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中國科學院南京地質古生物研究所是中國科學院下屬研究機構。
1950年8月24日,中央人民政府政務院第47次會議決定,中央研究院地質研究所古生物組、國民政府中央地質調查所古生物室、中央地質調查所北平分所古脊椎動物室為基礎,組建中國科學院古生物研究所。1951年5月7日正式成立。[1]。1952年8月18日,中國科學院院長會議決定該所在京的古脊椎動物室歸中國科學院直接領導。1959年4月1日改名為中國科學院地質古生物研究所。1971年3月改名為中國科學院南京地質古生物研究所。
1998年8月,中國科學院南京地質古生物研究所成為中國科學院首批知識創新工程試點單位[2]。
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