中国科学院植物生理生态研究所，简称植物生理生态研究所，是中华人民共和国一家主要关注植物遗传、发育、生理的专业研究机构，其前身是1930年1月正式创立于南京的国立中央研究院自然历史博物馆。中国科学院“率先行动”计划将植物生理生态研究所定位为卓越创新中心[3]。
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植物生理生态研究所现有中国科学院院士9人、美国科学院院士1人[4]，正高级科技人员98人，副高级科技人员79人[5]。
1928年4月，国立中央研究院组建广西科学调查团开展动植物标本采集和地质调查等工作[6]。次年元月调查结束，收获至为丰富。“鉴于非聘请专家从事研究，不足以尽调查之能事，遂决定创办博物馆，以为研究及展览之所”。1929年1月，中央研究院院长蔡元培聘请李四光、秉志、钱崇澍、颜复礼、李济、过探先及钱天鹤七人，为博物馆筹备处筹备委员会委员。当月30日，筹备委员会开会，决定定名为“国立中央研究院自然历史博物馆”，设动物部和植物部，主任为钱天鹤[7]。
1934年，国立中央研究院自然历史博物馆改名为“国立中央研究院动植物研究所”。抗日战争期间，动植物研究所多次迁址，自南京而至湖南衡阳、再至广西阳朔，终定于四川北培。1944年，动植物研究所分建动物研究所和植物研究所，罗宗洛出任植物研究所所长[8][9]。究其原因，动植物研究所内植物研究人员占比不足三分之一，而所长王家楫是动物学家，因此植物研究不受重视[10]。
罗宗洛任所长后，调整研究方向，不再局限于分类[11]，成立高等植物分类学研究室、藻类学研究室和植物生理研究室。1946年植物研究所迁至上海市岳阳路320号。随后，研究所恢复或创建真菌学研究室、森林学研究室、植物形态学研究室、植物病理学研究室和细胞遗传学研究室[12][13]。中华民国退守台湾前夕，植物所已成为名副其实的综合性研究机构。
中国共产党取得政权后，植物研究所分拆参与组建中国科学院实验生物研究所和中国科学院水生生物研究所。1953年，实验生物研究所植物生理研究室和昆虫研究室分别独立为中国科学院植物生理研究所和中国科学院昆虫研究所，发生生理研究室继续沿用实验生物研究所的名称。1959年，中国科学院昆虫研究所上海工作站调整为中国科学院上海应用昆虫研究所，1962年改名为中国科学院华东昆虫研究所，1978年定名中国科学院上海昆虫研究所[14]。
1999年，中国科学院上海植物生理研究所和中国科学院上海昆虫研究所合并成立中国科学院植物生理生态研究所[15]。
植物生理生态研究所主要关注植物、微生物和昆虫三大领域，研究植物遗传多样性、植物生长发育调控和植物与环境互作机理等重大问题，设有植物分子遗传国家重点实验室、中国科学院合成生物学重点实验室和中国科学院昆虫发育与进化生物学重点实验室等研究机构[16]。研究所主办的学术期刊有《Molecular Plant》和《植物生理学报》。
- 水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计（2017年度国家自然科学奖一等奖，第二完成单位）[17]
- 人造单染色体真核细胞[18][19]
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- 罗宗洛（1953年－1978年）
- 殷宏章（1978年－1983年）
- 沈允钢（1983年－1991年）
- 许智宏（1991年－1994年）
- 汤章城（1994年－1999年）
- 杨平澜（1959年－1985年）
- 朱国凯（1985年－1988年）
- 陈元光（1988年－1993年）
- 李鸿昌（1993年－1997年）
- 许政暟（1999年－2002年）
- 陈晓亚（2004年－2008年）
- 薛红卫（2009年－2014年）
- 韩斌（2014年－）
中国科学院分子植物科学卓越创新中心. 中国科学院分子植物科学卓越创新中心2021年部门预算 (PDF). 中国科学院分子植物科学卓越创新中心. 2021 [2021-09-11]. （原始内容存档 (PDF)于2021-09-11） （中文）. 分子植物卓越中心2021年初部门预算总额56,211.67万元。
国立中央研究院自然历史博物馆筹备处十七年度报告 （中文）
姜, 玉平; 张, 秉伦. 从自然历史博物馆到动物研究所和植物研究所. 中国科技史料. 2002, 23 (1) （中文）
罗, 宗洛. 回忆录(续). 植物生理学报. 1999, 35 (1) （中文）. 1943年冬，中央研究院评议会决议将原有的动植物研究所，分为动物研究所和植物研究所，并选举我为植物研究所所长。中央研究院院长朱家骅以评议会主席名义，来信征求我的同意。我认为这是一个机会，遂接受其聘请，于1944年4月到重庆就任中央研究院植物研究所所长一职。从此结束了大学教学的生涯。
国立中央研究院概况 中华民国十七年六月至三十七年六月. 国立中央研究院. 1948 [2019-02-01]. （原始内容存档于2019-02-02） （中文）. 民国三十三年三月，本院第二届评议会，举行第二次年会于重庆，决议将动植物研究所分为动物研究所及植物研究所。聘罗宗洛为植物研究所所长，积极筹备，于五月一日正式成立，所址暂设北培。
追求卓越 中央研究院八十年 卷一 任重道远 全院篇. 中央研究院. 2008 [2019-02-01]. （原始内容存档于2019-02-02） （中文）. 由于动植物研究所的内部龃龉，研究植物的学者始终认为遭受主持所务的动物学者欺压，要求另外成立植物研究所筹备处，所以他请来罗宗洛（日本北海道帝国大学院博士）负责筹备。
國立中央研究院植物研究所三十四年度工作計畫提要 （中文）. 国内研究植物学之机关，如北平研究院植物学研究所，中山大学农林植物研究所，静生生物调查所，中国科学社生物研究所等不一而足，其研究中心大都集中于植物之调查与种类之鉴定。此种工作固甚重要，但不足以代表纯正植物学研究之全体，至于各所设备，除显微镜，标本及图书外，罕有作近代实验室之布置者，本所之设置弥补此种缺陷，注重于生理学，生态学，细胞学，遗传学等之理论探讨，为达此目的计，必须排除万难，设置若干规模粗具之实验室。
许, 智宏. 纪念罗宗洛院士. 2018 （中文）. 抗战胜利后，中央研究院植物研究所迁到上海，经罗宗洛先生苦心经营、招骋研究人员，到1948年植物研究所已设置植物分类、森林真菌、藻类、细胞遗传、植物病理、植物形态、植物生理等研究室。
罗, 宗洛. 回忆录(续完). 植物生理学报. 2000, 36 (2) （中文）. 从1946年起到上海解放时为止，经全所同事的努力，我们建立了植物生理、植物形态、细胞遗传和植物病理（只在1948年）等实验室。
李, 家洋. 中国科学院生命科学研究六十年. 中国科学院院刊. 2009, 24 (3) [2019-06-23]. （原始内容存档于2021-05-22） （中文） 薛, 红卫. 中国科学院上海植物生理生态研究所专辑简介. 中国科学: 生命科学. 2013, 43 (12) （中文）
王琳琳, 张泉. 人造单条染色体真核细胞问世 我国开启合成生物学研究新时代. 新华网. 2018-08-02 [2019-08-05]. （原始内容存档于2019-08-05） （中文）. ５０多年后的今天，我国科学家在最新一期国际科学期刊《自然》上发表论文，宣布首次人工创造出有生命活性的单染色体真核细胞，开启了合成生物学研究的新时代。……中科院分子植物卓越中心／植生生态所合成生物学重点实验室覃重军团队以酿酒酵母为实验对象，采用工程化精准设计方法，使用ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９基因编辑技术对酿酒酵母１６条染色体的全基因组进行了大规模修剪、重新排列，最终“创造”了将几乎所有遗传信息融合进１条超长线型染色体的酵母细胞。“体检报告”表明，虽然动了“大手术”，但“全新版”酵母细胞的生长、功能和基因表达均与天然酵母相似。
