本列表记载由日下秀宪原作、真斗（前期）和山本智（现任）作画，改编自《宝可梦》电玩系列的漫画《宝可梦特别篇》中登场的人物。
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图鉴持有人（各章主角）
“图鉴持有人”是指由各地区的宝可梦权威博士经由直接或因缘际会下获得认可而被授予“宝可梦图鉴”的训练家，同时也是本作的主角群。
截自第十五章，一共有二十三位图鉴持有人，并且根据其主要来自的地区和持有的图鉴版本，可分为八组。
- 小智（赤红）[1]（レッド，Red，红）
- 第一章和第五章的主角，本作的代表主角。居住于关都地区的真新镇，是一位热爱神奇宝贝的开朗少年，立志成为最强的神奇宝贝训练师，从大木博士那取得神奇宝贝图鉴。个性天然大而化之，初期有些鲁莽，后逐步成长。
- 在第一章中他与小茂小蓝联手对抗火箭队并将其瓦解。持有关都地区的七枚道馆徽章（虽然打赢坂木但未取得徽章）。之后参加石英高原的第九届神奇宝贝联盟赛并获得优胜。
- 在第二章接到关都四天王的挑战书前去应战后行踪不明，后来协助小洛对抗他们。
- 其后在第三章为了治疗在四天王之战中遭到冻伤的手而前往白银山温泉疗伤。后来与小茂小蓝一同骑乘三神鸟对抗凤王和洛奇亚，随后与阿金等人会合一同对抗戴面具的男子。
- 之后在第五章前往七之岛，并对抗重新复活的火箭队及被利用的代欧奇希斯，不过却在结尾遭到三兽士沙奇派出的神秘神奇宝贝与超梦使出的绝招对撞波及，而与小茂、小蓝、小洛、阿银一同被石化。
- 后在第六章得到幻之神奇宝贝基拉祈的帮助解除石化，并协助米拉特等人对抗铠甲男。
- 在第十三章中再度出现，为追击从正辉那强行夺走红蓝宝珠碎片的犯人而与小蓝来到丰缘地区，并揭示其已习得百万进化，能令妙蛙花百万进化。之后与众人协助防止巨大陨石碎片坠落。
- 由于其擅长神奇宝贝对战，在第三章被大木博士给予称号“战斗者”。
- 人物蓝本来自于电玩红、绿、蓝、皮卡丘版及火红、叶绿版男主角。生日是8月8日[2]（狮子座）。
- 年龄：第一章11岁→第二章13岁→第三章14岁→第五章、第六章16岁→第十三章20岁
- 持有的神奇宝贝：
| 小智（赤红）所持有的神奇宝贝 | |||
|---|---|---|---|
| 昵称 | 性别 | 宝可梦 | 备注 |
| 妙蛙 | ♂ | 妙蛙种子 → 妙蛙草 → 妙蛙花 （超级妙蛙花） |
大木博士赠与的神奇宝贝。 于第五章习得草系究极技疯狂植物。 于第十三章揭示其已习得百万进化。 |
| 快泳 | ♂ | 蚊香蝌蚪 → 蚊香蛙 → 快泳蛙 | 小智的第一只神奇宝贝 |
| 皮卡 | ♂ | 皮卡丘 | 小智在尼比市收服的神奇宝贝，后成为小智的得力干将。 另外亦数次充当小洛队的成员。 于第六章揭示其已习得电系究极技伏特攻击。 |
| 皮卡 | ♂ | 暴鲤龙 | 小智拿大钳蟹和小霞交换来的神奇宝贝。 |
| 卡比 | ♂ | 卡比兽 | 小智在单车比赛中收服的神奇宝贝。 |
| 翼龙 | ♂ | 化石翼龙 | 小智在红莲镇使用夏伯研究所的仪器后，从神秘琥珀中复活过来的。 牠的出现补齐了小智在空中战的不足之处。 |
| 小布 | ♂ | 伊布→太阳精灵 | 原为火箭队的实验对象，后被小智在野外收服。 拥有根据对战需求转换水、电、火三种属性的能力。 最初只能不受控制地转换，直到第二章中小智利用枯叶港能反复使用的进化之石后，才稳定此项能力。 在第三章进化成太阳精灵后就不具备此项能力。 |
- 小茂（青绿）（グリーン，Green，绿）
- 全名：大木 茂（オーキド グリーン）
- 赤红最好的朋友也是永远的劲敌，个性冷静沉着，是大木博士的孙子。初期与小智性格不合，不过在经过几次磨合之后逐渐认同小智。小时候曾在城都地区留学过一段时间，似乎也曾到过卡洛斯地区留学。曾在第九届石英高原的神奇宝贝联盟赛中获得准优胜（第二名）。
- 在第三章中由于小智为治疗手放弃道馆馆主的考试，而由他代替接任常磐市的道馆馆主。在联盟赛的道馆馆主示范赛中对上自己在城都地区的师父阿四。之后与小智一同前往桐树林协助对抗戴面具的男子。
- 后来在第五章与小智一同前往七之岛，并对抗重新复活的火箭队，但在结尾遭到石化。之后在第六章得到基拉祈的帮助解除石化，并协助米拉特等人对抗铠甲男。在第六章结束后与阿银前去寻找坂木未果，将自己进化成功的超铁暴龙暂时借给阿银补充战力。
- 在第十二章中再度出现并造访卡洛斯地区，协助艾克斯和华依等人对抗闪焰队，同时揭示其已从百万进化大师可可布尔那习得百万进化，能令喷火龙百万进化。与卡洛斯地区的冠军卡露乃为旧识。
- 由于其擅长培育神奇宝贝，在第三章被大木博士给予称号“培育者”。
- 人物蓝本来自于电玩红、绿、蓝、皮卡丘版及火红、叶绿版劲敌。生日是11月22日（天蝎座）。
- 年龄：第一章11岁→第二章13岁→第三章14岁→第五章、第六章16岁
- 持有的神奇宝贝：
| 小茂（青绿）所持有的神奇宝贝 | |||
|---|---|---|---|
| 昵称 | 性别 | 宝可梦 | 备注 |
| 喷火龙 | ♂ | 小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 （超级喷火龙Y） |
从爷爷大木博士那取得的神奇宝贝。 于第五章习得火系究极技爆炸燃烧。 于第十二章揭示其已习得百万进化。 |
| 巨钳螳螂 | ♂ | 飞天螳螂 → 巨钳螳螂 | 小茂的第一只神奇宝贝。 |
| 3D龙Ⅱ | ♂ | 3D龙 → 3D龙Ⅱ | 小茂于彩虹市游乐中心获得的神奇宝贝。 |
| 哥达鸭 | ♂ | 哥达鸭 | 一开始就有的神奇宝贝。 |
| 怪力 | ♂ | 豪力 → 怪力 | |
| 超铁暴龙 | ♂ | 铁甲暴龙 → 超铁暴龙 | |
| 小茂（青绿）放在道馆的神奇宝贝 | |||
| 昵称 | 性别 | 宝可梦 | 备注 |
| 九尾 | ♂ | 九尾 | |
| 比雕 | ♂ | 比雕 | |
| 椰蛋树 | ♂ | 椰蛋树 | |
| 胡地 | ♂ | 胡地 | |
| 风速狗 | ♂ | 风速狗 | |
- 小蓝（ブルー，Blue，蓝）
- 第一章和第五章的女主角，真新镇出生的少女，在五岁时曾被戴面具的男子用凤王抓走，后与同被抓的阿银一起逃出来。个性机智、有点容易得意忘形。初期为求生存经常四处招摇撞骗，后在大木博士的感化下决定改过自新，并获得图鉴。曾在第九届石英高原的神奇宝贝联盟赛中获得季军（因大木博士弃权）。
- 第二章中因偶然见识到小洛的特殊能力及其与小智的渊源，而担任将其推上旅程的幕后推手。
- 由于曾被凤王抓走的关系，十分害怕鸟神奇宝贝，不过在第三章克服了此项弱点，还特地去捕捉传说中的三只鸟神奇宝贝－急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟，并联合小智小茂对抗戴面具的男子手下及凤王和洛奇亚。
- 原本是穿着黑色连身裙，于第五章换上全新的服装（即电玩火红、叶绿版女主角人设）。为了与多年不见的父母重聚而前往七之岛，但遭到神秘神奇宝贝代欧奇希斯袭击，之后与小智等人一同对抗重新复活的火箭队，但在结尾遭到石化。之后在第六章得到基拉祈的帮助解除石化，并协助米拉特等人对抗铠甲男。
- 在第十三章中再度出现，与小智一同来到丰缘地区，并揭示其已习得百万进化，能令水箭龟百万进化。之后与众人协助防止巨大陨石碎片坠落。
- 由于其熟知神奇宝贝进化的相关知识，在第三章被大木博士给予称号“变化者”（与阿银的“交换者”日文同音不同字）。
- 人物蓝本来自于初代游戏宣传插画角色及电玩火红、叶绿版女主角。生日是6月1日（双子座）。
- 年龄：第一章11岁→第二章13岁→第三章14岁→第五章16岁→第六章17岁[3]→第十三章20岁
- 持有的神奇宝贝：
- 小洛（イエロー，Yellow，黄）
- 全名：洛·蒂·常磐葛洛芙（イエロー・デ・トキワグローブ，Yellow de Tokiwa Grove，即常磐森林的小洛之意）
- 第二章的主角，是个有很长马尾的女生。在常磐森林出生，继承了常磐森林所赐予的特殊能力（可用“气”读取神奇宝贝的心灵，也可以治愈神奇宝贝），这个能力每十年传承一次（另外也有传承给渡等人）。此外亦有轻微的念动能力，及让神奇宝贝的等级随着气场提升（小茂训练的）。
- 曾经在常磐森林迷路被小智所救，从而对小智产生好感跟爱慕的心，后在第二章听从小蓝的指示，出发寻找失踪的小智。为了在旅途中不被人轻视，因此小蓝叫她戴上草帽来掩饰她真正的性别。不擅长收服神奇宝贝，也并不喜欢让神奇宝贝战斗与进化。使用特殊能力后容易打瞌睡。兴趣是画画和钓鱼。
- 在第三章与叔叔一同前往城都地区调查有关神秘的巨大鸟神奇宝贝的情报，后在一次偶然下唤醒了沉睡在烧焦塔里的传说神奇宝贝－雷公、炎帝和水君。之后在桐树林与其他人会合一同对抗戴面具的男子。
- 在第五章时与阿银在常磐市相遇，透过读取纽拉的心意外得知阿银的父亲就是坂木这件事。结尾时获得小智的旧图鉴而成为关都、城都地区的第七位真正图鉴持有人，但随后并遭到石化。之后在第六章得到基拉祈的帮助解除石化，并协助米拉特等人对抗铠甲男。
- 由于其拥有治愈神奇宝贝的特殊能力，在第三章被大木博士给予称号“治愈者”。
- 小洛为特别篇的原创人物，也被视为是该系列除小智外最具代表性的角色。生日是3月3日[4]（双鱼座）。
- 年龄：第二章11岁→第三章12岁→第五章14岁→第六章15岁
- 阿金（ゴールド，Gold，金）
- 第三章和第九章的主角，与妈妈居住于若叶镇，家里住着很多神奇宝贝，和牠们如同家人般的生活在一起，被若叶镇的人称为“神奇宝贝少年”。个性草率又冒失，但是爱护神奇宝贝的心却不输给其他人。兴趣是台球、滑板和听小胡桃的广播节目。喜欢替他人取一些绰号（例如称克丽丝为“班级股长”），不过对前辈却十分敬重。
- 在第三章为了追逐偶然于空木博士的研究所交手的阿银而出发旅行，后来遭遇了神秘的敌人戴面具的男子，与阿银被其打败甚至一度行踪不明。之后与克丽丝前往石英高原的神奇宝贝联盟会场阻止戴面具的男子的计划，后战场转移自桐树林，最后在“时间的缝隙”中让皮丘使出“超雷神闪电”粉碎了戴面具的男子的计划。在结尾与小智一同上白银山修行。
- 其后在第六章里与克丽丝受命协助解除小智等五位图鉴拥有人的石化。
- 第九章受大木博士之托向渡调查有关创造神奇宝贝－阿尔宙斯的事，并阻止火箭队四将军的阴谋。由于长期沦为候补而与阿金有些心结的波克比波克太郎，也在这场事件中打破心结并连续进化为波克基斯。
- 由于其拥有孵化出颇具潜力的神奇宝贝的特殊能力，在第三章被大木博士给予称号“孵化者”。
- 人物蓝本来自于电玩 金、银、水晶版及心金、魂银版男主角。生日是7月21日（巨蟹座）。
- 年龄：第三章11岁→第六章13岁→第九章16岁
- 持有的神奇宝贝：
- 阿银（シルバー，Silver，银）
- 阿金的劲敌，小时候曾被戴面具男子抓走，后和小蓝一起逃离，之后并一直从旁协助小蓝，查出事情的真相。个性冷静不多话，战斗实力深不可测。从空木博士那偷走小锯鳄，也从大木博士那偷走一个新图鉴。
- 在第三章中曾与阿金被戴面具的男子打败，并一度行踪不明。他为了获取戴面具的男子情报，还曾根据渡的指示行事。之后前往桐树林对抗戴面具的男子及其手下。
- 在第五章中揭示其为火箭队首领坂木的儿子，最初阿银无法接受，但后因其将自己从火场中救出而令他态度软化，但因坂木昏迷而未能彼此相认，最后在结尾中遭到石化。之后在第六章得到基拉祈的帮助解除石化，并协助米拉特等人对抗铠甲男。
- 后在第九章追查有关火箭队残党活跃的消息，并得知了关于阿尔宙斯及其“板块”的情报，之后与阿金和克丽丝一同阻止火箭队四将军的阴谋，也意外与父亲再度重逢相认。不过因为坂木仍下定决心要重组火箭队，而令阿银也决定要以击败火箭队为目标变强。虽然平时看似严肃，但意外也有着对机器人动画“陶力纳Ω”着迷的一面。
- 由于其熟知神奇宝贝交换进化的相关知识，在第三章被大木博士给予称号“交换者”（与小蓝的“变化者”日文同音不同字）。曾经帮助小茂找出铁甲暴龙进化的方法。
- 人物蓝本来自于电玩 金、银、水晶版及心金、魂银版劲敌。生日是12月24日（摩羯座）。
- 年龄：第三章11岁→第五章、第六章13岁→第九章16岁
- 持有的神奇宝贝：
- 克丽丝塔儿（クリスタル，Crystal，水晶）
- 第三章和第九章的女主角，昵称克丽丝（クリス，Crys），是大木博士为了完成图鉴内容找来的捕获专家。擅长使用各式各样的宝贝球，其实力甚至被传说神奇宝贝水君所肯定，除了手之外亦擅长使用脚来捕获神奇宝贝。其捕获技巧是由妈妈所训练，并曾在擂钵山上独自进行特训。
- 性格认真，做事一板一眼，因此常被阿金调侃是“超级认真派班级股长”。常在神奇宝贝学园担任义工带小朋友，从大木博士那赚来的钱几乎都捐给了学园。
- 在第三章中接下大木博士完成图鉴的委托，之后与阿金一同潜入石英高原的神奇宝贝联盟会场调查戴面具的男子情报。于结尾时完成了前两百五十种神奇宝贝的图鉴资料，并代替奈奈美在大木博士身旁当助手。
- 后来在第六章里与阿金受命协助解除小智等五位图鉴拥有人的石化。
- 在第九章中因为妈妈的喜好换上心金、魂银版的服装，意外与阿银相遇，并卷入阿尔宙斯事件。她一度试图捕获阿尔宙斯，虽然失败告终，不过也让阿尔宙斯短暂的对人类敞开心扉。最后与阿金和阿银一同对抗火箭队四将军。
- 由于其擅长收服神奇宝贝，在第三章被大木博士给予称号“收服者”。
- 人物蓝本来自于电玩水晶版及心金、魂银版女主角。生日是4月30日（金牛座）。
- 年龄：第三章11岁→第六章14岁→第九章16岁
- 路比（ルビー，Ruby，红宝石）
- 第四章和第十三章的主角，橙华道馆馆主千里的儿子，刚从城都地区搬到丰缘地区，为了称霸华丽大赛而离家出走，后与莎菲雅相遇，两人应理念不同而争执，最后决定约定八十天内看谁先达到目标。虽然很着重外表，但其隐藏的战斗力亦不可小觑，此外具有看透神奇宝贝性格的能力。于第四章结尾成功称霸丰缘地区的华丽大赛所有项目。
- 起初路比极力排斥对战在他人面前表现自己的实力，但后来在被莎菲雅质问自己为何要变强，以及因自己一时迁怒而令其神奇宝贝笨笨鱼伤心离去后终于想通了，于是协助莎菲雅对抗火岩队及水舰队。
- 后来揭示路比极力排斥对战的原因是因其小时候曾与一名玩伴女孩遭到暴蝾螈袭击，当时路比虽然指挥神奇宝贝击退了暴蝾螈，但因其受了重伤而令玩伴女孩吓坏了，使得他产生了阴影，直到最终决战前一刻，他才终于从莎菲雅无意间透漏的表白中得知她就是当年那个女孩。
- 在第四章最后被揭示持有幻之神奇宝贝雪拉比，雪拉比将控制超古代神奇宝贝的两颗宝珠粉碎后，将昏迷的路比与莎菲雅送往了全员平安的时空（本来有一些人在决战中死掉了）。
- 之后在第六章，他和莎菲雅一同前往丰缘的对战开拓区参加小光表姐的婚礼，随后与米拉特会合，协助其保护基拉祈及对抗铠甲男。
- 在第十三章和米拉特从大吾那得知巨大陨石即将毁灭星球的事，起初为了不让莎菲雅担心而刻意隐瞒，但后来在诚实面对自己的心意及莎菲雅的感受后决定告诉她实情，和她一同面对巨大陨石的危机。最后还和莎菲雅一同上太空百万进化裂空坐。
- 其师父为馆主米可利，和路比一样热衷于华丽大赛，并且也是这方面的高手。另外由于其战斗的潜力，也被丰缘地区的冠军大吾及火岩队的女干部篝火给看上过。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“魅力者”，代表其擅长华丽大赛引发神奇宝贝的魅力。
- 人物蓝本来自于电玩红宝石、蓝宝石、绿宝石版及终极红宝石、始源蓝宝石版男主角。生日是7月2日（巨蟹座）。
- 年龄：第四章11岁→第六章12岁→第十三章15岁
- 持有的神奇宝贝：
- 莎菲雅（サファイア，Sapphire，蓝宝石）
- 全名：小田卷 莎菲雅（オダマキ サファイア）
- 第四章和第十三章的女主角，小田卷博士的女儿，看似十分野性化，其实原先是个温柔的少女，但因过去的事件使得她改变自己，以称霸丰缘地区的道馆为目标和路比定下为期八十天的约定而踏上旅程。在旅途中被卷入火岩队与水舰队的争斗所引起的动乱，后与路比协助平息丰缘地区的两只超古代神奇宝贝的争斗。拥有洞悉大自然的力量及判定神奇宝贝状态的能力。于第四章结尾成功称霸丰缘地区的道馆，持有八枚道馆徽章。
- 多次与路比的相处而渐渐对他产生好感，在最终决战前向他告白，不过她却不知道，路比其实就是小时候保护她的那个男孩，直到路比为了不让她参战将她锁进车内，她才明白这一切。
- 在第六章与路比一同前往对战开拓区参加小光表姐的婚礼，并协助米拉特保护基拉祈和对抗铠甲男。
- 后来在第十三章受大吾邀约与米拉特接受百万进化的特训，不过由于路比刻意隐瞒的关系，她并不知道这其实是为了阻止巨大陨石撞击星球所做的准备，之后才从彼岸口中得知真相，一度震惊勾起不愉快的回忆导致无法说话，直到后来路比坦然地向她道歉希望能与她共同并肩作战，以及受到路比遭到彼岸的暴蝾螈击坠的刺激，才终于又能说话。最后还和路比一同上太空百万进化裂空坐。
- 其师父为馆主娜琪，同时亦是米可利的情人。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“探究者”，代表其追求实力变强的特质。
- 人物蓝本来自于电玩红宝石、蓝宝石、绿宝石版及终极红宝石、始源蓝宝石版女主角。生日是9月20日（处女座）。
- 年龄：第四章10岁→第六章11岁→第十三章15岁
- 持有的神奇宝贝：
- 米拉特（エメラルド，Emerald，绿宝石）
- 第六章的主角，是一名孤儿，由于其矮小的外型而经常受到他人嘲笑，后来在一次偶然的情况下见到了在神奇宝贝学园打工的克丽丝捕获神奇宝贝解除危机的情景，对其产生敬佩之心，而向大木博士自荐成为图鉴持有人，不过最初他并未马上取得图鉴，后来才辗转得到图鉴。
- 在第六章中受到大木博士委托前往丰缘地区的对战开拓区寻找有关基拉祈的情报，并顺便挑战对战开拓区。有能在一瞬间看出神奇宝贝的出生地的本领，并且用身上搜集来的不同地点的土令神奇宝贝冷静下来的特技。其额头上的“绿宝石”是原先神奇宝贝协会打算人工制造作为控制裂空坐的媒介－“翠色宝珠”。
- 他一开始极度排斥神奇宝贝，并且声称喜欢的不是神奇宝贝，而是神奇宝贝对战，甚至一度为此不愿与赶来协助的路比与莎菲雅合作，后来才揭示原来是其童年的成长背景，令他不想伤害神奇宝贝，才不愿与其有所接触，在他将其过往说出来后，也终于敞开心胸接触神奇宝贝。于第六章结尾成功称霸丰缘对战开拓区，持有七枚象征。
- 由于其矮小的外型，在一开始他还委托机关大师替他制作一些机关，令他看起来与一般人的高度差不多，并且还特意将头发竖起来以掩盖自卑心，使得他的造型看起来十分特别。直到第十三章，才终于不再掩饰其外型，并且也将头发放下来。
- 在第十三章与莎菲雅一同接受百万进化的特训，虽然一开始并知道巨大陨石的事，但还是帮着路比瞒着莎菲雅这件事。之后在整个事件经历了一番波折之后，他说服了彼岸与得文公司等人和解并互相合作，防止巨大陨石坠落。
- 与传说神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯兄妹是好朋友，并被牠们昵称为拉特（ラルド，Rald）。另外他在第十三章中也常和幻之神奇宝贝胡帕互动。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“镇平者”，代表其能透过神奇宝贝的“故乡土”来抚平神奇宝贝的特殊能力。
- 米拉特为特别篇的原创人物，也有一说他是根据绿宝石版的对战开拓区主角收的能取名字的徒弟。生日是5月31日（双子座）。
- 年龄：第六章11岁→第十三章14岁
- 戴亚蒙德（ダイヤモンド，Diamond，钻石）
- 第七章的主角，昵称戴亚（ダイヤ，Dia），虽然作为男主角，却少见一般男主角的气质，取而代之的是天真可爱的气质。做事虽然很慢，但遇到麻烦却会表现出冷静的一面。他和帕尔一起成长，两个人感情很好，虽然帕尔时常吐嘈他，但他知道其实帕尔关心他、帮助他很多，所以他十分珍惜和帕尔的友谊。他与帕尔一直很向往搞笑大师皮皮大师和胖丁老师，因此经常练习与神奇宝贝相关的搞笑相声表演。
- 在第七章一开始他与帕尔阴错阳差拿错了信件，成了正要前往天冠山旅行的大小姐普兰汀娜的保镖，不过随着短短几个礼拜的相处三人的感情也越来越好。虽然在中途戴亚即看出事态有些端倪，但为仍和大家一起旅行而未说破。
- 随后被卷入银河队事件，三人为了阻止其阴谋而决定分开行动前往目标的三大湖，戴亚来到心齐湖阻止银河队捕捉传说神奇宝贝艾姆利多但失败。之后潜入银河队总部，与帕尔和普兰汀娜会合后解放三湖神，并前往天冠山阻止其计划。
- 之后在第八章与帕尔、足迹博士和神奥地区的神奇宝贝协会理事长一同调查银河队研究员冥王的笔记本上所记载的神奇宝贝，还与电离子神奇宝贝洛托姆结为朋友。虽然遭到冥王操控的传说神奇宝贝骑拉帝纳的攻击，但被传送至“崩溃的世界”（毁坏的世界）幸免于难，接着遇到银河队首领赤日，成功说服已经动摇的赤日。随后与帕尔、普兰汀娜等人一同阻止冥王想操控众传说与幻之神奇宝贝的的阴谋。
- 他非常爱吃东西，胃口很好，前半段旅行中食物几乎从不离手，却不见长胖，此外也很会料理。他也非常喜欢机器人动画“陶力纳Ω”，随身携带相关书籍及玩具机器人，能记住其内容细节及对主题曲嚷嚷上口。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“感受者”，代表其圆润情感的特质及对应感情神奇宝贝－艾姆利多。
- 人物蓝本来自于电玩钻石、珍珠、白金版男主角。生日是4月4日（牡羊座）。
- 年龄：第七章、第八章12岁
- 帕尔（パール，Pearl，珍珠）
- 戴亚的儿时玩伴，聪明、机灵而且元气十足的他和同伴戴亚形成鲜明对比，虽然帕尔经常吐嘈戴亚，有时也会表现得过于急躁，但他十分珍惜与戴亚的友谊。在与戴亚的搞笑表演中，帕尔一般是吐嘈。虽然爸爸自小较少在家，但仍接受了爸爸的一些熏陶，具有幽默的性格，并且还会自己写剧本。拥有能看透神奇宝贝即将使出的绝招的观察能力。
- 在第七章与戴亚阴错阳差成了大小姐普兰汀娜的保镖，在帷幕市遇见两保镖才知道事情真相，但两保镖却遭到银河队的反物质武器攻击而消失，因此和戴亚决定继续代为护送普兰汀娜。
- 在普兰汀娜也得知真相后，三人决定分开前往银河队目标的三座湖，帕尔前往立志湖阻止银河队捕捉传说神奇宝贝亚克诺姆但失败。随后被道馆馆主吉宪收为徒，进行特训并完成其队伍。之后闯入银河队总部与戴亚和普兰汀娜会和一同解放三湖神，并前往天冠山阻止其计划。
- 后来在八章与戴亚、足迹博士和神奥的神奇宝贝协会理事长一同调查冥王的笔记本上所记载的神奇宝贝，之后加入了与冥王和骑拉帝纳的对决中，成功阻止冥王的野心。
- 其父亲为桄榔，是神奥地区的对战开拓区的对战塔大君。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“立志者”，代表其坚强意志的特质及对应意志神奇宝贝－亚克诺姆。
- 人物蓝本来自于电玩钻石、珍珠、白金版劲敌。生日是6月6日（双子座）。
- 年龄：第七章、第八章12岁
- 普兰汀娜[5]（プラチナ，Platinum，白金）
- 全名：普兰汀娜·贝尔里慈（プラチナ・ベルリッツ，Platinum Berlitz）
- 第七章的女主角和第八章的主角，在本名公布前以大小姐代称，出身神奥地区的学界名门“贝尔里慈家族”，言行举止及气质都符合千金小姐的感觉。在踏上旅途前，曾与父亲担任过山梨博士的助手，在家平均每天读数个小时的书，所以学识丰富，但在外并无多少实际经验，也因此凡事都想亲自体验。
- 在第七章一开始误将戴亚与帕尔当成保镖，及被两人误当为导游小姐而与他们踏上前往天冠山搜集制造家徽材料的旅途，虽然一开始只将戴亚和帕尔当作保镖对待，但随着感情的增加渐渐的成了朋友。为了体验打道馆而在旅行过程中挑战各个道馆馆主并获得徽章，在不经意的情形下创下二十五天内收集完六枚徽章的纪录。
- 后来被卷入银河队事件，虽然对戴亚和帕尔隐瞒他们不是真的保镖的真相感到震惊，但随后并重新振作和好。三人分头行动前往三大湖，普兰汀娜前往睿智湖与两馆主阻止银河队捕捉传说神奇宝贝由克希但失败。之后闯入银河队总部与戴亚和帕尔解放三湖神，但为了顺利解放三湖神而将神奇宝贝图鉴交给了反派。最后于天冠山解决事件。
- 第八章再度与戴亚和帕尔分开，和国际刑警大帅一起在神奥对战开拓区调查银河队与“崩溃的世界”（毁坏的世界）情报，为了接近掌管各设施的开拓之脑，一边挑战一边调查。之后进入“崩溃的世界”与戴亚和帕尔会合一同阻止冥王的野心，也寻回了先前受到银河队反物质武器攻击而迷失在异空间中的保镖。随后三人也从反派手中取回图鉴。
- 在神奇宝贝对战方面拥有亮眼的成绩，不仅持有神奥地区的八枚徽章、缘之市的超级华丽大赛赢得优胜、还集齐了神奥对战开拓区的五枚纪念印花。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其称号为“知晓者”，代表其丰富知识的特质及对应知识神奇宝贝－由克希。
- 人物蓝本来自于电玩钻石、珍珠、白金版女主角。生日是10月27日（天蝎座）。
- 年龄：第七章、第八章12岁[6]
- 布莱克（ブラック，Black，黑）
- 第十章的主角，目标称霸神奇宝贝联盟。从小并对神奇宝贝对战十分感兴趣，亲自调查与神奇宝贝对战有关的所有资料，在得知神奇宝贝联盟后立志要打败四天王与冠军，为了能出发旅行努力吸引博士注意征求成为图鉴持有人。思考灵敏且擅长分析，但由于大脑被称霸联盟的梦想占据而无法集中注意力，为此当布莱克需要冷静思考的时候会以食梦幻吸光梦想来让大脑净空，再将眼前的一切资讯分析来推理出答案。也经常会以呐喊的方式来作为梦想宣言和鼓舞。
- 因缘下与BW艺能公司社长怀特相遇，因一场意外不小心弄坏了拍摄器材，但怀特出面愿意代负赔偿责任，条件是要布莱克在还清债务前加入BW艺能公司，两人从此一起行动。旅程中与等离子队多次冲突，对他们否定人们与神奇宝贝间羁绊的“理想”不能认同，之后在与怀特分离后决意协助道馆馆主对抗等离子队。七宝博物馆一战后被传说神奇宝贝雷希拉姆化作的光明石所选上，被夏卡期许能成为合众地方的“真实”，但本人却对此感到迷惑甚至畏惧可能因此无法参与联盟赛。
- 之后在与等离子队的王N的一场对决中因为误解食梦幻离自己而去而大受打击，但在其神奇宝贝的打气下重新振作，并成功取得八枚徽章进入联盟赛，于联盟赛中胜出。随后成功复苏雷希拉姆与等离子队展开决战，最终击败了N与捷克罗姆，双方也对彼此的理念有一定的理解。虽然瓦解了等离子队的阴谋，但却遭到等离子队的实际首领魁奇思斯突袭，使得布莱克与正要转换回光明石的雷希拉姆一同被吸入石内，最后在怀特的面前飞向远方，就此失踪。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其与怀特的称号为“梦想者”，代表其追求梦想的特质。
- 人物蓝本来自于电玩黑、白版男主角。生日是10月8日（天秤座）。
- 年龄：第十章14岁[7]→第十一章16岁
- 怀特（ホワイト，White，白）
- 第十章的女主角，BW艺能公司社长，以神奇宝贝做演员来从事演艺事业。在因缘际会下与布莱克相遇，因刚好需要布莱克的雄性暖暖猪帮忙演出，并在一场意外将布莱克拉拢做为BW艺能公司的员工，同时亦以在联盟赛上宣传BW艺能公司为条件支援布莱克的梦想。
- 起初完全不会神奇宝贝对战，不过相对的在业务能力方面（企划构想、行销等）十分优秀，甚至通过提案被聘请筹备雷文市的神奇宝贝音乐剧，是一位能干的社长。在雷文市举办音乐剧之后遇上等离子队的王N，被他指责只顾演艺而没有听见神奇宝贝想要对战的声音，在她最照顾的的雌性暖暖猪演员小猪猪选择离开自己跟随N后大受打击。在重新振作之后，为了挑战神奇宝贝对战而决定暂时歇业搭上对战地铁，与布莱克暂时分开。
- 原先非图鉴持有人，不过后来从布莱克的儿时玩伴白露手中得到了图鉴。在与布莱克重逢之后对于自己的梦想更加坚定。在联盟赛上协助侦察敌情，后从等离子队的爱与和平女神口中得知N的身世，同时亦重新接纳小猪猪回归BW艺能公司。
- 在第十一章中被揭示为影城“神奇宝贝好莱坞”的企划人，另一方面也积极寻找布莱克的下落。
- 在该系列于2013年另外推出的单本杂志《Pokémon the Comic》中公布其与布莱克的称号为“梦想者”，代表其追求梦想的特质。
- 人物蓝本来自于电玩黑、白版女主角。生日是10月5日（天秤座）。
- 年龄：第十章14岁[7]→第十一章16岁
- 黑次（拉克兹）（ラクツ，Lack-two，黑2）
- 第十一章的主角，桧扇市神奇宝贝训练家学园的学生，但实际上是国际刑警的成员之一，代号为“黑色2号”，为了找寻一名现年十二岁曾经是等离子队成员的少女才潜入校园。在学校时表现得像是对搭讪女孩子很有一套的花花公子，私底下和工作时却非常认真严谨。由于其工作能力及搭讪技巧甚至被上级称呼为“完美先生”（Mr. Perfect）。阶级为警视，比前来会和的大帅还高，所以在这次任务中成了他的上司。因在班级对战男生组中获胜，而从白露手中得到了神奇宝贝图鉴。
- 在校期间多次试探白慈的底细，最后终于于等离子队巡防舰上证实其身份就是那名少女。两人随后达成共识，决定先救出被等离子队控制的传说神奇宝贝酋雷姆，但却遭等离子队的新首领阿克罗玛命酋雷姆将其冰冻，最后两人沉入海底遗迹。
- 是名禁欲主义者，因此对于感情认知十分缺乏（同情、残忍、害怕之类的）。由于其雇人非法入侵国际刑警网络及擅自挪用被管理的危险神奇宝贝（盖诺赛克特），在海底遗迹醒过来不久后并得知其遭国际刑警解雇。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“逮捕者”，代表其国际刑警的身份。
- 人物蓝本来自于电玩黑版2、白版2男主角。生日是5月4日（爆炸头水牛座，对应现实的金牛座）。
- 年龄：第十一章12岁
- 白慈（怀兹）（ファイツ，Whi-two，白2）
- 第十一章的女主角，新加入桧扇市神奇宝贝训练家学园的转学生。曾经是等离子队成员之一，但在两年前的事件后已随着母亲离队。她的项链上显示有一张照片是N，对他一丝挂念。项链中暗藏着纪录等离子队机密及对抗“阿克罗玛机器”（阿克罗玛用它来控制神奇宝贝）开发资料的记忆卡。因在班级对战女生组中“不小心”获胜，而从白露手中得到了神奇宝贝图鉴。受到过去曾是等离子队成员的影响，本人对于使用神奇宝贝图鉴似乎有些排斥，并且也从未将其拥有的宝贝球菇收入宝贝球中。对于黑次积极地与其搭讪感到有些困恼及在意。
- 起先认为等离子队的理念皆是出于对神奇宝贝的善意，但后来在飞云市目睹抢夺别人神奇宝贝的新生等离子队而受到动摇，之后因项链不小心弄丢被阿修捡到而身份险些在众人前曝光，并也得知阿修遭等离子队抢夺神奇宝贝的过去。在与阿修对质时遇上等离子队驾驶飞行巡防舰冰冻整座城市。之后在巡防舰上与黑次双方识破彼此身份，同时对于其只是为了任务而接近她感到十分震惊及混乱，但在调适心情后决定先与黑次一同救出被控制的酋雷姆，随后遭阿克罗玛命酋雷姆将其冰冻并沉入海底遗迹。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“解放者”，代表其等离子队成员的身份。
- 人物蓝本来自于电玩黑版2、白版2女主角。生日是9月16日（哥德小童座，对应现实的处女座）。
- 年龄：第十一章12岁
- 艾克斯（エックス，X）
- 第十二章的主角，童年时曾是神奇宝贝儿童杯大会的冠军，不过也因此承受外界给予的过大压力，之后并将自己关在家中足不出门。后来家被闪焰队给烧毁，不得已才再次踏出屋外。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“隐蔽者”，代表其长年待在家中不出门的习性。
- 人物蓝本来自于电玩X、Y版男主角。生日是11月6日（天蝎座）。
- 年龄：第十二章12岁
- 持有的神奇宝贝：
- 华依（ワイ，Y）
- 全名：华依·纳·卡贝娜（ワイ・ナ・ガーベナ，Y na Gābena）
- 第十二章的女主角，艾克斯的儿时玩伴，是一名天空训练家。在艾克斯将自己关在家中的期间总是不断的到他家前关心并催促他出来。母亲是一名有名的铁甲犀牛骑师。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“飞翔者”，代表其天空训练家的身份及擅长空中对战。
- 人物蓝本来自于电玩X、Y版女主角。生日是2月2日（水瓶座）。
- 年龄：第十二章12岁
- 桑恩（サン，Sun，太阳）
- 第十四章的主角，由于不明原因为了筹得一亿日圆而四处打工，本职为送货员。见钱眼开，只要有钱并能让他燃起动力。原为关都人，现生活在阿罗拉地区。以工作为名正展开诸岛巡礼中。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“储蓄者”，代表其以存钱为目标。
- 人物蓝本来自于电玩太阳、月亮、究极之日、究极之月版男主角。生日是8月31日（处女座）。
- 年龄：第十四章11岁
- 暮恩（ムーン，Moon，月亮）
- 第十四章的女主角，是一名药剂师也是神奇宝贝研究员，为了将洛托姆交付给正在进行相关研究的库库伊博士而来到阿罗拉地区。除了配置药物外亦擅长弓术。为了协助桑恩完成任务及获取幻之树果而和他一同展开诸岛巡礼。来自神奥地区。持有洛托姆图鉴。
- 在2017年推出的设定集《ポケSPedia》中公布其称号为“调合者”，代表其擅长制药的能力。
- 人物蓝本来自于电玩太阳、月亮、究极之日、究极之月版女主角。生日是1月1日（摩羯座）。
- 年龄：第十四章11岁
- 创人（創人/そうど，Soudo/Sword，剑）
- 全名：剑 创人（剣 创人，つるぎ そうど）
- 第十五章的主角，昵称小创，是一名“身具匠人”（指修复神奇宝贝携带于身上的配件或物品的职业）。协助木兰博士进行有关神奇宝贝极巨化的研究。
- 历代首个汉字命名的主角。
- 人物蓝本来自于电玩剑、盾版男主角。生日是12月1日（射手座）。
- 持有的神奇宝贝：
- 希露朵米莉雅（シルドミリア，Shieldmilia，盾）
- 全名：盾 希露朵米莉雅（盾 シルドミリア）
- 第十五章的女主角，昵称小希，是一名电脑工程师。协助木兰博士进行有关极巨化的研究，还开发出了能体验极巨化对战的投影模拟机。个性多话且音量大。
- 人物蓝本来自于电玩剑、盾版女主角。生日是3月14日（双鱼座）。
- 维尔利特（暂）（バイオレット，Violet，紫）
- 全名：维尔利特·兰格（バイオレット・ラング）
- 第十六章的主角。
- 小光
- 自小体弱多病，在路比的协助下获得第一只神奇宝贝，后到绿荫镇疗养。之后千里为他特训，使他的实力与健康都有所提升，并协助千里解除烈空坐的封印。
- 黑连
- 布莱克的儿时玩伴，原为预定的图鉴持有人，然而图鉴先是故障，只好在只带藤藤蛇的状况下出发，后虽修复好但尚未交待后续。曾遭到等离子队洗脑而与布莱克对立。
- 于合众联盟赛中打进准优胜。之后在第十一章担任桧扇市的神奇宝贝训练家培育学园的老师。
- 白露
- 布莱克的儿时玩伴，原为预定的图鉴持有人，然而图鉴故障，只好在只带水水獭的状况下出发。
- 对神奇宝贝的基础知识毫不了解，曾受布莱克指导，后觉得自身能力不足而将刚修好的图鉴转让给了怀特。目前为想更多加了解神奇宝贝而朝成为红豆杉博士的助手为目标努力。
宝可梦联盟
《神奇宝贝特别篇》中代表关渡地区的馆主们，因宝可梦早期对于反派组织火箭队没有所谓干部成员设定的关系，也就因此将关都八个道馆馆主划分为对抗邪恶组织火箭队的正派馆主及身为火箭队干部成员的反派馆主。但在火箭队一度被瓦解下，除了身为火箭队领袖的坂木失去踪迹外，其他反派馆主都脱离火箭队。
- 小刚（タケシ，Brock）
- 深灰道馆馆主
- 小霞（カスミ，Misty）
- 华蓝道馆馆主
- 马志士（マチス，Lt. Surge）
- 枯叶道馆馆主，也是圣特安努号船长，火箭队的干部成员。
- 莉佳（エリカ，Erika）
- 玉虹道馆馆主
- 阿桔（キョウ，Koga）
- 浅红道馆馆主，火箭队的干部成员。
- 阿杏（アンズ，Janine）
- 浅红道馆馆主，阿桔的女儿
- 娜姿（ナツメ，Sabrina）
- 金黄道馆馆主，本身是名超能力者，火箭队的干部成员。
- 夏伯（カツラ，Blaine）
- 红莲道馆馆主，原为火箭队的科学家
- 坂木（サカキ，Giovanni）
- 小茂（青绿）（グリーン，Green）
《神奇宝贝特别篇》中代表成都地区的馆主们
- 阿速（ハヤト，Falkner）
- 桔梗道馆馆主
- 阿笔（ツクシ，Bugsy）
- 桧皮道馆馆主
- 小茜（アカネ，Whitney）
- 满金道馆馆主
- 小松（マツバ，Morty）
- 缘朱道馆馆主
- 阿四（シジマ，Chuck）
- 湛蓝道馆馆主
- 阿蜜（ミカン，Jasmine）
- 浅葱道馆馆主
- 柳伯/假面男（ヤナギ/仮面の男，Pryce/Masked Man）
- 卡吉道馆馆主，同时也是火箭队残党的首领假面男。
- 小椿（イブキ，Clair）
- 烟墨道馆馆主
- 杜娟 （ツツジ、Roxanne）
- 藤树 （トウキ、Brawly）
- 铁旋 （テッセン、Wattson）
- 亚莎 （アスナ、Flannery）
- 千里 （センリ、Norman）
- 娜琪 （ナギ、Winona）
- 枫&南 （フウとラン、Tate and Liza）
- 米可利 （ミクリ、Wallace）
- 琉璃道馆馆主，路比在华丽大赛的师父
- 亚当 （アダン、Juan）
- 琉璃道馆馆主，米可利的师父，路比的师公
- 瓢太 （ヒョウタ、Roark）
- 菜种 （ナタネ、Gardenia）
- 阿李 （スモモ、Maylene）
- 吉宪 （マキシ、Wake）
- 梅丽莎 （メリッサ、Fantina）
- 东钢 （トウガン、Byron）
- 铃菜（小菘） （スズナ、Candice）
- 电磁（电次） （デンジ、Volkner）
- 天桐 （デント、Cilan）、伯特 （ポッド、Chili）、寇恩 （コーン、Cress）
- 芦荟 （アロエ、Lenora）
- 亚堤 （アーティ、Burgh）
- 小菊儿 （カミツレ、Elesa）
- 菊老大 （ヤーコン、Clay）
- 风露 （フウロ、Skyla）
- 哈奇库 （ハチク、Brycen）
- 夏卡 （シャガ、Drayden）和艾莉丝 （アイリス、Iris）
- 霍米加 （ホミカ、Roxie）
- 西子伊 （シズイ、Marlon）
- 紫罗兰 （ビオラ、Viola）
- 查克洛 （ザクロ、Grant）
- 可爾妮 （コルニ、Korrina）
- 福爷 （フクジ、Ramos）
- 希特隆 （シトロン、Clemont）
- 玛绣 （マーシュ、Valerie）
- 葛吉花 （ゴジカ、Olympia）
- 得抚 （ウルップ、Wulfric）
- 亚洛 （ヤロー、Milo）
- 露璃娜 （ルリナ、Nessa）
- 卡芜 （カブ、Kabu）
- 彩豆 （サイトウ、Bea）
- 欧尼奥 （オニオン、Allister）
- 波普菈 （ポプラ、Opal）
- 彼特 （ビート、Bede）
- 玛瓜 （マクワ、Gordie）
- 美蓉 （メロン、Melony）
- 奇巴纳 （キバナ、Raihan）
- 伊利马 （イリマ、Ilima）
- 水莲 （スイレン、Lana）
- 玛奥 （マオ、Mallow）
- 卡奇 （カキ、Kiawe）
- 马玛内 （マーマネ、Sophocles）
- 阿塞劳拉 （アセロラ、Acerola）
- 茉莉 （マツリカ、Mina）
- 哈拉（ハラ，Hala）
- 麗姿（ライチ，Olivia）
- 默丹（クチナシ，Nanu）
- 哈普乌（ハプウ，Hapu）
关都四天王是《黄》的反派，《神奇宝贝特别篇》是精灵宝可梦系列中极少数将四天王设定为反派组织的作品。在《黄》之后，四天王仍旧是主角要挑战的目标，但并不属于反派组织。关都四天王的目标是创造出神奇宝贝世界。除了厉害的训练家之外，不留下任何人类。他们是民间组成的四天王，非联盟正式成立。
- 科拿 （カンナ、Lorelei）
- 希巴 （シバ、Bruno）
- 菊子 （キクコ、Agatha）
- 阿渡 （ワタル、Lance）
《神奇宝贝特别篇》中城都四天王
- 希巴 （シバ、Bruno）
- 阿桔 （キョウ、Koga）
- 一树 （イツキ、Will）
- 梨花 （カリン、Karen）
- 花月 （カゲツ、Sidney）
- 芙蓉 （フヨウ、Phoebe）
- 波妮 （プリム、Glacia）
- 源治 （ゲンジ、Drake）
- 兹伏奇大吾 （ツワブキ・ダイゴ、Steven Stone）
- 米可利 （ミクリ、Wallace）
- 阿柳 （リョウ、Aaron）
- 菊野 （キクノ、Bertha）
- 大叶 （オーバ、Flint）
- 悟松 （ゴヨウ、Lucian）
- 竹兰 （シロナ、Cynthia）
- 婉龙 （シキミ、Shauntal）
- 越橘 （ギーマ、Grimsley）
- 嘉德丽雅 （カトレア、Caitlin）
- 连武 （レンブ、Marshal）
- 阿戴克 （アデク、Alder）
- 帕琦拉 （パキラ、Malva）
- 志米 （ズミ、Siebold）
- 雁铠 （ガンピ、Wikstrom）
- 朵拉塞娜 （ドラセナ、Drasna）
- 卡露乃 （カルネ、Diantha）
- 马睿因（マーレイン，Molayne）
- 麗姿（ライチ，Olivia）
- 阿塞劳拉（アセロラ，Acerola）
- 卡希丽（カヒリ，Kahili）
- 丹帝 （ダンデ、Leon）
对战设施馆主
- 工厂头目 达拉 （ファクトリーヘッド ダツラ、Factory Head Nolan）
- 竞技场主将 黄瓜香 （アリーナキャプテン コゴミ、Arena Tycoon Greta）
- 巨蛋超级巨星 希尔斯 （ドームスーパースター ヒース、Dome Ace Tucker）
- 水管皇后 小蓟 （チューブクイーン アザミ、Pike Queen Lucy）
- 宫殿守护者 宇康 （パレスガーディアン ウコン、Palace Maven Spenser）
- 对战大君 莉拉 （タワータイクーン リラ、Salon Maiden Anabel）
- 金字塔法老 神代 （ピラミッドキング ジンダイ、Pyramid King Brandon）
- 对战大君 桄榔 （タワータイクーン クロツグ、Tower Tycoon Palmer）
- 工厂头目 捩木 （ファクトリーヘッド ネジキ、Factory Head Thorton）
- 轮盘女神 大丽 （ルーレットゴーデス ダリア、Arcade Star Dahlia）
- 城堡对战者 石兰 （キャッスルバトラー コクラン、Castle Valet Darach）
- 舞台女主角 凯特 （ステージマドンナ ケイト、Hall Matron Argenta）
- 北尚（クダリ、Ingo）
- 南厦（クダリ、Emmet）
反派
在《神奇宝贝特别篇》中，火箭队的名称被设定成一句口号的缩写，该口号为“Raid On the City, Knock out, Evil Tusks.”（袭击各大城市吧，我邪恶的爪牙们！），取首字拼成“ROCKET”（火箭）。火箭队由坂木领军，除了游戏中的四位干部以外，另原创了三兽士做为首领坂木的亲卫队。在第一章中，马志士、阿桔、娜姿这三个道馆馆主是他旗下的成员，馆主夏伯原本也是火箭队旗下的科学家，但后来退出了。火箭队的宗旨是所有的神奇宝贝都是为了火箭队而服务。
柳伯是卡吉练功场场主，擅长冰系神奇宝贝，他因为以前的过错，造成小乘龙失去双亲，为了弥补过错，所以需要具有时空移转能力的雪拉比以回到过去，因而进行庞大的计划。他戴上面具成为“戴面具的男子”，透过凤王抓来六个有天分的孩子并训练他们，让他们协助自己的时空旅行计划。
三兽士是特别篇原创的三位火箭队干部，在坂木离开后，三兽士之中的查克拉企图将火箭队占为己有，但四将军认为不遵循坂木理想的人不配成为火箭队首领，因而阻止查克拉。
- 坂木 （サカキ、Giovanni）
- 健 （ケン、Ken）
- 良 （リョウ、Al）
- 哈利 （ハリー、Harry）
- 卡特 （カーツ、Carl）
- 加姆 （シャム、Sham）
- 三兽士 （三獣士、Three Beasts）
- 查克拉 （チャクラ、Carr）
- 欧卡 （オウカ、Orm）
- 沙奇 （サキ、Sird）
- 四将军 （四将军、Four Generals）
- 阿波罗 （アポロ、Archer）
- 雅典娜 （アテナ、Ariana）
- 拉姆达 （ラムダ、Petrel）
- 兰斯 （ランス、Proton）
火岩队和水舰队是两支在丰缘地方的组织，他们各自的目标是扩大陆地和海洋的面积。两个组织的规模相差甚大，火岩队规模较小、水舰队的首领则是电视台老板，因而可以掌控媒体掩盖消息。两个组织的领导者在海底试图控制红色宝珠和蓝色宝珠，在失去掌控后、固拉多与盖欧卡引发了冲突使得世界为之震荡。
- 赤焰松 （マツブサ、Maxie）
- 火村 （ホムラ、Tabitha）
- 篝火 （カガリ、Courtney）
- 火影 （ホカゲ、Blaise）
- 水梧桐 （アオギリ、Archie） / 铠甲男 （ガイル・ハイダウト、Guile Hideout）
- 潮 （ウシオ、Matt）
- 泉 （イズミ、Shelly）
- 滴 （シズク、Amber）
神奥地区的犯罪组织银河队的目标是创造新世界，领导者赤日被戴亚、帕尔和普兰汀娜击败后进入了反转世界，银河队底下的科学家便成了新领导者，但其余的指挥官仍认为他们的首领只有赤日一人，因此试图找到他。在反转世界中，赤日发现自己的目标只是一场空，便下令解散了银河队。
- 赤日 （アカギ、Cyrus）
- 伙星 （マーズ、Mars）
- 岁星 （ジュピター、Jupiter）
- 镇星 （サターン、Saturn）
- 冥王 （プルート、Charon）
等离子队认为神奇宝贝只有脱离人类的掌控才是最好的，他们的领导者N像王一样受成员尊敬，然而事实上、N受到他的养父、组织的幕后策划者魁奇思的洗脑。魁奇思的目的并非解放神奇宝贝，而是将所有神奇宝贝尽收等离子队旗下。
- N（エヌ、N）
- 七贤人 （七贤人、Seven Sages）
- 魁奇思 （ゲーチス、Ghetsis）
- 格雷 (ヴィオ、Zinzolin）
- 约格斯 (リョクシ、Ryoku）
- 杰洛 (ジャロ、Giallo）
- 罗德 (ロット、Rood）
- 斯姆拉 (スムラ、Bronius）
- 阿苏拉 (アスラ、Gorm）
- 黑暗三人组 （ダークトリニティ、Shadow Triad）
- 阿克罗玛 （アクロマ、Colress） / 斗篷怪人 （フードマン、Hood Man）
闪焰队是卡洛斯地区的组织，他们掌控媒体以掩盖犯罪事实。首领弗拉达利的目标是启动最终兵器。
- 弗拉达利 （フラダリ、Lysandre）
- 阿可碧 （アケビ、Aliana）
- 芭菈 （バラ、Byrony）
- 克蕾儿 （コレア、Celosia）
- 茉蜜姬 （モミジ、Mable）
- 库瑟洛斯奇 （クセロシキ、Xerosic）
- 玛琪艾儿 （マチエール、Emma） / 艾丝普莉 （エスプリ、Essentia）
- 古兹马 （グズマ、Guzma）
- 布尔美丽 （プルメリ、Plumeria）
- 格拉吉欧 （グラジオ、Gladion）
- 露莎米奈 （ルザミーネ、Lusamine）
- 扎奥博 （ザオボー、Faba）
- 碧珂 （ビッケ、Wicke）
- 达尔斯 （ダルス、Dulse）：
- 阿玛茉 （アマモ、Zossie）：
- 米翎 （ミリン、Soliera）：
- 西奥尼拉 （シオニラ、Phyco）：
- 聂梓 （ネズ、Piers）
- 玛俐 （マリィ、Marnie）
- 洛兹 （ローズ、Rose）
- 奥利薇 （オリーヴ、Oleana）
配角
- 大木博士
- 研究神奇宝贝的权威，他年轻时称霸了神奇宝贝联盟，但后来将兴趣转往研究，制作了图鉴并分送给年轻的训练家，让他们收集神奇宝贝的资料。
- 空木博士
- 小田卷博士
- 索蓝斯博士
- 山梨博士
- 柳濑·贝尔里慈
- 贝立兹
- 芥子兰博士
- 红豆杉博士
- 红豆杉爸爸
- 真菰
- 法桐博士
- 库库伊博士
- 芭内特博士
- 成也・大木
- 木兰博士
- 正辉
- 全名曾根崎正辉，神奇宝贝传送系统的开发成员。
- 阿锦
- 阿资
- 真由美
- 水木
- 松露
- 酷罗凯尔
- 马睿因
- 柏卡、乌兹
- 是原本受雇保护普兰汀娜的真正保镖，由于信件在阴错阳差之下让戴亚和帕尔捡去，他们便四处追查普兰汀娜的下落。在找到普兰汀娜的前一刻遭到银河队的干部以反物质武器攻击，将遗志托付给戴亚和帕尔后消失。之后于第八章出现于反转世界，平安无事。
- 大帅
- 国际警察，在第八章追捕银河队﹔与普兰汀娜一起行动。后来在第十章、第十一章获派往合众地区追捕等离子队的七贤人。
注解
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