界數據顯示Omicron變異株平均病死率是0.75%左右，他擔憂中國一旦放鬆，疫情對於該國龐大的老年人口來說是巨大災難。[39]
2022年11月29日，中國疾控中心傳防處研究員常昭瑞表示，Omicron變異株及其進化分支BA.1、BA.2、BA.5系列，包括BF.7、BQ.1和重組體XBB的致病力和毒力相比原始株和Delta等變異株明顯減弱。Omicron變異株引起重症和死亡的比例同樣明顯低於原始株和關切變異株。[40]但有針對香港第五波期間的研究顯示，OmicronBA.2譜系在未接種疫苗的未中老年群體中致死率與早期毒株相近[41][42][43]。
目前的聚合酶鏈式反應檢測仍然可以檢測出Omicron變異株。但部分研究表示聚合酶鏈式反應檢測不出S基因標靶（S gene target failure）[17]。快速抗原檢測很有可能不受其影響[23]。
根據香港大學李嘉誠醫學院發布研究結果稱，Omicron變異株在玻璃、塑料、不鏽鋼等光滑表面上可帶毒傳播7天[44]。和其他變異株相同，世界衛生組織建議室內場所保持通風，避免人群聚集、近距離接觸，洗手、佩戴口罩、接種疫苗。[17][45][46]
2021年11月26日，BioNTech表示他們需要兩周來重新評估疫苗的有效性，若必要可在100日內對疫苗更換毒株並向全世界發貨，阿斯特捷利康、莫德納及嬌生都有類似的聲明與措施[47]。科興控股亦表示已開始通過全球合作夥伴網路積極收集並獲取新變異株相關資訊及樣本，從而了解Omicron株對現有嚴重急性呼吸道症候群2型病毒不活化疫苗的影響，康希諾、艾博生物等企業也已開始針對新變異株的疫苗研發[48]。
2021年12月1日，中國疾病預防控制中心聲明指現有的中國國產疫苗依然能有效應對Omicron集群[49]。同年12月8日，中國疾病預防控制中心稱，目前判斷嚴重特殊傳染性肺炎疫苗仍有用，但其效力在衰減[50]。中疾控主任高福接受中國新聞周刊專訪時稱，這次的Omicron，正好像是免疫逃逸能力強的Beta加上傳染力強的Delta[51]。
2021年12月10日，輝瑞公司和BioNTech表示在實驗室檢測中，作為強化接種的第三針嚴重特殊傳染性肺炎疫苗針對Omicron變異株產生的抗體是兩劑疫苗的25倍，這將足夠中和Omicron變異株。但是這一結果目前尚未經過同行評審。[52]
2021年12月11日，時代雜誌報道指，據南非的一項未經同行評審的實驗室研究的預印本數據顯示，接種兩劑輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗對預防嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Omicron毒株有症狀感染的有效性只有22.5%，惟仍可防止重症[53][54]。輝瑞公司和BioNTech公司表示，在實驗室檢測中，這兩家公司的第三針疫苗可有效中和Omicron毒株，惟兩針方案阻斷該毒株的效果明顯較差[55]。
2021年12月12日，多個香港媒體報道稱，根據香港大學李嘉誠醫學院與香港中文大學醫學院最近的一項聯合研究，在實驗室研究中，嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Omicron集群可大幅減低輝瑞復必泰疫苗的中和抗體97%[56]。
2021年12月14日，路透社等多個媒體報道指，根據南非最大的私營機構Discovery Health進行的分析，在預防感染嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Omicron變異株方面，兩劑輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗僅能提供33%的保護力；但在避免住院上，其保護力可達70%[57][58][59]。路透社的新聞稿稱，輝瑞和 BioNTech上周表示，他們的疫苗注射兩針仍可預防嚴重疾病，因為其突變不太可能逃避T細胞的反應[57]。
2021年12月23日，香港大學李嘉誠醫學院及香港中文大學醫學院發表聯合研究報告，注射三劑BioNTech復必泰疫苗產生的中和抗體平均達到160個單位，中和抗體水平超越抵禦變種病毒Omicron病毒株所需的26個單位最低門檻；至於先注射兩劑科興疫苗，再追加一劑BioNTech復必泰疫苗的測試者的血清樣本中和抗體較低，但因為仍有60個單位，尚在最低門檻的26個單位之上；可是三劑全部注射科興克爾來福疫苗的人士，其血清分析的中和抗體平均不足10個單位，全部不達標[60]，研究報告建議香港特區政府集中使用BioNTech復必泰疫苗作為接種計劃的第三劑[61]。
2022年3月22日，香港大學醫學院基於第五波疫情的數據發布報告顯示，對於60歲及以上的老人，在至少完整接種3劑科興不活化疫苗後，預防重症、危重症的有效率為97.9％，預防死亡的有效率為98.3％，與接種3劑BioNTech復必泰疫苗的有效率相當；但只在第三針接種科興不活化疫苗對預防老年人患輕症或普通症的效果有限，有效率為50.7％；只接種2劑科興不活化疫苗的話，預防重症／危重症的有效率為72.2％，預防死亡的有效率為77.4％，而接種2劑BioNTech復必泰疫苗預防死亡有效率是92.3%。報告是針對香港第五波Omicron亞變體BA.2疫情的前瞻性規劃報告。[62][63][64]
世界衛生組織表示，皮質類固醇和白血球介素-6受體拮抗劑仍能有效地處理嚴重特殊傳染性肺炎重症患者。對於Omicron變異株的眾多突變，其他治療方式將被評估，以確定其對Omicron變異株的有效性。[65]
2021年11月26日，世界衛生組織把B.1.1.529譜系定性為「高關注變異株」，並將其命名為「Omicron變異株」[17][66][67]。在世界衛生組織尚未正式命名前，一些媒體曾將其稱為「Nu」變異株，然而此次命名跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」。
據俄羅斯官方電視台RT報導，有不具名的WHO官員透露：「跳過『Nu’」是為避免與英語發音相同的『New』混淆，至於跳過『Xi』則是為了避免對區域的汙名化，因為這個字母對應的姓氏很『普遍』」[68]。
美國議員湯姆·柯頓[69]以及RFI[70]、紐約時報[71]、日刊體育[72]等猜測跳過「Xi」的理由是「Xi」與中共中央總書記習近平的「習姓」之漢語拼音相同。
11月9日，波札那採集到了已知最初的Omicron變異株樣本。南非也發現了此變異株[73]，其中一宗病例前往了香港[74]。以色列也發現了一宗確診病例，該病例是從馬拉威返程的旅客[75]。比利時的一宗確診病例是在11月11日前在埃及被感染的[76]。
4個來自波札那的病例均接受過完整的疫苗接種。[77]以色列與德國的確診、疑似病例都是如此[75][78]。
11月27日，英國出現了兩例確診病例，另有兩例出現在德國慕尼黑，義大利米蘭也有此變異株的確診者。[79]荷蘭衛生部預計，在600位由南非乘機抵達史基浦機場的旅客中，有61人感染了此變異病毒。旅客入境荷蘭需要核酸檢測陰性報告、完成疫苗接種或者康復。其中一個航班是從豪登省的約翰尼斯堡出發，而該變異株已經成為豪登省境內主要傳播的病毒株，改機上的所有乘客都在新的旅行限制要求下進行了核酸檢測並接受隔離[80]
11月28日，雪梨出現了兩個確診病例，兩位確診者均完成了兩針疫苗接種，且都從南非經杜哈並於確診前一日抵達雪梨。12位來自南非的同行者以及其他260位搭乘同一飛機的乘客、機組（杜哈-雪梨）均被要求進行14天隔離[81]。
為了應對Omicron變異株的傳播，日本、加拿大、歐盟、以色列、英國、美國、馬來西亞、新加坡、澳洲、印尼、摩洛哥及紐西蘭已宣佈對南非等國實施旅行禁令[82][83][84][85]。
11月30日，因擔憂Omicron變異株擴散，日本暫停新的外國人入境申請[86]。
12月8日，澳洲昆士蘭州宣布發現全球第一個Omicron變種病毒的亞種毒株。[87]
12月11日，台灣宣布首例境外Omicron移入個案，為一名30多歲女子，12月8日從史瓦帝尼入境，隨後台灣又公布新增兩例Omicron境外移入個案，分別從英國、美國入境。
12月13日，英國出現首例感染Omicron變種病毒後死亡病例，同時也是全球首例公開確認的Omicron死亡病例[88]。
12月13日，中國大陸天津市疾病預防控制中心對12月9日境外輸入嚴重特殊傳染性肺炎無症狀感染者進行檢測，檢測出是Omicron變異株。[89]
2022年，南非基因定序研究機構的科學家表示，本月在南非發現的新型Omicron病毒亞型變異株「BA.4」和「BA.5」，很可能能夠逃避疫苗，以及已染疫者的自然免疫力。
1月15日，Omicron BA.2變種病毒自「檢疫酒店群組」流入香港社區，當日出現首宗社區確診，該變異病毒株在香港急速傳播，引發香港第五波疫情大爆發[90]。
1月16日，泰國出現首宗Omicron死亡個案，患者是一名86歲女子，患有阿爾茨海默病[91]。
1月20日，新加坡出現首起Omicron死亡病例，為一名未接種冠病疫苗的92歲老婦[92]。
2月11日，《每日郵報》11日稱，英國衞生安全局正密切關注這種由嚴重特殊傳染性肺炎變種病毒株Omicron和Delta結合而成的變種病毒株。但尚未清楚今次是輸入個案，還是起源於英國。
2月15日，台灣報告首例感染Omicron死亡個案，個案為一名80多歲本身有糖尿病，長期洗腎，先前因被歌友會確診的計程車司機載過，匡列接觸者隔離，1/19隔離期滿陰轉陽所以繼續住院。住院期間有發燒、肺炎，確診後16天，2月4日當天原定解隔出院，不料被發現死亡，死因為吸入性肺炎和冠狀動脈心臟病，據悉，死者先前已打過2劑AZ疫苗。
3月，隨著Omicron變異株的出現，嚴重特殊傳染性肺炎在中國大陸多地和香港開始了新一輪傳播，感染人數大幅上升。上海爆發疫情後，起初有政策放開的計劃，但不久後遭到習近平的反對[93]，並發出指示繼續執行嚴格的清零政策。上海因此出現「封城」，引發爭議。一些人士認為，當年繼續執行清零政策是因應召開中共二十大保住習近平順利打破限制再次連任中共中央總書記[94][95]，實際上是執行政治任務，將防疫工作政治化，凌駕於科學之上[96][97]。
4月2日，蘇州發現Omicron新變異株，隸屬於BA.1.1進化分支[98]。
4月27日，世界衛生組織表示Omicron變異株已成為當時全球流行的主流變異株[99]。
4月，世衛組織宣布已在南非、波札那、丹麥、蘇格蘭和英格蘭發現奧密克戎BA.4變異病毒[100][101]。根據從南非收集的數據表明，BA.4和BA.5比BA.2傳播得更快。BA.4和BA.5更引發了南非的第五波疫情以及葡萄牙第六波疫情[102][103]。此外美國紐約州檢測到奧密克戎BA.2.12 和 BA.2.12.1變異病毒，它們也比BA.2傳播得更快[100][101][104]。而美國全國BA.4和BA.5迅已超過BA.2成為僅次於BA.2.12.1的流行亞種[102]。
5月12日，朝鮮當局承認該國出現首例嚴重特殊傳染性肺炎患者。該病例感染的是Omicron變異株亞型株BA.2[105]同時朝鮮所有城市進入封鎖狀態。[106]。
6月底至7月初，BA.4和BA.5導致歐美出現新一波疫情，並且全球病例增加30%[107]。
6月底，在OmicronBA.5和BA.4亞型加速傳播下，義大利出現疫情反彈[108]。
7月5日，法國單日新增確診病例創下3個多月以來新高，BA.2.12.1、BA.4和BA.5感染病例數已占法國新增確診病例數的80%[109]。
8月30日，深圳日前新增11宗嚴重特殊傳染性肺炎本土感染個案，經病毒基因分析後，發現大多數個案為BF.15變異株，BF.15為BA.5.2.1的子分支，根據市衛健委指出，BF.15的隱匿性和傳播力更加強，當局不排除變種病毒株乃由境外輸入引發本地感染[110]。
9月13日，印度出現新的變異株「BA.2.75.2」，專家並示警稱此最新變異株的免疫脫逃能力是「歷代最強」，引起專家關注。目前已知英國、德國、西班牙、智利、新加坡等8國都發現持變異株蹤跡[111][112]。
截至9月底至10月初，BA.2.75、BA.5.2.1.7（BF.7）、BA.4.6等毒株在全球加速流行並引起世界衛生組織的關注。[113]
截至10月上旬，亞型變異株XBB的亞譜系（XBB*）的全球流行率為1.3%，已在35個國家發現。世界衛生組織還對亞型變異株XBB、XBB*以及BQ.1及其亞譜系（BQ.1*）對公共衛生的影響進行討論。[114][115]
11月13日，香港首現一宗本地感染Omicron變種病毒株BF.7個案。[116]
11月28日，玻利維亞衛生部長表示，近兩個月在聖克魯斯省和拉巴斯省相繼發現Omicron新亞型BQ.1和BQ.1.1。Omicron新亞型的傳播率達30%。[117]
12月15日，中國工程院院士鍾南山指，Omicron變異株引起的疾病已不適合稱為「新冠肺炎」，應該改稱「新冠上呼吸道感染」或「新冠感冒」[118]。12月26日深夜，國家衛健委宣布，「新型冠狀病毒肺炎」更名為「新型冠狀病毒感染」[119]。
2021年11月26日，由於投資者擔憂Omicron變異株對經濟可能造成的負面影響，全球金融市場出現下跌，包括了道瓊工業平均指數在2021年的最嚴重跌幅[123]。布蘭特原油和西德克薩斯中間基原油價格分別下跌10%和11.7%。
Omicron（BA.1）變異株突變數量眾多[124]，其特點是與原始病毒相比有30個胺基酸變化、3個小缺失和1個小插入棘蛋白（A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211、L212I、ins214EPE、G339D、S371L，S373P，S375F，K417N，N440K，G446S，S477N，T478K，E484A，Q493K，G496S，Q498R，N501Y，Y505H，T547K，D614G，H655Y，N679K，P681H，N764K，D796Y，N856K，Q954H，N969K，L981F）。這些變化中，有 15 個位於受體結合域（殘基 319-541）。該變體還在其他基因組區域（NSP3 – K38R、V1069I、Δ1265、L1266I、A1892T；NSP4 – T492I；NSP5 – P132H；NSP6 – Δ105-107、A189V – NSP12V；NSP14L； ；E – T9I；M – D3G、Q19E、A63T；N – P13L、Δ31-33、R203K、G204R）發生了突變[125]。
BA.1(B.1.1.529.1)是最早發現的Omicron毒株亞型(B.1.1.529未在自然界中被發現)。截至2022年6月，Omicron（BA.1）有許多變異，其中一些變異引起了科學家的關注。[126][127]
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Omicron（BA.1）有大約50個突變，這比以前的任何SARS-CoV-2變體都要多，其中32個突變與棘蛋白有關，大多數疫苗的目標是中和病毒。[128]截至2021年12月，許多突變是新的，在以前的變體中沒有發現。[129]截至2022年4月，與原始病毒相比，該變種的特點是在棘蛋白中出現了30個胺基酸變化、3個小的缺失和一個小的插入，其中15個位於受體結合域（殘基319-541）。[130]截至2022年12月，該病毒在其他基因組區域帶有一些變化和缺失，例如在弗林蛋白酶裂解位點有三個突變，這有利於其傳播。[131][132]
研究人員已經檢測到Omicron的幾個亞變體，而且新的亞變體不斷出現。[134]目前有310個Pango譜系與Omicron變體有關。[135]「標準」亞系現在被稱為BA.1（或B.1.1.529.1），其他兩個亞系被稱為BA.2（或B.1.1.529.2）和BA.3（或B.1.1.529.3）。[136]2022年中期，在幾個國家發現了BA.4（或B.1.1.529.4）和BA.5（或B.1.1.529.5）。[137]
2022年2月中旬，在日本對倉鼠和小鼠進行的一項實驗室研究以非同行評審預印本的形式發表，表明BA.2不僅比BA.1更具傳播性，而且可能導致更嚴重的疾病。[138]後來，2022年10月下旬的一項研究推翻了這一觀點，該研究發現BA.2實際上相對於原始的Omicron變異株（反過來，相對於delta變異株，它引起的疾病更不嚴重）。[139]用於治療感染COVID-19的人的治療性單株抗體對BA.2沒有什麼影響，BA.2對casirivimab和imdevimab「幾乎完全耐藥」，對sotrovimab的耐藥性是原始BA.1亞變體的35倍。
2022年1月從英國分離出的一種新的BA.1-BA.2重組體，被稱為「XE」重組體，世衛組織發現其潛在的傳播性比BA.2高出10%，使其比BA.1的傳播性高出約43%至76%，並使XE重組體成為已確定的最具傳染性的變體。[140]
在美國紐約州檢測到兩個新的BA.2亞變體，它們是BA.2.12（或B.1.1.529.2.12）和BA.2.12.1（或B.1.1.529.2.12.1），這兩個亞變體比BA.2具有23-27%的明顯增長優勢，並促成了以雪城和安大略湖為中心的紐約中部的感染率上升，後來到2022年5月24日在美國成為主導。[141]
2022年5月在印度首次檢測到的亞變體BA.2.75（或B.1.1.529.2.75，被媒體暱稱為Centaurus[142]）已被世界衛生組織列為監測中的變體。[143]該系的其他較新的變異體（如BA.2.75.2又名B.1.1.529.2.75或Chiron）可能能夠逃避中和抗體。[144]
XBB是BA.2.10.1和BA.2.75亞系的重組體，[145]是2022年8月首次發現的Omicron亞變體。[146]它被描述為「免疫逃脫（英語：immune-evasive）」，在包括新加坡和孟加拉在內的國家引起了小規模的病例激增。[147]
2023年1月在印度首次檢測到XBB.1.16，並於3月22日被WHO列為「監視下的變異株」（VUM），4月17日升級為「需要留意的變異株」（VOI）[148]。此亞變體又被稱為「大角星」（Arcturus）[149][150]。
EG.5被一些媒體稱為「Eris」[151]，是XBB1.9.2的亞變體。該譜系早在2023年2月就被發現。[152]8月6日，英國衛生安全局報告稱7月第三周英國七分之一的新病例是由EG.5造成的。[153]8月9日，EG.5被世界衛生組織認定為「需留意的新冠變異株」。從遺傳學角度來看，它與其他變異株的主要區別是「F456L胺基酸突變」。[154]截至8月17日，EG.5變異株已在全球至少52個國家或地區被監測發現。[155]
第三個Omicron亞系，BA.3，非常罕見。它具有與BA.1相同的S基因靶標失敗（英語：S-gene target failure，簡稱：SGTF）缺失（Δ69-70）。
2022年4月，世衛組織宣布它正在跟蹤BA.4和BA.5亞變體，在南非、波札那、丹麥、蘇格蘭和英格蘭都發現了BA.4。[156]在南非收集的數據的早期跡象表明，BA.4和BA.5比BA.2有明顯的增長優勢，到5月12日，BA.2被歐洲疾病預防控制中心授予高關注變異株（英語：Variant of Concern）的地位，到5月20日，被英國衛生安全局授予關注變體的地位。[157][158][159][160]到5月25日，BA.5在葡萄牙占主導地位，占那裡所有新病例的三分之二。[161]到6月24日，BA.4和BA.5一起成為英國和德國的主導變體。[162][163][164][165]到6月28日，這兩個亞變體在美國成為主導性變體。[166][167]到6月下旬，BA.5成為法國的主導亞變體，59%的新病例與它有關。[168][169]
BF.7是BA.5.2.1亞變體全名的縮短版，即BA.5.2.1.7。這個亞變體是Omicron的BA.5變體的一部分，該變體在全球報告的病例數最多，占所有病例的76.2%。[170]
自2022年10月以來，發現了BQ.1（或B.1.1.5.3.1.1.1.1，被媒體暱稱為Typhon）和BQ.1.1（或B.1.1.529.3.1.1.1.1，暱稱為Cerberus），它們是BA.5的亞變體。[171][172][173]它們在法國比其它歐洲國家更流行，截至11月17日，法國93%的序列是Omicron亞系BA.5，在BA.5亞系中，BQ.1.1繼續上升（32%對前一周的25%）。[174]根據Nextclade的數據，甚至有55%。[175]據報道，它們在美國已經成為主導，占新感染的44%，比前一周的33%有所增加。早期的實驗室測試發現，這些亞變體比以前的變體更善於躲避第一次和加強型疫苗；然而，似乎沒有新的治療方法正在開發中。病毒學家Andy Pekosz說，「就其效力而言，這些變異幾乎已經消解了目前市場上的每一種單株抗體」。[176]
2023年8月，全球多地發現了一種基於BA.2骨架並擁有多達超過30個S蛋白突變的變異毒株，該毒株隨後被迅速命名為BA.2.86，並迅速被科學家給予「Pirola」的暱稱[177]。事件發生後，各國衛生當局及世界衛生組織對此表示高度關注[178][179]。有學者表示，BA.2.86可能不會成為像Omicron剛剛問世時的那種黑天鵝事件[180]。根據北大曹雲龍團隊對於BA.2.86的初步研究結論，其逃避免疫能力相對於XBB*有顯著增強，但其胞間傳播效率似有下降，提示其傳染性可能有所降低[181]。2023年11月21日，世界衛生組織將BA.2.86變異株從「需要監測的變異株」（VUM）升級為「需要關注的變異株」（VOI）。[182]
JN.1是源自BA.2.86的變異毒株，也是BA.2.86的第二代亞分支。[183]JN.1從2023年11月初的約4%增長至12月初的30%。截至12月10日，全球至少有40個國家/地區監測到JN.1變異株。[182]12月19日，世界衛生組織將JN.1變異株列為「須留意變種」。[184]2024年2月以來，JN.1變異株的第三代亞分支KP.2在全球流行毒株中的占比增長較快。5月3日，世界衛生組織於將KP.2列入「需要監測的變異株」。[185]
2021年11月26日，南非國家傳染病研究所（NICD）宣布，30,904次COVID-19測試（在一天內）發現了2,828個新的COVID-19感染者（陽性率9.2%）。[186]一周後，即2021年12月3日，NICD宣布，65,990次COVID-19測試發現了16,055個新的感染病例（是七天前的5.7倍；陽性率為24.3%），其中72%是在豪登省發現。[187][188]南非的這個省人口稠密，每平方千米約有850名居民。豪登省的首府約翰尼斯堡是一個巨型都市（城市本身約有550萬居民，城市地區有950萬居民）。
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