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黑头鱼科（学名：Alepocephalidae）为辐鳍鱼纲黑头鱼目的一科，主要生活于深海。
黑头鱼科其下分18个属[1]，如下： }}
也称作平头鱼属。
- 大眼黑头鱼 Alepocephalus agassizii ：又称大眼平头鱼
- 安氏黑头鱼 Alepocephalus andersoni ：又称安氏平头鱼
- 反足黑头鱼 Alepocephalus antipodianus ：又称反足平头鱼
- 糙体黑头鱼 Alepocephalus asperifrons ：又称糙体平头鱼
- 澳洲黑头鱼 Alepocephalus australis ：又称澳洲平头鱼
- 贝氏黑头鱼 Alepocephalus bairdii ：又称贝氏平头鱼
- 双色黑头鱼 Alepocephalus bicolor ：又称双色平头鱼
- 布氏黑头鱼 Alepocephalus blanfordii ：又称布氏平头鱼
- 小齿黑头鱼 Alepocephalus dentifer ：又称小齿平头鱼
- 底黑头鱼 Alepocephalus fundulus ：又称底平头鱼
- 长鳍黑头鱼 Alepocephalus longiceps ：又称长鳍平头鱼
- 长吻黑头鱼 Alepocephalus longirostris ：又称长吻平头鱼
- 暗色黑头鱼 Alepocephalus melas ：又称暗色平头鱼
- 欧氏黑头鱼 Alepocephalus owstoni ：又称欧氏平头鱼
- 太平洋黑头鱼 Alepocephalus planifrons ：又称太平洋平头鱼
- 阿根廷黑头鱼 Alepocephalus productus ：又称阿根廷平头鱼
- 钩鼻黑头鱼 Alepocephalus rostratus ：又称钩鼻平头鱼
- 特内黑头鱼 Alepocephalus tenebrosus ：又称特内平头鱼
- 尖吻黑头鱼 Alepocephalus triangularis ：又称尖吻平头鱼
- 暗首黑头鱼 Alepocephalus umbriceps ：又称暗首平头鱼
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也称作管口平头鱼属。
- 阿拉伯海管口黑头鱼 Aulastomatomorpha phospherops ：又称阿拉伯海管口平头鱼。
也称作巴杰加州平头鱼属。
- 赤道巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia aequatoris ：又称赤道巴杰加州平头鱼。
- 网鳞巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia arcylepis ：又称网鳞巴杰加州平头鱼。
- 伯氏巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia burragei ：又称伯氏巴杰加州平头鱼。
- 亚丁湾巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia calcarata ：又称亚丁湾巴杰加州平头鱼。
- 北海道巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia erimoensis ：又称北海道巴杰加州平头鱼。
- 大眼巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia megalops ：又称大眼巴杰加州平头鱼。
- 大口巴杰加州黑头鱼 Bajacalifornia microstoma ：又称大口巴杰加州平头鱼。
也称作深海锯平头鱼属。
- 深海锯黑头鱼 Bathyprion danae ：又称深海锯平头鱼。
- 短头渊眼鱼 Bathytroctes breviceps
- 秀美渊眼鱼 Bathytroctes elegans
- 中东太平洋渊眼鱼 Bathytroctes inspector
- 大颔渊眼鱼 Bathytroctes macrognathus
- 小唇渊眼鱼 Bathytroctes macrolepis
- 葡萄牙渊眼鱼 Bathytroctes michaelsarsi
- 小鳞渊眼鱼 Bathytroctes microlepis
- 寡鳞渊眼鱼 Bathytroctes oligolepis
- 帕氏渊眼鱼 Bathytroctes pappenheimi
- 鳞头渊眼鱼 Bathytroctes squamosus
- 朱氏渊眼鱼 Bathytroctes zugmayeri
也称作依氏平头鱼属。
也称作细皮平头鱼属。
也称作异颔平头鱼属。
- 诺氏异颔黑头鱼 Mirognathus normani ：又称异颔平头鱼。
- 坚鳍柱光鱼 Photostylus pycnopterus
- 墨西哥湾锉栉平头鱼 Rinoctes nasutus
- 安的列斯塔氏鱼 Talismania antillarum
- 智利塔氏鱼 Talismania aphos
- 双叉塔氏鱼 Talismania bifurcata
- 短头塔氏鱼 Talismania brachycephala
- 布氏塔氏鱼 Talismania bussingi
- 丝鳍塔氏鱼 Talismania filamentosa
- 等鳍塔氏鱼 Talismania homoptera
- 柯托塔氏鱼 Talismania kotlyari
- 丝尾塔氏鱼 Talismania longifilis
- 大西洋塔氏鱼 Talismania mekistonema
- 冲绳塔氏鱼 Talismania okinawensis
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