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《乐高旋风忍者》（英语：Ninjago），旧名《乐高旋风忍者：旋风忍术大师》（英语：Ninjago: Masters of Spinjitzu），是一部美国和丹麦共同制作的动作喜剧动画剧集[2]，于2011开始在卡通频道播出。该剧是基于乐高同名系列玩具作改编。本节目在中国大陆由央视少儿频道于2017年2月播出[3]，香港由亚洲电视本港台于2012年播出第1、2季，第3季起由无线电视翡翠台于2015年起播出。截至2020年，这是卡通频道上播出时间最长的影集。
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| 乐高旋风忍者 Ninjago | |
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| 别名 | 《乐高旋风忍者：旋风忍术大师》（Ninjago: Masters of Spinjitzu，2011－2019年） |
| 类型 | 科学奇幻 动作 喜剧 武打 |
| 原作 | 乐高旋风忍者 乐高集团作品 |
| 开创 | 麦克·亨纳 托米·安德森 |
| 编剧 |
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| 导演 |
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| 配音 |
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| 国家／地区 | 美国 丹麦 |
| 语言 | 英语 |
| 季数 | 15 |
| 集数 | 206（每集列表） |
| 每集长度 | 22分钟（第1－10季） 11分钟（第11-15季） |
| 作曲 | Jay Vincent Michael Kramer |
| 制作 | |
| 制作公司 | WILFilm ApS（第1－10季） WildBrain（第11-15季） |
| 发行公司 | 乐高集团 |
| 播出信息 | |
| 首播频道 | 卡通频道（美国） 尼可国际儿童频道（丹麦）[1] |
| 播出日期 | 2011年1月14日—2022年10月1日 |
| 相关节目 | |
| 续作 | 《乐高旋风忍者：神龙崛起》 |
| 相关节目 | 乐高未来骑士团 乐高神兽传奇 乐高悟空小侠 |
《乐高旋风忍者》从2011年1月的两集试播集开始，之后于2012年1月至2012年11月期间播出了两季13集。乐高公司原本打算将其作为一个为期三年的系列，但因该系列及其产品线的持续成功而延续至2022年。续作为2023年在Netflix开播的《乐高旋风忍者：神龙崛起》。
剧情
旋风忍者的故事中，讲述著一个名为 "Ninjago" 的土地上，在过去，曾有一位大师，他是最初的“旋风忍术”大师，用四把黄金神器来创造世界。这位大师膝下有两个儿子，两个儿子一起学习旋风忍术。然而，大哥变得邪恶，想要借由四把神器来统治世界，并与弟弟大战起来。最后，弟弟打赢了这场战斗，并把兄长打入一个叫做“地下世界”(Underworld) 的魔域。为了防止大哥回到 Ninjago 并抢走神器，这个弟弟把四把武器藏在各地，并各自安排一个“守卫”看守这些宝物。
在前导季的一开始，就讲述在一个祥和的乡下，一日，一对经营打铁铺的兄妹：凯 (Kai) 与 尼雅 (Nya)，遇到一名神秘的胡须老人“吴大師”(Sensei Wu)，只留下摸不着头绪的对话就分道扬镳。接着，风云变色，一群驾驶重机、装甲车的骷髅兵忽然入侵村庄，找到打铁铺里一张被藏起来的古地图，并把尼雅给绑架走。吴大師再度现身，表示那是黑暗君王“加滿都”(Lord Garmadon) 的手下，他们抢走的是四把神器的地图，那是数年前，吴大師交到凯父母手上，由他们代为保管的地图。加滿都准备把四样武器搜集到手。如果要把尼雅救回来，凯一定要离开打铁铺，跟着吴大師回到山上的修道院，学习“旋风忍术”，成为一名“忍者”。
本来对于成为忍者，或学习超强武术丝毫不感兴趣，但为了救出相依为命的妹妹，凯努力接受武术训练。本以为这间道场只有他一个学徒，却在一日夜里，遇到三名蒙面忍者。经过打斗后才发现，这三位也是吴大師在旅途中相中其潜力，带回来接受训练的学生，分别为个性相当木讷、带点孤僻的白衣忍者“赞”(Zane)；喋喋不休，很快就恋上尼雅的急躁蓝衣忍者“杰”(Jay)；以及拥有大力与稳定性的沉稳黑衣忍者“寇”(Cole)。
随着剧情发展才得知，原来黑暗君王“加滿都”就是传说中第一代旋风忍术大师的长子，而吴大師则是次子。加滿都隐居在地下世界多年后，集结骷髅兵，寻找四样黄金神器，准备统治这个世界。现在，四位忍者一定要抢先夺回吴大師藏起来的四件黄色武器，学习旋风忍术，击退加滿都。
寻找神器的过程中，四位忍者逐渐熟悉彼此的个性，尤其只想要救出妹妹，不想跟另外三位忍者慢慢想计划的凯，渐渐学会与其他忍者合作，最后终于找到一把又一把被“龙”所保护的神器，并在与骷髅兵的战斗过程中，学会了“旋风忍术”。
当分别找到了3把黄金武器后，一行人准备进入藏着最后一把黄金武器的位置：“火焰神庙”(Fire Temple)，却不知加滿都早就设下圈套。急着救出尼雅的凯，在忍者与师父睡着时，只身前往火焰神庙，拔出了火焰剑，但遭到埋伏。正当凯快撑不住时，还好吴大師现身解围，只是当凯、吴大師一起对付敌人时，外头的三名忍者也遭到骷髅兵袭击，全部的神器通通被带到地下世界。知道已经没有希望的吴大師，就自己带着最后一把“火焰剑”，顺着岩浆到地下世界，要跟加滿都一对一大战。
吴大師来到了地下世界，再次与加滿都见面。但加滿都并没有亲自出马，是派出拥有四条手臂的骷髅将军萨幕卡，拿着已经抢到的三把神器跟吴大師打。在此同时，在外头的忍者们也找到方法，驯服了原先守护神器的神龙，并驾驭前来地下世界，救援吴大師。
当忍者们赶到时，萨幕卡已打败了吴大師，拿到最后一把黄金武器。但四把黄金武器力量过于强大，没有人可以一口气驾驭四把黄金武器，即使是加滿都也不行，骷髅成了他的棋子！黄金武器开启了一个通道，通往哪里没人知道，只见加滿都笑笑地走进去，一切都在他的计划中，未来他会再与忍者们见面的。[4]
当加滿都掉入地下世界深渊后，本来即将遭遇骷髅大军袭击，但当众狠狠打倒萨幕卡，成为骷髅大军的新领导者。
加滿都君王离开之后，生活暂时恢复平静。忍者们继续在山上的修道院修行时，不小心看到吴大師的预言卷轴，得知：未来会再出现能同时驾驭四把黄金武器的“绿忍者”，而且将与加滿都君王进行命运决斗，让四人兴奋不已，每人都好奇这个超强的绿忍者会是他们之中的谁？这时，尼雅忽然告知，在村落中，加滿都出现了！战斗才刚结束，加滿都竟然又回来！
结果才发现在捣蛋的竟然是加滿都君王在坏小孩学校就读的儿子“劳埃德·加滿都”(Lloyd Garmadon)，小加滿都不像父亲一样是魔鬼外型，没有任何法力，更不会武术，仅只是穿着骷髅图样的黑色服装，在村庄狐假虎威，当然马上就被忍者们修理一顿。
对于被当小屁孩看待，劳埃德．加滿都觉得很生气，当他在荒野漫步时，不小心掉入一座蛇族古墓，在里面遇到蓝色的眼镜蛇“催眠镜蛇族”（Hypnobrai）。蛇族大将军本来想施以催眠术，降伏劳埃德，结果误打误撞，催眠了自己，变成自己降伏于劳埃德。意外获得蛇族大军的劳埃德，决定率领牠们来打倒忍者们。
虽然拥有蛇族大军，劳埃德的个性还是相当幼稚，蛇族全被指挥来做些幼稚事 。属于副将军的卡勒斯（Skales）受不了大将军对这屁孩唯命是从，因此透过传统的蛇族决斗，取得指挥权，成为新的催眠镜蛇族首领，并且造反，让劳埃德落跑。
对于眼镜蛇大军叛变一事，劳埃德觉得很难受，因此遵循蛇族部落地图，再解放另一支红蛇族“牙血蛇族”（Fangpyre），发现牙血蛇族跟催眠镜蛇族有不共戴天之仇，再指挥牠们去跟催眠镜蛇族交战。两族相遇时才发现，红蛇族首领竟然跟蓝蛇族新首领 Skales 是好朋友，意外促成红蛇与蓝蛇组成联军，劳埃德只得继续遵循古地图，想再找到可以指挥的蛇族大军，接着找到了以长脖子为主的“紫蟒蛇族”（Anacondrai）的古墓位置。但打开古墓大门才发现，整个古墓只剩下一副副骨骸，仅剩该族首领“彼拉”(Pythor)存活。看到只身前来的小屁孩劳埃德，彼拉释出善意，一起玩乐、捣蛋。但最后彼拉从劳埃德手上骗走古地图后就把劳埃德抛弃，而劳埃德就跟着忍者回去，由叔父：吴大師照顾。
忍者这边也有着相当大的变化。当劳埃德一开始率领催眠镜蛇族时，曾把吴大師在山上的道场给烧了，忍者们只得带着四条龙另寻落脚处，最后在沙漠中发现一艘破损的古船：“命运赏赐号”，而四条龙无法适应沙漠中的气候，忍者们就让龙离去。在整顿之下，发现命运赏赐号竟然搭配高科技设备，可以在空中飞行，也有电子地图，跟扫描系统，成为忍者的战斗基地。只是在第一季最后，整艘船又被巨蛇魔王咬断，让忍者再度失去住所。
在没有龙的情况下，忍者们没有可以快速移动的方式，这时吴大師说，他们在前导季中找到的四把神器，可以召唤出专属他们的载具。杰的双截棍能变出一台喷射机；寇的镰刀可以变出黑色的战车；赞可以变出雪地摩托车；而凯则可变出重型机车。
除了四名忍者之外，主角方在稍后也加入了一名新战力。战斗的过程中，忍者们遇到一名神秘的“武士X”(Samurai X)。这名武士X会驾驶着一具巨大机甲，给予支援，有时甚至能在忍者抵达蛇族捣乱的现场前，就先把那些蛇给收拾掉。这名武士究竟是谁？为什么当忍者接获有蛇族捣乱的消息前，武士却能捷足先登？ 其实武士的身份不久之后就揭晓，正是在船舰上给予情报后援的“尼雅”。当忍者在接受训练的过程中，尼雅也不断想向大家展现她也能上场战斗，但一直被保护在后头。因此她偷偷弄来这具机甲，戴上武士头盔，一起上场作战。一开始忍者们对武士有着敌意，尼雅身份揭晓后，武士就成了战力之一。
当然，在与蛇族对抗的同时，四位忍者不断幻想自己就是预言中的“绿忍者”，甚至做了许多蠢事。吴大師也很想找出绿忍者的身份，发现四把黄金神器可以同时对小屁孩劳埃德产生反应，这才发觉劳埃德就是预言中的绿忍者。这也代表劳埃德未来将与父亲进行宿命中的对决。
蛇族也不是省油的灯，他们也能够通过毒液，把人变成蛇族一员，甚至把机械变成半生命的蛇载具。当他们来到杰爸妈的回收场时，更是把大量废铁变成载具，有摩托车，有四轮战车，甚至还有铁球。更猛的是，这些不只是载具而已，他们甚至有自己意识，已是半生命体。
当蛇族被释放到地面上，重现光明之后，对于人类把他们关在阴暗的古墓，蛇族认为该是报仇的时候了，因此彼拉就遵循蛇族的古地图，又释放另外两个“青毒蛇族”与“黄颚蛇族”，并把五族集合起来，找到被遗忘的古代蛇族城市。搜集四把“毒牙刀”（Fangblades），以及汇集五族蛇王的手杖，最终完成召唤仪式，释放出巨蛇魔王。但彼拉没预料到的是，在魔王眼中全都是猎物，因此完成召唤后，魔王就直接把眼前的彼拉与吴大師吞进肚子，而且每吃一样东西就会增长体积，最后大到忍者无法伤害的地步，迈向 Ninjago 世界的首都：Ninjago City 前进。
在前导季中，揭晓了吴大師是加滿都君王的弟弟，当时有提到兄弟俩同是第一代旋风忍术大师的儿子，但加滿都却变得邪恶。现在揭晓，原来当初是兄弟两小时在比武，吴大師的武器不小心被打到门外，加滿都翻墙出去捡，却在草丛中被还是小蛇的蛇魔王咬了一口，蛇魔王的毒液在加滿都体内注射了邪恶，让加滿都个性大转变，最终变成邪恶的君王。
吴大師意识到蛇族将越来越强大，这场战斗只会越来越吃力，他必须寻求额外支援，因此暂别忍者们，只身寻求支援。他来到了黑暗次元，他寻求协助的对象，竟然是在前导季中离开的“加滿都君王”！ 看到吴大師过来，加滿都觉得可笑，但一听到劳埃德也将陷入困难，就让加滿都立即心软。虽然加滿都是个邪恶君王，甚至为了取得武器，在黑暗次元中又多长出了一对手臂，但爱子心切的他，同意一起加入忍者行列，对抗蛇族。更不用说当初就是巨蛇魔王咬了他一口，害他变得如此邪恶，他也要来报仇。
上一季中，忍者们就意识到赞个性非常木讷，像根大木头，对大家的笑话一点反应都没有，某些层面来说他真的不太像“正常人”。曾有几次，赞跟一只神秘的隼鸟有某种感应，某一集他决定追寻这只神秘的隼鸟，来到遥远的雪地，打开了一间荒废已久的地下室，看到了里面放置的设计图，才惊觉自己其实是“机器人”。当他打开身上的“记忆开关”，才想起父亲在死前，关闭了其记忆，也让他忘了自己是机器人的事情。至于为什么对笑话没什么反应？原来是他的“幽默开关”也被关了。
第一季中也介绍了杰的父母，寇的父亲。杰出身于一个废铁厂，父亲跟母亲的嗜好是用废铁厂的零件发明东西，及四处旅行，讲话跟杰一样喋喋不休，但杰真的很怕他父母讲太多话。
黑忍者寇的爸爸，则是一名崇尚音乐、舞蹈、艺术的舞者，一直期盼自己的儿子也能像他一样，走上优秀舞者的路，但不知儿子其实是去学习当忍者。
与寇父亲见面那一集的故事，是讲说他们发现其中一把毒牙刀已被人类挖掘出来，做成奖杯，设为城中才艺竞赛的奖品，本来他们决定要用偷的方式取走，还是决定用参赛的方式把奖杯赢下来，让寇父亲感到骄傲。当他们在比赛当下，遇到蛇族也过来参赛时，一度决定改回去用偷的，但寇父亲气到转身就走，才不管他们是否为正义而偷，总之一旦偷了东西就不是他儿子了。
虽然加滿都君王内心仍是邪恶，仍希望铲除忍者，拿走神器，统治世界，但他依然爱着自己的儿子。某一集是当忍者全数前去与蛇族对战，只留下劳埃德和加滿都在命运赏赐号上，当忍者们遭遇困难，寻求支援时，劳埃德发现加滿都竟然是趁机偷窃忍者的资料，让劳埃德很生气，直接对老爸大吼，叫他滚开，再也不想见到他。
四个忍者团结合作。团结会成为强大的力量，相同的，当敌人团结起来时，也会成为强悍的对手。原先五蛇族彼此独立，甚至有些敌对，但随着彼拉用“巨蛇魔王”的神话来蛊惑大家，让蛇族团结起来，成为强大的敌人。 为了对抗团结起来的蛇族，忍者们也被迫与加滿都君王合作。事实上，这一季的最后，忍者们造出超狂载具，带出了四头神龙，还是得靠着加滿都的助力，同时拿着四项神器，才终于打死暴走的巨蛇魔王。
上一季的最后大头目：大吞噬者 (The Great Devourer) 被打败了之后，Ninjago City 暂时恢复和平，但忍者们却仍有事情要担心。当时为了打败大吞噬者，忍者们把四把黄金神器，交给有四条手臂的 加滿都君王 (Lord Garmadon)，但在大吞噬者死亡后，加滿都带走四把神器，消失得无影无踪，让忍者们相当紧张。 忍者们的基地：命运赏赐号，在第一季最后被大吞噬者咬碎，使得他们无家可归，在身无分文的情况下，重新在 Ninjago City 里寻找住所跟道场，最后终于找到一间破烂的公寓，也在市内找到一名自称身手不凡 的道场师傅: (达雷斯) 一起共用他的道场。忍者们必须全力训练还是小孩的劳埃德 (Lloyd Garmadon)，要让他成为预言中的“绿忍者”，实现与父亲的“最终之战”。
当忍者们在进行相关准备时，加滿都君王带着四把黄金神器，集结剩下的蛇族士兵，成为他的势力，并利用神器的力量，将破损的“命运赏赐号”重建起来，变成他的新船“暗黑命运赏赐号” (Black Bounty)，并前往当初锻造出四把神器的金山峰 (Golden Peaks)，将四把神器融合成一把“巨大兵器”。
尽管打造出“巨大兵器”，起初加滿都还不知道怎么使用其神力，被蛇族部下质疑，最后发现“巨大兵器”不能制造毁灭力量，却能带来“创造力量”。加滿都可以用“巨大兵器”创造出任何他心中所想之物，因此用这把兵器继续找忍者们麻烦。例如不小心把命运赏赐号数百年前的主人：以索多船长 (Captain Soto)为首的一帮海盗给死而复生，或是制造四只忍者的复制体，或是不小心复活博物馆中远古时期的肉食猛兽，或是不小心把四只忍者变成小孩......等。
在第五集 "Child's Play" 中，加滿都君王意外逆转了时间，复活了陈列在博物馆的远古猛兽 "Grundle"，同时也不小心把四名忍者变成跟劳埃德一样年纪的小孩。为了对付跑到街上的 Grundle，吴大師找到具有再逆转时间的魔茶，泼洒在四名忍者身上，虽然让忍者们再变回到原本的年纪，却让劳埃德一起长大了。长大了以后的劳埃德，学习的速度变得更快、力量也越来越强，距离与加滿都一战的“最终之战”不远矣。
除了是敌对关系外，加滿都处处阻止忍者们继续训练劳埃德，是希望避免劳埃德真的成为绿忍者，他很害怕必须与儿子决一死战的那一天到来。巨大兵器是有强大的力量，但加滿都还是想不出该如何阻止劳埃德的训练，终于想出新计划，利用“黄金权杖”制造出时间虫洞，回到前导季的时间点上，只要阻止当时的凯跟随 吴大師当红忍者，就不会有未来的忍者们，劳埃德也就不会被训练成忍者了。
加滿都君王回到过去，忍者们也跟着回到过去，要阻止加滿都君王打乱历史。他们就想到：只要破坏掉加滿都君王手上的“巨大兵器”，就可以阻止加滿都的计谋，而要破坏巨大兵器，就得拿起那个时间点的四把黄金神器，与之对抗，毕竟巨大兵器就是从四把神器融合起来，其力量是相同的。
最后四位忍者也拿到了四把神器，并与巨大兵器一打：谁料想得到，兵器之间的力量，却导致巨大兵器直接往宇宙飞去。
因为巨大兵器被破坏掉，忍者们与加滿都君王回到现在。加滿都君王想到，先前复活 命运赏赐号的 原船主，也就是那帮海盗船员时，曾经在船上的航海日志读到关于“黑暗之岛”(The Dark Island) 的描述，上面一定有他用来对付忍者的黑暗力量，因此指挥蛇族，驾驶直升机到海上寻找。但在海上徘徊许久，始终没看到岛的踪迹，加上先前对付忍者的计划全数失败，“黄金权杖”也早已消失不见，蛇族决定叛变手无寸铁的加滿都，把他踢进海里，改由催眠镜蛇族首领 继续指挥蛇族大军。
在此同时，忍者们接收到来自市内博物馆的通知，需要忍者们出手相救，原来博物馆从地底下挖掘出来自古代的“石头兵”雕像复活了，正在大闹博物馆。在上一季的最后，加滿都君王虽然打爆 大吞噬者，但蛇王体内的毒液渗透整座城市的土壤与下水道，有些毒液从博物馆的地下渗出，沾到这些石头兵，就给予了生命，让他们复活。小小的石头兵四处大闹，还是被忍者们全数砸烂。
当忍者们在好奇这些石头兵的来历，忽然一名有点年纪的眼镜女子走了进来，似乎与吴大師是老交情。吴大師才介绍，她是一名考古学家，石头兵的挖掘者，而且更重要的是，她就是劳埃德的妈妈：美沙子 (Misako)。
美沙子这回出来，讲出了初代旋风忍术大师，也就是吴大師跟加滿都君王的爸爸，过去的故事。以前 Ninjago 这个世界，除了有代表光明的初代旋风忍术大师外，还有一个代表黑暗的魔王：“黑暗之主”(Overlord)。黑暗之主与初代旋风忍术大师交战无数次，最后是旋风忍术大师用四把黄金神器，把整块大地分裂成两半，变成两座独立的岛屿，黑暗之主被留在另一座岛，取名为“黑暗之岛”，随着日子过去，黑暗之主与黑暗之岛消失在海洋中，消失在地图上，也消失在世人的记忆中。今日挖掘出来的石头兵，就是当时黑暗之主当初创造的士兵，用来与初代旋风忍术大师对战。随着时间久远，这些士兵也成为普通的石像，沉睡在地底下。
被蛇族踢进海里的加滿都君王，漂流到一座他所没见过的岛屿上，遇见了已变成类似气体 / 灵体形式的黑暗之主，才发现自己终于来到他在寻找的“黑暗之岛”。黑暗之主提议，两人联手将能重新让黑暗垄罩大地，现在他们要做的，就是启动预言中“最后之战”的倒数钟，等倒数完毕后，就能击败忍者们，并重新统治世界。原来黑暗之岛已沉入海中，只留下一点点还在海面上，看到有了一个强大的盟友，黑暗之主便利用其力量，将整座岛重新拉出海面，准备向 Ninjago City 突击。
蛇族在背叛加滿都君王后，回到 Ninjago City 的地下，打算再进攻城市，但挖隧道到一半，忽然挖出一整间的墓穴，里面全是石头兵雕像，就像兵马俑一样。这时，墓穴的上方渗出巨蛇魔王残存的毒液，滴到每一只石头兵身上，这些石头兵就全部活过来，把蛇族关在墓穴中，并一只只爬出地面，大闹街道。
在此同时，加滿都君王也找到了倒数钟，并将黑暗头盔戴到头上，从此得到率领石头兵的能力。当倒数钟时间到时，预言中的“最终之战”就会来到，而到时就是黑暗之主统治世界的时候。
在 Ninjago City 这边，忽然窜出大量石头兵在街道上制造混乱，这些石头兵又因为是用坚硬材质制造，而牢不可破，加上黄金神器被夺走后，忍者们无法使出元素之力，无法抵挡石头兵，只得赶紧带着镇民逃离城市。逃出城市后，他们看到远方海面上忽然跑出原本不存在的岛屿，上头还有黑暗垄罩，令他们非常不安。已研究旧文献很久的美沙子，找出更多预言，在黑暗岛屿上有一座“光之神庙”(Temple of Light)，只要进入神庙，忍者们不但能取得元素之力，绿忍者也将获得初代旋风忍术大师的武术，成为新一代的“终极旋风忍术大师”，只有这样才有可能进行预言中的最终之战，实现与父亲的对决，并打倒重新崛起的黑暗之主。忍者们全数前往黑暗之岛。
来到黑暗之岛，忍者也遵循古老地图，找到了位于山峰上的“光之神庙”，四色忍者在里头重新取得自己的元素之力，找到了全新的元素刀，并将元素刀的力量灌输到劳埃德身上，让劳埃德终于成为传说中能驾驭全部元素之力的“绿忍者”。现在，忍者们准备好了，现在要做的事情，就是阻止倒数钟，防止最后之战的到来。
忍者们来到黑暗之岛，发现在加滿都指挥下，石头兵正在努力开采岛上一种叫“暗物质”的矿物，正在打造某种兵器。当被发现之后，双方进行交锋，并发现加滿都与黑暗之主打造的兵器也终于完成：将投掷暗物质导弹的巨型坦克“Garmatron”。在这过程中，尼雅就被感染，转变成黑暗版人格，与忍者们为敌。
Garmatron 是能投掷由暗物质制成的导弹的坦克，导弹一旦爆开，会释放黑暗力量，让四周的人全部变的邪恶、愤怒、失控，在投掷几颗导弹到 Ninjago City 市中央后，黑暗之主也附身到加滿都身上，取得加滿都的身体，将忍者们打倒，就连取得驾驭元素之力的绿忍者劳埃德也被打败。接着，黑暗之主驾驶坦克，率领石头兵大军，往 Ninjago City 前进。
虽然在光之神庙取得了元素之力，但五位忍者无法对付重新取得肉身，也集结大军跟巨大兵器的黑暗之主，他们失败了，只得看着整座城市陷入混乱。
坐在黑暗之岛的海滩，看着离去的黑暗之主大军，忍者们陷入低潮，明明取得了元素之力，却完全不敌对手，当大家以为失去一切希望时，赞的机械老鹰却把他们指引回去光之神庙，在里面他们尚未发掘的秘密。在神庙内探索一下后，忍者们启动了先前没有注意到的开关，一具尘封在庙宇底部的金色机甲升了出来：这是过去第一代旋风忍术大师用来大战黑暗之主的兵器，也将是忍者们最后的希望。劳埃德驾驶起黄金机甲，其他忍者驾驭著前来的四头神龙，全数回到 Ninjago City，真正的最后一战才正要开始。
回到 Ninjago City，发现整座城市已经被黑暗垄罩，仿佛黑夜一般，几乎所有市民都被黑暗感染，转变成邪恶、愤怒的暴民。黑暗之主已经占据城市中的高塔，这将是他们进行最后一战的战场。在登上高楼的过程中，忍者们一个个被黑暗弹丸击中，失去意识，转变成邪恶的一方，最后只剩下劳埃德一人来到顶楼，最后的希望全都落在劳埃德身上。尽管赶到的时候，黑暗之主又再进化成黑暗之龙型态，劳埃德只身面对黑暗之主，现在才“最终之战”的开始，原来所谓最终之战，不是真的面对加滿都君王，而是夺走加滿都君王身体的黑暗之主。对战的时候，劳埃德体内的潜能被激发出来，忽然耀眼的金色光芒包覆着他，劳埃德转变成“金忍者”，成为真正的“终极旋风忍术大师”，召唤出一只金龙与黑暗之主对决。面对变成金忍者的劳埃德，以及召唤出来的金龙，黑暗之主觉得可笑，只要有光的地方就一定会有影子的存在，劳埃德是永远无法消灭黑暗的，并将一股黑暗罩住劳埃德与金龙，并在暗影中将金龙一口吞下。劳埃德只说“那我的光将强到让影子无所遁形”，就在黑暗之主嘴里释放出光的力量，彻底打倒了黑暗之主，并让 Ninjago City 重新被阳光照射，让所有黑暗与邪恶消逝而去。
第一季最后，虽然击败了巨蛇魔王，拯救了整个 Ninjago，但因为当时打败巨蛇魔王的是持有四把神器的加滿都君王，所以其他忍者并没有被当成英雄对待。也因为命运赏赐号在第一季最后被巨蛇魔王咬烂，使得忍者们再度无家可归，连训练场地都没有，只好在城中四处打工，好不容易才找到一间品质很差的小公寓，七个人挤一挤，住在一起。在城中，忍者们找到了一间名为“Grand Sensei Dareth Mojo Dojo”的道场，希望能跟道场主人：自称武术大师，擅长各种动物拳法的达雷斯 (Dareth) 共用道场。 达雷斯就是一个身上挂着金项链，讲话有点臭屁又有点慵懒的样子，道场内还摆满奖杯，弄得好像很厉害，后来才发现原来那些都是招摇撞骗出来的，其实不太能打。基本上日后达雷斯跟忍者们也成为好朋友，变成崇拜者的角色，还自称起“棕忍者”。
在第一季中，忍者们曾在沙漠中找到一艘破髓的船骸，重新整理之后发觉是搭配飞行系统、雷达扫描系统的命运赏赐号。当初第一季中，当忍者们找到船时，动画并没有交代这艘船为什么会躺在沙漠，也没有交代过这艘船是什么用途，直到这一季中才给了暗示。本来在第一季最后被巨蛇魔王整个咬烂，但被加滿都君王用“巨大兵器”重建起来，一日当加滿都在船上乱晃时，忽然找到一本藏在暗柜中的船长日志，才发觉这艘船原本是属于一名叫索托船长 (Captain Soto) 的海盗，因为在暴风雨中发生船难，船员全数罹难，船也因此破损。 加滿都就是在阅读这本日志时，才发现原来海上有一处被称为“黑暗之岛”的神秘岛屿。当时还不太会控制“巨大兵器”，不小心把过去的这些船员给复活，所以索托船长与其他海盗水手们全都来到现代。 另外，在第一季最后被巨蛇魔王咬碎的命运赏赐号，被加滿都用“巨大兵器”还原，被取名为“黑暗赏赐号” (Black Bounty)，后来又被忍者们抢夺回来。
当加滿都尚未完全变成后来的黑骷髅模样前，就已经与美沙子交往，两人生下劳埃德。为了研究“预言”，连美沙子都离开了劳埃德，直到第二季中才回来，而且与吴大師有点暧昧。原来在过去，美沙子曾无法选择要与吴大師或加滿都在一起。虽然吴大師是说“我们不应该在一起”，但美沙子却说“当初真的应该选择你的”、“过去已成过去，但我们还有未来”。
上一季中介绍了每个忍者的背景故事，包括每个人的父母 (除了凯、尼雅兄妹外，他们的身世依然是团谜)，其中提到赞其实是一只机器人，由“父亲” The Tinkerer 创造，但在赞的记忆最后，父亲卧病在床，过世前关掉了赞的记忆，让他一直不记得自己是机器人，也不记得曾有一个父亲。看到父亲还活着，赞是很开心，也感到无比困惑，父亲才解释，他原先是真的要死了，但在关掉赞记忆之后，忽然一批骷髅兵闯进来，用魔茶将他起死回生，也被骷髅兵绑走，囚禁在灯塔中，为他们制造各种车辆、载具，虽然现在骷髅兵已经没再回来叫他继续设计武器，但一只被骷髅绑在海中的巨大海怪仍在监视他，让他不敢逃跑。骷髅兵，就是前导季中，加滿都君王手下那些骷髅兵。 在忍者们放走了海怪守卫后，Tinkerer 也跟着忍者们离开，前往黑暗之岛，担任后勤维修人员，随时跟着尼雅维修忍者们所使用的载具跟飞船。
虽然大部分时间，加滿都君王一直给人一种“耶~我是坏蛋，我要征服世界”的感觉，但也渐渐带出他内心深处并不想当坏人，他是身不由己 。因为毒液的影响，加滿都内心变得很想做坏事，也造成他与弟弟 吴大師、与妻子 美沙子、与儿子劳埃德之间的疏离。因为这样，使得他更想完成黑暗之主的计划，也就是将世界变得黑暗、邪恶。既然他无法恢复正常，与家人团聚，那就让他所爱的人坠入黑暗面，与他团聚吧。 虽然一直与忍者为敌，一直知道劳埃德将实现与加滿都进行最终之战，但加滿都不想与儿子战斗。每当看到儿子站在他面前，他都会心软。
从黑暗之岛上的设备，再到黑暗逐渐垄罩大地，再到夺取加滿都的身体，再到率领坦克大军进攻城市，再到最后的黑暗之龙完全体，随着时间过去，黑暗之主变得越来越强大，要打败他变得越来越不可能。他开始投掷暗物质，把人转变得邪恶之后，更给人一种绝望感。黑暗之主不怕自己被打败，因为光明与黑暗是一体两面，有光的地方必定有阴影，只要光还存在，他就永远不会消失。
在上一季的最后，当绿忍者劳埃德消灭了黑暗之主，并把自己的父亲加滿都洗白后，忍者没有了对手，世界来到和平时代，Ninjago City 如今发展成一个充满科技的大都会：“New Ninjago City”，一切科技由一个坐着轮椅的科学家 赛勒斯·博格 (Cyrus Borg) 提供。为了方便管理，博格甚至创造了一个电子网络“数位宇宙”(Digiverse)，串联起整座城市的网络与电子回路。四色忍者到学校教书，成天面对一堆屁孩；劳埃德则与父亲加滿都还有美沙子四处旅行。
正当忍者们在怀念以前大冒险的日子时，博格忽然邀请忍者们到他的科学大楼“博格大厦”(Borg Tower) 参观。忍者们起初感到不解，但才发现博格是利用这个机会，偷偷塞给他们全新的服装与武器“Techno-Blades”，并表示黑暗之主还活着，只是换成数位形式，存在一只硬盘里。现在黑暗之主操控起博格大厦的科技，大量制造机器忍者，甚至控制了博格的数位网络，控制了整座城市，准备东山再起。现在需要忍者们重新出动，对抗复活的黑暗之主。
面对大量出现的机器忍者，甚至还有一只被制造出来的机械巨龙，忍者们几乎招架不住，只得使用打带跑策略。在战斗的过程中，为了掩护忍者，吴大師也遭到机器忍者挟持，被带去改造成邪恶机器人，博格也被控制心灵，变成邪恶蜘蛛型机器人。忍者们必须想办法来对付这些机器人。既然整个城市的电子网络都被控制，忍者们的策略，就是先关闭城市内的发电厂，当失去能源后，就能大幅度削弱黑暗之主的能力。
经过一翻努力，忍者们终于突破发电厂，冲回科学大楼，准备要把藏有黑暗之主数位资料的硬盘破坏掉。正当计划都进行地相当顺利时，竟出现一个穿白衣服、没有露脸的神秘人，拿走硬盘并逃跑，并在现场留下一片白色的鳞片。
黑暗之主的硬盘被白袍神秘人士带到一个秘密实验室，虽然发电厂被破坏，整座城市都是属于无电状态，让黑暗之主无法轻易操控网络，机器忍者也无法启动，但神秘人却用一种特殊的电鳗制造电力，为机器忍者大军充电。对于为什么被神秘人拯救，黑暗之主也感到困惑，仅知这两人从此结盟。
只差一点就能彻底把黑暗之主消灭掉，但这个留下白鳞片的人究竟是谁？除了它可以随时隐身外，对它实在没有概念。但看到鳞片，忍者们直觉就是“又是蛇族搞的鬼”，所以来到城市的下方，要对质过去曾与他们大战的蛇族，发觉蛇族如今很享受当个平民的生活，无意再发起任何战争，看来凶手并不是牠们。
但跟蛇族对谈的过程中，忍者得知了另一个预言。在蛇族的预言中，除了人类之外，将会有一个“黄金大师”的降临。这黄金大师是个邪恶的存在，他将会掌握初代旋风忍术大师的能力，并将世界上的人类与蛇族全数消灭。
如果预言是真的，那忍者们感到很害怕。“黄金大师”？掌握初代旋风忍术大师的能力？难道......是指劳埃德会成为一个恶魔，消灭这个世界？毕竟，在上回，劳埃德最后是激发出体内的力量，成为“黄金忍者”，打败恶魔！
本来与父亲一边躲藏、一边受训的劳埃德，却遭到机器忍者大军，以及生化版吴大師与白袍神秘人突击。在突击过程中，神秘人才终于揭晓身份，竟然是彼拉！
在第二季率领全部蛇族团结，并召唤出巨蛇魔王的紫蛇族最后成员：彼拉，当时虽然一起被巨蛇魔王吞下去，但很明显当巨蛇魔王被打爆后，他也幸存下来，只是因为毒液关系，使皮肤被漂白。今日他决定与黑暗之主联手，一起重新掌握这世界，并向忍者们复仇。他们就把劳埃德带上机械巨龙，飞回到黑暗之主的大楼。
原来，上一次忍者攻击行动后，彼拉要打造一具身体，让黑暗之主可以摆脱数位形式，再次来到世界上。除此之外，他们准备夺取劳埃德的黄金之力，并用来统治世界。原来蛇族预言中的“黄金大师”，就是指东山再起的黑暗之主！
在此同时，在博格的数位助理皮克莎 (P.I.X.A.L.) 帮助下，忍者们进入数位宇宙，与数位形式的黑暗之主大战一场。若能在数位世界中彻底消灭黑暗之主，就能阻止他的计划。但在战斗过程中，因为身体已经制造完成，黑暗之主就来到现实，离开了数位宇宙。最后在赞爆发下，让 New Ninjago City 中被骇入的机器与载具，连同生化版吴大師都恢复正常，黑暗之主的机械巨龙也瞬间变一团废铁。在此同时，虽然黑暗之主的新身体已经打造完毕，劳埃德也趁机逃出敌人的掌握，在机械巨龙坠入海底时，赶快逃出。
既然已经让对方的战力大幅削弱，黑暗之主与其新身体也跟着失去动力的机械巨龙沉入海底，暂时可以喘口气。但彼拉还是把黑暗之主从海底打捞了出来，准备执行一个“Project: Arcturus”的计划。看对方还有些动作，凯进行跟监活动，跟着彼拉前进牠们的秘密基地，发现这个“Project: Arcturus”，是打造一只太空火箭：牠们准备飞到太空中，带回“巨大兵器”( Mega Weapon )，完成获得黄金之力的最后一步！
巨大兵器！就是在前导季中，忍者们最一开始使用的四把黄金神器，在第二季里，因为加滿都君王的关系，把四把黄金神器融在一起，变成这把“巨大兵器”，当时在不当使用之下，巨大兵器飞往宇宙，卡在一颗彗星之上。本来以为这把神器就这么从这出剧里退场，没想到又在这季中出现。彼拉等人查到了这把巨大兵器的所在位置，制造火箭，前往太空来寻找，这就是黑暗之主获得强大力量的最后一步。
忍者们躲在火箭上，跟着机器忍者们飞上彗星，并在上头开战，但最后还是被机器忍者们找到了黄金神器并带回 New Ninjago City，打造出全新的黄金装甲，给 Overlord 穿戴，最终让黑暗之主掌握强大的力量，并正式成为预言中将消灭世人的“黄金大师”。
忍者们回到地球上，与掌握全新力量的黑暗之主大战一场。现在，黑暗之主拿到了由巨大兵器打造而成的武器，掌握了初代旋风忍术大师的力量后，能够呼风唤雨，甚至让自己巨大化。当忍者靠近黑暗之主时，全部都被擒拿住。赞却利用最后的机会，将自己的冰元素能力开到最大，将黑暗之主摧毁，但也因此牺牲掉了自己，离其他忍者们而去。
在第二季的最后，劳埃德打败了黑暗龙型态的黑暗之主后，除了让世界恢复光明，也让加滿都君王彻底洗白。因为巨蛇魔王毒液影响，加滿都君王体内被灌输了邪恶意识，最终变成全身黑、又有四条手臂的大反派，但最后还是变回凡人，体内的毒液也被彻底清空，变成凡人样貌，并被改称为加滿都师傅 (Sensei Garmadon)。
在这一季中，虽然暂时没有完全展现加滿都恢复正常后的身手，但他在传授武术，改成“防守”：不主动攻击，借由引导对手的进攻，转过去攻击对手，跟过去的黑暗帝王有非常大的落差。
从第一季就揭晓是一名机器人，赞不只是帅气机械忍者而已。前面看到对自己的迷惘，还有与父亲的亲情，这一季则是往恋爱这一块发展。在忍者们一开始来到科学大楼时，遇到了博格的个人助理：皮克莎 (P.I.X.A.L.)，这就展开了赞与皮克莎的恋爱史。当然，两人毕竟是机器人，所以无法理解“爱”为何物，更不熟悉那种喜欢上对方的感觉，但就是彼此吸引。
赞最后牺牲了自己，才打败了黑暗之主，拯救忍者伙伴们，与整个城市。他将自己的冰元素之力开到最大，才终于消灭掉黑暗之主的形体，却也因为身体负荷不了而全部摧毁。为了感谢赞的牺牲，在博格主持下，于市中立了一座赞的金属像。
原来这赞只是身体被摧毁，但心灵与意志还是以数位形式存在着。事实上，剧中最后就演到赞的声音出现，与皮克莎对谈，接着就看到当初制造机器忍者大军的工厂自己动了起来，暗示赞又将制造新的身体，重新回到世界上。
从前导季开始，杰就迷恋上尼雅，甚至从第一季开始，就能感受到这小两口吸引彼此，但从这一季开始，“三角恋”戏码挑拨杰、寇、尼雅之间的感情。原先寇与尼雅两人之间并无特别好感，但当忍者们拜访博格大楼，皮克莎看见了他们，立即计算出“寇与尼雅是最佳的配对”，就这么开启了这两人的暧昧关系。就从这时候开始，寇与杰无时不为吸引尼雅注意，而彼此竞争，两人也越来越水火不容。
在剧中，吴大師曾被黑暗之主改造成一只邪恶机器人，并一起对抗忍者与加滿都师父。不过，剧中变成邪恶版的机器人，并没有因此成为忍者的极大威胁。
虽然先前已经失去黄金神器，但这回忍者们还是有武器可以使用，这是由博格发明的‘Techno Blades’。当黑暗之主控制程式内的机械时，只要被这把刀具碰触，就可以重新设定，解除黑暗之主的控制权。
虽然上一季的最后，有暗示赞的意识已经藏在网络世界，并利用博格的工厂，打造新的身体。不过上一季也只演到工厂动起来，并没有看到赞新身体。
在上一季的最后，为了击败黑暗之主，赞壮烈牺牲，在科学家赛勒斯博格主持下，大家为赞办了一场丧礼，并立了一座金属像在城市中间。对于赞的死，让忍者们意志消沉，加上现在没有任何敌人要打，凯、寇、杰都没有继续当忍者的理由，各自离开忍者团队，从事其他职业。但劳埃德想再把大家集合起来，一一拜访了其他忍者们。杰当一名艺人；寇利用他的力气，来当伐木工；凯则在地下格斗场当蒙面格斗选手。
在劳埃德号召下，四个人重新在市内一家知名连锁面店“陈大师的面店”聚集在一起。四人在谈话时，一帮小混混进来闹事，引起忍者们注意。当忍者们追着小混混来到店家后方时，忽然看到现场有一个供桌，上头有一张画像。那是赞的画像！
画像上头写着，赞还活着！
但想见到他，就来参加一场由“陈大师”所主办的锦标赛。
也就是这家连锁面店的老板。对方到底是何许人也？ 虽然那张画像上指示忍者们不要把锦标赛的事情告诉任何人，但劳埃德的父亲：加滿都师父，还是察觉到忍者们似乎要瞒着大家去某个地方，因此偷偷跟在忍者们身后。
当忍者们在指定的时间，来到码头时，发现现场已经聚集了一票人。全都是受到陈大师邀请，来参加这场神秘的“锦标赛”的参赛者。这时，一艘渡轮来到岸边，在一个名为克劳斯的人的邀请下，大家上了船，前往陈大师的岛屿。加滿都也跟着上去。
在船上与其他人碰头之后，才发现一件事忍者们并不是世界上唯一拥有“元素之力”的人。除此之外，也是在船上，让凯遇到了一名名叫“天乐亅(Skylor) 的女元素大师，很快就对她产生好感。
加滿都师父表示，原来当初当初代旋风忍术大师创造世界时，身旁有非常多具有元素之力的护卫，跟他一起保卫这世界，元素之力绝对不止火、冰、雷、地，这四种而已。船上这些人，有的是握有“元素之力”的护卫的后代，元素之力是会遗传给下一代的。
忍者们才发现，陈大师把世界上所有握有元素之力的人召集起来，要进行一场神秘的锦标赛。但加滿都却很担忧，因为陈大师是加滿都的师父，而他并不信任他的师父。
原来，当初被巨蛇魔王的毒液影响后，加滿都离开了父亲的道场，离开了吴大師，到外头去拜师陈大师。他是个阴险狡诈之人，绝对需要当心。今天忽然举办这场锦标赛，事情绝对不单纯。这也让忍者们忧心起来，这场锦标赛的目的是什么？而赞真的还活着？真的就在陈大师手上？
来到岛屿之后，克劳斯带着大家，到了岛上的大厅堂，并遇见了陈大师。在克劳斯带领下，大家住进了代表各自元素的豪华套房，感到非常舒适。但竞赛很快就开始，第一回合就是要抢在其他人之前，抢到“翡翠武器”，但翡翠武器的数量算的很刚好，每人一把之后，会有一人拿不到，这人就是淘汰者。最后在抢夺之下，具有“金属元素能力”的卡洛夫成为第一个被淘汰的人。陈大师打开一个暗道，让卡洛夫掉落其中。他去哪了？没人知道，只知陈大师一直强调一句：“只有一人能留到最后”(Only one can remain)。
晚上在房间中，忍者们感觉很不自在。他们来这边除了参加比赛外，最重要的目的是找出赞下落，他们决定在晚上出去闯荡，寻找任何蛛丝马迹。结果，他们不小心找到暗道，还不小心撞见一个神秘空间，看到陈大师手上拿着一把神秘的魔杖，将卡洛夫的能力吸走。忍者们才发现，陈大师的目的，是把每一个人的元素之力都偷走！
接下来的每一天，都会随机抽签，抽出下一个回合的对战组合。每一回合的获胜方式都不太一样，但输家一定会掉进陈大师的暗道，所以每个人都咬紧牙关。所幸忍者们都能顺利晋级。然而，当发觉忍者们已经查到陈大师的计划时，陈大师故意安排杰跟寇对战。
在上一季中，为了抢尼雅，杰跟寇整个闹翻。但这回被迫面对彼此，两个忍者还是不忍余地。最后在陈大师的干涉之下，让寇掉入暗道，成为忍者中第一个被淘汰的人。
除了让忍者在比赛中对上彼此，陈大师也故意挑拨忍者与其他元素大师们，让其他人团结起来，一起想办法把忍者从比赛中淘汰掉。
在此同时，因为忍者们与加滿都师父在没留下任何话就失踪，让还在本岛上的尼雅与吴大師等人相当紧张。在仔细追踪之后，尼雅开着新的移动式指挥部，与达雷斯冒充陈大师的面店卡车，一起来到岛上，寻找忍者们的下落，并且偷走克劳斯的咒语书。
在比赛继续进行的同时，越来越多从比赛中淘汰出去的元素大师掉入暗道，能力被吸收走，并被囚禁在陈大师的地下工厂，帮忙制作面条。其元素之力也被夺去的寇，在前往工厂的路上，赫然发现被关在牢房的赞。赞是真的还活着！
赞的身体已跟以前不同，完全由钛金属组成，这回他是真的“钛忍者”了。此外，在上一季与赞相遇的女机器人：皮克莎(P.I.X.A.L.) 身体也被毁坏，一起被带到岛上囚禁。赞就将皮克莎的硬盘资料灌输到自己身上，让皮克莎从此活在赞的操作系统内。
发现赞还活着真的很令人开心，后来寇也想办法把赞从牢房放出来。当上面还在作战时，下方也不能闲着，底下这些失去元素之力的元素大师，准备联手起来，杀出一条活路出去。
还在竞赛中的忍者们，逐渐拉拢越来越多元素大师加入他们阵营，说服他们这整场竞赛都是骗局，陈大师是为了把元素之力全部拿走。部分元素大师相信忍者的话，并一起质疑陈大师。结果这时，陈大师才跟大家坦承他手上的魔杖，确实会把所有战败的元素大师的能力吸走，但他这么做的原因是：要把这把魔杖当成最后的奖励，送给在下一场竞赛中胜出的大师。尼雅已经偷走他与克劳斯的咒语书，在岛上逃窜。谁能先把尼雅猎下，就直接成为这次大会的优胜者。
当然，忍者们必须抢在其他元素大师前，先找出尼雅的下落。在寻找尼雅的同时，加滿都师父才对劳埃德讲出一段过去的故事，并提到自己曾经犯下严重的错误，但他没有勇气把错误公开出来，因为这一定会破坏他与美沙子，以及与吴大師之间的关系。他也提到，当年曾经有一场人蛇大战 (这部分在第一季就提到过)，虽然人类与蛇族之间一度休战，但后来因为蛇族先破坏休战条约，才又让战争继续打下最。最后是因为找到一种能扰乱蛇族思想的蛇笛，才让人类打赢这场人蛇战争。其中五族全都被关在古墓中，永不得再回到地面上。其中，紫蟒蛇族的大将军则受到特别严重的惩罚：被流放到另一个名叫“诅咒魔域”(Cursed Realm) 的次元中。
陈大师之所以努力吸收全部的元素之力，是为了完成咒语，再次开启人蛇大战。
在进行尼雅的争夺战时，被凯所恋上的女元素大师“天乐”，才揭晓她其实是陈大师的女儿。她加入进来是为了协助父亲将全部的元素搜集起来。而她本身则是“琥珀”的能力者，也就是“能将其他人的元素之力复制到自己身上来使用”。虽然背叛了其他人，但跟着凯他们一起行动，天乐也开始犹豫了起来。
当陈大师将剩下的元素大师一网打尽，并用魔杖将剩下的元素之力一口气吸收起来时，稍早被困在面条工厂的寇与赞等人，偷偷打造了一台战斗机，冲破工厂大门，打乱了陈大师的计划。在慌乱中，凯把陈大师的魔杖打碎，并将全部的元素之力还给每一个元素大师。看似计划被中断，但克劳斯说“先前天乐已经将全部的元素之力储存在她身上”，并退而求其次，绑走自己的女儿，全部落跑。
在逃跑的过程中，克劳斯也与加滿都师父相遇，并进行交战。克劳斯用他的咒语书，开通了往“诅咒魔域”的通道，要把加滿都送进去，结果反被加滿都送入，克劳斯从此消失在这个魔域里。
虽然魔杖没了，但陈大师还是利用自己女儿身上所储存的其他元素之力，开启蛇族的咒语，导致陈大师及其手下们全都转换成“紫蟒蛇族”。底下的小啰喽们全都变成紫蟒蛇族，而陈大师、天乐，甚至加滿都师父，身上都长出鳞片，皮肤变成紫色，变成半人半蛇的状态。是的，因为加滿都曾是陈大师的弟子，他也连带受到诅咒影响。陈大师就是计划率领这些变成紫蟒蛇族的大军，把本岛全部拿下。
忍者们与其他元素大师，召唤出属于自己的元素之龙，回到 Ninjago 本岛上，与吴大師还有美沙子会合，ˋ准备击退陈大师与他的大军。当敌方势力越来越难以抵挡时，忍者们取得到了克劳斯的咒语书，利用其中一个能开启“诅咒魔域”的咒语，将当年那些被流放到异次元的紫蟒蛇族将军放出来，把陈大师与其大军全部带走。但条件是必须有一人被牺牲掉，才能开启这扇次元门。一想到自己过去犯下种种错误，甚至重伤吴大師与美沙子，最后是加滿都师父自愿牺牲，来结束这场战争。
这一季的第一集揭晓，世界上拥有元素之力的还有很多人。其他包括有“重力”、“影子”、“声音”、“金属”、“烟雾”、“毒”......
连同五名忍者在内，另外新登场的元素大师还有 11 位。
在上一季，赞为了击败 Overlord 而壮烈牺牲，但在最后一集的最后，有暗示他的意识尚存在于电脑网络中，并以工厂开始打造全新机器人身体来做结尾。但复活的赞，却要到这一季才真正公布出来。使用全新身体的赞，身上全都是直接以钛金属制成，变成名副其实的“钛忍者”(Titanium Ninja)，而不像上一季中，还有露出黄皮肤的外壳。
打造全新身体的赞，一开始并没有前面身为忍者的记忆，甚至对于自己竟握有某种冰的元素能力而感到惧怕。但最后还是发觉了自己，重新掌握住冰的能力。
另外，在上一季中，赞曾遇到的女机器人：皮克莎，也跟着赞一起被带到岛上。只是在被带来的过程中，皮克莎的身体毁坏，只留下存在于硬盘中的意识。在赞挣脱铁链后，就把硬盘中的资料灌入体内，让皮克莎从此活在赞意识中。
在这一季中，忍者们没有帅气载具可以坐，在第一二季中乘坐的龙也早就飞走了，但在这一季中，当陈大师把所有人留在岛上，独自回到 Ninjago City 的时候，为了追赶上对方，大伙忽然激发出自己的元素之力，召唤出属于自己的元素之龙。每一种能力都能召唤出一只专属自己的龙出来。
凯与尼雅的父母，一直没有被碰及到，就连在前导季的一开始，也只是讲述这对兄妹经营著父母留下来的打铁铺而已。 在这一季加滿都的回忆中，凯的父母也是能操纵元素之力的能力者。父亲能操纵“火”元素，就如凯一样；而母亲则是能操纵目前为止还没看过的“水”元素。当年当人蛇战争开打时，他们的父母就是重要战力之一，一起对抗陈大师与蛇族。
在前面几季中，我们知道加滿都因为巨蛇魔王的毒液，性情大变，变成“加滿都君王”，失去理智的他犯下非常多错误，最后在劳埃德的黄金之力下，让加滿都得以洗白，变回正常人，并成为一名与吴大師有所不同的睿智师父。
在加滿都被毒液影响心智后，他曾前往陈大师的道场，拜师学艺，当时就有遇到同是学徒的克劳斯。当时人蛇大战刚爆发，但双方写下休战条例，陈大师知道这消息时，表示休战的话就不好玩了。不久之后，人蛇大战又再度爆发，消息指出是蛇族先违反条例，所以当时的元素大师们又不得不集结起来，对付蛇族。
已经受到毒液的影响的加滿都，本来对战争没有太大兴趣。这时陈大师就故意提到“美沙子”，是加滿都与弟弟胡一起追求的女子，陈大师这时拿起一封信，是吴大師写给美沙子的情书，用字遣词非常优美，肯定会让美沙子选择胡。陈大师故意拿给加滿都看，并说“你不怕她被你弟弟抢走吗？”害怕失去美沙子的加滿都，就拿起墨水，把胡的署名改成自己，再寄给美沙子。而自己也回去帮助其他人，打击蛇族大军。
后来大家发现，那场休战其实是陈大师打破的，他在人类与蛇族两边挑拨离间，重新点燃这场战争。最后在蛇笛影响之下，把每一个蛇族都关进古墓 (然后在第一季被劳埃德打开，重新放出来)。其中，紫蛇族的将军是最有野心跟战力，他们则被流放到让人生不如死的“诅咒魔域”。而陈大师与其弟子克劳斯，则被流放到离岛上，也就是他今天用来举办锦标赛的地点。
在第四季的事件结束后，当一切都平稳下来，吴大師准备要展开他的“退休”生活，在郊区开一间茶店，美沙子、尼雅，以及其他忍者们都帮忙准备店铺。但在这时，市内的博物馆传出有窃贼闯入，劳埃德只身一人前往调查，却遇到一只“鬼”，这只鬼可以附身并操控任何人甚至物。
在此同时，正当其他忍者们在市内，利用自己的元素能力来宣传吴大師的茶店时，忽然之间能力全数消失。感到奇异的忍者们，赶紧回到茶店，想要从吴大師身上搞清楚究竟发生什么事情，看到劳埃德也回到店内，但表情看起来相当怪异，并且一开口就说要抢走吴大師手上的竹拐杖。一看到怪异的劳埃德，吴大師马上就搞清楚发生什么事：劳埃德已经被附身了，而附身他的是一只从 诅咒魔域 ( Cursed Realm )，也就是上一季中，加滿都被送往的地方，逃出来的鬼，而这个鬼正是吴大師第一个弟子：能操纵“风”的元素大师“摩罗”(Morro)。
在经过一阵打斗后，命运赏赐号坠毁森林中，吴大師也赶紧把藏有秘密讯息的枴杖丢去，借此引走摩罗，吴大師才讲出过去的事情。原来凯等人并不是吴大師的第一个弟子们。当年，当加滿都离去，拜师陈大师后，一日，吴大師在山上的道场，遇到了一个穷困的孩子，因此被收留下来。他发现这个孩子天生具有操纵“风”的能力，因此认定他或许就是预言中的“绿忍者”，所以就早早跟摩罗讲这件事。
当吴大師用四把神器来判断摩罗时，才发现神器没有反应：摩罗并不是传说中的绿忍者。但摩罗早已把吴大師的话当真，接着就为了成为绿忍者，要求更多训练，甚至到了一种狂热、过头的地步。接着，摩罗就表示，他一定要找到初代旋风忍术大师，也就是吴大師的父亲，被埋葬的坟墓，就离开道场。但即使是吴大師也不晓得他父亲的墓在哪，因为他父亲并没有留下任何讯息。
回到现在，吴大師才意识到，原来初代旋风忍术大师所埋葬之地，这个讯息一直藏在他每天不离身的拐杖上。虽然为了引走摩罗，已经把枴杖丢掉，但他已从上头解读出三个图样讯息。第一个图样，就是要忍者们学习一项已失传的武术：由已死去多年的“陽大師”(Sensei Yang)创造，能够飞上天空的“飞天旋转术”(Airjitzu)。忍者们必须抢在摩罗找到飞天旋转术卷轴前，先抢到手。
原先飞天旋转术卷轴是存放在多姆图书馆中，但这时，忍者们得知，卷轴早在数日前就遭到一名窃贼偷取。仔细观看监视器，忍者们马上就认出，偷窃者竟然是罗南 (Ronin)。忍者们马上就前往罗南的住处，试图取得飞天旋转术卷轴。
就在忍者前往目的地时，吴大師找了尼雅说话，提起了尼雅与凯的父母。他表示，他们兄妹都知道他们的父亲，是能操纵火的元素大师，但他们不晓得的是，他们的母亲，也是操作水的元素大师。就如同火的能力遗传给了凯，水的能力也遗传给尼雅。接下来，时间到了，该是让尼雅卸下武士身份，成为“忍者”。
当忍者们来到罗南的住处时，发现摩罗也带着他召唤出来的鬼弓箭手现身，经过打斗之后，摩罗顺利取得卷轴，马上习得失传已久的“飞天旋转术”。看到这样的状况，忍者们感到失落，但还是从罗南口中得知：还是有机会学到飞天旋转术的，只要前往陽大師生前住的“闹鬼寺”，就有机会习得飞天旋转术。
为了习得飞天旋转术，忍者们在夜晚潜入闹鬼寺，但闹鬼寺有一个传说：如果无法在日出前离开寺院，就会永生变成鬼魂。忍者们在寺内寻找，最终遇到陽大師的鬼魂，而且还遭遇陽大師的各种试炼，最终还是得到了飞天旋转术的卷轴。但当他们要赶在日出前逃出寺院时，寇却没能在时间内逃出，变成了一只鬼。
虽然寇也变成了一只鬼，但忍者们还是习得了飞天旋转术。他们下一个任务，就是取得放在“腾云国”的宝物：“庇护之剑”(Sword of Sanctuary)，是一把能预知敌人下一步的神器。而为了登上腾云国，忍者们来到 Ninjago 境内的最高山峰，在山顶上使用飞天旋转术，利用一块名为“盲者之眼”的风暴加速，进入腾云国。虽然在路途中曾遭遇试图走同样路径的摩罗，展开战斗，但忍者们还是顺利抵达腾云国，把摩罗留在地表上。
忍者们来到腾云国，这是建立在云上的世界，他们发现一个名叫 Fenwick 的男子早已在门口等待他们。Fenwick 引领忍者去寻找“庇护之剑”，在过程中 Fenwick 解释，这个宇宙分为 16 个“魔域” (Realm)，与 Ninjago平行。在参观腾云国的同时，忍者们发现摩罗也已来到王国，并与忍者们展开战斗。在战斗的过程中，摩罗一方率先拿下了庇护之剑，并回到地表上，忍者们紧追在后，试图把剑拿回来。好在这时劳埃德试图夺回身体，暂时挡掉摩罗的主导权，这才让凯最终把庇护之剑抢回到手上。
回到地表上，忍者们重新检视自己手上的线索。他们已经学会了“飞空术”，现在也有了神器“圣殿之剑”，接着就是要找到初代旋风忍术大师的墓地。正当忍者们在思索最后一到线索，却发现罗南把庇护之剑给偷走。原来罗南身上有着把柄，他不得不背叛忍者们，最后在调虎离山之计下，把剑带往 Stiix，交到摩罗手上。当摩罗利用庇护之剑的逆转时空之力，把卷轴上的纪录逆转之后，终于锁定了初代旋风忍术大师的墓地确切下落，接着再附身到罗南身上，把忍者们骗往错误的地方。
虽然被错误的讯息给误导，忍者们最终还是借由罗南的 R.E.X. 飞行器，逃出陷阱。这时忍者们收到罗南本尊的道歉讯息，并得知了墓地的真确位置。这才发现，墓地之所以一直没被找到，是因为并不在本岛上，而是在深海中！
当忍者们终于进入到深海底的墓地入口，他们必须与时间竞赛，因为摩罗早抢先他们一步，在墓中探索。由于守护者初代旋风忍术大师的遗体，以及最终的神器“魔域水晶”(Realm Crystal)，整个墓由三大考验守护者。忍者们顺利解开前两大考验，来到最后一个考验：一座冰冻的迷宫，并在此地遭遇摩罗。经过一翻交战后，忍者们将摩罗困在陷阱中，并解开最后一个考验，最终找到了初代旋风忍术大师的遗体。
忍者们来到初代旋风忍术大师的遗骸旁，他不但是忍术“旋风忍术”的创始者，整个Ninjago世界都是由他创造出来，更不用说他就是吴大師与加滿都师父的父亲。这时，忍者们拿起了大师手中守护着的最后一样神器，这是摩罗一直在寻找的“魔域水晶”，这颗水晶是连接先前提到的16 个魔域的桥梁，拿到这只水晶的人，可以自由前往任何地方。
看到忍者们已经抢先拿下水晶，摩罗威胁，如果还想看到劳埃德，就拿水晶来交换。双方再次交手，虽然最后成功让摩罗离开劳埃德身体，但水晶却也被摩罗给带走。
原来摩罗的目的，是将诅咒魔域的统治者：魔魂者 (The Preeminent) 释放出来，由她来吞噬掉一切，并一口气诅咒十六个魔域。魔魂者的外型非常𫫇烂，是一颗场有触须的眼球，由于已经和诅咒魔域连为一体，所以她自身就是整个诅咒魔域，还会从中不断吐出鬼魂。
当然，虽然巨大的魔魂者非常难对付，但她自己本身就是鬼魂，若能将她打入海中，肯定能从此将她消灭掉。但这计划非常难执行，除了模魂者体积过大外，忍者们也在各地与鬼魂还有摩罗交战。
所幸就在最后，尼雅终于找到了她体内的潜能，借由自己的水之力，制造出巨大的海浪，消灭整个魔魂者，也将摩罗从此抹除。但随着魔魂者的消灭，整个诅咒魔域也因此毁灭殆尽。
当摩罗出现，并附身在劳埃德身上后，吴大師这才坦言，忍者们并不是吴大師的第一批学生。当年，当吴大師还年轻时，曾经在修道院外面遇到一个在外流浪的孩子，也就是摩罗，吴大師将他留在修道院，进行训练。
当时预言中的“绿忍者”尚未出现，年轻的吴大師也尚缺乏往后的智慧，看到身手矫健的摩罗，学习速度很快，展现出相当的天分时，吴大師也一直跟他讲“也许你就是预言中的绿忍者”。结果当把四把黄金神器，拿到摩罗身旁时，发现毫无反应，这才发觉摩罗并不是预言中的绿忍者。但因为吴大師一直在讲这件事，让摩罗一直相信自己就是那被选中的人，最后失望至极，愤怒之下，摩罗离开了修道院。
当忍者们在寻找初代旋风忍术大师遗骸的下落时，曾把忍者们误导到错误地点，这个地点就是 Caves of Despair，也就是前导季中，藏着第一把黄金神器“地裂镰”的矿场。忍者们在其中寻找的过程中，就找到了摩罗的遗体。原来当年离开吴大師后，摩罗试图靠自己找到初代旋风忍术大师的墓地，就在这座矿场中寻找，最后死在里面。
从第一季起，尼雅就一直展现出希望能成为忍者们的助力的企图心，因此自己开发出了“武士X”机甲，甚至还拥有一个藏在沙漠中的地下基地，里头放置许多载具。尽管并没有与忍者们一起受训，但尼雅也有相当程度的武打实力，也能与忍者们一起飞檐走壁。在前一季中，剧情揭晓了尼雅与凯的父母，各是掌握有“火”与“水”元素之力的元素大师，这些能力是能遗传到孩子身上，因此在这季中，揭晓了尼雅实际上也有“水”的元素之力。
在这一季中，当忍者们在外头冒险时，尼雅也开始接受训练，练习如何去控制水。个性急躁的她，不论怎么练习都无法取得一点进展，对自己非常失望。但最终在罗南的一番话之下，有所顿悟，开启控制水的能力，甚至在最后成为击败幽灵大军的关键武器，正式穿上忍者服，成为忍者们的一员。
除了摩罗之外，另一个在这一季中全新登场的，就是“罗南”(Ronin) 这个角色。身为顾佣兵的他，唯一听命的只有“金钱”：谁愿意付他钱，他就帮谁做事。原来当初赞复活，却落入陈大师手中，就是因为罗南的关系。
总之，虽然他经常与忍者们一起抢宝物，甚至还背叛过忍者，但他实际上也算是半好人，会偷走宝物也是身不由己 的，因为罗南有欠债于摩罗一名幽灵手下。
为了把卷轴带走，寇是唯一一个没能赶在天亮前离开鬼庙的忍者，让他变成幽灵的形式。对于这件事，让寇陷入无比低潮，他没办法感觉到冷热，不会肚子饿，更重要的是：只要一不小心碰到水，他就从此消失在这世界上了。虽然变成鬼有很多不方便，但他也得以在战斗中，运用身为鬼的优势，突破许多困境。
另一个在这一季中，带来的超重大剧情重点，就是正式介绍了“十六个魔域”，简单来说就是十六个平行宇宙。
当忍者们来到腾云国 (Cloud Kingdom)时，里面的人告知说原来有十六个魔域，彼此平行。这十六个魔域，包括有故事主要发生地“忍者国”、前导季中，加滿都君王与骷髅大军所在的“地下世界”(Underworld)；第一季中，加滿都长出四条手臂的黑暗世界“疯狂魔域” (Realm of Madness)；在上一季中，加滿都师父牺牲掉自己后，所进入的“诅咒魔域”(The Cursed Realm)。另外，在这边看到的“云中魔域”，实际上也是十六个魔域之一。
虽然进入每个魔域的方法不同，但这季中，被守护在初代旋风忍术大师之墓的“魔域水晶”，却可以任意开通前往大部分魔域的通道。
在前一季中，自愿牺牲，来开启诅咒魔域的加滿都师父，被困在魔魂者的体内。虽然说诅咒魔域本身是一个平行魔域，但已与魔魂者融为一体。当与魔魂者交战时，劳埃德曾进入到魔魂者体内，找到了被囚禁的加滿都师父，但不管怎么拉扯，都无法弄断加滿都身上的锁链；最后，劳埃德仅继承了加滿都身上的道服，离开魔魂者身体。当魔魂者被尼雅召唤的大浪吞噬而消灭时，加滿都也随之与世长辞。
设定在第五、第六季之间的外传故事，描述刚逃脱出诅咒魔域的克劳斯企图捕捉名为土匪（Bandit）的稀有阴阳龙，将其培养成令人畏惧的暗影龙使忍者国陷入黑暗，但忍者介入并使土匪转而成长为光明龙，阻止了克劳斯的诡计。
在结束了上一次的冒险后，忍者们瞬间成为忍者城的大英雄，让他们所到之处无不被热情的粉丝与记者包围。达雷斯也成为他们的经纪人，还不断协助记者们追踪忍者们的画面。在此同时，忍者们发现，有一个他们再熟悉不过的身影，又出现在忍者城中。
原来是陈大师的手下：克劳斯 (Clouse)，原先被囚禁在诅咒魔域中的他，因为诅咒魔域的母体被摧毁，再次逃到忍者城中，他找到了一只关有一只巨灵 (Djing) 的神灯“泰拉汉之壶”，释放出了里头的巨灵“纳达可汗”(Nadakhan)。这只巨灵具有实现别人愿望的魔力，本来克劳斯打算利用这个愿望的力量，来向忍者们复仇，却反被纳达可汗用话术来扭曲愿望，最终反把克劳斯关在神灯中。
原来被释放出来的纳达可汗，在过往曾率领一支天空海盗在天底下作乱，但因为遭遇某些敌人，让他反被关在神灯中，他的水手们也被传送到其他魔域中。他想要夺得忍者们先前找到的“魔域水晶”(Realm Crystal)，重新组织他的天空海盗，重新征服这个世界。稍后，他又分别遇到吴大師与美沙子，并把这两人一起关进神灯中，接着就是要对付会阻碍他的忍者们。
在此同时，虽然忍者们本被当英雄对待，但各地有人冒他们名义来捣乱，让市民以为忍者们开始当坏人，而变成全民公敌。原来这是纳达可汗的计划。忍者们四处逃窜，却被赏金猎人罗南 (Ronin) 一一抓起，最后全部忍者们被关进监狱，还被关在特殊的牢房，以免他们试图用元素之力逃狱 。
就是在监狱中，他们突然得知，被复活的索托船长 (Captain Soto)，正巧就是当年把纳达可汗关进神灯中的人。原来在数百年前，当索托船长还是命运赏赐号船长时，曾在海上与纳达可汗和其天空海盗们交战。面对具有强大魔力的纳达可汗，只有一种方法，用一种“虎寡妇”(Tiger Widow) 的毒蜘蛛身上的致命剧毒，让纳达可汗陷入昏迷状态，才能再用神灯把他关回去。索托本拒绝告诉忍者们去哪找这种毒蜘蛛，最后在忍者们逃狱之后，顺便把索托给带出去，才得知：只有一座岛屿找得道虎寡妇，但那座岛屿并没有被记录在任何地图中，虎寡妇的所在地存在于纳达可汗的海盗船上。
当忍者们被关入监狱的期间，纳达可汗偷窃到被藏起来的魔域水晶，把他的天空海盗们全部释放回来，并找回当年他的海盗船“暗黑堡垒号”(Misfortune's Keep)。全员团聚后，纳达可汗决定利用魔域水晶，回到他真正的老家：另一个魔域“精灵国”(Djinjago) 去看看。一开通传送门后，却发现精灵国正在崩解中，纳达可汗看到他的父亲，同时是精灵国的统治者“精灵王”(Djing King)，坐在王座上。
原来十六个领域中，会两两连结在一起，成为姊妹魔域，这姊妹魔域的其中一个崩解时，另一个也会跟着崩解，而精灵国的姊妹魔域正巧就是忍者们在前一季破坏掉的“诅咒之境”(Cursed Realm)。精灵王拿了一把“灵魂之剑”给纳达可汗，这把魔剑能禁锢任何生灵的灵魂，他要纳达可汗回去忍者国，向忍者们报这笔仇，这就点燃了纳达可汗心中的怒火。
回到忍者国后，纳达可汗与天空海盗们要执行他们的计划：他们将修复暗黑堡垒号，重新回到天空，向忍者城进攻，并利用这把魔剑的魔力，让地上的土地飘向空中，他要在这边重建精灵国。
逃狱后，虽然仍在躲藏中，但看到天空海盗又飞到天空，攻击忍者城，忍者们还是前往阻止对方，并顺便潜到船上，偷走藏有虎寡妇岛屿所在地的资讯。虽然最后赶跑了天空海盗，但在攻击行动中，纳达可汗借机接近了凯，给他许愿的机会，并利用话术来扭曲凯的意思，把他整得很惨，最终把凯的灵魂禁锢在灵魂之剑中。
发觉凯已被带走后，忍者们整理整理，按照拿到的资讯，前往外海，准备去取得虎寡妇的毒液，但在海上遭遇风暴。在风暴中，纳达可汗又潜到海上，只身与赞对质。已经知道对方会用话术来扭曲愿望的赞，本来准备用机器人的逻辑回路来防范话术，却又不幸被扭曲意思，不但造成 P.I.X.A.L. 被移除掉，最后也不幸中招，成为第二个被囚禁在纳达可汗刀中的忍者。最后船只被风暴破坏，忍者们落入海中，不过还是飘到岛上。
剩下的忍者们在岛上冒险，也终于顺利从虎寡妇身上取得毒液，准备用来对付纳达可汗。但在这时候，纳达可汗等人也来到岛上，把杰给绑走，留下尼雅、寇与劳埃德在岛上。
会特别绑走杰是因为，在与忍者交手过程中，纳达可汗知道了尼雅这个人，发觉尼雅与他过去的爱人：狄拉拉 (Dilara) 长得非常神似，怀疑尼雅就是狄拉拉。原来，纳达可汗有个计划，他虽然能帮其他人实现任何愿望，却无法帮自己实现愿望。但只要与爱人结婚，让他顺利成为下一任的精灵王，他就能从爱人身上得到“无限愿望”，掌握无止尽的力量。
在测探忍者的时候，纳达可汗得知杰深爱着尼雅，想从杰这边来接近尼雅。杰表示，尼雅就是尼雅，跟那个狄拉拉没有任何关系，而且他质疑纳达可汗只是着迷于那个狄拉拉能带来的无限愿望，根本不爱这个爱人。
当杰被囚禁在船上时，试图写封讯息，告知他的伙伴们来救援他。在过程中，他也一度与纳达可汗手下中的神枪手“火枪大副”(Flintlocke)：谈到话，并告诉神枪手要小心纳达可汗这个人，他是一个不值得信任的船长。虽然不把杰的话当一回事，但也确实让他想到，可以稍微再观察一下纳达可汗这个人。
底下被困在岛上的忍者们，正巧遇到出海救援的警察局长，他们先前被当成全民公敌的嫌疑已被厘清，现在局长们将全力与忍者们联手。在这过程中，忍者们决定要拟定策略，反过来运用愿望来对付天空海盗们。
果然，在前去救援杰的时候，忍者们也不断利用自己的三个愿望，化解掉一些难关，但造成的结果只是一团乱，最后连劳埃德与寇都被关入灵魂之剑，只剩下尼雅和杰逃离暗黑堡垒号。
现在只剩尼雅跟杰，两人带着旅者之茶与剩下一管毒液，逃到朱里安博士生前居住的灯塔，拟定最后的计划。虽然在这边遇到了赞的弟弟：回音赞 (Echo Zane)，在他的帮忙下，试图抵挡侵入进来的天空海盗们。但在势不可挡的情况下，尼雅牺牲自己，遭到俘虏，而杰则通过旅者之茶开启的传送门，逃到远方。
如今只有手上握有虎寡妇毒液的杰，是忍者们的最后希望，他重新集结了自己的队友，包括罗南、索托船长、达雷斯、回音赞，甚至找到过去在第四季登场的天乐 (Skylor)。虽然先前被浪费掉两个，但杰目前仍有一个愿望可以许，他已经想好怎么使用了：先用毒液造成纳达可汗行动迟缓，再赶紧许下“希望纳达可汗只是个凡人”，让他无法完成无限愿望的计划。计划拟定好后，一行人重新回到天空海盗的基地。
在这时，纳达可汗也正在准备与尼雅的婚礼，虽然尼雅与他的爱人狄拉拉是两个不同的人，但纳达可汗也借由威胁手下许愿，把逝去的狄拉拉的灵魂带回来，附身在尼雅身上，完成婚礼，进而得到无限愿望。当然，杰与一行人出面制止下，与天空海盗对抗，更自行被吸进灵魂之剑中，把吴大師、美沙子与其他伙伴们，全部带回到世界上，众人一起对付纳达可汗。
由于察觉到纳达可汗准备用无限愿望重新组织自己的新大军，火枪大副发觉纳达可汗真如杰所说，是个不能信任的船长，所以带领其他天空海盗水手们，一起转过来对付纳达可汗。拿到虎寡妇毒液的火枪大副，瞄准纳达可汗，却误击了尼雅。
看到毒液被灌输到尼雅身上，杰的心都凉了，如果他许愿拯救尼雅，就会让纳达可汗逃脱；如果许愿让纳达可汗变凡人，就将永远失去尼雅。面对这一连串的遭遇，面对自顾自的做决定，这时杰顺口说出“我真希望那只神灯没有被找到过”。
就这么一句发自内心的愿望，被纳达可汗听到，而愿望之力就将时光往前倒回，一路回到起点，回到当时忍者们还在躲避记者与粉丝的时间点，回到克劳斯还在寻找神灯的时候。当克劳斯找到神灯，准备将之捡起来，就遭到民众追赶，让神灯被留在垃圾堆中，从此遗失下去。
虽然一切重新来过，但杰与尼雅却保有一切的记忆。看到事情全部落幕，以及前面的冒险，两人在镜头前热吻起来，反倒是其他忍者们全都一头雾水，不知道发生什么事。
天空海盗船长纳达可汗是一只有四条手臂，可以飞行的精灵，是精灵王之子，因为一些原因，在数百年前被流放到忍者国当海盗。
纳达可汗本身是精灵，可以替任何人实现三个愿望，但他实现愿望全都是不怀好意，经常借由话术来扭曲对方的意思，所以许愿时真的要想清楚自己要说什么。虽然可以帮任何人，却无法帮自己实现愿望，但只要借由与自己的爱人“狄拉拉”结婚，成为新一任精灵王，纳达可汗就可以从狄拉身上取得“无限愿望”。
除了纳达可汗外，基本上过往忍者们遭遇到的对手，其手下都是杂鱼兵，这回纳达可汗手下也是绝大多数都很杂鱼，但却个个都很有个人特色，其中最不杂鱼的肯定就是留着八字胡，基本上是从来不失手的狙击手：火枪大副 (Flintlocke)，虽然中间他曾因为被许愿的关系，成为怎么样都打不中的狙击手。
忍者故事中，总是会设计一些不同的神器出来。这一季登场的是拿在精灵手上的“精灵之剑”(Djing Blade)，或称“灵魂之剑”(Sword of Souls)，这是一把能把任何人的灵魂，永远禁锢在剑柄上的水晶中的武器。在故事中，原本由上一任的精灵王持有，但在精灵国崩解时，把这把剑交到纳达可汗手上，成为他用来完成计划的武器。
在前一季中增加了“十六个魔域”的设定，也就是除了忍者们存在的这个世界外，还有另外十六个魔域与之平行，基本上就很类似“平行宇宙”的概念，其中包含到一些忍者们先前历险过的地区。
在这一季中，则又对这部分再增加一些描述，当看到精灵国正在崩解时，精灵王表示，十六个魔域是两两连结成“姊妹魔域”，当其中一个崩解掉，另一个也会跟着崩解。而精灵国的姊妹魔域，正就是前一季中，被尼雅用大海消灭的诅咒魔域。而这也成为纳达可汗誓言要向忍者们复仇的动机。
虽然说忍者们是一起行动，但这一季的真正主角则是其中的雷忍者杰，从最初登场起就一直迷恋尼雅的他，一直很希望能得到尼雅芳心。在前一季《Possessions》中，忍者们一度进入到初代旋风忍术大师的古墓，并借由里头神秘的冰倒影，见到自己的未来。其中杰就看到自己的未来是与尼雅在一起，基于不确定的原因，自己脸上带着独眼面罩。
在这一季中，就是讲述杰过于急躁，想赶快实现那倒影。因此当他看到天空海盗闹着他玩，丢给他一只独眼龙眼罩，他也急着把它戴起来。然后在冒险过程中，又不断接近尼雅，反而造成尼雅非常不自在。
剧中，杰曾经在喃喃自语中，讲出“真希望我不是出生在那垃圾场家庭的小孩，这样我就能买给尼雅任何她想要的物品”。结果被纳达可汗扭曲意思，让他得知原来他那经营回收场的父母只是收养他，他实际上是一个刚过世的明星演员之子，继承父亲手上的豪宅与财富。从这边就知道杰个应太急躁，讲话常常不经大脑。然而，养子这部分，应该也在最后被倒转回去就是了。
面对杰的追求，尼雅表达心声，她表示，杰的追求让她很不自在。虽然这两人在第一二季曾有过暧昧关系，互相吸引，但中间曾因为寇的介入，让尼雅变得迷惘。
尼雅坦言，长久以来，她一直被别人决定命运，从来没有机会活出自己的路，而她不喜欢这感觉。这让杰感到很内疚，因为他一直相信当初看到的倒影，相信会与尼雅成眷属，但是否他也变成另一个决定尼雅命运的人？或许杰真的表现地太心急了。
在剧中，为了重新建造精灵国，纳达可汗将忍者城的土地都传送到空中，飘浮在上头，当时撷取的土地，就有包含到陽大師 (Master Yang) 的闹鬼寺。是的，就是在前一季中，忍者们习得飞天旋转术 (Airjitzu)，还害寇变成鬼魂的地方，连陽大師那一块地都被送到空中去。
但当一切被杰的最后一个愿望逆转后，本来所有飘在天空的土地都回到地面上，唯独陽大師的闹鬼寺仍在空中飘。整季最后的结尾，就是陽大師奸诈的笑容，预告着他就是下一次忍者们将遭遇的对手。
设定在第六季《天际飞行》之后的外传故事，结合了第六季动画中登场的角色，与第二季登场的黑暗之岛。故事描述会使用黑魔法的克劳斯 (Clouse) 带领没有头子的天空海盗们，在黑暗之岛中挖掘暗物质，而忍者们与赏金猎人罗南 (Ronin)，就一同前往岛上，一探究竟。
缅怀已逝之人、珍惜健在之人的开场剧情，说到万圣节，那么主角当然是鬼，本次主要反派由身为幽灵的陽大師担纲，借着仅数千年一见的阴阳月蚀，陽大師策划计谋让众人遗忘寇、将已逝的反派们召回现世对付忍者们、更企图让自己重返世间，只要穿过由阴阳月蚀之魔力开启的“归来孔”，鬼魂就能变回人被暂时召唤回现世附身在博物馆“反派大厅”雕像上的反派幽灵们。
“亡者之境”（The Departed Realm），看来是诅咒魔域的幽灵“死”后会去的地方。忍者国的神秘面纱又揭开了一道。
众反派各自挑了要算账的对象，摩罗的目标理所当然是吴大師，但事情并不是你我想像的那样，摩罗先前只是装作要复仇，事实上是前来帮助忍者们的，而且他帮完忙之后就回博物馆乖乖站好。
众反派一一被忍者打败了。这次大家终于拿了不同的武器。
彼拉又黑了，虽然上次暂时跟你们合作过，如今还是要找绿忍者寻仇
陽大師倒是白了，囚禁幽灵弟子们只因害怕被世人遗忘，寇点醒他已有飞天旋转术传世，陽大師良心发现，帮助寇抵达归来孔，使其变回人类，但自己仍是鬼魂。在事件结束之后，陽大師的寺庙成了亡灵节聚会讲鬼故事的好去处。
设定在特别篇《魔咒幽灵的进击》事件的隔天，忍者们被要求到纪念日当天遭受严重破坏的历史博物馆帮忙善后，同时彼拉偷走了博格企业尚未公开的新产品的原型，而忍者们必须在彼拉将该新商品公诸于世前将其夺回来。
什么！吴大師竟然犯错了？旋风忍者为拯救世界再次身陷险境。而且吴大師生命面临重大考验！新一季旋风忍者要应付敌人呢？
旋风忍者来到第七季，这季的标题为“时光之力”，这回遭遇到的对手，令吴大師相当恐惧。能控制时间流动，就等于是能控制任何事物。
第七季剧情，讲述一对曾是掌握“时间之力”的双胞胎元素大师，跳脱时间漩涡，来到现代与忍者们还有吴大師打对台。他们的最终目标，是要完成一台自由穿梭时空的“时光机器”，并借由手上的时光之力，以及逆天、度日、止水、掷梭四把能控制时间流动的“时光之刃”征服整个忍者城。为了达到这目标，时间双胞胎以当年曾大闹忍者城的“巨蛇魔王”(The Great Devourer) 的蛇卵为对象，研发出一种新的突变蛇：Vermillion，这种蛇是一条一条的小蛇，却能像细胞一样，聚集在一起，变成强壮的个体。有时可以长成一个人的大小，有时甚至更大。时间双胞胎就试图以这些小蛇为武力，再加上时光机器，完成他们的大业。
除了新的对手外，第七季的剧情还有另一个很大的特点，就是终于要认真跟观众，好好介绍火忍者凯 (Kai)，与水忍者尼雅 (Nya) 的父母。这对兄妹是最早跟观众们见面的忍者，身世却一直是最神秘。在前面六年的剧情发展中，渐渐得知他们父母各是火与水的元素大师，经营一间打铁铺，还参战过人蛇战争，但他们后来究竟去了哪？为什么留下凯与尼雅就不见？直到这季才终于交代。
这季劳埃德肩负起带领整个团队的使命，但最终时间双子成功回到过去。凯和尼雅用双元素神龙冲进时光隧道阻止他们并拯救了吴大師，但最终吴大師为了拯救被时光之拳击中的雷，并将凯和尼雅连同时空倒转的时光之刃扔出隧道，自己和时间双子留在隧道。
第八季的剧情设定在吴大師落入时间漩涡之后一年，忍者们都略有成长。当旋风忍者继续寻找吴大師下落时，旋风忍者城中又出现一群自诩为“加滿都之子”的重机帮派，出没在街头上，在下水道或高速公路上狂奔。这些帮派成员是过去加滿都君王的狂热信徒，打着已逝之“加滿都”的名号结队，到处搜查三个“鬼面具”(Oni Masks) 下落。试图借由窃取拥有魔力的鬼面具，利用“复活神庙”的法力，将加滿都君王复活起来。 作为旋风忍者一分子，学习全新旋风攻击模式，阻挡他们四处破坏及找出背后的目的！
第1集: 一个不知名的秘密组织，正逐步威胁皇室。旋风忍者被急召回皇室，除必须保护皇室及公主等各成员外，还必须保护一个鬼面具。
第2集: 皇室遭受到加滿都之子组织袭击后，旋风忍者发现鬼面具被加滿都之子偷走。旋风忍者邀请晴美公主加入他们的忍者家庭。
第3集: 晴美公主已慢慢适应旋风忍者的生活。劳埃德和杰继续寻找关于三个面具的秘密，而寇及赞就加入加滿都之子的组织。
第4集: 为了成功渗入加滿都之子组织，赞化名为美洲豹蛇 (Snake Jaguar) 参加了一场致命摩托车街头比赛。
第5集: 赞被袭后一直处于昏迷，易先生迫使各旋风忍者逃到命运赏赐号。忍者们发现在赞的传输系统中，有可能会显示沉默者的隐藏位置。
第6集: 当劳埃德和晴美寻找第三个面具的下落时，其他旋风忍者亦试图修复命运赏赐号，并发现了惊人的事情。
第7集: 当劳埃德和晴美在复活神殿找寻最后一个面具时，旋风忍者不小心成为人质，而晴美公主亦揭露她的背后目的。
第8集: 旋风忍者呼吁旋风忍者城的警察，合力协助劳埃德阻止晴美公主的计划 - 唤醒沉睡中的加滿都。
第9集: 正当旋风忍者以为他们又再一次拯救了旋风忍者城时，加滿都又再回来了！他释放了晴美公主，而她鼓励他必须征服“通往成功路上的绊脚石”… 他的儿子 - 劳埃德。
第10集: 加滿都君王创造了一个更大，更邪恶的巨人来协助他打败旋风忍者以及统治旋风忍者城。
当劳埃德及尼雅在旋风忍者城奋力抵抗加滿都时，另一边小胡及其他忍者却被铁男爵及捕龙军团捉拿到另一魔域。 今次，真的要考验忍者之间的信任，对抗加滿都！
第九季的剧情，将会接续在第八季后面，标题为“狩猎行动”(Hunted)，估计将会分成两条支线来进行，在两个支线中，忍者主角们，仿佛变成猎物一般，四处逃窜。
第一个要看到的支线，是忍者们与吴大師，一同掉落至“第一个魔域”(First Realm)。总地来说，忍者们掉入异世界，这世界不但居住着元素之龙，而且还有全新的反派在里头。
整个异世界，架构在滚滚黄沙中，看似无尽的荒野，再加上各种用破铜烂铁组装起来的超夸张巨轮车辆，整个根本就是后启示录风格的路线，只是再混合乐高自家元素再里头。各种大型载具，有飞空型的飞行器，却也有轮子很大颗的车辆。
在故事中，全新登场的反派被称为“猎龙人”，专门狩猎这个魔域中的元素之龙，并借由牠们的元素之力来建造社会。最大的首领是一个身上有机械义肢，戴着礼貌与单边眼镜，好像是绅士的“铁男爵”(Iron Baron)。当具有元素之力的忍者们掉入这世界，自然也成为猎龙人的目标。
而在这个世界中，猎龙人们使用一种名为“复仇石”(Vengestone)的石头，可以让忍者们的元素之力失效，并限制具有元素之力的生物的动作。而更可怕的是，只要他拿起石刀，就能把忍者们元素之力吸收起来，相当可怕。就连杰都苦笑：“真是太好了，我还以为我们跌到谷底了呢。原来状况可竟是更糟糕呢。”
猎龙人专狩猎这世界存有的元素之龙，将之俘虏，利用牠们的力量来当资源，建造自己的社会。
就如前面所说，第九季剧情将分两条支线进行。第八季的反派“晴美公主”(Harumi) 因憎恶当年忍者们与巨蛇魔王的战斗，害她失去父母，所以重新召唤加滿都君王，一同统治这世界。果然，在加滿都、晴美还有重机帮派的淫威下，整个忍者城已变得残破不堪。
四名忍者和吴大師被传送到第一个魔域中，而劳埃德不但留在原本的世界，还失去了自己的元素之力，变成平凡人。在同样留在这世界的尼雅 (Nya)，以及母亲美沙子 (Misako)，以及天乐 (Skylor) 和达雷斯大师 (Dareth) 的帮助下，劳埃德不但要逃避加滿都的视线，还要号召民众组织起来，反抗晴美和加滿都。
除了加滿都等人外，劳埃德还要面对另一个强大的敌人。在第八季最后，在加滿都的召唤下，一只“鬼巨人”(Oni Titan) 在这个世界大搞破坏。
第2集: 寇和小胡试图在捕龙团队中拯救他们的朋友。另一边厢，在旋风忍者城，劳埃德与一些老朋友团聚，并认为他们是对抗加滿都的可靠盟友。
第3集: 劳埃德必须将他的讯息透过电视广播传递给队友。与此同时，另一魔域中的铁男爵继续带着忍者们追捕逃走了的巨龙。
第4集: 当劳埃德和反叛者庆祝他们成功打击加滿都时，其他忍者们成功对抗铁男爵，并于捕龙猎人的魔掌中逃脱了！
第5集: 总部遭受到破坏，劳埃德不断躱避以免被捕。与此同时，忍者被重金属抓住了，但找到了一个非一般的盟友。
第6集: 由于劳埃德掩护她的真实身份而暴露了蜜丝婆婆 (Mystake) 的神秘面纱，加滿都将晴美公主视为他暗中的女儿。与此同时，小胡坚持信念，带领朋友进入危险领土，希望能找到火焰巨龙的巢穴。
第7集: 劳埃德得到天乐的帮助，消灭父亲的力量，而忍者成功获得到巨龙猎人所需要的东西。
第8集: 劳埃德和他的团队计划控制鬼巨人。与此同时，忍者再次落入铁男爵的手中。
第9集: 当铁男爵迫使小胡取回飞龙盔甲时，可幸地事情并没有按计划完成。在旋风忍者城，劳埃德只能一再等待忍者们的归来。
第10集:旋风忍者最终聚集在一起并联合起来阻止加滿都，为一心想消灭恶势力，劳埃德做出一个改变忍者的重要决定。
The weekend drill: 寇坐着钻土机面对2个巨兽敌人，他有能力应付吗？
元素骑士: 赞和凯分别地驾驶着双刄机车和冰雪机车对抗青毒族，又一次成功保卫旋风忍者之城！
蓝色闪电: 吴大師和杰正在研究壁画时，却发现蛇族的出现破坏！杰驾驶暴风战机迎战！
武士X: 原来杰和尼雅日常相处活动就练武? 他们还很喜欢研究如何改装武士X机器人，令机器人变得更有型，又具攻击性！
忍术课: 吴大師在旋风忍者修道院教导忍师克服恐惧，才可成为更强的旋风忍者！
绿色与金色: 劳埃德心爱的超特四头巨龙出现 ,势要击败蛇族!
鬼族的黑暗力量席卷了第一魔域，菲斯来到忍者城求救，黑暗力量同时也以飞快的速度让整个忍者城陷入黑暗。 忍者们全力抵抗无果，于是众人前往监狱寻找加滿都，希望用鬼族打败鬼族。 加滿都和劳埃德前往被黑暗吞噬的忍者城摧毁鬼族进入忍者国的通道——魔域水晶，并遭遇鬼怪的首领欧米伽，虽成功摧毁穿越水晶但为时已晚，欧米伽仍成功召唤出鬼族大军。在遭大军追击时，他们找到了第3季时黑暗之主融合黄金武器铸造的黄金盔甲，并发现鬼族畏惧该盔甲的黄金之力。 其余忍者则前往电视台营救困在高楼层的幸存者，却于撤离时因尼雅的操作失误导致寇自命运赏赐号的舷梯上摔落并堕入黑暗中；皮克莎在关键时刻救下劳埃德和加滿都，回到命运赏赐号。 加滿都也从忍者的互相关心中体会到了感情。一群人回到修道院，凯将黄金盔甲融化并重铸为原本的四件黄金武器，寇从黑暗中逃出。 于是寇、赞、凯、杰、尼雅、皮克莎、劳埃德、菲斯、加滿都以及吴大師一起抵抗进攻的鬼族大军。 众人齐心协力，但仍然无法打败鬼怪。最后忍者们使用创世龙卷风，用创造的力量使所有的鬼怪消失，黑暗力量也消失了。最后杰成功向尼雅求婚，加滿都也离开了，不知所向。
第1集: 随着忍者城开始重建，菲斯带来严重警告：鬼族已经归来，并一一摧毁各个魔域。忍者们必须作好准备，而劳埃德也要认真考虑为了打败这个敌人，需要向另一个敌人求救的可能。
第2集: 忍者们将加滿都君王从牢房放出来之后陷入犹豫，尤其是劳埃德。加滿都和劳埃德进入黑云之中，企图阻止鬼族的入侵。
第3集:进入忍者城的鬼族比任何人预料的还要强，而忍者们必须冒险营救劳埃德和加滿都。仅管仍有一丝希望，但忍者们仍将付出惨痛代价。
第4集: 忍者们赶回忍术修道院，以此当最后据点。与鬼族的最后大战终于开打，他们联手使出的忍术是否能彻底打败鬼族？还是会让忍者们分崩离析？
沉浸在上次胜利的荣耀中的忍者一行人为了重新锻炼自己而深入沙漠中的金字塔里探险，却意外释放了企图利用禁忌忍术大肆破坏的邪恶烈焰毒蛇(Pyro Vipers)！忍者们争夺禁术卷轴，阻止阿斯菲拉，战斗一觸即發。
禁忌忍术卷轴已被秘密隐藏了数千年，但现在，原先被放逐的邪恶毒蛇女巫阿斯菲拉回来了，她渴望复仇，且准备再度将其魔爪伸向卷轴以夺回其力量。忍者们的能力、友谊、信仰和忠诚将面临前所未有的考验。
赞被邪恶的冰皇帝抓走了，忍者们展开了一场孤注一掷的救援行动，但若要再次见到他们的朋友，他们得先在击退成群的暴雪武士以穿越“不归国度”，一个从未有闯入者能成功归来的魔域。
第16集:终于来到“不归国度”，到底赞是否真的如传闻所说的被关在这里？
第17集:冰皇帝得知了旋风忍者们的来临并派出暴雪武士军队要击倒他们以及掩护他们的村民们。
第18集:劳埃德与冰皇帝的暴雪武士发生冲突，但是被一只奇怪的白狼救了出来......
第19集: 在旋风忍者城的监狱里，紫外线与机械工得知了忍者们失踪的消息并借机越狱，在逃跑的过程中遇到了另一名自称为“报丧鸽”(Fugi-Dove)的逃犯。
第20集:劳埃德和被其命名为“小红”的白狼找到了被遗留在洞穴中的钛机器人和来自赞的信息，为寻找赞之旅提供了线索......
第21集: 因为弄丢了旅人茶而感到内疚，寇开始对附近的山丘进行危险的探索，希望找到传说中被一只可怕的雪怪守卫著的旅行者之树。
第22集: 寇在传说中雪怪聚集的冰冷洞穴中醒来，试图逃跑，却发现一个令人惊讶的事实。
第23集: 冰皇帝召唤巨大的冰巨兽攻击劳埃德和他的白狼朋友，就在此时，劳埃德发现了小红的真面目。
第24集: 小红揭露其真实身份为名叫秋田的变形族 族人，并自述其过去遭遇。
第25集: 冰皇帝的可怕冰龙再次前来，给冰渔村带来了麻烦，迫使忍者们去寻找劳埃德......
第26集: 在旋风忍者城里，吴大師和皮克莎试图找到前往不归国度的方法，却误闯亡者之境并意外地释放出于已于第五季中被摧毁的大魔王“魔魂者”。
第27集: 故事讲述赞到达不归国度的故事以及他是如何受到邪恶的维克斯的影响。
第28集: 在发现了赞的可怕真相之后，劳埃德发现自己被监禁并独自困在冰皇帝的魔掌中。
第29集: 终极一战，尼雅、杰、寇和凯终须面对冰帝的可怕冰龙，而劳埃德和他的新盟友卡塔鲁以及Grimfax则与冰皇帝本人正面对决。
第30集: 冰之章的戏剧性结局，老朋友团聚，友谊的力量对决禁忌忍术卷轴的腐败力量......
- 与第十二季的主线剧情有直接相关的短篇系列，共6集，每集3-4分钟不等。
第1集: 尼雅说服杰陪她一起上舞蹈课，但很惊讶的发现杰是个天生的舞者，而她不是。
第2集: 机械工带着他升级过的面条卡车抢完银行后，成功躲开忍者们，逃逸无踪。原来他的背后有一位神秘人物，帮助机械工升级各种机械道具，好成就自己未来的大业。
第3集: 介绍飙风50亿赛车大赛的广告中访问到各选手的背景以及对他们而言，胜利的意义。访问之中，杰出现了。他想要阻止这场比赛，但是他话还没说完，就被追捕他的红卫兵发现。
第4集: 故事大纲: 遭到红卫兵追捕的杰，遇上一样遭到追捕的史考特。他们与红卫兵上演了一场激烈的飞车追逐。
第5集: 故事大纲: 一头雾水的杰跟史考特在能量帝国中遭到红卫兵的追捕。
第6集: 故事大纲: 密尔顿设计的电玩游戏“能量帝国”爆红，忍者国电视台的盖儿认为其中有疑之处，因此针对这个游戏，进行了深度报导。
当古老的传奇电玩游戏“能量帝国”重现时，玩家开始消失。为了解开谜团，忍者进入了一个由神秘人物暗影至尊统治的危险数位世界。
第1集: 在调查抢劫案时，忍者们无意间发现了《能量帝国》这款传奇性却从未上市的街机游戏突然出现并控制了旋风忍者城中的所有其他电玩游戏……
第2集: 当旋风忍者将杰的失踨与《能量帝国》联系起来时，他们便前往戴尔岛寻求游戏设计师密尔顿·戴尔的答案。
第3集: 钛特斯博·柏格发现了一个关于《能量帝国》的惊人秘密，而忍者们则与带领一批囚犯们逃狱的机械工进行了战斗，试图达到第13级并亲自进入游戏。
第4集: 忍者们进入《能量帝国》的电玩世界中寻找杰，并发现自己的元素之力在电玩世界中无法使用。在遭到红面罩攻击时，一群打扮成杰的玩家们现身并拯救了他们。
第5集: 在其中一个游戏区中，一个名叫奥基诺的武士面临一次信仰危机，因为他连续多次未能带领主人取得胜利，这使他失去了所有希望-直到一些熟悉的忍者到来。
第6集: 为了阻止乌纳加米，忍者们必须取得三把塔纳之钥。其中一把被藏在“不满森林”-能量帝国最危险的环境之一。
第7集: 忍者们在被红面罩们追赶时，必须攀登“歇斯底里悬崖”。但他们得知了一个惊人的消息：乌纳加米正在将玩家转换为能量方块，以便建造真理之门通往真实世界！
第8集: 在卡拉卡拉纳内，奥基诺必须在帮助他的忍者盟友们或是服从他的主人乌纳加米的邪恶指令两者中作出抉择。
第9集: 在成功获得第一把塔纳之钥后，忍者们得知第二把塔纳之匙只能透过在科技区赢得速路五十亿竞速大赛来取得。但由于没有足够的点数报名比赛，他们必须先想办法赚取贴数。
第10集: 劳埃德前往赛道，希望借由现场观看以获取更多关于这场残酷比赛的资讯。在那里，他遇到了一位可能持有胜利关键的赛车手。
第11集: 红面罩们找到了斯考特的藏身处并对其发动攻击，斯考特牺牲自己让忍者们和7号车手逃离并及时抵达速路五十亿竞速大赛现场。被游戏设定只会输的7号车手能不能打破程式设定？
第12集: 在赛场上失去两位同伴后，剩余的忍者们可没空为他们哀悼。他们进入能量帝国的最后一个区域—卡拉多米纳区，在那里，乌纳加米告诉他们其中一人必须面对其生平中最畏惧的对手。劳埃德被选中，而他的对手竟是晴美？！
第13集: 赞和碧素造访密尔顿的一位故友，后者指引他们到一处从前密尔顿经常前往的电子游乐场。两人前往该处寻找密尔顿，但却碰上了麦格力，赞遭到绑架，而最终皮克莎成功找到了密尔顿，却发现事实并非一如他们的推测。
第14集: 麦格力的手下捉走吴大師并将他带到麦格力工的仓库。麦格力以其作为人质迫使赞交出能量帝国主板以开启传送门。与此同时，碧素询问密尔顿该如何关闭能量帝国。
第15集: 杰与尼雅成功扺达能量帝国的最终关卡—帝国疯狂神庙，但尼雅替杰挡下了苏西米的攻击并失去了最后一条生命。杰必须在决战中独自对抗乌纳加米，然而乌纳加米此刻亦正经历著面对自己身份真相的重大考验。
第16集: 乌纳加米进入现实世界并攻陷旋风忍者城，而杰、赞和碧素试图让它与它的创造者密尔顿·戴尔团聚以阻止灾难发生。
忍者们受邀到美丽的慎太郎 (Shintaro)王国来庆祝年轻的范妮亚公主 (Princess Vania)的生日。乍看之下，象牙之城 (Ivory City)看似是个纯朴的地方，但忍者们随即发现了一个阴暗、隐密、被人们长期遗忘的下层世界：慎太郎地下城 (Dungeons of Shintaro)。一旦进入内部，他们必须在由无情的骷髅巫士 (Skull Sorcerer)统治著、充斥着危险又奇特的生物的迷宫般的地道中为自由而战。忍者们必须明智地选择自己的道路⋯⋯
第1集：忍者们被邀请去一个神秘的魔域参加公主的生日。他们整装出发，却在途中遭到慎太郎周围山中的肉食动物万恶蝠(Dire Bats)攻击，并被由海默率领的护卫军及时救出。
第2集：忍者们抵达慎太郎王国并接受范吉利斯国王以及范妮亚公主的欢迎。寇撞见一位戴着他母亲项链的格克族，并在范妮亚公主的带领下进入山中的隧道寻找线索，从而发现了由邪恶的骷髅巫士控制的矿场。
第3集：寇被骷髅巫士囚禁，同时范妮亚公主赶回地面告知忍者们与父亲。忍者们立刻赶往营救寇。
第4集：忍者们得知格克族与莫安斯族的对立起因于双方都认为对方偷走并独占了两把由一位被格克族称为“吉利”(Gilly)的英雄分别赠与双方的解救之刀。
第5集：在与其余忍者们走散后，尼雅、杰与劳埃德被莫安斯族人莫特带至他们的家园并介绍给莫安斯女王莫特沙，后者随即爱上了杰。在得知尼雅已是杰的伴侣后，女王向尼雅发起挑战以决定谁配得上杰。
第6集：凯与赞遇到一群格克族，后者误认两人为骷髅巫士的手下而将他们逮捕并送至格克族洞穴里的法庭。在那里，格克族首领格奇决定交由野兽“麦诺”(Mino)审判他们是否有罪。
第7集：寇为躲避一群万恶蝠的围攻而逃进充满巨大蜘蛛的洞穴里，幸好被范妮亚公主与她的宠物龙乔比(Chompy)及时解救。两人逃回地面并告知范吉利斯国王关于骷髅巫士之事，但后者揭露了他自己正是骷髅巫士。
第8集：国王开启密道使寇与吴大師坠落其中，范妮亚公主也追了进去，国王将此事嫁祸给乔比并令侍卫将其拿下。三人渡过了许多危机并抵达地底最深处名为岩石之底(Rock Bottom)的洞穴。在那里，他们遇到了另外三位自称为地底族(the Lowly)的人。
第9集：地底族告诉三人他们过去所发生的事情以及被放逐至此的原因。
第10集：寇带领一行人寻找离开岩石之底的出路。
第11集：其余忍者们分别说服格克和莫安斯两族进行停战协议。骷髅巫士得知此事后使用哈萨杜尔的颅骨将灾难之龙复活。
第12集：寇一行人抵达一座古老的神殿，并于其中发现一台岩石机甲以及关于寇的母亲—莉莉使用旋风爆击术击败灾难之龙的壁画。
第13集：由于灾难之龙的到来，旋风忍者，莫安斯和格克人在格克强洞穴避难。但是，莫安斯和格克之间的痛苦仇恨却令他们不得不分开，就在最需要团结的时候即将要面对骷髅巫士和灾难之龙！
第14集：寇、“地底族”、凡尼雅公主和胡师父发现石头机械是由大地元素产生出来的，并将其附加到矿车上，试图冲出山顶与邪恶的骷髅巫士对抗！
第15集：寇和乌普利到达骷髅巫士的住所，希望能拯救劳埃德和其他忍者。但是，为了做到这一点，寇需要找回母亲寓言中的宝剑，即解救之刀，这些实剑藏在城堡的某个地方！
第16集：慎太郎的命运之战结束了！
由美莎子、吴大師和克劳奇鲍尔斯率领的探险队不见了！在如此多的危险之下，忍者开始了对一个充满惊奇的神秘而未知的岛屿进行救援任务。
忍者们离开神秘岛后不久，尼雅发现她的水元素之力渐渐地不受控制。为了调查水元素之力失控的原因，忍者们以及尼雅的母亲玛雅一起搭乘潜水舰“水力命运赏赐号”前往深海一探究竟，却无意闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿。在那里，他们发现了位在深海的“梅洛比安王国”。这个王国被崔玛国王领导著，所有居民在那里的生活无忧无虑，过得非常幸福。但是崔玛的儿子柯玛却内心邪恶，他决定用护身符来唤醒海上巨兽“沃吉拉”，来侵略陆地上的世界。柯玛为了自己的野心，杀死了他的爸爸并嫁祸给忍者们，并且找到了护身符，唤醒了沃吉拉，向忍者城进攻。忍者城沦陷，已经被淹的不像样子，居民们的处境十分危险。就在这时，尼雅为了大家，不顾一切与海洋融为了一体，最终与大家齐心协力打败了柯玛并消灭了沃吉拉。最后，尼雅壮烈牺牲，化成了海水。
初代旋风忍术大师自起始魔域移居过来之前，梅洛比安人就已经居住于此，当时在的世界是无尽海洋，由“沃吉拉”所支配。初代旋风忍术大师在梅洛比安人的协助下打败沃吉拉，并创造了忍者国。
初代旋风忍术大师留下的卷轴记载了他如何修习并精通了所有的元素之力，除了风和水元素，因为这两种元素力并不属于初代旋风忍术大师，而是属于“沃吉拉”，这两种元素之力，恰好与沃吉拉头上的两种元素护身符相应。
忍者们因尼雅的离开而各自消沉并另寻他职，旋风忍者城现由市长指派的新忍者们接管忍者们的位置。直到忍者们想出利用阿斯菲拉及其长刀的能力消除掉尼雅的元素力量，这样一来尼雅便能从海水变回人类。忍者们的计划成功，尼雅变回了人类回到大家身旁，但忍者们也因帮助阿斯菲拉越狱而遭判刑。与此同时，神秘的“水晶国王”正组建由恶棍们组成的水晶议会，成员包括阿斯菲拉、彼拉、凡吉利斯和F先生（E先生的新型号）。忍者们在化身X武士的尼雅拯救而逃狱，重返旋风忍者城寻找企图加入水晶议会的机械工，但机械工从忍者们的手中逃脱，导致伪装成机械工潜入议会的劳埃德曝露身份，同时揭晓协助水晶国王招募议会成员的神秘面具人是晴美。晴美欺骗劳埃德循线而来的四位忍者们已遭杀害并试图说服其加入水晶议会，与此同时其余议会成员攻陷旋风忍术道场并利用夺来的黄金武器召唤出水晶国王的实体，后者赋予其手下水晶力量并将议会所在的鬼怪神庙化为漂浮的水晶岛朝着旋风忍者城逐渐逼近；失去道场的忍者一行人以武士X基地做为临时据点重振旗鼓并随后与成功逃出水晶岛的劳埃德会合。吴大師与劳埃德找到隐居城内的加滿都，并发觉加滿都父子的鬼怪形体可能是击退复仇石大军的重要关键。
角色
- 初代旋风忍术大师（First Spinjitzu Master）
- 配音（英）：吉姆·康拉德
- 旋风忍术以及忍者国里一切的创造者，也是加滿都和吴大師的父亲，美沙子的岳父和劳埃德的祖父。在鬼与龙之魔域中出生，由于不愿意选择阵营而放弃了原来的世界，转而来到一个仅有一片汪洋且由沃吉拉统治著的魔域，与原先居住于当地的梅洛比亚人及守护者族合力击败沃吉拉后使用黄金武器在汪洋中创造出一片土地，即为现今的忍者国。
- 劳埃德·蒙哥马利·加滿都／绿忍者／黄金忍者（Lloyd Montgomery Garmadon/Green Ninja/Golden Ninja）
- 配音（英）：吉莉安·麦可（第一至七季）；山姆·文森（第八季至今）
- 配音（中）：黄珽筠
- 配音（港）：陈仕文→张振声（第十一季至今）
- 拥有一头白金色的头发，加滿都和美沙子的儿子、吴大師的侄子暨初代旋风大师的孙子。个性强硬、叛逆，喜欢吃糖。父亲被送往地下世界后，孤独的他被送到寄宿学校，但却遭到退学，后来就独自一人到其他村子作乱、要求交出糖果。后因被忍者们阻挠而开始四处拉拢蛇族，但都被欺骗。最后被带到了吴大師和忍者们的身边，成为了伙伴。从蛇怪手中救回后被众人得知自己就是传说能控制四种元素的绿忍者。在“时光倒流”一集中，因明日茶的影响变成了和四位忍者们年纪相当的大人，个性也变得成熟稳重而且十分聪明，但对于自己身为绿忍者仍感到没有自信。在光明神殿中，获得了终极旋风忍者（黄金忍者）之力量。第三季时，丧失了大半黄金力量并将剩余的力量让忍者们恢复元素之力。第五季时，中了来自被诅咒的魔域的摩罗的陷阱而被其附身，被附身后的他同时掌控风及能量两种元素。同时风的元素令其他忍者失去了自己的属性力量。最终在第五季尾声得救。在第八季对晴美公主产生爱慕，但反遭晴美利用以使父亲加滿都的黑暗面复活。在第九季打败加滿都并得知鬼族将会来临的预兆。在第十季和忍者们、加滿都以及吴大師一起使用创世龙卷风抵挡鬼族大军时遭龙卷风卷起的道场大门残骸击中而陷入昏迷，其意识则被初代旋风忍术大师召唤至亡者之境，但最终拒绝初代旋风忍术大师的邀请而回到忍者国。在第十一季冰之章剧情独自去寻找赞的途中被一只神秘的白狼救了出来，并帮牠取了一个名字叫小红，但在得知“小红”其实是变形族人秋田后因联想起被晴美背叛的经历而对其极不信任。
- 凯／红忍者（Kai/Red Ninja）
- 配音（英）：文森·童
- 配音（中）：蒋铁城
- 配音（港）：陈旭恒→张振熙
- 红色的火系忍者。继承了父亲的火元素之力。身为铁匠的父亲和吴大師是朋友。左眉有道短缺痕，个性倔强、轻浮、急性子、爱出风头，时常练习打造武器，爱把妹。讨厌高科技，不会溜冰和游泳。吴大師发现他时，他和妹妹尼雅经营著一家武器店，直到她被加滿都的手下捉走。四名忍者中最晚加入的和最先得知尼雅是“X武士”的人。一直认为自己就是绿忍者，却一直发挥不了自己的潜力，直到发现自己成为忍者的真正目的是为了保护劳埃德后便释放出自己最大的潜力。在光明神殿中，激发了体内的火之元素力。第四季时，喜欢上了天乐。第五季时，答应要守护失去父亲的劳埃德，即使不会游泳仍为了救劳埃德而跳到湍急的水中，是忍者中很有领导能力的人。在第七季时，发现他的爸爸和妈妈没有死亡。在第十一季火之章被阿斯菲拉夺走了火元素力量，在冰之章的结尾火元素力量完全恢复，并且击败了冰皇帝所召唤的冰龙。
- 赞·朱利安／白忍者／钛金属忍者／冰皇帝（Zane Julien/White Ninja/Titanium Ninja/Ice Emperor）
- 配音（英）：布兰德·米勒
- 配音（中）：于正昌
- 配音（港）：杜景煜（第十一季至今）
- 白色的冰系忍者。较聪明的忍者，个性跟其他忍者比起来较稳重，能读取各种语言或符号。相当会作菜，笑点和其他人不同，且与人合不了群。吴大師发现他时，他正在冰冻的湖面下沉思。真实身份是一个机器人，在发明者父亲过去后被关掉了记忆开关，有着一只机器鹰伙伴，在恢复记忆后为了保护同伴发挥了自己最大的潜力。在光明神殿中，激发了体内的冰之元素力。第三季时与皮克莎相恋。当季尾声，吸收黑暗之主的黄金力量与其同归于尽，之后将自己的意识下载到博格的网络电脑中重建身躯，并于第四季时，成为钛合金忍者。第十一季后半被阿斯菲拉放逐到不归国度，被传送至不归国度后便致力于修复破损的钛机器人，正当他进行重新启动的最后一个步骤时，被维克斯从后方拔下了插头，导致其记忆遭到抹去，并被其洗脑成为反派—冰封魔域的国王并持有禁术卷轴，力量强大致把不归国度变成了冰封魔域，后被维克斯利用以对付变形族人。季末时因维克斯即将刺杀劳埃德之际不经意说出的一句话触动其内心而恢复记忆，将卷轴摧毁后变回原本的赞。
- 寇／黑忍者（Cole/Black Ninja）
- 配音（英）：柯比·摩罗（第一至十四季）→安德鲁·法兰西斯（第十五季至今）
- 配音（中）：何志威
- 配音（港）：翁兆德
- 黑色的土系忍者。是著名皇家铁匠乐队的儿子。个性顽固、英勇、贪吃，力气很大，但会晕船，一开始很怕龙，但适应后是四人中对自己的龙最好的一个。吴大師发现他时，他正在攀爬忍者世界的最高山峰。因为不想继承父亲的事业而离家出走成为忍者，并骗他说去就读奥本海默艺术学校。在与父亲和解后发挥了自己最大的潜力，拥有金钢不坏的身躯。在光明神殿中，激发了体内的土之元素力。第三季时被爱情配偶机编为跟尼雅一对。第四季时，和尼雅产生情愫而与杰相互争执，后来和好。第五季时变成了鬼魂，因而可以穿墙与附身，到了第六季甚至学会了隐形，但碰到水就会消失。特别篇《魔咒幽灵的进击》中变回人类。
- 杰·沃克／蓝忍者（Jay Walker/Blue Ninja）
- 配音（英）：麦克·亚当思韦特
- 配音（中）：刘杰
- 配音（港）：潘昀隽
- 蓝色的电系忍者。第一个来学习旋风忍术的忍者。右眉毛有道伤疤，幽默风趣又搞笑，容易吃醋，和领养父母一样话多。一个发明家，吴大師发现他时，他正在测试一双人造翅膀。不喜欢向人说家中经营著废铁厂，但后来释怀。一见面就喜欢上尼雅，在获得她的认同后发挥了自己最大的潜力。在光明神殿中，激发了体内的电之元素力。第三季时，与寇成为相争尼雅的情敌，后来和好。第六季最后与尼雅在一起。第六季中透露他是艾德和艾德娜的养子，亲生父亲是饰演费兹唐纳德根(他的偶像)的演员克里夫高登。
- 尼雅／X武士／水系忍者（Nya/Samurai X/Water Ninja）
- 另译：尼雅
- 配音（英）：凯莉·梅兹格
- 配音（中）：林美秀
- 配音（港）：何凯怡
- 凯的妹妹。个性勇敢和聪明但也害怕失败及讨厌被当人质，擅长修理、研发武器。在凯成为忍者后也想和他一样因此开始接受训练。后来化名为“X武士”并穿戴着盔甲和大型机甲私下帮助忍者们，其身份后来被揭穿。经过博格的分析器和皮克莎的计算，事实上适合的对象是寇。成为水系忍者后，很少在使用“X武士”出来作战。第五季时为了对抗鬼魂而被告知从母亲那继承了水元素力并接受了训练成为水系忍者，之后便不再以“X武士”的身份行动。第六季最后与杰在一起。第十一季冰之章中于索拉的指导下学会了操控水的另一种形式—冰。第十四季结尾为了击败沃吉拉而与大海合而为一，之后离开忍者团队并隐居于深海中。直到最终季众忍者用阿斯菲拉的长刀消除她的水元素力量才令她从海水变回人类。
- 吴大師（Master Wu/Sensei）
- 另译：吴大师（第七季起）
- 配音（英）：保罗·多布森
- 配音（港）：黄启明（第十一季至第十二季）
- 首位忍者的师父和领导者，同时也是初代旋风大师的小儿子。喜欢喝茶。个性严谨有礼，不断地勉励和执导忍者们。他有一本日记（即旋风忍术之书）写着他从多年经验中学到的经验教训，教他的学生忍者之道和旋风忍术。使用的元素力量为创造，对于兄长加滿都变得邪恶而感到有些自责。曾被黑暗岛主改造成机械吴大師，且曾有一个非常想当绿忍者但最后被转成反派的徒弟。在第七季因被时光之刃击中导致寿命缩短，第七季尾声和时间双子一起迷失在时空涡旋之中，后来成功逃出，但由于先前时光之刃的作用而退化为婴儿状态。第八季时被寇于加滿都之子基地内发现并带回，因其喜爱喝茶的癖好而被忍者们认出。第九季时迅速长大，并于季末时变回原本的老人形貌。在第十一季火之章剧情中透露自己在小时候跟阿斯菲拉认识对方，并曾教她旋风忍术
- 美沙子·加滿都（Misako Garmadon）
- 配音（英）：凯瑟琳·巴尔
- 劳埃德的母亲和加滿都大师的妻子，博物馆学者。在离开后将劳埃德放在寄宿学校，自己专心寻找关于最后一战的线索，在第13季的第一集再次出现。
- 爱德华与艾德娜·沃克（Ed and Edna Walker）
- 配音（英）：科林·默多克和吉莉安·麦可
- 杰的发明家养父母。经营著废铁厂，话很多。
- 朱利安博士／修补匠（Dr. Julien/The Tinkerer）
- 配音（英）：马克·奥利佛
- 赞的科学家父亲兼发明家。从第3季一开始博格对赞的慰问得知已过世。
- 回音赞（Echo Zane）
- 配音（英）：布兰德·米勒
- 回音赞是使用赞蓝图建造的机械忍者。他的外表与赞相似，但看起来很肮脏。和使用电子核心的赞不同，他用发条作为电源。仅管他不如赞那么聪明，但他的忠诚度和友谊不亚于他的钛金属兄弟。
- 猎鹰（Falcon）
- 猎鹰最初看似是一只单纯的鸟，但很快与赞形成了一种连结，不久后被揭露为一个由朱利安博士建造用以陪伴赞的机器鸟。在此之后，它成为了忍者的伙伴，作为赞的宠物兼远距侦察兵。在第五季时为了与赞的新样貌，猎鹰也被更新成了闪亮的钛合金外观。
- 洛乌（Lou）
- 配音（英）：柯比·摩罗
- 寇的父亲，著名的前皇家铁匠乐队成员。
- 雷（Ray）与玛雅（Maya）
- 配音（英）：文森·童与吉莉安·麦可
- 前任火系与水系元素大师，凯和尼雅的父母。夫妻俩在人蛇战争中与其他元素大师并肩战斗，并分别亲自将Anacondrai部落与Venomari封印在各自的坟墓内。战争结束后，时间大师背叛了元素联盟，雷和玛雅和其他大师一起对抗，但仍无法打败他们。然而，吴想出一个方法，并要求执行一项重要职责。凭借他们的铁匠技能和对火和水的威力，利用Chronosteel制造了四把时光之刃，用来在时间双子被放逐到时空旋涡中之前削弱他们的元素之力，其后誔下凯、尼雅。与此同时结交逃出时空旋涡并化名为Dr. Sander Saunders的克鲁克斯却被威胁他们若不为他的军队制造车辆、装甲和武器，就会伤害他们子女而没有其他选择，居住在Vermillion Swamps的一家铁匠铺，为Vermillion军队制造数千件物件。多年以后，凯、尼雅了解到他们的父母的遭遇，并与他们团聚。夫妻俩向他们的孩子们道歉，很高兴在这么久以后还能见到他们，但随后意识到他们的孩子现在被迫帮助时间双子收集时光之刃，而他们有能力找到时间双子开发的时光之刃。玛雅和雷告诉他们忘记了他们，但仍被当作人质使用，以确保两个忍者合作。后来雷被其中一个刀刃击中，并开始迅速老化。当凯和尼雅回到过去帮助吴大師打败时间双子时，雷得救了。
- 莉莉（Lilly）
- 配音（英）：艾琳·马修斯
- 寇的母亲，前任大地系元素大师，数十年前来到慎太郎山中击败了当地的灾难之龙(Grief-Bringer)，并将持有之两把解救之刀(Blades of Deliverance)分别赠予当地居民格克族与莫安斯族，被后两者视为英雄，然而其名字在两族中分别被误传为“吉利”(Gilly)与“莫伊利”(Milly)。已于寇成为忍者前不久过世。
- 雅各（Jacob）
- 配音（英）：保罗·多布森
- 声音大师，可利用周遭的声音来分辨人事物位置。一个爆炸头的强劲视障。第四季中期因逃亡失败而被克劳斯的宠物吃掉。但第四季第八集片尾透露他没死。
- 葛芬透那( Griffin Turner)
- 配音（英）：小多隆·贝尔
- 配音（中）：于正昌
- 速度大师，所有元素大师中速度最快的。是语速快，友善的家伙。曾被杰批评：速度又不是元素！于第六季和其他参加元素擂台赛的元素大师囚禁在地精之刃但最后有幸杰帮助而被释放，于第九季和影、光、毒、心智、钢铁、琥珀大师协助对抗加滿都之子的尼雅和劳埃德。
- 阿重(Gravis)
- 配音（英）：马克·奥利佛
- 重力大师，可以抵抗地心引力来让东西漂浮。被葛分透纳打败。
- 毒妮卡(Tox)
- 配音（英）：伊恩·占士·柯瑞特（第四季）、玛姬·布鲁·奥哈拉（第九季）
- 毒大师，可放毒气。角色原型为乐高超级特务(Ultra Agents)系列中反派角色“Toxikita”。
- 卡洛夫(Karlof)
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 钢铁大师，可将自己变成巨大的钢铁巨人。第一个输掉元素比赛的元素大师，但协助寇及其他元素大师逃狱，第七季时被艾克尼斯与克鲁克斯抓走去当铁匠。
- 艾许(Ash)
- 配音（英）：布兰德·米勒
- 烟雾大师，可将自己变成一团烟雾来躲避攻击，为人就像上升的烟雾所形成的模式一样神秘而难以预测。被凯打败而淘汰。
- 卡蜜尔(Chamille)
- 配音（英）：玛莉克·亨德里克瑟
- 形状大师，可伪装成任何人。在溜冰大赛输给绿忍者淘汰。
- 影子(Shade)
- 配音（英）：安德鲁·法兰西斯
- 影子大师，可以把自己影藏在影子中来偷袭或逃跑。因为是不信任任何人的独狼而曾被许多元素大师怀疑是陈大师的卧底。
- 隐形人(Paleman)
- 配音（英）：柯比·摩罗
- 配音（中）：蒋铁城
- 光大师，可控制他周围的光线使自己隐形来偷袭或逃跑。角色原型为乐高超级特务(Ultra Agents)系列中反派角色“Invizable”。
- 柳若(Neuro)
- 配音（英）：保罗·多布森
- 配音（中）：周宁
- 心智大师，可以利用读心术来了解他人的想法，也使他成为了一个很谨慎的人。曾读劳埃德的心而得知卡洛夫的下场所以和忍者结盟。
- 柏洛博(Bolobo)
- 配音（英）：麦克·亚当斯韦特
- 自然大师，可自由操纵植物。是一个快乐的战士。
- 赛勒斯·博格博士／终结机器（Dr. Cyrus Borg／OverBorg）
- 配音（英）：李·托克卡
- 博格公司的所有者，双脚天生残疾。在黑暗之主被劳埃德击败后利用高科技重建旋风忍者城，数次遭困于网络的黑暗之主改造。
- 初级互动式X-外部人型助理/皮克莎／第二代X武士（Primary Interactive X-ternal Assistant Life Form / P.I.X.A.L. / Samurai X II)
- 配音（英）：詹妮佛·海沃德
- 博格公司机器人，赛勒斯·博格的助理。在脱离黑暗之主的控制后与赞相恋。当忍者们切除新忍者城的电源后，靠赞给的一半的能量重生。第四季时被陈大师报废之后其系统被内建于赞的头脑中，在第八季揭露自己的身份就是第二代武士X。
- 索拉（Sorla）
- 配音（英）：派翠西亚·德雷克
- 大湖村的村长，在忍者们抵达不归国度后帮助他们适应当地环境并指引他们前往冰城堡的方向。
- 波马（Boma）
- 配音（英）：山姆·文森特
- 大湖村的村民，经常和乌塔德一起。
- 乌塔德（Uthaug）
- 配音（英）：童文森
- 大湖村的村民，经常和波马一起。
- 克拉格（Krag）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 住在大湖村附近高山上的雪怪，传说中负责守护旅人树的怪物。
- 秋田（Akita）
- 配音（英）：塔碧莎·卓曼
- 配音（港）：？
- 在第十一季冰之章中登场的关键角色，初登场时是一只有着白色毛皮与三条红色尾巴的狼的样貌，与劳埃德相遇并成为了他的盟友，之后被劳埃德命名为“小红”(Red)。后期表露出人类型态，透露自己的身份是变形族人，最后在道别时亲吻了劳埃德的脸颊，并相信他们以后还会再见面。
- 卡塔鲁（Kataru）
- 配音（英）：科尔·霍华德
- 配音（港）：杜景煜
- 在第十一季冰之章中登场，变形族人，秋田的双胞胎哥哥，能够变成一只棕熊。多年前于冰皇帝和维克斯将变形族村庄冰封时为拯救秋田而被捉走并被囚禁在城堡里，因而成为秋田向冰皇帝复仇的动机。
- 密尔顿·戴尔（Milton Dyer）
- 配音（英）：马克·希尔雷斯
- 浩瀚企业的前任老板，电子游戏产业界的传奇人物，设计了许多经典电子游戏，如第十一季中登场的《熔岩僵尸》（Lava Zombies）以及第十二季中的《能量帝国》（Prime Empire）等，于三十年前《能量帝国》原订公开日的前一天莫名失踪。后来揭露当史考特消失后认为《能量帝国》有危险而将游戏关闭；季末说服暗影至尊停手并和自己一起离开。
- 鲍伯（Bob the Intern）
- 配音（英）：科林·默多克
- 密尔顿的助理。
- 史考特（Scott）
- 配音（英）：亚德里安·派崔沃
- 第12季及其前导短篇中登场，三十年前被密尔顿邀请试玩《能量帝国》电玩，成为第一个进入电玩世界的玩家，也是唯一知道暗影至尊真实身份的玩家。在杰进入电玩世界后与他相遇并带领他抵达其基地，以保守秘密为交换条件替杰联盟制造并维修车辆与武器。
- 杰联盟（League of Jays）
- 由一群崇拜杰的玩家组成的联盟，成员多打扮成以杰以前的服装造型。
- 冲野（Okino）
- 配音（英）：亚历山大·朱利安尼
- 非玩家角色，负责在卡拉纳区协助玩家们达成任务，但因许多玩家失败而自卑。在不顾暗影至尊的阻止让忍者们成功取得第一把塔纳之钥后放弃自己的职位并踏上自己的旅程。
- 滑头（Shifty）
- 配音（英）：亚历山大·朱利安尼
- 非玩家角色，在卡拉纳区的歇斯底里悬崖下开设店铺贩卖装备给玩家。
- 7号车手（Racer Seven）
- 配音（英）：香侬·陈肯特
- 配音（港）：黄可莹
- 非玩家角色，飙风五十亿大赛中的顶尖赛车手，一直希望能凭着自己的力量赢得塔纳之钥，但因被编程为总是会在赛道的同个路段出局而无法如愿。后来在劳埃德的邀请下决定与忍者们合作组队参赛，最后成功克服编程设定而赢得比赛。
- 范妮亚公主（Princess Vania）
- 配音（英）：莎布里娜·皮特尔
- 王国公主，养有一只名为乔比（Chompy）的小龙。相当欣赏寇，并不顾父亲的反对而帮助忍者们对抗骷髅巫士。
- 海默（Hailmar）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 王国大臣。
- 乔比（Chompy）
- 范妮亚公主的宠物，脊背龙。
- 莫特莎女王（Queen Murtessa）
- 配音（英）：塔碧莎·卓曼
- 莫安斯族女王，因喜欢杰而向尼雅发起挑战，但最后被后者击败。
- 莫特（Murt）
- 配音（英）：麦克·亚当斯韦特
- 被骷髅巫士当作奴隶的莫安斯族战士之一。
- 格奇（Chancellor Gulch）
- 配音（英）：安德鲁·麦可尼
- 格克族的长官，也是会议的主持人。
- 格列克（Gleck）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 配音（港）：竺谚鸿
- 格克族的成员之一，因不明原因持有寇母亲的项链。
- 普朗达（Plundar）
- 配音（英）：亚当·特拉斯克
- 地底人，专业窃贼，做任何事之前习惯掷骰子决定是否执行。
- 芬格斯（Fungus）
- 配音（英）：伊恩·占士·柯瑞特
- 地底人，魔术师，能从帽子施展各种法术。
- 克格恩（Korgran）
- 配音（英）：保罗·多布森
- 地底人一位战士，总是用第三人称说话，认为自己的斧头会说话。
- 玛玛特斯酋长（Chief Mammatus）
- 配音员（英）：保罗·多布森
- 岛屿的酋长，守护者的领袖，他和他的族人们世代背负着守护风暴护身符的神圣使命。如果风暴护身符从他的小岛上消失，则会对岛屿引来大灾难（沃吉拉苏醒）。起初认为忍者们是前来偷窃护身符而囚禁他们，并将杰当作沃吉拉的祭品；在得知沃吉拉是罗南所为后，向忍者们致歉。
- 保罗艾力（PoulErik)
- 配音员（英）：布瑞恩·德拉蒙德（头1）、文森·童（头2）
- 守护者族人之一，有两颗头。
- 崔玛国王（King Trimaar）
- 配音员（英）：罗恩·哈尔德
- 梅洛比安王国的国王。
- 班索玛（Benthomaar）
- 配音员（英）：科尔·霍华德
- 崔玛国王的养子。在得知崔玛国王的死因后决定帮助忍者们一起对抗柯玛。
- 尼雅德（Nyad）
- 配音员（英）：安德烈娅·利布曼
- 梅洛比安籍的初代水元素大师，据说能与鱼类沟通、控制鲸鱼甚至骑在鲸鱼背上。数千年前参与初代旋风忍术大师推翻沃吉拉统治的战斗，当众人皆遭击败时牺牲自己与大海合而为一，借由大海的力量取下沃吉拉额头的两枚护身符使其陷入沉睡，结束战争，但随即消失无踪。之后一直以灵体形式于大海深处遨游，第十五季初与同样选择与大海合一的末代水元素大师尼雅相遇，然而已完全失去牺牲前的记忆。
- 盖儿·八卦（Gayle Gossip）
- 配音（英）：凯莉·谢里登
- 电视台的新闻记者。
- 文尼·佛森（Vinnie Folson）
- 配音（英）：保罗·多布森（第一至二季）、加文·兰杰洛（第十季至今）
- 电视台的摄影师，第十季偶遇加滿都时并问到何谓比生命更重要的事物，其回复令后者印象深刻。第十四、十五季之间收留加滿都为室友，并教导其如何行善。被加滿都评论是全忍者国最有智慧的人。
- 尼尔森／荣誉紫忍者（Lil'Nelson／Honorary Purple Ninja）
- 配音（英）：大卫·雷诺兹
- 尼尔森是一位忍者迷，于第六季中登场。在严格训练成忍者的同时，他摔断了两条腿，之后忍者们在达雷斯的安排下到医院探望他，并封其为荣誉紫色忍者。在第十一季再次登场时已痊愈，并成为了一位送报生。
- 山米（Sammy）
- 配音（英）：塔碧莎·卓曼
- 送报生团体的领队。
- 安东妮亚（Antonia）
- 配音（英）：布莱娜·德拉蒙德
- 尼尔森的送报拍档。
- 蜜丝塔可（Mystaké）
- 配音（英）：麦肯锡·格雷（第一至二季）；马克·奥利佛（第四季）；塔碧莎·卓曼（第八至九季）
- 忍者国最老的居民之一，其实是数千年前跟随初代旋风忍术大师来到忍者国的鬼族成员，也是唯一善良的纯鬼族，伪装成老妇人的形貌开设茶店贩售各种具有特殊能力的茶。第九季时为对抗加滿都而现出原形并被后者杀害。
- 达雷斯大师／棕忍者（Grand Sensei Dareth／Brown Ninja）
- 配音（英）：艾伦·马里奥特
- 旋风忍者城的一间道馆“魔道场”主人，个性虚荣、吊儿郎当，很爱护道馆的假奖杯。自称“大师”，并希望自己能成为“棕忍者”。受忍者们之托保护着寄宿学校的学生。
- 提蒙西·巴特森／抽动提姆／阿动 （Timothy Batterson / Twitchy Tim)
- 配音员（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 一位探险家，多年前搭乘热气球旅行时被风吹离航道，因而误入风暴带而坠落在未知的岛屿上。在岛上被雷击中十二次后逃出，但也因此产生了短期失忆的副作用。在忍者城近郊的沙漠中经营一间加油站。
- 莎莉（Sally）
- 配音员（英）：阿什莉·鲍尔
- 居住在忍者城近郊沙漠中的年轻创作歌手，梦想是前往忍者城发展，但遭到父母反对。在瞒着家人独自前往忍者城的途中遇到遭到通缉中的忍者们，并帮助他们逃离猎犬麦布莱的追捕。事后在忍者们的劝说下回到家中向父母道歉。
- 哈金斯（Hutchins）
- 配音（英）：艾伦·马里奥特
- 哈金斯先生是第8季中登场的角色。他是皇室的守卫，曾为王室服务多年。劳埃德怀疑他在为加滿都之子工作，但其实他只想保护皇室。当宫殿受到加滿都之子的袭击时留下来与他们抗争而遭杀害。
- 忍者国皇帝与皇后（Emperor and Empress of Ninjago）
- 配音（英）：理察德·纽曼和艾伦·肯尼迪
- 忍者国皇帝与皇后是旋风忍者国的皇室成员，晴美公主的养父母。为了应对忍者国的犯罪率上升，他们走出了曙光并召开新闻发布会，之后召集忍者们来保护宫殿中的鬼面具。然而很快的皇宫便遭到了试图获得欺骗面具的加滿都之子的袭击，而晴美公主与其他皇室成员分散。晴美被忍者们救出，但皇帝与皇后却没能即时逃出而惨遭杀害。
- 克劳奇·包尔斯（Clutch Powers）
- 配音（英）：伊恩·占士·柯瑞特
- 角色原型为乐高于2010年制作之首部官方动画电影《乐高玩具的冒险之旅》之男主角（时译为克劳包尔），本剧中样貌与原型相比老了许多。知名的探险家，第一季时发掘其中一把毒牙刀并将其制成奖杯之人。第十一季时发现一座古老的金字塔并于接受采访时宣称“只有忍者们能够活着通过里面的陷阱”，因而被忍者们找上，后带领忍者们进入金字塔，并意外地释放出被封印其中的阿斯菲拉，之后随着火焰蛇族发射的石块一同飞回忍者城并摔断了腿。特别篇中率领探险队前往神秘岛屿却被岛上的守护者囚禁，获救后多次试图偷走风暴护身符但都被忍者们阻止。第十四季时成功以赝品掉包风暴护身符并将真品带回探险家俱乐部，却因柯玛的入侵而使护身符再度被夺走。
- 杜恩（Dwayne)
- 配音员（英）：山姆·文森
- 总是跟在克劳奇身旁的实习生。第十五季成为可信赖市长的助理。
- 西索·普南 （Cecil Putnam)
- 配音员（英）：保罗·多布森
- 探险家俱乐部的经理。
- 典狱长诺博（Warden Noble）
- 配音（英）：保罗·多布森
- 原为劳埃德幼年就读的寄宿学校的校长，第四季成为揭泰维亚监狱的典狱长。
- 警察局长（Police Commissioner）
- 配音（英）：麦克·多诺万
- 忍者城警察局局长，于第六季中登场。当纳达可汗冒用忍者们的身份犯罪后，局长致力于逮捕他们，但查明真相后转而帮助忍者们击败天空海盗。后来也协助他们对抗加滿都之子。
- 新忍者（The New Ninja）
- 配音（英）：里安·比尔（青）、特拉维斯·特纳（紫红）、凯莉·谢里登（橙）、麦克·亚当斯韦特（粉红）
- 受新市长指派，于忍者为悼念尼雅的牺牲而停止活动的一年间开始活跃并逐渐取代其地位的新一代忍者团队，由青、橙、黄、紫红、粉红忍者所组成。原先为受到劳埃德等“旧忍者”启发而于旧忍者们陷入沉寂后主动挺身捍卫忍者城，但也认为旧忍者已年老力衰，需由他们这群年轻的世代接手。于黑暗岛主的水晶大军入侵忍者城时试图迎战水晶战士，但不敌而最终全员遭到感染变成了水晶僵尸。
- 尤里西斯·诺维尔·可信赖市长（Ulysses Norville Trustable）
- 配音（英）：查尔斯·德默斯
- 沃吉拉事件后上任的新任市长。提出劳埃德等人了以前与敌人的战斗对城市造成大量财产损失的有效观点并支持新忍者，也立即反对忍者们释放危阿斯菲拉的危险想法，不管忍者们有多么崇高的意图。
- 威廉·霍雷斯·铁面法官（William Horace Toughbutt）
- 配音（英）：加里·查克
- 负责审理忍者们协助越狱以及窃取阿斯菲拉长刀之案的法官，以铁面无私著称。考虑忍者们的作为没有判处他们无期徒刑而是判处他们五年徒刑。
- 猎犬麦布莱（Hounddog McBrag）
- 配音（英）：麦克·多布森
- 忍者城警察的指挥官，也是全国最严厉的警察。被召来取代警察局长追捕帮助阿斯菲拉越狱并后期逃狱的劳埃德等人。水晶大军入侵忍者城后仍试图逮捕劳埃德，但反而在即将遭到水晶僵尸攻击时被劳埃德救了一命。
- 阿特瑞斯将军（General Arcturus）
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 配音（中）：何志威
- 五蛇族紫蟒蛇族的祖先，40年前人蛇战争战败后被视为战争的始作俑者而遭流放至诅咒之境，第四季在加滿都的牺牲下重获自由并将当初真正引发战争的陈大师打入诅咒之境。
- 卡勒斯（Skales）
- 配音（英）：伊恩·占士·柯瑞特
- 配音（中）：曹冀鲁
- 五蛇族催眠镜蛇族副首领，后打败首领成为现任首领，从良后育有一子（小卡勒斯），并率领剩余蛇族。随着黑暗岛主的暂时毁灭，和其他蛇族在忍者城重新开始了他们的生活，并保护了城市的人民以赎回自己。
- 方统（Fangtom）
- 配音（英）：麦肯齐·格雷、史考特·麦卡尼（第三季第4集）
- 五蛇族牙血蛇族首领，双头蛇，会轮流说完句子，左头高声，右头低声。卡勒斯的好友。
- 斯卡利多（Skalidor）
- 配音（英）：迈克尔·多布森、约翰·诺瓦克（第二季）
- 五蛇族黄颚蛇族首领。
- 厄西迪克斯（Acidicus）
- 配音（英）：保罗·多布森、约翰·诺瓦克（第一季第 11集）
- 五蛇族青毒蛇族首领，负责管理下水道中的蛇族图书馆。
- 加滿都君王／加滿都大师（Lord/Sensei Garmadon）（前导季，第二、八、九季）
- 配音（英）：马克·奥利佛
- 前大反派，劳埃德的父亲、美沙子的丈夫和吴大師的兄长，同时也是初代旋风大师的大儿子，使用的元素力量和鬼族一样。过去原本和弟弟吴大師很要好，但后来因一次帮弟弟捡刀时遭黑暗岛主腐化的大吞噬者咬伤至毒液感染内心，使得原善良的个性变得凶恶。在吴大師将他找回并和劳埃德相处后变得善良，但仍对于心中的邪恶感到挣扎。在第二季的黑暗之主战役后，使身上的邪恶和毒液消失。之后发誓不再战斗，转而在一间道场中教导“极致无声拳”。第四季最后牺牲自己将陈大师流放到被诅咒魔域。第五季最后因诅咒魔域被摧毁而随之消失。第八季时被晴美公主利用三个鬼面具复活并恢复成毒液消失前的邪恶个性。第九季末被劳埃德打败后被关进监狱的最高戒备牢房里，并向劳埃德预言鬼族的到来。第十季鬼族入侵后，被释放出监狱，与劳埃德等人联手对抗鬼族，于鬼族消失后离去并从此行踪不明，但其实一直留在忍者城内，为了理解人性的善良面而暂居于忍者电视台摄影师文尼的家中，并一直匿名寄送剪报至吴大師的道场以警告黑暗岛主的回归。在最终季吴大師和劳埃德循线找到他后协助训练劳埃德控制愤怒力量但不果，于系列最终和劳埃德对抗黑暗岛主。
- 天乐（Skylor）
- 另译：天乐
- 配音（英）：希瑟·多克森
- 以琥珀大师的身份参与陈大师的元素擂台赛和十六位竞争者之一，其实触碰到其他元素大师就能够复制他们的元素力量来使用。实际上是陈大师的女儿，并作为他的间谍，挑拨了忍者和元素大师之间的关系，后与凯产生好感而背叛陈大师。陈大师被送往诅咒魔域后，继承了他们家的面店。第六、九、最终季再度回来帮助忍者。
- 晴美／翡翠公主／沉默者／歌舞伎面具（Harumi/The Jade Princess/The Quite One/Kabuki Mask）（第八-九季、十五季）
- 配音（英）：布莉特·麦基利普
- 前大反派，劳埃德的初恋对象。暗地里为恐怖组织“加滿都之子”（Sons of Garmadon）的首领。被黑暗岛主腐化的大吞噬者大闹忍者城时摧毁了她原本与亲生父母居住的公寓，造成其父母死亡，后被忍者国皇帝和皇后收养而成为忍者国的公主。认为忍者就是这一切的罪魁祸首，并视杀死巨蛇魔王的加滿都为救世主，在书中表示希望加滿都收养了她，并计划在二季的黑暗之主战役中加滿都去世后开始召集人马。第五季加滿都死后收到他的黑暗面亡魂从亡灵魔域里召唤，在第七季后至第八季前创立“加滿都之子”以复活加滿都。于第八季时以公主名义邀请忍者们来到皇宫担任守卫，并假装对劳埃德有好感，意图接近他以伺机复仇，之后唆使其手下进攻皇宫并炸死皇帝及皇后。在利用劳埃德寻得憎恨面具后向后者揭露其真实目的，将他困在鬼族神庙里后离去并与手下们会合。在第九季尾声为了拯救跟她过去时相同遭遇的家庭而牺牲了自己，但随后被黑暗岛主以向其效命为条件复活，之后数季中不断暗中四处收购复仇石，第十五季更先后招募阿斯菲拉、范吉利斯、彼拉以及机械工等各路罪犯加入他的水晶国王议会。当黑暗岛主透露自己是腐化大吞噬者令其袭击她的家的幕后凶手时决定倒戈协助加滿都及劳埃德讨伐他，最后成为忍者的盟友并和众人重建修道场。
- 配戴憎恨面具（紫色面具），能够获得憎恨的力量并强化身体的机能。
- 奇罗／基洛（Killow）
- 配音（英）：盖瑞·乔克
- 加滿都之子的第一大将军，十分强壮，帮助晴美组建了加滿都之子机车帮。
- 配戴狡诈面具（橘色面具），能够获得操纵物体的能力。第十五季后期水晶大军入侵时趁乱再度逃狱，并与报丧鸽等其他囚犯加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城。
- 紫罗兰／紫外线（Ultra Violet）
- 配音（英）：玛姬·布鲁·奥哈拉（第八-九季）；沙朗·亚历山大（第十一季至今）
- 加滿都之子的第二大将军，是个喜爱寻求刺激、具有毒蛇般的性格和更糟糕的气质的加滿都之子成员。似乎没有什么能打扰她，出现时经常听到她咯咯地笑着。
- 配戴憎恨面具（紫色面具），能够获得憎恨的力量并强化身体的机能。
- 在第十一季再次出现，知道忍者失踪后企图打算逃狱进行犯罪。第十五季后期水晶大军入侵时趁乱再度逃狱，并与报丧鸽等其他囚犯加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城。
- 乌纳伽米／暗影至尊（Emperor Unagami）
- 配音（英）：狄恩·瑞德曼；锡昂·辛普森（小孩形态）
- 虚拟游戏《能量帝国》（Prime Empire）的皇帝，能变成一只帝王龙。玩家需要收集三把存在于游戏中的塔那之钥（Key-Tana），然后将它们带到暗影至尊的宝座房间向他挑战。
- 原为密尔顿创造以运作能量帝国的人工智能，其命名为能量帝国制作阶段时的暂订名称“未完工探险游戏一号”（Unfinished Adventure Game 1）之简写。三十年前史考特试玩《能量帝国》时据密尔顿“带给玩家前所未有的体验”的指示而将史考特带入电玩世界，却因此被密尔顿责骂并遭关闭，因而心生怨恨。后与机械工合作，将《能量帝国》复出并利用玩家失去所有生命时化为的能量方块建造传送门前往忍者国寻找其创造者。季末于密尔顿的劝说下释放所有玩家以及希望进入忍者国的非玩家角色离开电玩世界，并化为小孩形貌与密尔顿一同离去。最终季后期水晶大军入侵时加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城
- 理奇（Ritchie）
- 配音（英）：山姆·文森
- 飙风五十亿大赛中的“鼠帮”（Whack Rats）车队成员，自称为“鼠王”（Atta the Ratta）服务，借由赢得比赛以荣耀鼠王，但事实上却是听命于暗影至尊，负责阻挠其他玩家达成任务。最终季后期水晶大军入侵时加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城。
- 罗南（Ronin）
- 配音（英）：布莱恩·多布森
- 首度登场于非正史游戏《罗南的阴影》（Shadow of Ronin），后于正史动画第五季登场。以自我为中心、亦正亦邪的专业赏金猎人，欠灵魂射手一笔钱。第五季时偷走飞天旋转术秘笈，后来帮助忍者们打败摩罗。第六季时，为了赏金而背叛忍者们且将他们送入牢里。特别篇《神秘岛屿》时受雇追捕包括小喽啰在内的逃狱犯，却联合了逃犯们前往守护者的岛屿并以船只和木板伪装成沃吉拉，使守护者畏惧并向其献祭，后被忍者们识破并被囚禁于岛上。第十四季期间被再度送回忍者国的监狱。最终季后期水晶大军入侵时趁乱再度逃狱，并说服一同逃狱的奇罗、紫外线与报丧鸽等其他囚犯加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城。
- 报丧鸽（Fugi Dove)
- 配音（英）：安德理安·派崔沃
- 配音（港）：伍博民
- 第十一季机械工和紫外线逃狱过程中遇到的神秘人物。本性不坏但自称自己是最出名的恶人，忍者们的克星，并视电忍者杰为其宿敌，但忍者城的犯罪数据库中却没有任何与其有关的资料。后连同机械工和紫外线一起被X武士捉回监狱。第十五季趁忍者们逃狱时跟着一同逃出，随后于警方搜查阿动的加油站时为了帮忍者们争取时间逃离而再度被逮捕。最终季后期水晶大军入侵时趁乱再度逃狱与其他囚犯加入忍者组成的抵抗势力一同捍卫忍者城。
- 摩罗／风大师（Morro／Wind Master）（第四、五季、特别篇）
- 配音（英）：安德鲁·法兰西斯
- 配音（中）：曹冀鲁
- 第四末登场吴大師的第一个弟子，希望自己是绿忍者，对吴大師和劳埃德怀恨在心，后于去了绝望洞穴时死在洞穴中并化为幽灵。在陈大师被流放到诅咒魔域时，从诅咒魔域逃了出来，用魔域水晶释放了魔魂者，目的是将其释放出来吞噬掉一切并一口气诅咒十六个魔域。最后被忍者打败。特别篇《魔咒幽灵的进击》中被陽大師复活并假意与之合作，实则暗中告诉忍者们陽大師的诡计。
- 科多库那·杨／陽大師(Master Kodokuna Yang)
- 配音（英）：麦克·多诺万
- 前大反派，飞天旋转术的发明者，多年前为追求长生不老而意外将自己与其所有徒弟变成幽灵并困于闹鬼寺内，于第五季忍者们前往闹鬼寺习得飞天旋转术时初次登场；第六季时被纳达可汗用水赶出寺庙；万圣节特别篇《魔咒幽灵的进击》中重新登场。将已逝的萨幕卡、克普特将军、木津将军、陈大师、摩罗等反派之灵魂复活至历史博物馆“恶人大厅”展区中各自对应的塑像内并说服他们支开忍者，导致遇上自愿加入的彼拉之外也令卡拉齐等人可以重新成为重新成为相应的反派手下，同时企图利用阴阳月蚀作为作为通道重回人间。囚禁幽灵弟子的目的只因害怕被世人遗忘，幸好寇点醒他已有飞天旋转术传世而良心发现，帮助寇变回人类。
- 重金属／菲斯（Heavy Metal／Faith）
- 配音（英）：凯瑟琳·巴尔
- 重金属是猎龙部落的将军，外表看似为穿着厚重装甲的男性，实际上是女性， 本名为“菲斯”(Faith)。暗地支持忍者们。在钢铁男爵的统治被推翻后被选为猎龙部落的新首领。
- 葛林法斯（Grimfax）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 不归国度原本的统治者，在拒绝维克斯攻击变形族的请求后被维克斯唆使冰皇帝推翻，并沦为暴雪武士的一员。在听见劳埃德所述“冰皇帝原本是个好人”后决定倒戈投靠劳埃德的反抗势力。第十一季结尾时重新登基。
- 黑暗岛主／黑暗魔王／黄金大师／水晶之王（Overlord/Dark Lord/Golden Master/Crystal King）（第二、三、十五季）
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 本作终极大反派，最邪恶的化身，对应初代旋风忍术大师之光明而诞生的黑暗存在；性格严肃、狡猾、残忍，拥有暗元素力量；见证无数历史冲突导致被愤怒、仇恨和冲突所滋养并随着时间的流逝获得了力量而终成型，坚信惟有破坏多年来靠两者之间不断斗争以维持的平衡才能达成永久的和平，因而致力于使自认较强大的黑暗一方胜出。他最初以龙之姿态现身并与初代旋风忍术大师争夺忍者国的主导权，被后者困于黑暗之岛上，接着数千年中暗中策划自己的回归；先是腐化一条蛇成为出大吞噬者并令其咬伤加滿都造成其堕落，进而引发往后无数其他由大吞噬者与加滿都导致的问题；数千年后（第二季）更引导他来到黑暗之岛，和他联手并授予其石头武士大军制造冲突，接着背叛并附身于他的身体，之后利用新取得之实体再进化成黑暗之龙型态，却被劳埃德渐时又击败，然而以数位病毒之形式存活下来；第三季时控制博格企业的网络以及警用机器、自动化工厂等与忍者对抗，最后赞牺牲自己使他渐时再次被击败；其后于亡者之境中注意到晴美，第九季末晴美死去后找上她，以向其效命为条件将她复活，唆摆晴美为其建立复仇石军团以及招募各路罪犯加入水晶国王议会助其复活并大举入侵旋风忍者城，战事来到末段时透露自己是腐化大吞噬者令其袭击晴美的家的幕后凶手，最后和军队被各路正义的人马彻底击败，自己也被劳埃德借由四位忍者放弃自身元素之力而创造出的元素巨龙永久消灭。
- 彼拉·彼·昌斯沃（Pythor P. Chumsworth）（第一、三季、特别篇、小说《彼拉的复仇》、十五季）
- 另译:派梭
- 配音（英）：麦克·多布森
- 配音（中）：夏治世、曹冀鲁
- 蛇族之王，是唯一幸存的紫蟒蛇族后裔。曾被凯的父亲关入地牢中，被释放出后将五大蛇族团聚，非常讨厌劳埃德和加滿都。第一季末被大吞噬者吞噬造成皮肤被漂白，之后逃脱并与黑暗岛主合作。第三季末吞下博格为对付黑暗岛主而研发的药丸而因此缩小。第四季遭陈大师绑架以提炼其汗水作为使邪教成员变异成紫蟒蛇族的道具，后自行逃脱并加入忍者阵营，向忍者提出释放正统紫蟒蛇族祖先以击败假紫蟒蛇族的方法，因此受阿特瑞斯将军奖励而恢复原先大小。万圣节特别篇《魔咒幽灵的进击》中注意到恶人大厅中除了自己之外的塑像皆凭空消失（被陽大師作为复活其他反派的容器）而循线找到陽大師并与其联手。小说《彼拉的复仇》中偷走了博格企业尚未公开的新产品的原型。第十四及十五季之间被新忍者捉进监狱，但于忍者们入狱之后被晴美派出的水晶蜘蛛救出，并成为水晶国王议会的一员。
- 吞食巨蟒／巨蛇魔王（The Great Devourer）
- 受黑暗岛主腐化而变异的巨蛇，将加滿都变邪恶的罪魁祸首，被封印于蛇族古城奥洛波罗斯（Ouroboros）地底，被彼拉释放后反将其与吴大師一同吞噬，最后死于加滿都剑下，但爆出来的毒液让埋于地底下的石头武士复活，子嗣为朱蛇族。
- 木津将军（Kozu）（第二季、特别篇）
- 配音（英）：保罗·多布森
- 黑暗岛主的重要将军之一，会多种语言，可帮加滿都翻译石头武士的语言，但也常因为石头武士的愚蠢而感到头痛。
- 巨大石头武士（Giant Stone Warrior）
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 被美沙子于忍者城历史博物馆地底发掘，为第一个出土的石头武士，体型特别巨大且拥有四只手臂。经由大吞噬者毒液复活后于历史博物馆内大肆破坏，后被劳埃德引诱堕入其出土处的无底洞中。第二季末黑暗岛主被击败后被关在揭泰维亚监狱中特制的特大号牢房内。微电影“旋风忍术道场传说”中在监狱内引发骚动，被寇坐着钻土机打败。
- 克普特将军（Cryptor)（第三季、特别篇）
- 配音（英）：理察德·纽曼
- 机械忍者的领将，全身机关都是由赞的机关复制而来，自称了解赞的任何想法。和其他机械忍者获得了黄金武器使得黑暗岛主复活。
- F先生（Mister F）
- 外观酷似E先生的新型号机器人，负责操控水晶蜘蛛，但与E先生一样不会说话。
- 萨幕卡（Samukai）（前导季、特别篇）
- 配音（英）：麦克·柯普萨
- 四手骷髅，前导季中曾带领骷髅大军，但被加滿都打败。前导季尾声因为身体承受不了黄金武器的力量而被摧毁。番外篇中被陽大師复活。
- 克拉齐（Krazi）（前导季、特别篇）
- 配音（英）：特雷弗·德瓦尔
- 骷髅大军成员之一，戴着一顶红蓝相间的小丑帽、脸上化著小丑妆的骷髅，萨幕卡落败后与剩余骷髅大军一同改追随加滿都。番外篇中重新成为被复活的萨幕卡之手下。
- 挥鞭（Wyplash）（前导季、微电影、第六、十二、最终季）
- 配音（英）：麦克·多布森
- 骷髅大军第四将军，其首领萨幕卡死后成为领导者并在微电影正式登场。其后被关进监狱并在六、十二、最终季于监狱客串。
- 陈大师（Master Chen）（第四季、特别篇）
- 配音（英）：伊恩·占士·柯瑞特
- 配音（中）：夏治世
- 天乐的父亲，加滿都与克劳斯的师傅。拥有可以吸收元素力量的权杖，企图用元素力量把自己和部下变成紫蟒蛇族并统治世界。忍者们寡不敌众，最后加滿都大师牺牲自己将陈大师流放到诅咒魔域，并随着诅咒魔域的毁灭而死亡。番外篇中被陽大師复活。
- 克劳斯（Clouse）（第四、五季、舞台剧《暗影魔域》、第六季、《黑暗之岛三部曲》小说）
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 陈大师的徒弟之一，黑魔法大师。
- 第四季被加滿都流放至诅咒魔域，第五季诅咒魔域被摧毁时趁机逃出，舞台剧《暗影魔域》计划通过使用年轻的阴阳龙土匪将忍者投入黑暗。第六季找到封印了纳达可汗的神灯“泰拉汉之壶”(Teapot of Tyrahn) 并将其释放，却反被困在壶中。该季结尾因杰改变过去，在找到泰拉汉之壶之前即被民众发现并驱离。后在《黑暗之岛三部曲》小说中再次登场，带领没有头子的天空海盗们在黑暗之岛中挖掘暗物质。
- 魔魂者（The Preeminent）
- 诅咒之境的统治者，亦是诅咒之境的活生生的化身。外型为一颗长有触须的巨大眼球。第五季中被摩罗以魔域水晶召唤至忍者国，但最终被尼雅以海浪连同整个诅咒之境一同消灭。第十一季吴大師与皮克莎在寻找前往不归国度的方法时不慎将魔魂者从亡者之境释放出来，但被皮克莎驾驶武士X机甲击败后再度返回亡者之境。
- 弓大师魂射手、刀大师半莎、镰大师古尔塔、链法师怨灵（Bow Master Soul Archer、Blade Master Bansha、Scythe Master Ghoultar、Chain Master Wrayth）
- 配音（英）：布莱恩·多布森、凯瑟琳·巴尔、保罗·多布森、迈克尔·亚当斯韦特
- 诅咒之境的幽灵战士，武器大师。
- 纳达可汗(Nadakhan)
- 配音（英）：史考特·麦卡尼
- 配音（中）：曹冀鲁
- 暗黑堡垒号船长，巨灵国国王之子，有帮别人实现愿望的力量，但却不能帮自己许愿，除非结婚成为国王。表面上在意船员，但实际上都只是为自己，爱人是狄拉拉，和尼雅样貌相似。数百年前被索托船长用计封印于泰拉汉之壶中，第六季时被克劳斯释放。想要夺得忍者们先前找到的“魔域水晶”(Realm Crystal)，重新组织他的天空海盗征服这个世界，而且冒他们名义来捣乱让市民以为忍者们开始当坏人，曾以“地精之刃”禁锢困住忍者和不在屏幕上的其他元素大师。季末因为杰的许愿导致其被释放后的时间线遭抹去，因此目前仍处于被封印的状态。
- 泰拉汉之壶于第十二季开头被克劳奇·包尔斯再度发现并于第十四季时出现于探险家俱乐部内，但无法得知纳达可汗是否已被释放。
- 艾克尼斯与克鲁克斯／时间大师（Acronix and Krux／Time Masters)
- 配音（英）：麦克·丹杰菲尔德和伊恩·汉林
- 克鲁克斯和艾克尼斯同是掌握时间系元素的双胞胎元素大师，也被称为时间双子。两人就如时钟的指针一样都是一对且拥有不同能力，克鲁克斯可以倒转和暂停时间，而艾克尼斯可以加快或减缓时间的前进。四十年前两人自诩“时间”为最强的元素，因此背叛元素联盟并企图征服整个忍者国，但被吴大師和加滿都用雷和玛雅制造的四把时光之刃夺取两人能力并放逐于时空漩涡中。但其实克鲁克斯逃离时空旋涡，自行暗中找到大吞噬者的卵并以之在沼泽中培养出朱蛇大军，同时以忍者城历史博物馆馆长桑德·索德斯博士（Dr. Sander Saunders）的假身份与雷和玛雅结交，再威胁他们替朱蛇大军制造盔甲和武器。即使失去了力量，他仍是一个凶猛的战士，既无情又狡猾。他也是一个谨慎的计划者，制定了一个需要四十年才能实现的计划，但这四十年间他在等待弟弟艾克尼斯时看着他周围的一切都成为现代网络而感到心烦，所以鄙视这种生活方式。更重要的是，他想回到旧时光；而艾克尼斯因为被时光旋涡带走，过去的四十年，他一眨眼的功夫就过去了。所以当他的哥哥在这四十年之间变老了时，艾克尼斯看起来和他消失的时候一样。虽然失去了力量，他仍然是吴大師见过最好的战士。和哥哥的守旧思想相反，艾克尼斯对所有在他消失的四十年间错过的现代科技十分感兴趣，其中最喜欢的是博格表。
- 口头禅是“掌控时间，就能掌控一切！”
- 最高指挥官玛姬娜（Supreme Commander Machia）
- 配音（英）：卡芙莲·巴尔
- 朱蛇大军首席指挥官，克鲁克斯利用大吞噬者的卵培养出的朱蛇大军（Vermillion）中另经筛选得出的最强者，能够控制其余朱蛇。季末遭时间双子背叛，被重新分解为无数小蛇并随后被钢铁末日机甲吸收。
- 指挥官拉格蒙克（Commander Raggmunk）和指挥官指挥官布伦克（Commander Blunck）
- 配音（英）：麦克·亚当斯韦特、布莱恩·多布森
- 玛姬娜手下，被任命为朱蛇大军的指挥官，能够控制其余朱蛇，下场同样。
- E先生／易先生（Mr.E）
- 配音（英）：布兰德·米勒
- 加滿都之子的第三大将军，一个机器人剑客，从不说话。第九季时因未能达成加滿都的命令而遭拆解。
- 配戴复仇面具（红色面具），能够得到复仇之人的力量，且会多长出一对手臂。
- 钢铁男爵（Iron Baron）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 猎龙部落的首领，善于思想控制的独裁者。他一生都在寻找难以捉摸、让自己失去一只腿和手臂的始祖龙（Firstbourne），还利用在恐惧和谎言中带领了猎人们并迫使重金属菲斯假扮成男性。最终，企图用神龙大师的装备攻击始祖龙，但反被对方用熔岩吐息封在熔岩的岩石中动弹不得，而使对部落的统治到此结束。
- 欧米加（The Omega）
- 配音（英）：札克·莱布兰克
- 大反派，第一邪恶族群-鬼族的领导。借由魔域水晶来到忍者国，拥有强大的毁灭元素力量以石化人，并可以无限的拓展自己的军队，目标是带领鬼族毁灭所有魔域的创造物并将所有存在笼罩在窒息的黑暗中沉睡。他被证明是无情而自信的，并有魔鬼嗓音。在入侵忍者道场时击倒了加滿都，但最终仍遭所有忍者们加上吴大師、美沙子以及加滿都合体造成的创世龙卷风(Tornado of Creation)击败，使忍者国恢复平静。
- 阿斯菲拉（Aspheera）
- 配音（英）：波林·纽史东；阿什莉·鲍尔（幼年）
- 火蝰蛇部落女巫。一千年前放出了被蛇怪抓住的吴大師和加滿都，因而被吴大師教授了旋风忍术，随后推翻国王并试图发动战争。最后被吴大師用禁术卷轴打败，关在金字塔中一千多年。现代被前往金字塔里探险的忍者们意外释放出来，后窃取了凯的元素之力以复活其烈焰毒蛇大军，接着从博物馆中偷走禁术卷轴并前往旋风忍术道场复仇，被忍者们打败后她使用禁术卷轴将赞连同钛机器人一同传送至不归国度，现在被关在原本用以囚禁加滿都的监狱最高戒备牢房中。
- 第十五季中忍者们为了救回与海洋融合的尼雅而将其从监狱中救出，夺取尼雅的水元素之力以使她恢复成原本的状态。于新忍者入侵基地时从秘密通道逃离，而后被招募成为水晶国王议会的一员。
- 查尔（Char）
- 配音（英）：布瑞恩·德拉蒙德
- 一条浑身漆黑的蛇，曾是阿斯菲拉的仆人，一千年后被阿斯菲拉覆活，短暂成为烈焰毒蛇的第二领导者，于烈焰毒蛇入侵忍者们的基地后逃跑，下落不明。
- 维克斯／维克斯将军（Vex / General Vex）
- 配音（英）：麦克·柯普萨
- 配音（港）：伍博民
- 另译：威克斯
- 暴雪武士将军，原为不归国度的变形族族人，因无法找到自己的动物型体而被其他族人称作“无形体的维克斯（Vex the Formless）”并自我放逐，而对族人心生忌妒及仇恨，认为自己被嘲笑并鄙视他们。一日他偶然看见被放逐的赞使用禁术卷轴搬动钛机器人进入洞穴并将洞口封起，见试了禁术卷轴的力量，便伺机将其偷走，但随后发现他无法使用禁术卷轴（因没有元素之力），因此便趁赞重新启动机器人时拔下了插头，抺去其记忆，再洗脑其为“冰皇帝”。之后借着赞的元素之力推翻不归国度原本的统治者，并改造其士兵成为暴雪武士，让赞即位成为真正的“冰皇帝”，但自己才是实质的统治者。季末时再度被放逐。
- 化身晴美（Avatar Harumi）
- 配音（英）：布莉特·麦基利普
- 忍者们于多明纳区最后一关遇到的对手，外貌与个性都酷似晴美，起初劳埃德认为其为晴美本人而不忍对她下手，后因回答不出劳埃德的提问而被识破并被击败。
- 苏西米（Sushimi）
- 能量帝国的御厨兼疯狂帝王神庙的守卫。
- 范吉利斯国王／骷髅巫士（King Vangelis / Skull Sorcerer）
- 配音（英）：德文·梅克
- 配音（港）：竺谚鸿
- 慎太郎王国国王，范妮亚的父亲。于哈萨杜尔死后禁止任何人进入山里的隧道，并雇用普朗达、芬格斯和克格恩等人寻找哈萨杜尔的颅骨以便将其摧毁，事后却反悔而把颅骨据为己有，并将知情的三人放逐至岩石之底。之后借由颅骨的魔力成为“骷髅巫士”，偷走分别属于格克和莫安斯两个种族的两把解救之刀（Blades of Deliverance）使双方互相仇恨，并奴役他们以开采复仇石（Vengestone），再暗中将采集到的复仇石转卖给黑暗岛主以建造水晶大军。在哈萨杜尔被寇摧毁后失去了王位，而被关入牢中，范妮亚借此成为了王国的新统治者。第十五季被晴美派出的水晶蜘蛛救出，并成为水晶国王议会的一员，但和阿丝菲拉不和。
- 哈萨杜尔（Hazza D'Ur）
- 配音（英）：麦克·亚当斯韦特
- 很久以前一位邪恶的巫师，据说精通各种巫术（如操控骷髅士兵的死灵术），曾在慎太郎山中建造许多隧道与矿场。死后其颅骨被骷髅巫士持有。季末被寇以大地系元素大师专属的强大技能“旋风忍术爆击”（Spinjintsu Burst）摧毁。
- 柯玛王子（Prince Kalmaar）
- 配音员（英）：吉尔斯·潘顿
- 崔玛国王的儿子和皇宫学者。种族主义者，歧视着皇家血统外的所有生物，包括被收养的弟弟班索玛。一直渴望利用沃吉拉的力量征服陆地上的人类，会借由攻击陆上人的船只来发泄，因而常与爱好和平的崔玛国王发生口角。杀死了崔玛国王篡位，并嫁祸给忍者们。在操控沃吉拉进攻忍者城时，因三叉戟被班索玛击断而失去操控权，遭沃吉拉吞入口中，最后连同沃吉拉被尼雅消灭。
- 沃吉拉（Wojira）
- 远古时期曾经支配整个魔域的巨大海蛇，能借由额头上的风暴护身符以及海浪护身符控制水和风的元素之力，在某些文化中被视为传说中的风暴精灵。数千年前初代旋风忍术大师率领守护者以及梅洛比安人联手推翻其统治，最后由尼雅德牺牲自己取下两枚护身符使其陷入沈睡，其后两枚护身符被分别交付给守护者们以及梅洛比安人保管，以免牠再次被唤醒。后来柯玛王子夺取了两个护身符以唤醒沃吉拉并进攻忍者国，使得整个忍者国被海水淹没。最终被与大海合而为一并化身成水龙的尼雅消灭。
- 阿林（Arin）
- 苏拉（Sora）
- 拉斯君王（LordRas）
- 黑紫色的老虎战士，曾在帝国的军队中服役，和帝国爪子兵团捕获龙，直到他被剥夺了职位并逃脱，为他的真正主人招募了乔丹娜。第二季尝试将禁忌五从囚禁中解救出来。
- 比阿特碧翠丝（Beatrix）
- 帝国的前的女皇，对权力饥渴，下令捕获七条源龙来殖民合并王国。
- 乔丹娜（Jordana）
- 一位自称是索拉竞对手的科学家但是被其忽视。
- 辛德（Cinder）
- 新的烟大师，乔丹娜的竞争对手。
- 诺克特（Nokt）
- 最早被解封的五禁者，和其余四人本来是元素大师但是堕入魔道。他和其余四人设计了塞罗克西亚语还创造了一种名为终极旋风的技术，并与其他元素大师进行了激烈的战斗。他和其余四人的最终目标是统治所有领域，所以无情地消灭领土和任何阻碍他们的人。然而，在进攻秘境的过程中被埃加特和朗图利用昇龙术式反击导致失败。透过使用甘达拉里亚制作的魔法，御龙大师将他和其余四人放逐到了虚空。
- 机械工（The Mechanic）
- 配音（英）：麦克·安东纳科斯（第六季及第十一季至今）；艾伦·马里奥特（第八季）
- 原为陈大师的部下，和小喽啰行动。于陈大师被击败后被关进监狱。第十一季得知忍者失踪的消息后与紫外线合作企图逃狱但失败被X武士捉回。第十二季在暗影至尊的帮助下逃狱成功并转而与之合作。第十五季被招募成为水晶国王议会的一员，但被劳埃德冒名顶替以潜入议会。
- 态度姐 （Miss Demeanor)
- 配音（英）：艾琳·马修斯
- 背著瓦斯罐的罪犯，负责唆使小喽啰进行由水晶国王主导的复仇石走私行动。第十四季开头运送一批复仇石至一处荒郊野外，但途中被忍者们拦截，于尼雅的水元素之力失控之际趁机逃脱。
设定
十六个“國度”(Realm，又译为“魔域”、“领域”、“现实”)，是本作世界观中的十六个平行世界。这十六个平行世界会两两连结，当一个魔域被摧毁时，与之连结的另一个魔域也会随之毁灭。目前动画中已出现十个魔域，剩余六个尚未出现。乐高的另外一部动画系列《乐高神兽传奇》故事的所在世界“Chima”亦为本作的魔域之一，但其他乐高系列作品中的世界皆不在此列。
- “忍者国”(Ninjago)：本作故事的主要发生地，由初代旋风忍术大师创建。
- “地下世界”(Underworld)：前导季中登场吴大師击败加滿都君王后将其封印于此，亦是骷髅大军的所在地。
- “疯狂魔域” (Realm of Madness)：第一季中加滿都修炼出四条手臂之地。
- “诅咒魔域”(The Cursed Realm)：第四季中登场，罪大恶极之人被放逐之地，第五季中被尼雅摧毁。
- “云之国”(Cloud Kingdom)：第五季中登场。
- “神兽世界”(Chima)：乐高的另外一部动画系列《乐高神兽传奇》故事的发生地，于本作第五季中登场。
- “精灵国”(Djinjago)：第六季中登场，纳达可汗的出生地，与诅咒魔域连结，因诅咒魔域被毁而随之逐渐毁灭。
- “亡者之境”(The Departed Realm)：《魔咒幽灵的进击》中首度提及，后于第十一季中登场，是所有魔域之居民死后皆前往此地。
- “鬼与龙之魔域”(The Realm of Oni and Dragons)：第九季中登场，有史以来的第一个魔域，故又称作“第一魔域”(First Realm)，是龙族及猎龙部落的居住地，初代旋风忍术大师的出生地。
- “永不魔域”(Never Realm)：第十一季中登场，距离所有其他魔域皆非常遥远，且时间运作与其他魔域不同。
进出各魔域的方法：
- 龙：龙族具有任意进出各个魔域的能力。
- 火焰神庙：建于忍者国，可由此地通往地下世界。
- 旅行者之茶：“旅行者之树”的树叶制成的茶，可以开通前往除了永不魔域外任何魔域的通道。
- 克劳斯的咒语书：书中的咒语可召唤往诅咒魔域的通道。
- 魔域水晶：被守护在初代旋风忍术大师之墓中，可以开通前往除了亡灵之境外任何魔域的通道，于第十季中被摧毁。
- 盲者之眼：漂浮于忍者国高空中的风暴，可由此地通往腾云国。
- 鬼面具：聚集全部三个鬼面具（欺诈、复仇、憎恨）可召唤并复活亡灵之境中之死者，其中两者于第九季中被摧毁。
- 禁术卷轴：可将被击中之人传送至任意魔域，其中一把于第十一季中被摧毁。
- 永不魔域境内的“旅行者之树”的果实：可以开通前往任何魔域的通道。
- 旋风忍术道场（Monastery of Spinjitzu）
- 旋风忍者的基地，初代旋风忍术大师的家，是一座寺庙般的建筑，建在忍者国南部最高的不可能高度山脉的顶部。曾被用它来训练摩罗，和受催眠镜蛇族、纳达可汗、艾克尼斯、鬼族和水晶国王议会入侵而需要收复。
- 揭泰维亚监狱（Kryptarium）
- 监狱，包含一些最危险的囚犯。在伽玛当接管旋风忍者城之后，伽玛当之子却将其用作监禁任何反对伽玛当的人。第六季和最终季里忍者因被纳达可汗冒他们名义来捣乱、释放阿丝菲拉而曾被监禁于此。
由起始之境的龙、鬼族、黑暗岛主、初代旋风忍术大师加上其护卫及后代之元素大师使用并世代传承的能力，除了黄金、能源、创造、毁灭、黑暗等“元素精华”（Elemental essences）和火、电、土、冰四种“创世元素”（Elements of Creation）外亦包括水、风、光、影、金属、声音、形体、心灵、速度、琥珀(复制)、烟雾、剧毒、自然、重力、时间等各式各样的元素。
与元素力量有关：
- 黄金武器（Golden Weapons）
- 火焰之剑、闪电双节棍、冰之手里剑和地震镰刀是由第一任旋转术大师创造的一套强大的武器用于制造忍者城。四件黄金兵器融合在一起就成为了由四大元素和创造力量组成的超级兵器。被原忍者和胡大师摧毁后残骸终落在了彗星上，但被黑暗岛主派机械忍者去那里取回残骸熔化并重新变成了黄金盔甲，暂时摧毁黑暗岛主之后被赛勒斯·博格收藏在博格塔的地下室内。多年后，在鬼族入侵忍者国时，黄金盔甲被凯重铸为黄金武器用于在修道院与鬼战斗。几年后，黑暗岛主派出他的水晶国王议会来将它们从修道院中夺走并以水晶腐化成为毁灭武器（Weapons of Destruction），最终被忍者回收后恢复了纯粹的元素能量。
- 旋风忍术（Spinjitzu）
- 主要是忍者的技能，靠旋转身躯制造相应的元素龙卷风。
- 鬼族（Oni）
- 又名厄运的使者（Bringers of Doom），第一个邪恶族群，三个强大的鬼面具的创造者，使用毁灭元素力量，害怕黄金铠甲的力量。他们曾经居住在第一魔域中的禁区“鬼族之境”(Oni Land)。在第九季之前，幸存者离开了自己的魔域。在第九季末，被加滿都预言即将到来的鬼族被忍者在第十季打败。
- 龙（Dragon）
- 龙使用创造元素力量以对抗鬼族，代表正义的一族，具有任意进出各个魔域的能力。大部分的元素大师皆能召唤具有相应元素之力的龙作为坐骑。
与元素力量相克的物质：
- 复仇之石（Vengestone）：一种能使元素力量以及幽灵的力量失效的矿石，常被各路反派用以制作对付元素大师的工具和武器。初期外观与一般石头无异，第八季起增加萤光橘黄色纹路的特征。在第六季中寇利用他的第一个愿望使复仇之石的效能转变为增强他们的力量，但反而使力量失控。此逆转效能随着杰的最终愿望将纳达可汗被释放后的时间线消除而连带抹消。
- 计时钢(Chronosteel)：一种能够吸收元素力量的金属。陈大师的魔杖与时间双子的时光之刃皆为此种金属铸造而成。
- 元素法杖(Staff of Elements)：陈大师的魔杖，本体为计时钢制成，并在顶部装有一颗蓝色水晶，能够吸取元素力量。
- 时光之刃(Time Blades)：雷和玛雅以计时钢铸成的四把手套状的兵器。在吸取时间双子的元素力量后分别具有时间双子的元素能力。
- 巨灵之刃（Dijin Blade）：巨灵国的国王持有的武器，能够吸取他人的灵魂并将受害者的能力赋予其使用者。
- 龙骨刀（Dragonbone Blade）：飞龙盔甲的一部分，其刀刃由始祖龙的骨头磨制而成，能够吸收元素力量。
- 命运赏赐号（Destiny's_Bounty）
- 索托船长的旧帆船
- 武士X洞穴（Samurai_X_Cave）
- 由赤兰所建的基地
集数
| 季数 | 标题 | 集数 | 首播日期 | ||
|---|---|---|---|---|---|
| 首映 | 季终 | ||||
| 试播集 | 不适用 | 4 | 2011年1月14日 | ||
| 1 | 蛇族崛起 | 13 | 2011年12月2日 | 2012年4月11日 | |
| 2 | 最后一战 | 13 | 2012年7月18日 | 2012年11月21日 | |
| 3 | 重新启动 | 8 | 2014年1月29日 | 2014年11月26日 | |
| 4 | 元素擂台赛 | 10 | 2015年2月23日 | 2015年4月3日 | |
| 5 | 幽灵霸主 | 10 | 2015年6月29日 | 2015年7月10日 | |
| 6 | 天际飞行 | 10 | 2016年3月24日 | 2016年7月15日 | |
| 特辑：魔咒幽灵的进击 | 2016年10月29日 | ||||
| 7 | 时光之力 | 10 | 2017年5月15日 | 2017年5月26日 | |
| 8 | 加滿都之子 | 10 | 2018年4月16日 | 2018年5月25日 | |
| 9 | 狩猎行动 | 10 | 2018年8月11日 | 2018年8月25日 | |
| 10 | 鬼怪入侵 | 4 | 2019年4月19日 | 2019年4月19日 | |
| 11 | 禁忌忍术的秘密 | 30 | 2019年6月22日 | 2020年2月1日 | |
| 12 | 通关大作战 | 16 | 2020年7月19日 | 2020年8月30日 | |
| 13 | 胜利之路的抉择 | 16 | 2020年9月13日 | 2020年10月25日 | |
| 特辑 | 神秘岛屿 | 4 | 2021年3月7日 | 2021年3月14日 | |
| 14 | 航向大海 | 16 | 2021年4月4日 | 2021年4月30日 | |
| 15 | 水晶王国 | 30 | 2022年5月20日 | 2022年10月10日 | |
衍生非正史剧情
- 《陈大师》(Chen Mini-Movies)
- 共5集，以第四季反派角色陈大师为主角，讲述陈大师探索他暗藏机关的新椅子的各种功能。每一集的标题皆含有“椅子”（chair）一字的双关。
- 集数列表：1. Chen's New Chair · 2. Chair Play Chen · 3. Chair Up Chen · 4. Chairful What You Wish For · 5. Bad Chair Day
- 《吹牛大话》(Tall Tale Mini-Movies)
- 共6集，讲述第六季反派天空海贼团各成员加入海贼团的历程，但与动画中实际提及的情节有诸多出入而被视为非正史。
- 集数列表：1. The Tall Tale of Flintlocke · 2. The Tall Tale of Clancee · 3. The Tall Tale of Doubloon · 4. The Tall Tale of Dogshank · 5. The Tall Tale of Monkey Wretch · 6. The Tall Tale of Squiffy and Bucko
- 《吴大師的特制茶》(Wu's Teas Mini-Movies)
- 共20集，讲述吴大師于城市中开了一间茶店。
- 《旋风忍者：解码》(Ninjago: Decoded)
- 共10集，每集长度10分钟。这个系列是为了向电影粉丝介绍旋风忍者系列的前七季。
- 《旋风忍者十周年纪念短片》（Ninjago: Reimagined)
- 为了庆祝旋风忍者系列十周年而制作的原创短片，共5集，其中除了第五集为直接延续动画第七季最后一集的剧情且被官方确认为正史之外皆为非正史，且拥有不同于动画的独特画风与世界观。
- 集数列表：1. Golden Legend · 2. Gold Rush · 3. A Day in the Life of a Golden Ninja · 4. Sweatin’ to the Goldies · 5. Golden Hour
- 《旋风忍术的美德》（The Virtues of Spinjitzu）
- 共6集，讲述吴大師利用幻象使忍者们重新经历第十一季至《神秘岛屿》之间的各种冒险，并从中学会运用好奇心、平衡、智慧、诚实、慷慨、勇气等六项美德。
- 集数列表：1. Curiosity · 2. Balance · 3. Wisdom · 4. Honesty · 5. Generosity · 6. Courage
- 凯：火忍者(Kai: Ninja of Fire)
- 赞：赞者(Zane: Ninja of Ice)
- 寇：土忍者(Cole: Ninja of Earth)
- 杰：电忍者(Jay: Ninja of Lightning)
- 蛇族进攻！(Snake Attack!)
- 分散的小队(A Team Divided)
- 寻找赞(The Search for Zane)
- 突破重围(Breakout)
- 新的忍者(The New Ninja)
- 棕忍者传奇(Legend of the Brown Ninja)
- 忍者之道(Way of the Ninja)
- 旋风忍术大师(Masters of Spinjitzu)
- 黄金神器(The Golden Weapons)
- 蛇族的崛起(Rise of the Snakes)
- 忍者之途(A Ninja's Path)
- 海贼对决忍者(Pirates Vs. Ninja)
- 绿忍者(The Green Ninja)
- 机械忍者的攻击(Attack of the Nindroids)
- 科技反攻！(Techno Strike!)
- 钛忍者(The Titanium Ninja)
- 救援任务(The Rescue Mission)
- 忍者对决忍者(Ninja vs. Ninja)
- 谍对谍(Spy vs. Spy)
- 寻找水晶(The Quest for the Crystal)
- 巨灵的回归(Return of the Djinn)
- 萨幕卡的挑战(The Challenge of Samukai)
- 师傅的面罩(Mask of the Sensei)
- 蛇族的崛起(Rise of the Serpentine)
- 红蛇族之墓(Tomb of the Fangpyre)
- 蛇族王国(Kingdom of the Snakes)
- 石头兵(Warriors of Stone)
- 冷酷如石(Stone Cold)
- 毁灭的命运(Destiny of Doom)
- 机械忍者之夜(Night of the Nindroids)
- 谁是幽灵忍者？(Who is The Phantom Ninja?)
- 彗星危机(Comet Crisis)
- 《乐高对战：旋风忍者》(Lego Battles: Ninjago)
- 《机械忍者》(Nindroids)
- 《罗南的阴影》(Shadow of Ronin)
- Enter the Ninjago
- The Master
- Shark E. Shark in "Which Way To The Ocean?"
- Zane's Stand Up Promo
参考文献
外部链接
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