鲸头鱼目为辐鳍鱼纲的其中一目。其下分为5科：
- 红口仿鲸科（Rondeletiidae）
- 须仿鲸科（Barbourisiidae）
- 仿鲸科（Cetomimidae）
- 奇鳍鱼科（Mirapinnidae）
- 巨鼻鱼科（Megalomycteridae）
鲸头鱼目
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科学分类 
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| 界： | 动物界 Animalia |
| 门： | 脊索动物门 Chordata |
| 纲： | 辐鳍鱼纲 Actinopteri |
| 亚纲： | 新鳍亚纲 Neopterygii |
| 下纲： | 真骨下纲 Teleostei |
| 高群： | 骨舌鱼高群 Osteoglossocephalai |
| 总群： | 鲱头鱼总群 Clupeocephala |
| 群： | 正真骨鱼群 Euteleosteomorpha |
| 亚群： | 新真骨鱼亚群 Neoteleostei |
| 下群： | 宽鳍下群 Eurypterygia |
| 派： | 栉鳞派 Ctenosquamata |
| 亚派： | 棘鳍亚派 Acanthomorphata |
| 类： | 棘鳍类 Acanthopterygii |
| 目： | 鲸头鱼目 Cetomimiformes |
| 科 | |
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