杰斐逊和伯尔同获73张选举人票，按照宪法将由众议院从二人中选择一人成为总统。
约翰·亚当斯也成为首位连任失败的美国总统。
虽然众人皆知杰斐逊是总统候选人，伯尔是副总统候选人，但是众议院由联邦党控制。杰斐逊从1789年开始就强烈反对联邦党，联邦党人想借此机会报复，因此多数联邦党众议员投票给伯尔。结果联邦党控制的八个州有六个投票给了伯尔。（众议员投票选举总统时，每州只能投一票。）民主共和党人控制的七个州都投票给了杰斐逊。剩下的两个州是佛蒙特和马里兰州：前者支持二人的议员数相同，因此投下弃权票；后者有5名联邦党议员和3名民主共和党议员，但其中有一名联邦党投票给杰斐逊，因此该州也弃权。
从2月11日到17日，众议院进行了35轮投票，结果都是杰斐逊8票，伯尔6票。虽然杰斐逊获得相对多数，但是宪法规定要获得二分之一之绝对多数（至少9票）才能当选，构成僵局。
前任财长亚历山大·汉密尔顿也是联邦党人，他这时起了关键作用，积极游说联邦党籍众议员将票改投杰斐逊，因为选出“一个有着错误原则的人”（指杰斐逊）总比选出“一个没有原则的人”（指伯尔）要好[3]。最后，在2月17日举行的第36轮投票中，杰斐逊当选。
在汉密尔顿的游说下，在第36轮投票中，特拉华州、马里兰州和佛蒙特州三州的联邦党众议员改投弃权票。这使得特州从支持伯尔改为弃权，马州和佛州从弃权改为支持杰斐逊。同时，南卡罗来纳州四名议员均改投弃权。结果杰斐逊获得10州支持，伯尔仅4个州，另有2州弃权。杰斐逊获得了绝对多数。
更多信息 杰斐逊, 伯尔 ...
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杰斐逊
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伯尔
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弃权
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| 第1-35轮投票
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8
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6
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2
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| 第36轮投票
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10
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4
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2
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关闭
下表列出详细结果，三个数字的顺序为杰斐逊-伯尔-弃权。
更多信息 第1轮投票, 第2-35轮投票[a] ...
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第1轮投票
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第2-35轮投票[a]
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第36轮投票
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| 佐治亚州[b]
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杰斐逊
(1-0-0)
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杰斐逊
(1-0-0)
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杰斐逊
(1-0-0)
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| 肯塔基州
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杰斐逊
(2-0-0)
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杰斐逊
(2-0-0)
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杰斐逊
(2-0-0)
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| 新泽西州
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杰斐逊
(3-2-0)
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杰斐逊
(3-2-0)
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杰斐逊
(3-2-0)
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| 纽约州
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杰斐逊
(6-4-0)
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杰斐逊
(6-4-0)
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杰斐逊
(6-4-0)
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| 北卡罗来纳州
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杰斐逊
(9-1-0)
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杰斐逊
(6-4-0)
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杰斐逊
(6-4-0)
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| 宾夕法尼亚州
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杰斐逊
(9-4-0)
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杰斐逊
(9-4-0)
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杰斐逊
(9-4-0)
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| 田纳西州
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杰斐逊
(1-0-0)
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杰斐逊
(1-0-0)
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杰斐逊
(1-0-0)
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| 弗吉尼亚州
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杰斐逊
(16-3-0)
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杰斐逊
(14-5-0)
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杰斐逊
(14-5-0)
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| 马里兰州
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弃权
(4-4-0)
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弃权
(4-4-0)
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杰斐逊
(4-0-4)
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| 佛蒙特州
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弃权
(1-1-0)
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弃权
(1-1-0)
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杰斐逊
(1-0-1)
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| 特拉华州
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伯尔
(0-1-0)
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伯尔
(0-1-0)
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弃权
(0-0-1)
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| 南卡罗来纳州[c]
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伯尔
(0-5-0)
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伯尔
(1-3-0)
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弃权
(0-0-4)
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| 康涅狄格州
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伯尔
(0-7-0)
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伯尔
(0-7-0)
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伯尔
(0-7-0)
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| 马萨诸塞州
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伯尔
(3-11-0)
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伯尔
(3-11-0)
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伯尔
(3-11-0)
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| 新罕布什尔
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伯尔
(0-4-0)
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伯尔
(0-4-0)
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伯尔
(0-4-0)
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| 罗德岛州
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伯尔
(0-2-0)
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伯尔
(0-2-0)
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伯尔
(0-2-0)
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关闭
第2-35轮投票的结果并非完全一致，此处选取的是其中较有代表性的结果，但各州支持的候选人在第2-35轮投票中保持不变。
佐治亚州原本应有2名议员，但因詹姆斯·琼斯的去世导致投票时第二个议员席位空缺，故只有1名议员参与投票。
南卡罗来纳州原本应有6名议员，但因托马斯·萨姆特因病暂时缺席以及亚伯拉罕·诺特中途离职，故只有4-5名议员参与投票。
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