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生物分类学（英语：biotaxonomy）简称分类学（taxonomy），是关于生物个体的鉴定（identification）、归类（classification）和命名（nomenclature）的原理和方法的学科；此三要件间有相互依存的关系。生物分类学范围包括：研究生物类群间的异同程度，阐明生物间的亲缘关系、演化过程和发展规律。[1]
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要将生物分类，首先要知道生物与非生物的定义，但是我们似乎没有办法准确定义，以病毒来说，虽然可在其他生物体内寄生并复制，但在生物体外却没有一般生物的特征如制造或摄取营养，生殖等现象。又如引起疯牛病的朊粒（prion）可以造成感染却无DNA成分，一直以来，DNA被视为生命遗传物质，经由与RNA的转录转译过程，形成蛋白质，再进一步形成组成细胞的各个部分，如细胞膜、胞器等，而细胞则是我们长久以来所认为组成生命体的最小单位。
关于如何为生物命名的原则有很多国际协议，例如《国际植物命名法规》（International Code of Botanical Nomenclature，简称ICBN）、《国际动物命名法规》（International Code of Zoological Nomenclature，简称ICZN）以及《国际细菌命名法规》（International Code of Nomenclature of Bacteria，简称ICNB）。第四版的生物命名法规（BioCode）草案在2000年出版，它试图在5个领域标准化命名，但现在还没有被正式采纳。《国际病毒命名和分类法规》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，简称ICVCN）是属于生物命名法规的。
传统上，生物分为五界(kingdom)，
Copeland提出过四界说：
也有人使用三域系统说。这种分类方法是依据细胞是否有核以及细胞膜和细胞壁的差异。
另有一些不属于上述所有分类的介于生物和非生物之间的生命形式，即只能寄生于细胞内的病毒，而它们在细胞外并不表现出活跃的生命形式。
这个列表以NCBI Taxonomy （页面存档备份，存于互联网档案馆）上的分类为基础[注 1]。
包含嗜盐菌、一些超嗜热菌、嗜酸菌等。
真菌/后生动物组除动物界和真菌外，还包含领鞭毛虫、鱼醉菌等。
即“后生动物”组。
- 等辐骨虫纲（Acantharea），如等棘虫。
- 放射虫纲
- 双滴虫类（Diplomonadida），如曲滴虫、贾第虫。
- Parabasalidea
- 毛滴虫纲（Trichomonada）
- 超鞭毛纲（Hypermastigia）
- 异叶足纲（Heterolobosea），如集胞菌。
- 眼虫门
- 动质体目（Kinetoplastida）
- 眼虫纲
- 隐藻纲（Cryptophyta）
- 定鞭藻纲（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
- 不等鞭毛类，除下列分类还包括辐球虫、蛙片虫等。
- 囊泡虫类
- 单孢子虫门（Haplosporidia）
- 丝足虫类
- 根肿菌类（Plasmodiophorida）
- 粒网足虫类（Granuloreticulosea），如有孔虫。
- 叶足纲（Lobosea），如变形虫（阿米巴）。
- 黏菌门
- 灰胞藻纲（Glaucocystophyceae）
- 红藻门，如石花菜、紫菜。
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