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囊泡藻界（學名：Chromalveolata）是一類真核生物。囊泡藻界這個概念是湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯1981年提出的色藻界的修訂。表示雙鞭毛生物與紅藻發生單獨的內共生後進化出的所有後代物種。 [1]囊泡藻界是2005年提出的真核生物域六個界之一。[2]
歷史上，許多囊泡藻界生物被認為是植物，因為它們具有細胞壁，具有光能合成的能力，很多情況下其形態類似於陸生植物. 但是當「五界說」（動物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界）流行起來之後，大多數囊泡藻類的生物都被分入原生生物界，水霉 (water mold) 與網粘菌 (labyrinthulids, or slime nets)被列入了真菌界，褐藻仍保持在植物界。
2005年，作為原生生物學的當時共識，囊泡藻界被列為真核生物的六個界之一[2]。不過尚未正式定為界層級。含以下四大分類群：
某些類群，例如纖毛蟲與水黴，已經喪失了光能合成能力，但囊泡藻界生物大多數是自營。所有能光能合成的囊泡藻界生物使用葉綠素 a 與 c, 許多還使用輔助色素. 囊泡藻界生物使用類似的甘油醛-3-磷酸去氫酶蛋白質[6]。
早在2005年，就有研究質疑囊泡藻界是否是單系群[7] 。2006年，有評論論文認為真核生物六界系統中缺少很多證據[8]。 截至2012年，看來正在形成共識，把囊泡藻界分為兩個類別。其中之一包括不等鞭毛門和囊泡蟲總門，並把有孔蟲界也列入，稱之為SAR總群; 另一個類別包括了隱藻門與定鞭藻門[3][4]。 新近的研究把隱藻門與定鞭藻門分開，認為前者是SAR總群的姐妹群，後者應歸入泛植物界[5]。
大量的名稱用於囊泡藻界內部各類別的組合：
囊泡藻界沒有非常普遍的共同形態特徵。但其每個主要子類別都有獨特的特徵, 例如，囊泡蟲總門具有的囊泡(alveoli), 定鞭藻門具有的附著鞭毛(haptonema), 隱藻門具有的噴射體(ejectisome)，不等鞭毛門具有的兩根不等長的鞭毛。但是這些特徵都沒有在囊泡藻界中普遍出現。
僅有的囊泡藻界的共同特徵有:
對於這樣的非常多樣性的界，很難總結出其共同特性。
許多囊泡藻界生物對生態系有巨大的影響，往往是有害的影響。腰鞭毛蟲門產生的赤潮會導致魚類大量死亡，危害牡蠣的收穫。頂復門是很多很成功的動物寄生蟲. 卵菌綱的水霉會造成嚴重的植物病害. 實際上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的愛爾蘭大饑荒.
但是，囊泡藻界的很多物種在生態系中發揮了重要作用。矽藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻產生了大量水下"森林"為海洋生物提供了棲息地與膳食。
囊泡藻界還提供了許多直接供人類使用的產品。褐藻膠用做食品增稠劑，在冰淇淋中常見。矽藻的矽質外殼有很多用處，如矽藻土用於過濾，用來做牙膏、做反光油漆。
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