台灣約有80種陸生哺乳動物,其中約40多種為台灣特有種及特有亞種;另外還有約30種海生哺乳動物被記錄。
- 台灣鼴鼠 - Mogera insularis insularis (Swinhoe, 1863) ※特有亞種
- 台灣高山鼴鼠 - Mogera kanoana (Oda & Lin, 2007) ※特有種
- 山階氏鼩鼱 - Anourosorex yamashinai Kuroda, 1935 ※特有種
- 水鼩 - Chimarrogale himalayica (Gray, 1842)
- 細尾長尾鼩 - Chodsigoa sodalis Thomas, 1913 ※特有種
- 台灣灰鼩鼱 - Crocidura tanakae Kuroda, 1938 ※特有種
- 華南中麝鼩 - Crocidura rapax G. Allen, 1923
- 小麝鼩 (台灣小麝鼩) - C. r. kurodai Jameson and Jones, 1977 ※特有亞種
- 長尾麝鼩 - C. r. tadae Tokuda and Kano, 1936 ※特有亞種
- 台灣煙尖鼠 - Episoriculus fumidus (Thomas, 1913) ※特有種
- 香鼩 (家鼩、臭鼩) - Suncus murinus (Linnaeus, 1766)
蝙蝠因為指骨發展成翅膀的關係,成為唯一會飛行的哺乳動物,現今全球蝙蝠估計接近1000種,佔所有哺乳動物的四分之一,僅次於嚙齒目。
- 台灣狐蝠 - Pteropus dasymallus formosus Sclater, 1873 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物
- 印度犬果蝠 - Cynopterus sphinx
- 棕果蝠 - Rousettus leschenaultii
- 台灣大蹄鼻蝠 - Rhinolophus formosae Sanborn ※特有種
- 台灣小蹄鼻蝠 - Rhinolophus monoceros K. Andersen, 1905 ※特有種
- 無尾葉鼻蝠 - Coelops frithi formosanus Horikawa ※特有亞種
- 台灣葉鼻蝠 - Hipposideros terasensis Kisida ※特有亞種
- 黃頸蝠 (黃喉家蝠) - Arielulus torquatus Gabor & Lee ※特有種
- 寬耳蝠 - Barbastella leucomelas (Cretzschmar, 1830)
- 堀川氏棕蝠 - Eptesicus serotinus horikawai Kishida, 1924 ※特有亞種
- 毛翼大管鼻蝠 (大管鼻蝠) - Harpiocephalus harpia (Temminck, 1840)
- 金芒管鼻蝠 - Harpiola isodon Kuo et al., 2006
- 台灣彩蝠 - Kerivoula furva
- 摺翅蝠 - Miniopterus fuliginosus (Hodgson, 1835)
- 姬管鼻蝠 - Murina gracilis
- 黃胸管鼻蝠 - Murina lucogaster bicolor
- 台灣管鼻蝠 (管鼻蝠) - Murina puta Kishida, 1924 ※特有種
- 高山管鼻蝠 - Murina sp.
- 黃金鼠耳蝠 - Myotis flavus (Shamel, 1944)
- 寬吻鼠耳蝠 - Myotis latirostris Kishida, 1932 ※特有種
- 渡瀨氏鼠耳蝠 - Myotis ruforniger watasei (Thomes) ※特有亞種
- 台灣鼠耳蝠 - Myotis taiwanensis Linde, 1908 ※特有種
- 高山鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 大足寬吻鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 長尾鼠耳蝠 - Myotis sp.
- 夜蝠 - Nyctalus noctula (Schreber, 1774)
- 絨山蝠 - Nyctalus velutinus G. Allen, 1923
- 東亞家蝠 (家蝠) - Pipistrellus abramus (Temminck, 1835)
- 台灣家蝠 - Pipistrellus taiwanensis ※特有種
- 山家蝠 - Pipistrellus montanus※特有種
- 台灣長耳蝠 - Plecotus taivanus Yoshiyuki, 1991 ※特有種
- 高頭蝠 - Scotophilus kuhlii Leach, 1821
- 霜毛蝠 - Vespertilio sinensis Peters, 1880
- 皺鼻蝠 (東亞游離尾蝠) - Tadarida insignis Rafinesque, 1814
- 台灣獼猴 - Macaca cyclopis (Swinhoe, 1863) ※特有種
- 台灣穿山甲(台灣鯪鯉)- Manis pentadactyla pentadactyla Linnaeus, 1758 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
兔形目由兩類動物所組成:兔科及鼠兔科。曾經被歸入為嚙齒目,直到20世紀才分開獨立一支。與嚙齒目最大分別為兔形目上顎有4顆門齒(兩排),而嚙齒目只有兩顆。
- 台灣野兔 - Lepus sinensis formosanus Thomas, 1908 ※特有亞種
- 台灣小鼯鼠 (小鼯鼠) - Belomys pearsonii kaleensis (Swinhoe) ※特有亞種
- 赤腹松鼠 - Callosciurus erythraeus (Pallas, 1779) ※特有亞種
- 長吻松鼠 - Dremomys pernyi owstoni (Thomas) ※特有亞種
- 白面鼯鼠 - Petaurista lena Thomas ※特有種
- 大赤鼯鼠 - Petaurista philippensis (Elliot, 1839) ※特有亞種
- 條紋松鼠 - Tamiops maritimus formosanus (Bonhote) ※特有亞種
- 赤背條鼠 - Apodemus agrarius (Pallas, 1771)
- 台灣森鼠 - Apodemus semotus Thomas, 1908 ※特有種
- 鬼鼠 - Bandicota indica (Bechstein, 1800)
- 巢鼠 - Micromys minutus (Pallas, 1771)
- 田鼷鼠 - Mus caroli Bonhote, 1902
- 家鼷鼠 - Mus musculus Linnaeus, 1758
- 刺鼠 - Niviventer coxingi (Swinhoe, 1864) ※特有種
- 高山白腹鼠 - Niviventer culturatus (Thomas, 1917) ※特有種
- 緬甸小鼠 - Rattus exulans (Peale, 1848) ※外來種
- 小黃腹鼠 - Rattus losea (Swinhoe, 1871)
- 溝鼠 - Rattus norvegeicus (Berkenhout, 1769)
- 黑鼠 (玄鼠) - Rattus rattus (Linnaeus, 1758)
- 黑腹絨鼠 (台灣天鵝絨鼠) - Eothenomys melanogaster (Milne-Edwards, 1871)
- 台灣高山田鼠 (菊池氏田鼠) - Microtus kikuchii (Kuroda, 1920) ※特有種
- 台灣黑熊 - Ursus thibetanus formosanus Swinhoe, 1864 ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物
- 歐亞水獺 - Lutra lutra chinensis Gray, 1837 ※瀕臨絕種野生動物
- 黃喉貂 - Martes flavigula chrysospila Swinhoe, 1866 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
- 鼬獾 - Melogale moschata subaurantiaca (Swinhoe, 1862) ※特有亞種
- 華南鼬鼠 (黃鼠狼) - Mustela sibirica taivana Thomas, 1913 ※特有亞種
- 台灣高山小黃鼠狼 - Mustela formosanus Lin & Harada,1997 ※特有種
- 亞洲小爪水獺 - Aonyx cinerea(僅於金門零星發現過腳印)
- 白鼻心 (果子狸) - Paguma larvata taivana Swinhoe, 1862 ※特有亞種
- 麝香貓 - Viverricula indica taivana Schwarz, 1911 ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
- 食蟹獴 (棕簑貓)- Herpestes urva formosanus Bechthold, 1936 ※其他應予保育類野生動物
- 石虎 (山貓) - Prionailurus bengalensis chinensis (Gray, 1837) ※珍貴稀有野生動物
- 台灣雲豹 - Neofelis nebulosa brachyura (Swinhoe, 1862) ※特有亞種 / 瀕臨絕種野生動物 / 滅絕
- 台灣野豬 - Sus scrofa taivanus (Swinhoe, 1863) ※特有亞種
- 侯氏豬 - Sus houi (Qi et al., 1999) ※滅絕 / 化石記錄種
- 台灣梅花鹿 - Cervus nippon taiouanus (Blyth, 1860) ※特有亞種 / 野外滅絕
- 新竹梅花鹿 - Cervus nippon sintikuensis (Shikama,1937) ※滅絕 / 化石記錄種
- 臺灣水鹿 - Cervus unicolor swinhoei (Sclater, 1862) ※特有亞種 / 珍貴稀有野生動物
- 山羌 - Muntiacus reevesi micrurus (Sclater, 1875) ※特有亞種
- 台灣山羊 (長鬃山羊) - Naemorhedus swinhoei (Gray, 1862) ※特有種 / 珍貴稀有野生動物
- 小鬚鯨 (小鰮鯨)- Balaenoptera acutorostrata Lacépède, 1804 ※瀕臨絕種野生動物
- 鰮鯨 (塞鯨) - Balaenoptera borealis Lesson, 1828 ※瀕臨絕種野生動物
- 布氏鯨 (熱帶鰮鯨)- Balaenoptera brydei Olsen, 1913 ※瀕臨絕種野生動物
- 鯷鯨 - Balaenoptera edeni Anderson, 1879
- 藍鯨 - Balaenoptera musculus (Linnaeus,1758) ※瀕臨絕種野生動物
- 大村鯨 (角島鯨) - Balaenoptera omurai Shiro Wada
- 長鬚鯨 - Balaenoptera physalus (Linnaeus, 1758) ※瀕臨絕種野生動物
- 台灣鯨 - Balaenoptera taiwanica (Huang, 1965) ※滅絕 / 化石記錄種
- 大翅鯨- Megaptera novaeangliae (Borowski, 1781) ※瀕臨絕種野生動物
- 灰鯨 - Eschrichtius robustus (Lilljeborg, 1861) ※瀕臨絕種野生動物
- 北太平洋露脊鯨 - Eubalaena japonica (Gray, 1864) ※瀕臨絕種野生動物
- 抹香鯨 - Physeter macrocephalus Linnaeus, 1758 ※瀕臨絕種野生動物
- 小抹香鯨 - Kogia breviceps (Blainville, 1838) ※珍貴稀有野生動物
- 侏儒抹香鯨 - Kogia sima (Owen, 1866) ※珍貴稀有野生動物
- 柏氏中喙鯨 (布蘭氏喙鯨) - Mesoplodon densirostris (Blainville, 1817) ※珍貴稀有野生動物
- 銀杏中喙鯨 (銀杏齒喙鯨) - Mesoplodon ginkgodens Nishiwaki & Kamiya, 1958 ※珍貴稀有野生動物
- 柯氏喙鯨 (柯維氏喙鯨) - Ziphius cavirostris G. Cuvier, 1823 ※珍貴稀有野生動物
- 朗氏喙鯨 - Mesoplodon pacificus, 2005
- 短吻真海豚 - Delphinus delphis Linnaeus, 1758 ※珍貴稀有野生動物
- 小虎鯨 - Feresa attenuata Gray, 1874 ※珍貴稀有野生動物
- 短肢領航鯨 - Globicephala macrorhynchus Gray, 1846 ※珍貴稀有野生動物
- 瑞氏海豚 (花紋海豚) - Grampus griseus (G. Cuvier, 1812) ※珍貴稀有野生動物
- 弗氏海豚 - Lagenodelphis hosei Fraser, 1956 ※珍貴稀有野生動物
- 虎鯨 - Orcinus orca (Linnaeus, 1758) ※珍貴稀有野生動物
- 瓜頭鯨 - Peponocephala electra (Gray, 1846) ※珍貴稀有野生動物
- 偽虎鯨 - Pseudorca crassidens (Owen, 1846) ※珍貴稀有野生動物
- 苑裡偽虎鯨 - Pseudorca yuanliensis (Chang & Cheng , 1998) ※滅絕 / 化石記錄種
- 中華白海豚 (印太洋駝海豚) - Sousa chinensis (Osbeck, 1765) ※珍貴稀有野生動物
- 熱帶斑海豚 (熱帶點斑原海豚) - Stenella attenuata (Gray, 1846) ※珍貴稀有野生動物
- 條紋海豚 (條紋原海豚) - Stenella coeruleoalba (Meyen, 1833) ※珍貴稀有野生動物
- 長吻飛旋海豚 (飛旋海豚) - Stenella longirostris (Gray, 1828) ※珍貴稀有野生動物
- 糙齒海豚 (皺齒海豚) - Steno bredanensis (G. Cuvier in Lesson, 1828) ※珍貴稀有野生動物
- 印太瓶鼻海豚 - Tursiops aduncus (Ehrenberg, 1833)
- 瓶鼻海豚 - Tursiops truncatus (Montagu, 1821) ※珍貴稀有野生動物
- 新鼠豚 (露脊鼠海豚、江豚) - Neophocaena phocaenoides (G. Cuvier, 1829) ※瀕臨絕種野生動物
- 儒艮 - Dugong dugon (Müller, 1776) ※絕跡