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東京大學大學院理學系研究科附屬植物園(日語:東京大学大学院理学系研究科附属植物園/とうきょうだいがくだいがくいんりがくけいけんきゅうかふぞくしょくぶつえん?,英語:Botanical Gardens, Graduate School of Science, the University of Tokyo),一般稱為小石川植物園(こいしかわしょくぶつえん),是日本東京大學附屬的一個植物研究機構 。位於東京都文京區小石川(こいしかわ)。該園原先是德川幕府所設置的御用醫學藥草園,自明治維新起,是日本現代植物學研究的發源地。同時,也是台灣本土植物研究工作上最重要的植物園。[1]
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小石川植物園中除科學代表性的活體蒐藏之外,相關的圖書、儀器亦非常完備,並有一座全日本典藏量最豐富的標本館,蒐藏的標本高達 170 萬份;由於空間的關係,目前分兩部分存放,除植物園外,部分開花植物另存於東大校本部的綜合研究博物館。其培育的植物分類人才不勝枚舉,歷任園長在植物分類學界個個赫赫有名。
小石川植物園的建園歷史可遠溯至西元 1684 年,日本江戶時期,德川幕府第八代幕府大將軍德川吉宗收到漢醫的書面陳情,建議成立提供江戶平民醫療服務的大眾診所。德川吉宗接受建議,於小石川御用草藥園成立了小石川養生所,提供江戶地區的貧困民眾醫療救治並從事醫療研究。
隨著西方技術傳入,蘭醫與漢醫之間的地位開始有了轉變。小石川養生所的醫療價值逐漸淡化,日本政府最後決定關閉小石川養生所,將小石川藥草園劃歸給東京醫學校。西元 1877 年,東京醫學校與東京開成學校合併成日本第一所現代大學:東京大學,小石川植物園從此正式成為東京大學的附屬植物園,之後並成為日本現代植物學研究及人才培育最重要的搖籃。
小石川植物園歷任園長中,西元 1924 年上任的第三任園長早田文藏博士和台灣植物研究的關係最為密切,早田自1911至1921年共出版了10卷的《臺灣植物圖譜》,由其紀錄的台灣植物多達二千三百多種,其中一千多種為新發現的植物,包括1906年描述的台灣杉(Taiwania cryptomerioides)。早田因研究台灣植物而聞名,東大標本館也因此存放了最多的台灣植物模式標本,1928年台北帝國大學(國立台灣大學前身)成立,許多台灣本土植物的研究逐步轉移來台,在攝影和影印技術不發達的年代,在台日籍學者為了比對標本,常用鉛筆拓印的方式,自小石川植物園描繪模式標本的特徵回台,這批手繪稿至今還可以在台大植物標本館中看見。
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