本文叙述爱沙尼亚的历史。
早期
人类最早在爱沙尼亚居住的证据与孔达文化有所关联。在石器时代早期，普利人在派尔努河定居。
98年，爱沙尼亚（Eesti）这个名字第一次以塔西陀记载的爱西提（Aestii）人形式出现。
中期
[[在中世纪，爱沙尼亚是欧洲几个未被基督化的地区。
1193年，教皇雷定三世呼吁十字军讨伐北部欧洲的异教徒。
1219年，丹麦国王瓦尔德马二世征服爱沙尼亚北部。最早提到丹麦瑞典人的书面记载是1294年哈普沙卢镇的法律。爱沙尼亚瑞典人是最早得知的爱沙尼亚少数民族之一。他们被称为海岸地区瑞典人。
1343年，开始叛乱，被利沃尼亚骑士团占领。
1346年，以10000马克成交给利沃尼亚骑士团。
1520年，马特·路德的宗教改革传入爱沙尼亚。
1558年，利沃尼亚战争爆发。
晚期
1561年，由瑞典统治。
在1629年波兰瑞典战争中，利沃尼亚被波兰立陶宛攻占。在北方战争之后，根据1660年的波兰立陶宛和瑞典的奥利瓦条约，波兰国王放弃瑞典王位以及割让利沃尼亚。
近代（1916-1990）
1918年2月25日，德军占领爱沙尼亚。
1918年3月3日，苏俄与德意志帝国签订《布列斯特和约》，割让芬兰、爱斯特兰（爱沙尼亚）、里夫兰（拉脱维亚）、立陶宛和乌克兰地区给德国。
1918年11月，德国爆发革命，11月11日德国宣布投降，德军撤出波罗的海。11月28日，爱沙尼亚随即宣布独立并得到英法等国的承认。
1919年4月5日至7日，爱沙尼亚制宪大会召开。
1920年2月2日，苏俄与爱沙尼亚签署《塔尔图和约》，放弃爱沙尼亚地区，承认独立。
从1918年，爱沙尼亚共和国第一次独立共持续22年。
1940年6月16日，苏联占领爱沙尼亚。7月21日，成立爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国。8月1日，并入苏联，成为苏联的加盟共和国。
1941年6月22日，德国入侵苏联，占领爱沙尼亚，划入奥斯兰总督辖区。
1944年，德国撤退，苏联重新占领爱沙尼亚。
第二次世界大战中，爱沙尼亚损失了22万人，相当于战前人口的1/5。有8万人流亡到西方。
1949年5月起，苏联开始向西伯利亚流放爱沙尼亚人，并迁入俄罗斯人。至1952年，爱沙尼亚人的比例已从1941年的90%下降至48%。
1988年11月16日，爱沙尼亚最高苏维埃通过独立声明。
1989年1月，官方语言定为爱沙尼亚语，2月24日恢复第一共和国的蓝黑白三色国旗。
现代（1990至今）
1990年2月24日，组成国会。
1991年3月3日，举行独立公投，支持独立78.4%，投票率82.9%。
8月19日，苏联发生政变。8月20日，正式宣告独立。8月26日，俄罗斯承认独立。9月6日，苏联承认独立。9月17日，成为联合国会员。12月26日，苏联解体。
1992年6月28日，公民投票通过现行第四部宪法。 2004年3月29日，加入北大西洋公约组织。5月1日，加入欧盟。
2007年12月21日，成为申根协议会员。
2010年12月9日，成为经济合作与发展组织会员。
2011年1月1日，加入欧元区。
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